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La biopsie liquide (LB) est un concept qui gagne rapidement en popularité dans le domaine biomédical.Le concept est principalement basé sur la détection de fragments d'ADN extracellulaire circulant (ccfDNA), qui sont principalement libérés sous forme de petits fragments après la mort cellulaire dans divers tissus.Une petite proportion de ces fragments proviennent de tissus ou d'organismes étrangers (étrangers).Dans les travaux en cours, nous avons appliqué ce concept aux moules, une espèce sentinelle connue pour sa grande capacité de filtration de l'eau de mer.Nous utilisons la capacité des moules à agir comme des filtres naturels pour capturer des fragments d'ADN environnementaux provenant de diverses sources afin de fournir des informations sur la biodiversité des écosystèmes côtiers marins.Nos résultats montrent que l'hémolymphe de moule contient des fragments d'ADN de taille très variable, de 1 à 5 kb.Le séquençage Shotgun a montré qu'un grand nombre de fragments d'ADN sont d'origine microbienne étrangère.Parmi eux, nous avons trouvé des fragments d'ADN de bactéries, d'archées et de virus, y compris des virus connus pour infecter une variété d'hôtes que l'on trouve couramment dans les écosystèmes marins côtiers.En conclusion, notre étude démontre que le concept de LB appliqué aux moules représente une source de connaissances riche mais encore inexplorée sur la diversité microbienne dans les écosystèmes côtiers marins.
L'impact du changement climatique (CC) sur la biodiversité des écosystèmes marins est un domaine de recherche en pleine expansion.Le réchauffement climatique provoque non seulement des stress physiologiques importants, mais repousse également les limites évolutives de la stabilité thermique des organismes marins, affectant l'habitat d'un certain nombre d'espèces, les incitant à rechercher des conditions plus favorables [1, 2].En plus d'affecter la biodiversité des métazoaires, le CC perturbe le délicat équilibre des interactions hôte-microbien.Cette dysbactériose microbienne constitue une menace sérieuse pour les écosystèmes marins car elle rend les organismes marins plus sensibles aux agents pathogènes infectieux [3, 4].On pense que les SS jouent un rôle important dans les décès massifs, ce qui est un problème sérieux pour la gestion des écosystèmes marins mondiaux [5, 6].Il s'agit d'un enjeu important compte tenu des impacts économiques, écologiques et nutritionnels de nombreuses espèces marines.Cela est particulièrement vrai pour les bivalves vivant dans les régions polaires, où les effets de la CK sont plus immédiats et plus graves [6, 7].En fait, les bivalves tels que Mytilus spp.sont largement utilisés pour surveiller les effets du CC sur les écosystèmes marins.Sans surprise, un nombre relativement important de biomarqueurs ont été développés pour surveiller leur santé, souvent en utilisant une approche à deux niveaux impliquant des biomarqueurs fonctionnels basés sur l'activité enzymatique ou des fonctions cellulaires telles que la viabilité cellulaire et l'activité phagocytaire [8].Ces méthodes comprennent également la mesure de la concentration d'indicateurs de pression spécifiques qui s'accumulent dans les tissus mous après l'absorption de grandes quantités d'eau de mer.Cependant, la capacité de filtration élevée et le système circulatoire semi-ouvert des bivalves offrent la possibilité de développer de nouveaux biomarqueurs de l'hémolymphe en utilisant le concept de biopsie liquide (LB), une approche simple et peu invasive de la prise en charge des patients.prélèvements sanguins [9, 10].Bien que plusieurs types de molécules circulantes puissent être trouvées dans la LB humaine, ce concept est principalement basé sur l'analyse du séquençage de l'ADN des fragments d'ADN extracellulaire circulant (ccfDNA) dans le plasma.En fait, la présence d'ADN circulant dans le plasma humain est connue depuis le milieu du XXe siècle [11], mais ce n'est que depuis quelques années que l'avènement des méthodes de séquençage à haut débit a conduit à un diagnostic clinique basé sur le ccfDNA.La présence de ces fragments d'ADN circulants est due en partie à la libération passive d'ADN génomique (nucléaire et mitochondrial) après la mort cellulaire. Chez les individus sains, la concentration de ccfDNA est normalement faible (<10 ng/mL) mais peut être augmentée de 5 à 10 fois chez les patients souffrant de diverses pathologies ou soumis à un stress entraînant des lésions tissulaires. Chez les individus sains, la concentration de ccfDNA est normalement faible (<10 ng/mL) mais peut être augmentée de 5 à 10 fois chez les patients souffrant de diverses pathologies ou soumis à un stress entraînant des lésions tissulaires. У здоровых людей концентрация вккДНК в норме низкая (<10 нг/мл), но может повышать entre 5 et 10 jours et plus му к повреждению тканей. Chez les personnes en bonne santé, la concentration de cccDNA est normalement faible (<10 ng/mL), mais elle peut augmenter de 5 à 10 fois chez les patients atteints de diverses pathologies ou soumis à un stress entraînant des lésions tissulaires.在健康个体中，ccfDNA 的浓度通常较低（<10 ng/mL），但在患有各种病理或承受压力的患者中可增加5-10 倍，从而导致组织损伤。在 健康 个体 中 ， ccfdna 的 浓度 较 低 （（<10 ng/ml） 但 在 各 种 病理 或 承受 压力 患者 中 可增加 5-10 倍 ， 从而 组织。。。 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤Концентрации ccfDNA обычно низкие (<10 нг/мл) у здоровых людей, но могут быть увеличены de 5 à 10 jours et tous les jours ию тканей. Les concentrations de ccfDNA sont généralement faibles (<10 ng/ml) chez les individus en bonne santé, mais peuvent être multipliées par 5 à 10 chez les patients souffrant de diverses pathologies ou de stress, entraînant des lésions tissulaires.La taille des fragments d'ADNccf varie considérablement, mais varie généralement de 150 à 200 pb.[12].L'analyse de l'ADNccf auto-dérivé, c'est-à-dire de l'ADNccf de cellules hôtes normales ou transformées, peut être utilisée pour détecter les changements génétiques et épigénétiques présents dans le génome nucléaire et/ou mitochondrial, aidant ainsi les cliniciens à sélectionner des thérapies moléculaires spécifiques [13] .Cependant, l'ADNccf peut être obtenu à partir de sources étrangères telles que l'ADNccf provenant de cellules fœtales pendant la grossesse ou d'organes transplantés [14,15,16,17].ccfDNA est également une source importante d'informations pour détecter la présence d'acides nucléiques d'un agent infectieux (étranger), ce qui permet la détection non invasive d'infections généralisées non identifiées par les hémocultures, en évitant la biopsie invasive des tissus infectés [18].Des études récentes ont en effet montré que le sang humain contient une riche source d'informations qui peuvent être utilisées pour identifier les pathogènes viraux et bactériens, et qu'environ 1% du ccfDNA trouvé dans le plasma humain est d'origine étrangère [19].Ces études démontrent que la biodiversité du microbiome circulant d'un organisme peut être évaluée à l'aide de l'analyse ccfDNA.Cependant, jusqu'à récemment, ce concept était utilisé exclusivement chez l'homme et, dans une moindre mesure, chez d'autres vertébrés [20, 21].
Dans le présent article, nous utilisons le potentiel LB pour analyser le ccfDNA d'Aulacomya atra, une espèce méridionale que l'on trouve couramment dans les îles Kerguelen subantarctiques, un groupe d'îles au sommet d'un grand plateau qui s'est formé il y a 35 millions d'années.éruption volcanique.À l'aide d'un système expérimental in vitro, nous avons constaté que les fragments d'ADN dans l'eau de mer sont rapidement absorbés par les moules et pénètrent dans le compartiment de l'hémolymphe.Le séquençage Shotgun a montré que l'ADNccf de l'hémolymphe des moules contient des fragments d'ADN d'origine propre et non-soi, y compris des bactéries symbiotiques et des fragments d'ADN provenant de biomes typiques des écosystèmes côtiers marins volcaniques froids.Le ccfDNA de l'hémolymphe contient également des séquences virales dérivées de virus avec différentes gammes d'hôtes.Nous avons également trouvé des fragments d'ADN d'animaux multicellulaires tels que des poissons osseux, des anémones de mer, des algues et des insectes.En conclusion, notre étude démontre que le concept LB peut être appliqué avec succès aux invertébrés marins pour générer un riche répertoire génomique dans les écosystèmes marins.
Des adultes (55-70 mm de long) Mytilus platensis (M. platensis) et Aulacomya atra (A. atra) ont été collectés sur les côtes rocheuses intertidales de Port-au-France (049°21.235 S, 070°13.490 E .).Îles Kerguelen en décembre 2018. D'autres moules bleues adultes (Mytilus spp.) ont été obtenues auprès d'un fournisseur commercial (PEI Mussel King Inc., Île-du-Prince-Édouard, Canada) et placées dans un réservoir aéré à température contrôlée (4 °C) contenant 10 à 20 L de saumure artificielle à 32 ‰.(sel de mer artificiel Reef Crystal, Instant Ocean, Virginie, États-Unis).Pour chaque expérience, la longueur et le poids des coquilles individuelles ont été mesurés.
Un protocole d'accès ouvert gratuit pour ce programme est disponible en ligne (https://doi.org/10.17504/protocols.io.81wgb6z9olpk/v1).En bref, l'hémolymphe LB a été collectée à partir des muscles abducteurs comme décrit [22].L'hémolymphe a été clarifiée par centrifugation à 1200 xg pendant 3 minutes, le surnageant a été congelé (-20°C) jusqu'à utilisation.Pour l'isolement et la purification du cfDNA, des échantillons (1,5 à 2,0 ml) ont été décongelés et traités à l'aide du kit NucleoSnap cfDNA (Macherey-Nagel, Bethlehen, PA) conformément aux instructions du fabricant.Le ccfDNA a été stocké à -80°C jusqu'à une analyse plus approfondie.Dans certaines expériences, le ccfDNA a été isolé et purifié à l'aide du kit QIAamp DNA Investigator (QIAGEN, Toronto, Ontario, Canada).L'ADN purifié a été quantifié à l'aide d'un test PicoGreen standard.La distribution des fragments de l'ADNccf isolé a été analysée par électrophorèse capillaire à l'aide d'un bioanalyseur Agilent 2100 (Agilent Technologies Inc., Santa Clara, CA) à l'aide d'un kit d'ADN à haute sensibilité.Le test a été réalisé en utilisant 1 µl de l'échantillon d'ADNccf selon les instructions du fabricant.
Pour le séquençage des fragments d'ADNccf de l'hémolymphe, Génome Québec (Montréal, Québec, Canada) a préparé des bibliothèques de fusils de chasse à l'aide du kit Illumina DNA Mix du kit Illumina MiSeq PE75.Un adaptateur standard (BioO) a été utilisé.Les fichiers de données brutes sont disponibles dans les archives de lecture de séquence NCBI (SRR8924808 et SRR8924809).La qualité de lecture de base a été évaluée à l'aide de FastQC [23].Trimmomatic [24] a été utilisé pour les adaptateurs de découpage et les lectures de mauvaise qualité.Les lectures de fusil de chasse avec des extrémités appariées ont été fusionnées FLASH en lectures simples plus longues avec un chevauchement minimum de 20 pb pour éviter les inadéquations [25]. Les lectures fusionnées ont été annotées avec BLASTN à l'aide d'une base de données de taxonomie bivalve NCBI (valeur e < 1e-3 et 90% d'homologie), et le masquage des séquences de faible complexité a été effectué à l'aide de DUST [26]. Les lectures fusionnées ont été annotées avec BLASTN à l'aide d'une base de données de taxonomie bivalve NCBI (valeur e < 1e-3 et 90% d'homologie), et le masquage des séquences de faible complexité a été effectué à l'aide de DUST [26]. Объединенные чтения были аннотированы с помощью BLASTN с использованием базы данных таксоно мии двустворчатых моллюсков NCBI (значение e < 1e-3 et 90% гомологии), un маскирование последовате DUST [26]. Les lectures regroupées ont été annotées avec BLASTN à l'aide de la base de données de taxonomie des bivalves NCBI (valeur e < 1e-3 et 90 % d'homologie), et un masquage de séquence de faible complexité a été effectué à l'aide de DUST [26].使用双壳类NCBI 分类数据库（e 值< 1e-3 和90% 同源性）用BLASTN 注释合并的读数，并使用DUST [26] 进行低复杂度序列的掩蔽。使用 双 壳类 ncbi 分类 （（（<1e-3 和 90% 同源） 用 用 用 注释 合并 读数 ， 并 使用 poussière [26] 进行复杂度 序列 的。。。。 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽掩蔽 掩蔽Объединенные чтения были аннотированы с помощью BLASTN с использованием таксономической баз ы данных двустворчатых моллюсков NCBI (значение e <1e-3 и 90% гомологии), et маскирование послед DUST [26]. Les lectures regroupées ont été annotées avec BLASTN à l'aide de la base de données taxonomique des bivalves NCBI (valeur e <1e-3 et 90 % d'homologie), et un masquage de séquence de faible complexité a été effectué à l'aide de DUST [26].Les lectures ont été divisées en deux groupes : liées aux séquences de bivalves (ici appelées auto-lectures) et non liées (non-auto-lectures).Deux groupes ont été assemblés séparément en utilisant MEGAHIT pour générer des contigs [27].Pendant ce temps, la distribution taxonomique des lectures de microbiomes extraterrestres a été classée à l'aide de Kraken2 [28] et représentée graphiquement par un graphique à secteurs Krona sur Galaxy [29, 30].Le kmers optimal a été déterminé comme kmers-59 à partir de nos expériences préliminaires. Les auto-contigs ont ensuite été identifiés par alignement avec BLASTN (bivalve NCBI database, e value < 1e−10 and 60% homology) pour une annotation finale. Les auto-contigs ont ensuite été identifiés par alignement avec BLASTN (bivalve NCBI database, e value < 1e−10 and 60% homology) pour une annotation finale. Затем собственные контиги были идентифицированы путем сопоставления с BLASTN (база данных д вустворчатых NCBI, значение e <1e-10 et и гомология 60%) для окончательной аннотации. Les auto-contigs ont ensuite été identifiés par appariement avec BLASTN (base de données sur les bivalves NCBI, valeur e <1e-10 et 60 % d'homologie) pour l'annotation finale.然后通过与BLASTN（双壳贝类NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% 同源性）对齐来识别自身重叠群以进行最终注释。然后通过与BLASTN（双壳贝类NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% Затем идентифицированы собственные контиги для окончательной аннотации путем соп оставления с BLASTN (база данных NCBI для двустворчатых моллюсков, значение e <1e-10 и гомология 60 %). Les auto-contigs ont ensuite été identifiés pour l'annotation finale par appariement avec BLASTN (base de données de bivalves NCBI, valeur e <1e-10 et 60 % d'homologie). En parallèle, les contigs du groupe non-soi ont été annotés avec BLASTN (base de données nt NCBI, valeur e < 1e−10 et 60% d'homologie). En parallèle, les contigs du groupe non-soi ont été annotés avec BLASTN (base de données nt NCBI, valeur e < 1e−10 et 60% d'homologie). Параллельно чужеродные групповые контиги были аннотированы с помощью BLASTN (база данны х nt NCBI, значение e <1e-10 et гомология 60%). En parallèle, les contigs de groupes étrangers ont été annotés avec BLASTN (base de données NT NCBI, valeur e <1e-10 et 60% d'homologie).平行地，用BLASTN（nt NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% 同源性）注释非自身组重叠群。平行地，用BLASTN（nt NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% 同源性）注释非自身组重叠群。 Параллельно контиги, не относящиеся к собственной группе, были аннотированы с помощью B LASTN (pour nt NCBI, значение e <1e-10 et гомология 60%). En parallèle, les contigs du groupe non-soi ont été annotés avec BLASTN (base de données nt NCBI, valeur e <1e-10 et 60% d'homologie). BLASTX a également été mené sur des contigs non-soi à l'aide des bases de données NCBI des protéines nr et RefSeq (valeur e < 1e-10 et 60 % d'homologie). BLASTX a également été mené sur des contigs non-soi à l'aide des bases de données NCBI des protéines nr et RefSeq (valeur e < 1e-10 et 60 % d'homologie). BLASTX также был проведен на несамостоятельных контигах с использованием баз данных белка nr et RefSeq NCBI (plus et <1e-10 et 60 %). BLASTX a également été réalisé sur des contigs non-soi à l'aide des bases de données de protéines nr et RefSeq NCBI (valeur e < 1e-10 et 60 % d'homologie).还使用nr 和RefSeq 蛋白NCBI 数据库对非自身重叠群进行了BLASTX（e 值< 1e-10 和60% 同源性）。还使用nr 和RefSeq 蛋白NCBI 数据库对非自身重叠群进行了BLASTX（e 值< 1e-10 和60% 同源性）。 BLASTX также выполняли на несамостоятельных контигах с использованием баз данных белка nr и RefSeq NCBI (plus et <1e-10 et plus de 60 %). BLASTX a également été réalisé sur des contigs non-soi à l'aide des bases de données de protéines nr et RefSeq NCBI (valeur e <1e-10 et 60% d'homologie).Les pools BLASTN et BLASTX de contigs non autonomes représentent les contigs finaux (voir Fichier supplémentaire).
Les amorces utilisées pour la PCR sont répertoriées dans le tableau S1.L'ADN polymérase Taq (Bio Basic Canada, Markham, ON) a été utilisée pour amplifier les gènes cibles ccfDNA.Les conditions de réaction suivantes ont été utilisées : dénaturation à 95°C pendant 3 minutes, 95°C pendant 1 minute, température d'annelage fixée pendant 1 minute, élongation à 72°C pendant 1 minute, 35 cycles et enfin 72°C en 10 minutes..Les produits de PCR ont été séparés par électrophorèse dans des gels d'agarose (1,5 %) contenant SYBRTM Safe DNA Gel Stain (Invitrogen, Burlington, ON, Canada) à 95 V.
Des moules (Mytilus spp.) ont été acclimatées dans 500 ml d'eau de mer oxygénée (32 PSU) pendant 24 heures à 4°C.L'ADN plasmidique contenant un insert codant pour la séquence d'ADNc de la galectine-7 humaine (numéro d'accès NCBI L07769) a été ajouté au flacon à une concentration finale de 190 μg/μl.Les moules incubées dans les mêmes conditions sans addition d'ADN ont servi de témoin.Le troisième bac témoin contenait de l'ADN sans moules.Pour surveiller la qualité de l'ADN dans l'eau de mer, des échantillons d'eau de mer (20 μl ; trois répétitions) ont été prélevés dans chaque réservoir au moment indiqué.Pour la traçabilité de l'ADN plasmidique, les moules LB ont été récoltées aux moments indiqués et analysées par qPCR et ddPCR.En raison de la forte teneur en sel de l'eau de mer, les aliquotes ont été diluées dans de l'eau de qualité PCR (1:10) avant tous les tests PCR.
La PCR numérique en gouttelettes (ddPCR) a été réalisée en utilisant le protocole BioRad QX200 (Mississauga, Ontario, Canada).Utilisez le profil de température pour déterminer la température optimale (tableau S1).Les gouttes ont été générées à l'aide d'un générateur de gouttes QX200 (BioRad).La ddPCR a été réalisée comme suit : 95°C pendant 5 min, 50 cycles de 95°C pendant 30 s et une température de recuit donnée pendant 1 min et 72°C pendant 30 s, 4°C pendant 5 min et 90°C en 5 minutes.Le nombre de gouttes et les réactions positives (nombre de copies/µl) ont été mesurés à l'aide d'un lecteur de gouttes QX200 (BioRad).Les échantillons contenant moins de 10 000 gouttelettes ont été rejetés.Le contrôle de modèle n'a pas été effectué à chaque fois que la ddPCR a été exécutée.
La qPCR a été réalisée à l'aide de Rotor-Gene® 3000 (Corbett Research, Sydney, Australie) et d'amorces spécifiques LGALS7.Toutes les PCR quantitatives ont été réalisées dans 20 µl à l'aide du kit QuantiFast SYBR Green PCR (QIAGEN).La qPCR a été démarrée avec une incubation de 15 min à 95°C suivie de 40 cycles à 95°C pendant 10 secondes et à 60°C pendant 60 secondes avec une collecte de données.Les courbes de fusion ont été générées à l'aide de mesures successives à 95°C pendant 5 s, 65°C pendant 60 s et 97°C à la fin de la qPCR.Chaque qPCR a été réalisée en triple, sauf pour les échantillons de contrôle.
Les moules étant connues pour leur taux de filtration élevé, nous avons d'abord cherché à savoir si elles pouvaient filtrer et retenir les fragments d'ADN présents dans l'eau de mer.Nous nous sommes également intéressés à savoir si ces fragments s'accumulaient dans leur système lymphatique semi-ouvert.Nous avons résolu ce problème expérimentalement en traçant le sort des fragments d'ADN solubles ajoutés aux réservoirs de moules bleues.Pour faciliter le suivi des fragments d'ADN, nous avons utilisé de l'ADN plasmidique étranger (pas auto) contenant le gène de la galectine-7 humaine.ddPCR trace des fragments d'ADN plasmidique dans l'eau de mer et les moules.Nos résultats montrent que si la quantité de fragments d'ADN dans l'eau de mer restait relativement constante dans le temps (jusqu'à 7 jours) en l'absence de moules, alors en présence de moules ce niveau disparaissait presque complètement en 8 heures (Fig. 1a,b).Des fragments d'ADN exogène ont été facilement détectés en 15 minutes dans le liquide intravalvulaire et l'hémolymphe (Fig. 1c).Ces fragments pouvaient encore être détectés jusqu'à 4 heures après l'exposition.Cette activité filtrante vis-à-vis des fragments d'ADN est comparable à l'activité filtrante des bactéries et des algues [31].Ces résultats suggèrent que les moules peuvent filtrer et accumuler de l'ADN étranger dans leurs compartiments liquides.
Concentrations relatives d'ADN plasmidique dans l'eau de mer en présence (A) ou en l'absence (B) de moules, mesurées par ddPCR.En A, les résultats sont exprimés en pourcentages, les bordures des cases représentant les 75e et 25e centiles.La courbe logarithmique ajustée est indiquée en rouge et la zone ombrée en gris représente l'intervalle de confiance à 95 %.En B, la ligne rouge représente la moyenne et la ligne bleue représente l'intervalle de confiance à 95 % pour la concentration.C Accumulation d'ADN plasmidique dans l'hémolymphe et le liquide valvulaire des moules à différents moments après l'ajout d'ADN plasmidique.Les résultats sont présentés sous forme de copies absolues détectées/mL (±SE).
Ensuite, nous avons étudié l'origine de l'ADNccf chez les moules prélevées dans les bancs de moules des îles Kerguelen, un groupe d'îles éloignées avec une influence anthropique limitée.À cette fin, l'ADNccc des hémolymphes de moules a été isolé et purifié par des méthodes couramment utilisées pour purifier l'ADNccc humain [32, 33].Nous avons constaté que les concentrations moyennes d'ADNccf dans l'hémolymphe des moules se situent dans la plage des microgrammes par ml d'hémolymphe (voir Tableau S2, Informations supplémentaires).Cette gamme de concentrations est beaucoup plus large que chez les personnes en bonne santé (faibles nanogrammes par millilitre), mais dans de rares cas, chez les patients cancéreux, le niveau de ccfDNA peut atteindre plusieurs microgrammes par millilitre [34, 35].Une analyse de la distribution de taille du ccfDNA de l'hémolymphe a montré que ces fragments varient considérablement en taille, allant de 1000 bp à 1000 bp.jusqu'à 5000 pb (Fig. 2).Des résultats similaires ont été obtenus en utilisant le kit QIAamp Investigator à base de silice, une méthode couramment utilisée en médecine légale pour isoler et purifier rapidement l'ADN génomique à partir d'échantillons d'ADN à faible concentration, y compris ccfDNA [36].
Électrophorégramme ccfDNA représentatif de l'hémolymphe de moule.Extrait avec le kit NucleoSnap Plasma (en haut) et le kit QIAamp DNA Investigator.B Graphique de violon montrant la distribution des concentrations d'ADNccf dans l'hémolymphe (± SE) chez les moules.Les lignes noires et rouges représentent respectivement la médiane et les premier et troisième quartiles.
Environ 1% de l'ADNccf chez l'homme et les primates a une source étrangère [21, 37].Compte tenu du système circulatoire semi-ouvert des bivalves, de l'eau de mer riche en microbes et de la distribution par taille de l'ADNccf des moules, nous avons émis l'hypothèse que l'ADNccf de l'hémolymphe des moules pourrait contenir un pool riche et diversifié d'ADN microbien.Pour tester cette hypothèse, nous avons séquencé l'ADNccf de l'hémolymphe à partir d'échantillons d'Aulacomya atra prélevés dans les îles Kerguelen, produisant plus de 10 millions de lectures, dont 97,6 % ont passé le contrôle de qualité.Les lectures ont ensuite été classées en fonction des sources autonomes et non autonomes à l'aide des bases de données BLASTN et NCBI sur les bivalves (Fig. S1, Informations supplémentaires).
Chez l'homme, l'ADN nucléaire et mitochondrial peut être libéré dans la circulation sanguine [38].Cependant, dans la présente étude, il n'a pas été possible de décrire en détail l'ADN génomique nucléaire des moules, étant donné que le génome d'A. atra n'a pas été séquencé ni décrit.Cependant, nous avons pu identifier un certain nombre de fragments d'ADNccf de notre propre origine à l'aide de la bibliothèque de bivalves (Fig. S2, Informations supplémentaires).Nous avons également confirmé la présence de fragments d'ADN de notre propre origine par amplification PCR dirigée de ces gènes A. atra qui ont été séquencés (Fig. 3).De même, étant donné que le génome mitochondrial d'A. atra est disponible dans des bases de données publiques, on peut trouver des preuves de la présence de fragments d'ADNccf mitochondrial dans l'hémolymphe d'A. atra.La présence de fragments d'ADN mitochondrial a été confirmée par amplification PCR (Fig. 3).
Divers gènes mitochondriaux étaient présents dans l'hémolymphe de A. atra (points rouges - numéro de stock : SRX5705969) et M. platensis (points bleus - numéro de stock : SRX5705968) amplifiés par PCR.Figure adaptée de Breton et al., 2011 B Amplification du surnageant d'hémolymphe d'A. atra Stocké sur papier FTA.Utilisez un poinçon de 3 mm pour ajouter directement au tube PCR contenant le mélange PCR.
Compte tenu du contenu microbien abondant dans l'eau de mer, nous nous sommes d'abord concentrés sur la caractérisation des séquences d'ADN microbien dans l'hémolymphe.Pour ce faire, nous utilisons deux stratégies différentes.La première stratégie a utilisé Kraken2, un programme de classification de séquences basé sur un algorithme qui peut identifier des séquences microbiennes avec une précision comparable à BLAST et à d'autres outils [28].Plus de 6719 lectures ont été déterminées comme étant d'origine bactérienne, tandis que 124 et 64 provenaient respectivement d'archées et de virus (Fig. 4).Les fragments d'ADN bactérien les plus abondants étaient les Firmicutes (46%), les Proteobacteria (27%) et les Bacteroidetes (17%) (Fig. 4a).Cette distribution est cohérente avec les études antérieures sur le microbiome de la moule bleue marine [39, 40].Les gammaprotéobactéries constituaient la principale classe de protéobactéries (44%), y compris de nombreuses Vibrionales (Fig. 4b).La méthode ddPCR a confirmé la présence de fragments d'ADN Vibrio dans l'ADNccf de l'hémolymphe d'A. atra (Fig. 4c) [41].Pour obtenir plus d'informations sur l'origine bactérienne du ccfDNA, une approche supplémentaire a été adoptée (Fig. S2, Informations supplémentaires). Dans ce cas, les lectures qui se chevauchaient ont été assemblées en lectures appariées et ont été classées comme d'origine auto (bivalves) ou non auto en utilisant BLASTN et une valeur e de 1e-3 et un seuil avec> 90% d'homologie. Dans ce cas, les lectures qui se chevauchaient ont été assemblées en lectures appariées et ont été classées comme d'origine auto (bivalves) ou non auto en utilisant BLASTN et une valeur e de 1e-3 et un seuil avec> 90% d'homologie. В этом случае перекрывающиеся чтения были собраны как чтения с парными концами и б ыли классифицированы как собственные (двустворчатые моллюски) или чужие по происхожден ию с использованием BLASTN и значения e 1e-3 и отсечения с гомологией> 90%. Dans ce cas, les lectures qui se chevauchent ont été collectées sous forme de lectures appariées et ont été classées comme natives (bivalves) ou non originales à l'aide de BLASTN et d'une valeur e de 1e-3 et d'un seuil avec> 90% d'homologie.在这种情况下，重叠的读数组装为配对末端读数，并使用BLASTN 和1e-3 的e 值和>90% 同源性的截止值分类为自身（双壳类）或非自身来源。在 这 种 情况 下 ， 重叠 读数 组装 为 配 末端 读数 ， 使用 使用 使用 blastn 和 1e-3 的 的 值和> 90 % В этом случае перекрывающиеся чтения были собраны как чтения с парными концами и к лассифицированы как собственные (двустворчатые моллюски) или несобственные по происхожде нию с использованием значений e BLASTN и 1e-3 et порога гомологии> 90%. Dans ce cas, les lectures qui se chevauchent ont été collectées en tant que lectures appariées et classées comme propres (bivalves) ou non originales en utilisant les valeurs e BLASTN et 1e-3 et un seuil d'homologie> 90%.Comme le génome d'A. atra n'a pas encore été séquencé, nous avons utilisé la stratégie d'assemblage de novo de l'assembleur MEGAHIT Next Generation Sequencing (NGS).Au total, 147 188 contigs ont été identifiés comme dépendants (bivalves) d'origine.Ces contigs ont ensuite été explosés avec des valeurs e de 1e-10 en utilisant BLASTN et BLASTX.Cette stratégie nous a permis d'identifier 482 fragments non bivalves présents dans l'ADNccf d'A. atra.Plus de la moitié (57%) de ces fragments d'ADN ont été obtenus à partir de bactéries, principalement de symbiotes branchiaux, y compris des symbiotes sulfotrophes, et de symbiotes branchiaux Solemya velum (Fig. 5).
Abondance relative au niveau du type.B Diversité microbienne de deux phylums principaux (Firmicutes et Proteobacteria).Amplification représentative de ddPCR C Vibrio spp.A. Fragments du gène ARNr 16S (bleu) dans trois hémolymphes atra.
Un total de 482 contigs collectés ont été analysés.Profil général de la distribution taxonomique des annotations métagénomiques des contigs (procaryotes et eucaryotes).B Distribution détaillée des fragments d'ADN bactérien identifiés par BLASTN et BLASTX.
L'analyse de Kraken2 a également montré que l'ADNccf de moule contenait des fragments d'ADN d'archéa, y compris des fragments d'ADN d'Euryarchaeota (65%), de Crenarchaeota (24%) et de Thaurmarcheota (11%) (Fig. 6a).La présence de fragments d'ADN dérivés d'Euryarchaeota et de Crenarchaeota, précédemment trouvés dans la communauté microbienne des moules californiennes, ne devrait pas surprendre [42].Bien qu'Euryarchaeota soit souvent associé à des conditions extrêmes, il est maintenant reconnu qu'Euryarchaeota et Crenarcheota sont parmi les procaryotes les plus courants dans l'environnement cryogénique marin [43, 44].La présence de micro-organismes méthanogènes dans les moules n'est pas surprenante, compte tenu des rapports récents faisant état de fuites importantes de méthane provenant de fuites de fond sur le plateau de Kerguelen [45] et d'une éventuelle production microbienne de méthane observée au large des îles Kerguelen [46].
Notre attention s'est ensuite portée sur les lectures de virus à ADN.A notre connaissance, il s'agit de la première étude hors cible du contenu viral des moules.Comme prévu, nous avons trouvé des fragments d'ADN de bactériophages (Caudovirales) (Fig. 6b).Cependant, l'ADN viral le plus courant provient d'un phylum de nucléocytovirus, également connu sous le nom de virus à grand ADN cytoplasmique nucléaire (NCLDV), qui possède le plus grand génome de tous les virus.Au sein de ce phylum, la plupart des séquences d'ADN appartiennent aux familles Mimimidoviridae (58%) et Poxviridae (21%), dont les hôtes naturels comprennent des vertébrés et des arthropodes, tandis qu'une petite proportion de ces séquences d'ADN appartient à des algues virologiques connues.Infecte les algues marines eucaryotes.Les séquences ont également été obtenues à partir du virus Pandora, le virus géant avec la plus grande taille de génome de tous les genres viraux connus.Fait intéressant, la gamme d'hôtes connus pour être infectés par le virus, telle que déterminée par le séquençage de l'hémolymphe ccfDNA, était relativement large (Figure S3, Informations supplémentaires).Il comprend les virus qui infectent les insectes tels que les Baculoviridae et les Iridoviridae, ainsi que les virus qui infectent les amibes, les algues et les vertébrés.Nous avons également trouvé des séquences correspondant au génome du Pithovirus sibericum.Les pitovirus (également connus sous le nom de « virus zombies ») ont été isolés pour la première fois à partir de pergélisol vieux de 30 000 ans en Sibérie [47].Ainsi, nos résultats sont cohérents avec les rapports précédents montrant que toutes les espèces modernes de ces virus ne sont pas éteintes [48] et que ces virus peuvent être présents dans des écosystèmes marins subarctiques éloignés.
Enfin, nous avons testé pour voir si nous pouvions trouver des fragments d'ADN d'autres animaux multicellulaires.Un total de 482 contigs étrangers ont été identifiés par BLASTN et BLASTX avec les bibliothèques nt, nr et RefSeq (génomique et protéique).Nos résultats montrent que parmi les fragments étrangers de ccfDNA d'animaux multicellulaires, l'ADN des os osseux prédomine (Fig. 5).Des fragments d'ADN d'insectes et d'autres espèces ont également été trouvés.Une partie relativement importante des fragments d'ADN n'a pas été identifiée, peut-être en raison de la sous-représentation d'un grand nombre d'espèces marines dans les bases de données génomiques par rapport aux espèces terrestres [49].
Dans le présent article, nous appliquons le concept LB aux moules, en faisant valoir que le séquençage de l'hémolymphe ccfDNA peut donner un aperçu de la composition des écosystèmes côtiers marins.En particulier, nous avons constaté que 1) l'hémolymphe de moule contient des concentrations relativement élevées (niveaux de microgrammes) de fragments d'ADN circulant relativement grands (~ 1-5 kb);2) ces fragments d'ADN sont à la fois indépendants et non indépendants 3) Parmi les sources étrangères de ces fragments d'ADN, nous avons trouvé de l'ADN bactérien, archéen et viral, ainsi que de l'ADN d'autres animaux multicellulaires ;4) L'accumulation de ces fragments d'ADNccf étrangers dans l'hémolymphe se produit rapidement et contribue à l'activité de filtrage interne des moules.En conclusion, notre étude démontre que le concept de LB, qui a jusqu'à présent été appliqué principalement dans le domaine de la biomédecine, encode une source de connaissances riche mais inexplorée qui peut être utilisée pour mieux comprendre l'interaction entre les espèces sentinelles et leur environnement.
En plus des primates, l'isolement de ccfDNA a été rapporté chez des mammifères, notamment des souris, des chiens, des chats et des chevaux [50, 51, 52].Cependant, à notre connaissance, notre étude est la première à rapporter la détection et le séquençage du ccfDNA chez les espèces marines avec un système de circulation ouvert.Cette caractéristique anatomique et la capacité de filtrage des moules peuvent, au moins en partie, expliquer les différentes caractéristiques de taille des fragments d'ADN en circulation par rapport aux autres espèces.Chez l'homme, la plupart des fragments d'ADN circulant dans le sang sont de petits fragments dont la taille varie de 150 à 200 pb.avec un pic maximum de 167 pb [34, 53].Une partie petite mais significative des fragments d'ADN a une taille comprise entre 300 et 500 pb et environ 5% ont une longueur supérieure à 900 pb.[54].La raison de cette distribution de taille est que la principale source d'ADNccf dans le plasma résulte de la mort cellulaire, soit en raison de la mort cellulaire, soit en raison de la nécrose des cellules hématopoïétiques circulantes chez les individus en bonne santé, soit en raison de l'apoptose des cellules tumorales chez les patients cancéreux (appelé ADN tumoral circulant)., ADNct).La distribution de taille de l'ADNccf de l'hémolymphe que nous avons trouvé chez les moules variait de 1000 à 5000 pb, ce qui suggère que l'ADNccf des moules a une origine différente.Il s'agit d'une hypothèse logique puisque les moules ont un système vasculaire semi-ouvert et vivent dans des milieux aquatiques marins contenant de fortes concentrations d'ADN génomique microbien.En effet, nos expériences en laboratoire utilisant de l'ADN exogène ont montré que les moules accumulent des fragments d'ADN dans l'eau de mer, au moins après quelques heures ils sont dégradés après captation cellulaire et/ou libérés et/ou stockés dans divers organismes.Compte tenu de la rareté des cellules (à la fois procaryotes et eucaryotes), l'utilisation de compartiments intravalvulaires réduira la quantité de ccfDNA provenant d'auto-sources ainsi que de sources étrangères.Compte tenu de l'importance de l'immunité innée des bivalves et du grand nombre de phagocytes circulants, nous avons en outre émis l'hypothèse que même l'ADNccf étranger est enrichi en phagocytes circulants qui accumulent de l'ADN étranger lors de l'ingestion de micro-organismes et/ou de débris cellulaires.Pris ensemble, nos résultats montrent que l'ADNccf de l'hémolymphe bivalve est un référentiel unique d'informations moléculaires et renforce leur statut d'espèce sentinelle.
Nos données indiquent que le séquençage et l'analyse de fragments d'ADNccf d'hémolymphe d'origine bactérienne peuvent fournir des informations clés sur la flore bactérienne hôte et les bactéries présentes dans l'écosystème marin environnant.Les techniques de séquençage de tir ont révélé des séquences de la bactérie commensale A. atra gill qui auraient été manquées si des méthodes conventionnelles d'identification d'ARNr 16S avaient été utilisées, en partie à cause d'un biais de bibliothèque de référence.En fait, notre utilisation des données LB recueillies sur M. platensis dans la même couche de moules à Kerguelen a montré que la composition des symbiotes bactériens associés aux branchies était la même pour les deux espèces de moules (Fig. S4, Informations supplémentaires).Cette similitude de deux moules génétiquement différentes peut refléter la composition des communautés bactériennes dans les dépôts froids, sulfureux et volcaniques des Kerguelen [55, 56, 57, 58].Des niveaux plus élevés de micro-organismes réducteurs de soufre ont été bien décrits lors de la récolte de moules dans des zones côtières bioturbées [59], comme la côte de Port-au-France.Une autre possibilité est que la flore commensale des moules soit affectée par la transmission horizontale [60, 61].Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour déterminer la corrélation entre l'environnement marin, la surface du fond marin et la composition des bactéries symbiotiques dans les moules.Ces études sont actuellement en cours.
La longueur et la concentration de l'ADNccf de l'hémolymphe, sa facilité de purification et sa haute qualité pour permettre un séquençage rapide sont quelques-uns des nombreux avantages de l'utilisation de l'ADNccf de moules pour évaluer la biodiversité dans les écosystèmes côtiers marins.Cette approche est particulièrement efficace pour caractériser les communautés virales (viromes) dans un écosystème donné [62, 63].Contrairement aux bactéries, aux archées et aux eucaryotes, les génomes viraux ne contiennent pas de gènes phylogénétiquement conservés tels que les séquences 16S.Nos résultats indiquent que les biopsies liquides d'espèces indicatrices telles que les moules peuvent être utilisées pour identifier un nombre relativement important de fragments de virus ccfDNA connus pour infecter les hôtes qui habitent généralement les écosystèmes marins côtiers.Cela inclut les virus connus pour infecter les protozoaires, les arthropodes, les insectes, les plantes et les virus bactériens (par exemple, les bactériophages).Une distribution similaire a été trouvée lorsque nous avons examiné le virome de l'hémolymphe ccfDNA des moules bleues (M. platensis) collectées dans la même couche de moules à Kerguelen (tableau S2, informations supplémentaires).Le séquençage shotgun du ccfDNA est en effet une nouvelle approche qui prend de l'ampleur dans l'étude du virome de l'homme ou d'autres espèces [21, 37, 64].Cette approche est particulièrement utile pour étudier les virus à ADN double brin, car aucun gène unique n'est conservé parmi tous les virus à ADN double brin, ce qui représente la classe de virus la plus diversifiée et la plus large à Baltimore [65].Bien que la plupart de ces virus restent non classés et puissent inclure des virus provenant d'une partie totalement inconnue du monde viral [66], nous avons constaté que les viromes et les gammes d'hôtes des moules A. atra et M. platensis se situent entre les deux espèces.de même (voir figure S3, informations complémentaires).Cette similitude n'est pas surprenante, car elle peut refléter un manque de sélectivité dans l'absorption de l'ADN présent dans l'environnement.De futures études utilisant de l'ARN purifié sont actuellement nécessaires pour caractériser le virome à ARN.
Dans notre étude, nous avons utilisé un pipeline très rigoureux adapté des travaux de Kowarski et ses collègues [37], qui ont utilisé une suppression en deux étapes des lectures groupées et des contigs avant et après l'assemblage du ccfDNA natif, ce qui a entraîné une forte proportion de lectures non cartographiées.Par conséquent, nous ne pouvons pas exclure que certaines de ces lectures non cartographiées puissent encore avoir leur propre origine, principalement parce que nous n'avons pas de génome de référence pour cette espèce de moule.Nous avons également utilisé ce pipeline parce que nous étions préoccupés par les chimères entre les lectures auto et non auto et les longueurs de lecture générées par l'Illumina MiSeq PE75.Une autre raison de la majorité des lectures non cartographiées est que la plupart des microbes marins, en particulier dans les régions reculées telles que Kerguelen, n'ont pas été annotés.Nous avons utilisé Illumina MiSeq PE75, en supposant des longueurs de fragments d'ADNccf similaires à celles de l'ADNccf humain.Pour les études futures, compte tenu de nos résultats montrant que le ccfDNA de l'hémolymphe a des lectures plus longues que les humains et/ou les mammifères, nous recommandons d'utiliser une plate-forme de séquençage plus adaptée aux fragments de ccfDNA plus longs.Cette pratique permettra d'identifier beaucoup plus facilement davantage d'indications pour une analyse plus approfondie.L'obtention de la séquence complète du génome nucléaire d'A. atra actuellement indisponible faciliterait également grandement la discrimination de l'ADNccf à partir de sources propres et non propres.Étant donné que nos recherches se sont concentrées sur la possibilité d'appliquer le concept de biopsie liquide aux moules, nous espérons qu'au fur et à mesure que ce concept sera utilisé dans les recherches futures, de nouveaux outils et pipelines seront développés pour augmenter le potentiel de cette méthode pour étudier la diversité microbienne des moules.écosystème marin.
En tant que biomarqueur clinique non invasif, des taux plasmatiques humains élevés d'ADNccf sont associés à diverses maladies, lésions tissulaires et états de stress [67,68,69].Cette augmentation est associée à la libération de fragments d'ADN de sa propre origine après une lésion tissulaire.Nous avons abordé ce problème en utilisant un stress thermique aigu, dans lequel les moules ont été brièvement exposées à une température de 30 °C.Nous avons effectué cette analyse sur trois différents types de moules dans trois expériences indépendantes.Cependant, nous n'avons trouvé aucun changement dans les niveaux de ccfDNA après un stress thermique aigu (voir Figure S5, informations supplémentaires).Cette découverte peut expliquer, au moins en partie, le fait que les moules ont un système circulatoire semi-ouvert et accumulent de grandes quantités d'ADN étranger en raison de leur forte activité de filtrage.D'autre part, les moules, comme de nombreux invertébrés, peuvent être plus résistantes aux lésions tissulaires induites par le stress, limitant ainsi la libération de ccfDNA dans leur hémolymphe [70, 71].
À ce jour, l'analyse ADN de la biodiversité dans les écosystèmes aquatiques s'est principalement concentrée sur le métabarcoding de l'ADN environnemental (eDNA).Cependant, cette méthode est généralement limitée dans l'analyse de la biodiversité lorsque des amorces sont utilisées.L'utilisation du séquençage shotgun contourne les limites de la PCR et la sélection biaisée des ensembles d'amorces.Ainsi, dans un sens, notre méthode est plus proche de la méthode de séquençage à haut débit eDNA Shotgun récemment utilisée, qui est capable de séquencer directement l'ADN fragmenté et d'analyser presque tous les organismes [72, 73].Cependant, il existe un certain nombre de problèmes fondamentaux qui distinguent LB des méthodes eDNA standard.Bien sûr, la principale différence entre eDNA et LB est l'utilisation d'hôtes filtres naturels.L'utilisation d'espèces marines telles que les éponges et les bivalves (Dresseina spp.) Comme filtre naturel pour l'étude de l'eDNA a été rapportée [74, 75].Cependant, l'étude de Dreissena a utilisé des biopsies de tissus à partir desquelles l'ADN a été extrait.L'analyse de ccfDNA de LB ne nécessite pas de biopsie tissulaire, d'équipement et de logistique spécialisés et parfois coûteux associés à l'eDNA ou à la biopsie tissulaire.En fait, nous avons récemment signalé que le ccfDNA de LB peut être stocké et analysé avec le soutien de FTA sans maintenir une chaîne du froid, ce qui est un défi majeur pour la recherche dans les régions éloignées [76].L'extraction de ccfDNA à partir de biopsies liquides est également simple et fournit un ADN de haute qualité pour le séquençage de fusil de chasse et l'analyse PCR.C'est un grand avantage compte tenu de certaines des limitations techniques associées à l'analyse de l'eDNA [77].La simplicité et le faible coût de la méthode d'échantillonnage sont également particulièrement adaptés aux programmes de surveillance à long terme.En plus de leur grande capacité de filtrage, une autre caractéristique bien connue des bivalves est la composition chimique en mucopolysaccharides de leur mucus, qui favorise l'absorption des virus [78, 79].Cela fait des bivalves un filtre naturel idéal pour caractériser la biodiversité et l'impact du changement climatique dans un écosystème aquatique donné.Bien que la présence de fragments d'ADN dérivés de l'hôte puisse être considérée comme une limitation de la méthode par rapport à l'ADNe, le coût associé à un tel ccfDNA natif par rapport à l'ADNe est simultanément compréhensible pour la grande quantité d'informations disponibles pour les études sur la santé.hôte décalé.Cela inclut la présence de séquences virales intégrées dans le génome de l'hôte hôte.Ceci est particulièrement important pour les moules, compte tenu de la présence de rétrovirus leucémiques transmis horizontalement chez les bivalves [80, 81].Un autre avantage du LB par rapport à l'eDNA est qu'il exploite l'activité phagocytaire des cellules sanguines circulantes dans l'hémolymphe, qui engloutit les micro-organismes (et leurs génomes).La phagocytose est la fonction principale des cellules sanguines chez les bivalves [82].Enfin, la méthode tire parti de la grande capacité de filtration des moules (moyenne 1,5 l/h d'eau de mer) et de la circulation sur deux jours, qui augmentent le mélange des différentes couches d'eau de mer, permettant la capture d'ADNe hétérologue.[83, 84].Ainsi, l'analyse du ccfDNA des moules est une piste intéressante compte tenu des impacts nutritionnels, économiques et environnementaux des moules.Semblable à l'analyse des LB prélevés sur l'homme, cette méthode ouvre également la possibilité de mesurer les changements génétiques et épigénétiques de l'ADN de l'hôte en réponse à des substances exogènes.Par exemple, des technologies de séquençage de troisième génération peuvent être envisagées pour effectuer une analyse de méthylation à l'échelle du génome dans l'ADNccf natif à l'aide du séquençage des nanopores.Ce processus devrait être facilité par le fait que la longueur des fragments d'ADNccf de moule est idéalement compatible avec les plates-formes de séquençage à lecture longue qui permettent une analyse de la méthylation de l'ADN à l'échelle du génome à partir d'une seule séquence de séquençage sans nécessiter de transformations chimiques.85,86] C'est une possibilité intéressante, car il a été démontré que les schémas de méthylation de l'ADN reflètent une réponse au stress environnemental et persistent sur de nombreuses générations.Par conséquent, il peut fournir des informations précieuses sur les mécanismes sous-jacents régissant la réponse après une exposition au changement climatique ou aux polluants [87].Cependant, l'utilisation de LB n'est pas sans limites.Inutile de dire que cela nécessite la présence d'espèces indicatrices dans l'écosystème.Comme mentionné ci-dessus, l'utilisation de LB pour évaluer la biodiversité d'un écosystème donné nécessite également un pipeline bioinformatique rigoureux qui prend en compte la présence de fragments d'ADN de la source.Un autre problème majeur est la disponibilité de génomes de référence pour les espèces marines.On espère que des initiatives telles que le Marine Mammal Genomes Project et le projet Fish10k récemment créé [88] faciliteront une telle analyse à l'avenir.L'application du concept LB aux organismes marins filtreurs est également compatible avec les dernières avancées de la technologie de séquençage, ce qui le rend bien adapté au développement de biomarqueurs multi-ohms pour fournir des informations importantes sur la santé des habitats marins en réponse au stress environnemental.
Les données de séquençage du génome ont été déposées dans le NCBI Sequence Read Archive https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRR8924808 sous Bioprojects SRR8924808.
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