Mèsi paske w vizite Nature.com.Vèsyon navigatè w ap itilize a gen sipò CSS limite.Pou pi bon eksperyans, nou rekòmande pou w sèvi ak yon navigatè ki ajou (oswa enfim mòd konpatibilite nan Internet Explorer).Antretan, pou asire sipò kontinye, nou pral rann sit la san estil ak JavaScript.
Byopsi likid (LB) se yon konsèp ki rapidman pran popilarite nan domèn byomedikal.Konsèp la se sitou ki baze sou deteksyon an nan fragman sikile ADN ekstraselilè (ccfDNA), ki sitou lage kòm ti fragman apre lanmò selil nan divès tisi.Yon ti pwopòsyon nan fragman sa yo soti nan tisi etranje (etranje) oswa òganis.Nan travay aktyèl la, nou te aplike konsèp sa a nan moul, yon espès santinèl li te ye pou gwo kapasite filtraj dlo lanmè yo.Nou itilize kapasite moul yo pou yo aji kòm filtè natirèl pou kaptire fragman ADN anviwònman an ki soti nan yon varyete sous pou bay enfòmasyon sou divèsite biyolojik nan ekosistèm maren kotyè yo.Rezilta nou yo montre ke emolinf moul gen fragman ADN ki varye anpil nan gwosè, soti nan 1 a 5 kb.Sekans fizi te montre ke yon gwo kantite fragman ADN gen orijin mikwòb etranje.Pami yo, nou te jwenn fragman ADN ki soti nan bakteri, archaea, ak viris, ki gen ladan viris yo konnen ki enfekte yon varyete lame yo souvan jwenn nan ekosistèm maren kotyè yo.An konklizyon, etid nou an demontre ke konsèp LB aplike nan moul reprezante yon sous konesans rich men poko poko eksplore sou divèsite mikwòb nan ekosistèm maren kotyè yo.
Enpak chanjman nan klima (CC) sou divèsite biyolojik nan ekosistèm maren se yon domèn rechèch k ap grandi rapidman.Rechofman planèt la pa sèlman lakòz estrès fizyolojik enpòtan, men tou, pouse limit evolisyonè estabilite tèmik òganis maren yo, ki afekte abita yon kantite espès, sa ki pouse yo chèche kondisyon ki pi favorab [1, 2].Anplis de sa nan afekte divèsite biyolojik la nan metazoan, CC deranje balans lan delika nan entèraksyon lame-mikwòb.Disbakterioz mikwòb sa a reprezante yon menas grav pou ekosistèm maren yo paske li fè òganis maren yo pi fasil pou patojèn ki bay enfeksyon [3, 4].Yo kwè ke SS jwe yon wòl enpòtan nan lanmò mas, ki se yon pwoblèm grav pou jesyon ekosistèm maren mondyal [5, 6].Sa a se yon pwoblèm enpòtan akòz enpak ekonomik, ekolojik ak nitrisyonèl anpil espès maren.Sa a se laverite espesyalman pou bivalv k ap viv nan rejyon polè yo, kote efè CK yo pi imedya ak grav [6, 7].An reyalite, bivalv tankou Mytilus spp.yo lajman itilize pou kontwole efè CC sou ekosistèm maren yo.Se pa etonan, yo te devlope yon kantite relativman gwo biomarqueur pou kontwole sante yo, souvan lè l sèvi avèk yon apwòch de-niveau ki enplike biomaketè fonksyonèl ki baze sou aktivite anzimatik oswa fonksyon selilè tankou viabilite selil ak aktivite fagositik [8].Metòd sa yo gen ladan tou mezi konsantrasyon nan endikatè presyon espesifik ki akimile nan tisi mou apre absòpsyon nan gwo kantite dlo lanmè.Sepandan, gwo kapasite filtraj ak sistèm sikilasyon semi-ouvè nan bivalv bay yon opòtinite pou devlope nouvo biomarkers emolinf lè l sèvi avèk konsèp nan byopsi likid (LB), yon apwòch senp ak minim pwogrese nan jesyon pasyan yo.echantiyon san [9, 10].Malgre ke plizyè kalite molekil sikile yo ka jwenn nan LB imen, konsèp sa a se prensipalman ki baze sou analiz sekans ADN nan sikile fragman ADN ekstraselilè (ccfDNA) nan plasma.An reyalite, prezans ADN sikile nan plasma imen yo te konnen depi mitan 20yèm syèk la [11], men se sèlman nan dènye ane yo avenman metòd sekans segondè-debi te mennen nan dyagnostik klinik ki baze sou ccfDNA.Prezans fragman ADN sikile sa yo se akòz lage pasif ADN jenomik (nikleyè ak mitokondriyo) apre lanmò selil. Nan moun ki an sante, konsantrasyon ccfDNA nòmalman ba (<10 ng/mL) men li ka ogmante pa 5-10 fwa nan pasyan ki soufri divès patoloji oswa ki sibi estrès, sa ki lakòz domaj tisi yo. Nan moun ki an sante, konsantrasyon ccfDNA nòmalman ba (<10 ng/mL) men li ka ogmante pa 5-10 fwa nan pasyan ki soufri divès patoloji oswa ki sibi estrès, sa ki lakòz domaj tisi yo. У здоровых людей концентрация вккДНК в норме низкая (<10 нг/мл), но может повышатция вккДНК в норме низкая (<10 нг/мл), но может повышатция вккДНК в норме низкая (<10 нг/мл), но может повышатция вккДНК в норме низкая различной патологией или подвергающихся стрессу, приводящему к повреждению тканей. Nan moun ki an sante, konsantrasyon cccDNA nòmalman ba (<10 ng/mL), men li ka ogmante pa 5-10 fwa nan pasyan ki gen divès patoloji oswa ki anba estrès ki mennen nan domaj tisi yo.在健康个体中，ccfDNA 的浓度通常较低（<10 ng/mL），但在患有各种病理有各种病理或病理或承常较低（加5-10 倍，从而导致组织损伤。在 健康 个体 中 ， ccfdna 的 浓度 较 低 （（<10 ng/ml） 但 在 各 种 病理 或 病理 或 扯 手 或 扏增加 5-10 倍 ， 从而 组织。。。 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤Концентрации ccfDNA обычно низкие (<10 нг/мл) у здоровых людей, но могут быть увелича ны н10 увеличе ны с различными патологиями или стрессом, что приводит к повреждению тканей. Konsantrasyon ccfDNA yo anjeneral ba (<10 ng/ml) nan moun ki an sante, men yo ka ogmante 5-10 fwa nan pasyan ki gen divès patoloji oswa estrès, sa ki lakòz domaj tisi yo.Gwosè fragman ccfDNA varye anpil, men anjeneral varye ant 150 ak 200 bp.[12].Analiz de ccfDNA pwòp tèt ou ki sòti, sa vle di, ccfDNA ki soti nan selil lame nòmal oswa transfòme, ka itilize pou detekte chanjman jenetik ak epigenetik ki prezan nan genòm nikleyè ak / oswa mitokondriyo, kidonk ede klinisyen yo chwazi terapi espesifik molekilè-sible [13].Sepandan, ccfDNA ka jwenn nan sous etranje tankou ccfDNA nan selil fetis yo pandan gwosès oswa nan ògàn transplantasyon [14,15,16,17].ccfDNA se tou yon sous enfòmasyon enpòtan pou detekte prezans asid nikleyik nan yon ajan enfektye (etranje), ki pèmèt deteksyon ki pa pwogrese nan enfeksyon toupatou pa idantifye pa kilti san, evite pwogrese byopsi nan tisi enfekte [18].Dènye etid yo te montre tout bon ke san moun gen yon sous enfòmasyon ki rich ki ka itilize pou idantifye patojèn viral ak bakteri, e ke apeprè 1% nan ccfDNA yo te jwenn nan plasma imen se orijin etranje [19].Etid sa yo demontre ke divèsite biyolojik nan mikrobyom sikile yon òganis ka evalye ak analiz ccfDNA.Sepandan, jiska dènyèman, konsèp sa a te itilize sèlman nan imen ak, nan yon limit pi piti, nan lòt vertebre [20, 21].
Nan papye sa a, nou itilize potansyèl LB pou analize ccfDNA Aulacomya atra, yon espès sid yo jwenn souvan nan zile Kerguelen subantatik, yon gwoup zile ki anlè yon gwo plato ki te fòme 35 milyon ane de sa.eripsyon vòlkanik.Sèvi ak yon sistèm eksperimantal in vitro, nou te jwenn ke fragman ADN nan dlo lanmè yo byen vit pran pa moul epi yo antre nan lòj emolinf la.Sekans fizi te montre ke moul emolinf ccfDNA gen fragman ADN ki gen orijin pwòp li yo ak ki pa pwòp tèt li, ki gen ladan bakteri senbyotik ak fragman ADN ki soti nan byom tipik nan ekosistèm lanmè vòlkanik frèt.Emolymph ccfDNA gen tou sekans viral ki sòti nan viris ki gen diferan seri lame.Nou jwenn tou fragman ADN nan bèt miltiselilè tankou pwason zo, anemòn lanmè, alg ak ensèk.An konklizyon, etid nou an demontre ke konsèp LB ka aplike avèk siksè nan envètebre maren pou jenere yon repètwa jenomik rich nan ekosistèm maren yo.
Granmoun (55-70 mm longè) Mytilus platensis (M. platensis) ak Aulacomya atra (A. atra) yo te ranmase sou rivaj wòch entèrtid Port-au-France (049°21.235 S, 070°13.490 E .).Zile Kerguelen an Desanm 2018. Yo te jwenn lòt moul ble adilt (Mytilus spp.) nan men yon founisè komèsyal (PEI Mussel King Inc., Prince Edward Island, Kanada) epi yo te mete yo nan yon tank aere ak tanperati kontwole (4°C) ki gen 10–20 L nan 32‰ Eau atifisyèl.(atifisyèl lanmè sèl Reef Crystal, Instant Ocean, Virginia, USA).Pou chak eksperyans, yo te mezire longè ak pwa kokiy endividyèl yo.
Yon pwotokòl aksè gratis pou pwogram sa a disponib sou Entènèt (https://doi.org/10.17504/protocols.io.81wgb6z9olpk/v1).Yon ti tan, LB emolinf te kolekte nan misk ki abductor jan sa dekri [22].Emolinfa a te klarifye pa santrifujasyon nan 1200 × g pou 3 minit, supernatant a te jele (-20 ° C) jiskaske yo itilize.Pou izolasyon ak pirifikasyon cfDNA, echantiyon (1.5-2.0 ml) yo te dekonjle ak trete lè l sèvi avèk twous cfDNA NucleoSnap (Macherey-Nagel, Bethlehen, PA) dapre enstriksyon manifakti a.ccfDNA te estoke nan -80 ° C jiskaske plis analiz.Nan kèk eksperyans, ccfDNA te izole ak pirifye lè l sèvi avèk QIAamp DNA Investigator Kit (QIAGEN, Toronto, Ontario, Kanada).ADN pirifye te quantifye lè l sèvi avèk yon tès PicoGreen estanda.Distribisyon fragman izole ccfDNA te analize pa elektwoforèz kapilè lè l sèvi avèk yon bioanalyzer Agilent 2100 (Agilent Technologies Inc., Santa Clara, CA) lè l sèvi avèk yon Twous ADN ki gen gwo sansiblite.Yo te fè tès la lè l sèvi avèk 1 µl echantiyon ccfDNA selon enstriksyon manifakti a.
Pou sekans fragman emolinf ccfDNA, Génome Québec (Montreal, Quebec, Kanada) te prepare bibliyotèk fizi chas lè l sèvi avèk twous Illumina DNA Mix nan twous Illumina MiSeq PE75 la.Yo te itilize yon adaptè estanda (BioO).Fichye done kri yo disponib nan NCBI Sequence Read Archive (SRR8924808 ak SRR8924809).Kalite lekti debaz yo te evalye lè l sèvi avèk FastQC [23].Trimmomatic [24] yo te itilize pou adaptè koupe ak bon jan kalite lekti.Lekti fizi ak pwent pè yo te FLASH fizyone nan pi long lekti sèl ak yon sipèpoze minimòm de 20 bp pou evite dezakò [25]. Lekti fizyone yo te anote ak BLASTN lè l sèvi avèk yon baz done taksonomi bivalv NCBI (valè e <1e-3 ak 90% omoloji), epi maske nan sekans ki ba konpleksite yo te fèt lè l sèvi avèk DUST [26]. Lekti fizyone yo te anote ak BLASTN lè l sèvi avèk yon baz done taksonomi bivalv NCBI (valè e <1e-3 ak 90% omoloji), epi maske nan sekans ki ba konpleksite yo te fèt lè l sèvi avèk DUST [26]. Объединенные чтения были аннотированы с помощью BLASTN с использованием базы даннотированы с помощью BLASTN с использованием базы даннотированы оллюсков NCBI (значение e < 1e-3 и 90% гомологии), а маскирование последовательностей низкой сло низкой слосно сложно пользованием POUSYE [26]. Lekti rezime yo te anote ak BLASTN lè l sèvi avèk baz done taksonomi NCBI bivalv la (valè e <1e-3 ak 90% omoloji), epi yo te fè masking sekans konpleksite ki ba lè l sèvi avèk DUST [26].使用双壳类NCBI 分类数据库（e 值< 1e-3 和90% 同源性）用BLASTN 注释合并的诌合并的诌数诌数诌数＿）低复杂度序列的掩蔽。使用 双 壳类 ncbi 分类 （（（<1e-3 和 90% 同源） 用 用 用 注释 合并 读数 （并 读数 Ａ 2 读数 ）复杂度 序列 的。。。。 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽蔽 掩蔽 掩蔽Объединенные чтения были аннотированы с помощью BLASTN с использованием таксономичесанкой дсованием таксономичесанкой сономичеснкой сованы тых моллюсков NCBI (значение e <1e-3 и 90% гомологии), а маскирование последовательностей низолобы низологии с использованием POUSYE [26]. Lekti rezime yo te anote ak BLASTN lè l sèvi avèk baz done taksonomik NCBI bivalv (e valè <1e-3 ak 90% omoloji), epi yo te fè masking sekans konpleksite ki ba lè l sèvi avèk POUSYE [26].Lekti yo te divize an de gwoup: ki gen rapò ak sekans bivalv (isit la yo rele self-reads) ak ki pa gen rapò (ki pa pwòp tèt li).De gwoup yo te rasanble separeman lè l sèvi avèk MEGAHIT pou jenere kontigs [27].Pandan se tan, distribisyon taksonomik lekti mikrobyom etranje yo te klase lè l sèvi avèk Kraken2 [28] ak grafikman reprezante pa yon tablo tat Krona sou Galaksi [29, 30].Te kmers yo pi bon yo detèmine yo dwe kmers-59 nan eksperyans preliminè nou yo. Lè sa a, kontig pwòp tèt ou yo te idantifye pa aliyman ak BLASTN (bivalv NCBI baz done, valè e <1e-10 ak 60% omoloji) pou yon anotasyon final. Lè sa a, kontig pwòp tèt ou yo te idantifye pa aliyman ak BLASTN (bivalv NCBI baz done, valè e <1e-10 ak 60% omoloji) pou yon anotasyon final. Затем собственные контиги были идентифицированы путем сопоставления с BLASTN BI, значение e <1e-10 и гомология 60%) для окончательной аннотации. Lè sa a, pwòp tèt ou-kontig yo te idantifye pa matche ak BLASTN (NCBI baz done bivalv, e valè <1e-10 ak 60% omoloji) pou anotasyon final la.然后通过与BLASTN（双壳贝类NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% 同源性）对齐来识对齐来识廿褛臍蠫过与BLASTN最终注释。然后通过与BLASTN（双壳贝类NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% Затем были идентифицированы собственные контиги для окончательной аннотации путем сонтиги для окончательной аннотации путем сонтнапосна х NCBI для двустворчатых моллюсков, значение e <1e-10 и гомология 60%). Lè sa a, pwòp tèt ou-kontig yo te idantifye pou nòt final la pa matche ak BLASTN (NCBI bivalv baz done, e valè <1e-10 ak 60% omoloji). Nan paralèl, kontig gwoup nonself yo te anote ak BLASTN (nt NCBI baz done, e valè <1e-10 ak 60% omoloji). Nan paralèl, kontig gwoup nonself yo te anote ak BLASTN (nt NCBI baz done, e valè <1e-10 ak 60% omoloji). Параллельно чужеродные групповые контиги были аннотированы с помощью BLASTN (база даннных 1, база даннных, база даннных, 1 Параллельно чужеродные контиги были аннотированы с помощью BLASTN гомология 60%). Nan paralèl, kontig gwoup etranje yo te anote ak BLASTN (NT NCBI baz done, e valè <1e-10 ak 60% omoloji).平行地，用BLASTN（nt NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% 同源性）注释非自身组釤。羾平行地，用BLASTN（nt NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% 同源性）注释非自身组釤。羾 Параллельно контиги, не относящиеся к собственной группе, были аннотированы с помощщиеся к собственной группе, были аннотированы с помощщиеся к собственной группе, были аннотированы с помощщиеся к собственной группе, ачение e <1e-10 и гомология 60%). Nan paralèl, kontig gwoup ki pa pwòp tèt ou yo te anote ak BLASTN (nt NCBI baz done, e valè <1e-10 ak 60% omoloji). BLASTX te fèt tou sou kontig nonself yo lè l sèvi avèk baz done NCBI pwoteyin nr ak RefSeq (valè e <1e-10 ak 60% omoloji). BLASTX te fèt tou sou kontig nonself yo lè l sèvi avèk baz done NCBI pwoteyin nr ak RefSeq (valè e <1e-10 ak 60% omoloji). BLASTX также был проведен на несамостоятельных контигах с использованием баз данных белех бель на белька 10 ak гомология 60%). BLASTX te fèt tou sou kontig ki pa pwòp tèt yo lè l sèvi avèk baz done pwoteyin nr ak RefSeq NCBI (valè e <1e-10 ak 60% omoloji).还使用nr 和RefSeq 蛋白NCBI 数据库对非自身重叠群进行了BLASTX（e 值< 1e-10 和０性０性 60%。还使用nr 和RefSeq 蛋白NCBI 数据库对非自身重叠群进行了BLASTX（e 值< 1e-10 和０性０性 60%。 BLASTX также выполняли на несамостоятельных контигах с использованием баз данных безнка nr BI 1 (Ref. гомология 60%). BLASTX te fèt tou sou kontig ki pa pwòp tèt yo lè l sèvi avèk baz done pwoteyin nr ak RefSeq NCBI (valè e <1e-10 ak 60% omoloji).BLASTN ak BLASTX pisin ki pa pwòp tèt yo reprezante kontig final yo (gade dosye siplemantè).
Jadendanfan yo itilize pou PCR yo endike nan Tablo S1.Taq DNA polymerase (Bio Basic Canada, Markham, ON) te itilize pou anplifye jèn sib ccfDNA yo.Kondisyon reyaksyon sa yo te itilize: denaturasyon nan 95 ° C pou 3 minit, 95 ° C pou 1 minit, mete tanperati annealing pou 1 minit, elongasyon nan 72 ° C pou 1 minit, 35 sik, epi finalman 72 ° C nan 10 minit..Pwodwi PCR yo te separe pa elektwoforèz nan jèl agarose (1.5%) ki gen SYBRTM Safe DNA Gel Stain (Invitrogen, Burlington, ON, Kanada) nan 95 V.
Moules (Mytilus spp.) Yo te aklimate nan 500 ml dlo lanmè oksijene (32 PSU) pou 24 èdtan nan 4 ° C.Plasmid ADN ki gen yon insert ki kode sekans cDNA galectin-7 imen an (nimewo asansyon NCBI L07769) te ajoute nan flakon an nan yon konsantrasyon final 190 μg / μl.Moul enkubate nan menm kondisyon yo san adisyon ADN yo te kontwòl la.Twazyèm tank kontwòl la te gen ADN san moul.Pou kontwole kalite ADN nan dlo lanmè, yo te pran echantiyon dlo lanmè (20 μl; twa repetisyon) nan chak tank nan moman ki endike a.Pou trasabilite ADN plasmid, moul LB yo te rekòlte nan moman ki endike yo epi yo analize pa qPCR ak ddPCR.Akòz kontni an gwo sèl nan dlo lanmè, aliquot yo te dilye nan dlo kalite PCR (1:10) anvan tout tès PCR.
Digital droplet PCR (ddPCR) te fèt lè l sèvi avèk pwotokòl BioRad QX200 (Mississauga, Ontario, Kanada).Sèvi ak pwofil tanperati a pou detèmine tanperati pi bon an (Tablo S1).Gout yo te pwodwi lè l sèvi avèk yon dèlko gout QX200 (BioRad).ddPCR te pote soti jan sa a: 95 ° C pou 5 min, 50 sik nan 95 ° C pou 30 s ak yon tanperati rkwit bay pou 1 min ak 72 ° C pou 30 s, 4 ° C pou 5 min ak 90 ° C nan 5 minit.Kantite gout ak reyaksyon pozitif (kantite kopi/µl) yo te mezire lè l sèvi avèk yon lektè gout QX200 (BioRad).Yo te rejte echantiyon ki gen mwens pase 10,000 ti gout.Kontwòl modèl pa te fèt chak fwa ddPCR te kouri.
qPCR te fèt lè l sèvi avèk Rotor-Gene® 3000 (Corbett Research, Sydney, Ostrali) ak primè espesifik LGALS7.Tout PCR quantitative yo te fèt nan 20 µl lè l sèvi avèk QuantiFast SYBR Green PCR Kit (QIAGEN).qPCR te kòmanse ak yon enkubasyon 15 min nan 95 ° C ki te swiv pa 40 sik nan 95 ° C pou 10 segonn ak nan 60 ° C pou 60 segonn ak yon sèl koleksyon done.Koub k ap fonn yo te pwodwi lè l sèvi avèk mezi siksesif nan 95 ° C pou 5 s, 65 ° C pou 60 s, ak 97 ° C nan fen qPCR la.Chak qPCR te fèt an triple, eksepte pou echantiyon kontwòl.
Piske moul yo konnen pou to filtraj segondè yo, nou premye envestige si yo ta ka filtre epi kenbe fragman ADN ki prezan nan dlo lanmè.Nou te enterese tou nan si fragman sa yo akimile nan sistèm semi-ouvè lenfatik yo.Nou rezoud pwoblèm sa a eksperimantal lè nou trase sò fragman ADN idrosolubl ki ajoute nan tank moul ble.Pou fasilite swiv fragman ADN, nou te itilize ADN plasmid etranje (pa pwòp tèt ou) ki gen jèn galèktin-7 imen an.ddPCR trase fragman ADN plasmid nan dlo lanmè ak moul.Rezilta nou yo montre ke si kantite fragman ADN nan dlo lanmè rete relativman konstan sou tan (jiska 7 jou) nan absans moul, Lè sa a, nan prezans moul nivo sa a prèske nèt disparèt nan lespas 8 èdtan (Fig. 1a, b).Fragman nan ADN ekzojèn yo te fasil detekte nan 15 min nan likid intravalvular ak emolinf (figi 1c).Fragman sa yo ka toujou detekte jiska 4 èdtan apre ekspoze.Aktivite filtraj sa a ki gen rapò ak fragman ADN konparab ak aktivite filtraj bakteri ak alg [31].Rezilta sa yo sijere ke moul yo ka filtre ak akimile ADN etranje nan konpatiman likid yo.
Konsantrasyon relatif nan ADN plasmid nan dlo lanmè nan prezans (A) oswa absans (B) nan moul, mezire pa ddPCR.Nan A, rezilta yo eksprime kòm pousantaj, ak fwontyè bwat yo ki reprezante 75yèm ak 25yèm percentile yo.Koub logaritmik ekipe a montre an wouj, epi zòn ki gen koulè gri reprezante entèval konfyans 95%.Nan B, liy wouj la reprezante mwayen an epi liy ble a reprezante entèval konfyans 95% pou konsantrasyon an.C Akimilasyon ADN plasmid nan emolinf ak likid valvulè moul nan diferan moman apre yo fin ajoute ADN plasmid.Rezilta yo prezante kòm kopi absoli detekte/mL (±SE).
Apre sa, nou te mennen ankèt sou orijin ccfDNA nan moul yo te ranmase nan kabann moul yo sou Zile Kerguelen yo, yon gwoup zile elwaye ki gen enfliyans limite antwojèn.Pou rezon sa a, yo te izole ak pirifye cccDNA ki soti nan emolinf moul pa metòd yo itilize souvan pou pirifye cccDNA imen [32, 33].Nou te jwenn ke mwayèn emolymph ccfDNA konsantrasyon nan moul yo nan mikwogram ki ba pou chak ml ranje emolinf (gade Tablo S2, Enfòmasyon siplemantè).Ranje konsantrasyon sa a pi gwo pase nan moun ki an sante (nanogram ki ba pou chak mililit), men nan ka ki ra, nan pasyan kansè, nivo ccfDNA ka rive nan plizyè mikrogram pou chak mililit [34, 35].Yon analiz de distribisyon gwosè emolinf ccfDNA te montre ke fragman sa yo varye anpil nan gwosè, sòti nan 1000 bp a 1000 bp.jiska 5000 bp (figi 2).Rezilta menm jan an te jwenn lè l sèvi avèk silica ki baze sou QIAamp Investigator Kit la, yon metòd souvan itilize nan syans legal pou rapidman izole ak pirifye ADN jenomik soti nan echantiyon ADN ki ba konsantrasyon, ki gen ladan ccfDNA [36].
Elektwoforegram ccfDNA reprezantan emolinf moul.Ekstrè ak NucleoSnap Plasma Twous (anwo) ak QIAamp DNA Investigator Kit.B Trase violon ki montre distribisyon konsantrasyon emolinf ccfDNA (±SE) nan moul.Liy nwa ak wouj yo reprezante medyàn ak premye ak twazyèm katil yo, respektivman.
Apeprè 1% nan ccfDNA nan imen ak primat gen yon sous etranje [21, 37].Etandone sistèm sikilasyon semi-ouvè bivalv, dlo lanmè ki rich ak mikwòb, ak distribisyon gwosè ccfDNA moul, nou te sipoze ke moul emolinf ccfDNA ka genyen yon pisin ki rich ak divès nan ADN mikwòb.Pou teste ipotèz sa a, nou sekans emolinf ccfDNA ki soti nan echantiyon Aulacomya atra yo kolekte nan zile Kerguelen, ki bay plis pase 10 milyon lekti, 97.6% nan yo te pase kontwòl kalite.Lè sa a, lekti yo te klase selon sous pwòp tèt ou ak sous ki pa pwòp tèt ou lè l sèvi avèk baz done bivalv BLASTN ak NCBI (Fig. S1, Enfòmasyon siplemantè).
Nan imen, tou de nikleyè ak mitokondriyo ADN ka lage nan san an [38].Sepandan, nan etid prezan an, li pa t posib pou dekri an detay ADN jenomik nikleyè moul yo, paske genomic A. atra pa te sekans oswa dekri.Sepandan, nou te kapab idantifye yon kantite fragman ccfDNA ki gen pwòp orijin nou lè l sèvi avèk bibliyotèk bivalv la (Fig. S2, Enfòmasyon siplemantè).Nou te konfime tou prezans fragman ADN ki gen pwòp orijin pa nou pa dirije anplifikasyon PCR nan jèn A. atra sa yo ki te sekans (figi 3).Menm jan an tou, bay genomic mitokondriyo A. atra ki disponib nan baz done piblik, yon moun ka jwenn prèv pou prezans fragman mitokondriyo ccfDNA nan emolinf A. atra.Te prezans nan fragman ADN mitokondriyo konfime pa anplifikasyon PCR (Fig. 3).
Plizyè jèn mitokondriyo te prezan nan emolinf A. atra (pwen wouj - nimewo stock: SRX5705969) ak M. platensis (pwen ble - nimewo stock: SRX5705968) anplifye pa PCR.Figi adapte nan Breton et al., 2011 B Anplifikasyon nan supernatant emolinfa soti nan A. atra Ki estoke sou papye FTA.Sèvi ak yon kout pwen 3 mm pou ajoute dirèkteman nan tib PCR ki gen melanj PCR la.
Etandone kontni an abondan mikwòb nan dlo lanmè, nou okòmansman konsantre sou karakterizasyon an nan sekans ADN mikwòb nan emolinf.Pou fè sa, nou itilize de estrateji diferan.Premye estrateji a te itilize Kraken2, yon pwogram klasifikasyon sekans ki baze sou algorithm ki ka idantifye sekans mikwòb ak yon presizyon ki konparab ak BLAST ak lòt zouti [28].Plis pase 6719 lekti yo te detèmine ki gen orijin bakteri, pandan y ap 124 ak 64 te soti nan archaea ak viris, respektivman (Fig. 4).Fragman ADN bakteri ki pi abondan yo te Firmicutes (46%), Proteobacteria (27%), ak Bacteroidetes (17%) (Fig. 4a).Distribisyon sa a ki konsistan avèk etid anvan yo nan mikrobiom maren ble moul [39, 40].Gammaproteobacteria yo te klas prensipal la nan Proteobacteria (44%), ki gen ladan anpil Vibrionales (Fig. 4b).Metòd ddPCR la konfime prezans fragman ADN Vibrio nan ccfDNA emolinf A. atra (Fig. 4c) [41].Pou jwenn plis enfòmasyon sou orijin bakteri ccfDNA, yo te pran yon apwòch adisyonèl (Fig. S2, Enfòmasyon siplemantè). Nan ka sa a, lekti ki sipèpoze yo te rasanble kòm lekti nan fen pè epi yo te klase kòm orijin pwòp tèt ou (bivalv) oswa ki pa pwòp tèt ou lè l sèvi avèk BLASTN ak yon valè e nan 1e-3 ak yon koupe ak > 90% omoloji. Nan ka sa a, lekti ki sipèpoze yo te rasanble kòm lekti nan fen pè epi yo te klase kòm orijin pwòp tèt ou (bivalv) oswa ki pa pwòp tèt ou lè l sèvi avèk BLASTN ak yon valè e nan 1e-3 ak yon koupe ak > 90% omoloji. В этом случае перекрывающиеся чтения были собраны как чтения с парными концами и были собраны как чтения с парными концами и были собраны обственные (двустворчатые моллюски) или чужие по происхождению с использованием BLASTN и 1e-нитнач и 1 ждению с гомологией> 90%. Nan ka sa a, lekti ki sipèpoze yo te kolekte kòm lekti pè-fini epi yo te klase kòm natif natal (bivalv) oswa ki pa orijinal lè l sèvi avèk BLASTN ak valè e nan 1e-3 ak koupe ak > 90% omoloji.在这种情况下，重叠的读数组装为配对末端读数，并使用BLASTN 和1e-3 的e 倢值值成戼挭末端读数，并使用BLASTN值分类为自身（双壳类）或非自身来源。在 这 种 情况 下 ， 重叠 读数 组装 为 配 末端 读数 ， 使用 使用 使用 的 用 用 用 的 3和> 90% 同源性 的 分类 自身 （双 壳类） 非 自身。。。。。。。。。 В этом случае перекрывающиеся чтения были собраны как чтения с парными концами и концами и классобраны енные (двустворчатые моллюски) или несобственные по происхождению с использованием несобственные по происхождению с использованием зованием зованием зованием зованием зна1 происхождению мологии> 90%. Nan ka sa a, lekti ki sipèpoze yo te kolekte kòm lekti pè ak klasifye kòm pwòp (bivalv) oswa ki pa orijinal lè l sèvi avèk e BLASTN ak 1e-3 valè ak yon papòt omoloji > 90%.Piske genomic A. atra poko gen sekans, nou te itilize estrateji asanble de novo asanblaj MEGAHIT Next Generation Sequencing (NGS).Yon total de 147,188 kontig yo te idantifye kòm depandan (bivalv) ki gen orijin.Lè sa a, kontig sa yo te eksploze ak e-valè 1e-10 lè l sèvi avèk BLASTN ak BLASTX.Estrateji sa a te pèmèt nou idantifye 482 fragman ki pa bivalv prezan nan A. atra ccfDNA.Plis pase mwatye (57%) fragman ADN sa yo te jwenn nan bakteri, sitou nan senbyòt gill, ki gen ladan senbyon sulfotrophic, ak nan senbyon gill Solemya velum (Fig. 5).
Abondans relatif nan nivo kalite a.B Divèsite mikwòb de phyla prensipal (Firmicutes ak Proteobacteria).Anplifikasyon reprezantan ddPCR C Vibrio spp.A. Fragman jèn 16S rRNA (ble) nan twa emolinf atra.
Yo te analize yon total de 482 kontig kolekte.Pwofil jeneral nan distribisyon taksonomik nan anotasyon kontig metagenomik (prokaryot ak ekaryot).B Distribisyon detaye nan fragman ADN bakteri yo idantifye pa BLASTN ak BLASTX.
Analiz Kraken2 te montre tou ke moul ccfDNA te gen fragman ADN archaeal, ki gen ladan fragman ADN nan Euryarchaeota (65%), Crenarchaeota (24%), ak Thaurmarcheota (11%) (Fig. 6a).Prezans fragman ADN ki sòti nan Euryarchaeota ak Crenarchaeota, ki te deja jwenn nan kominote mikwòb nan moul Kalifòni, pa ta dwe vini kòm yon sipriz [42].Malgre ke Euryarchaeota souvan asosye ak kondisyon ekstrèm, kounye a li rekonèt ke tou de Euryarchaeota ak Crenarcheota se pami pwokaryot ki pi komen nan anviwònman kriyojenik maren [43, 44].Prezans mikwo-òganis metanojenik nan moul pa etone, yo bay rapò ki sot pase yo sou gwo koule metan ki soti nan koule anba sou Plato Kerguelen [45] ak posib pwodiksyon mikwòb metàn yo obsève nan kòt la nan Zile Kerguelen [46].
Lè sa a, atansyon nou an te deplase sou lekti ki soti nan viris ADN.Dapre sa nou konnen, sa a se premye etid ki pa sib sou kontni viris nan moul.Kòm espere, nou te jwenn fragman ADN nan bakteriofaj (Caudovirales) (Fig. 6b).Sepandan, ADN viral ki pi komen an soti nan yon filòm nucleocytoviruses, ke yo rele tou nikleyè cytoplasmic gwo ADN viris (NCLDV), ki gen pi gwo genomic nan nenpòt viris.Nan filòm sa a, pifò sekans ADN fè pati fanmi Mimimidoviridae (58%) ak Poxviridae (21%), ki gen lame natirèl yo enkli vertebre ak atwopod, pandan y ap yon ti pwopòsyon nan sekans ADN sa yo fè pati alg virolojik li te ye.Enfekte alg ekaryotik maren.Yo te jwenn sekans yo tou nan viris Pandora, viris jeyan ki gen pi gwo gwosè genòm nan nenpòt jener viral li te ye.Enteresan, seri lame yo konnen yo te enfekte ak viris la, jan yo detèmine pa sekans emolinf ccfDNA, te relativman gwo (Figi S3, Enfòmasyon siplemantè).Li gen ladann viris ki enfekte ensèk tankou Baculoviridae ak Iridoviridae, osi byen ke viris ki enfekte amoeba, alg ak vertebre.Nou jwenn tou sekans ki koresponn ak genòm Pithovirus sibericum la.Pitoviris (ki rele tou "viris zonbi") yo te premye izole nan permafrost ki gen 30,000 ane nan Siberia [47].Kidonk, rezilta nou yo konsistan avèk rapò anvan yo ki montre ke se pa tout espès modèn viris sa yo ki disparèt [48] e ke viris sa yo ka prezan nan ekosistèm maren subarctic aleka.
Finalman, nou te teste pou wè si nou te kapab jwenn fragman ADN nan lòt bèt miltiselilè.BLASTN ak BLASTX te idantifye yon total de 482 kontig etranje ak bibliyotèk nt, nr ak RefSeq (genomik ak pwoteyin).Rezilta nou yo montre ke pami fragman etranje ccfDNA bèt miltiselilè ADN zo zo domine (figi 5).Yo te jwenn tou fragman ADN ki soti nan ensèk ak lòt espès.Yon pati relativman gwo nan fragman ADN yo pa te idantifye, petèt akòz sous-reprezantasyon nan yon gwo kantite espès maren nan baz done jenomik konpare ak espès terès [49].
Nan papye sa a, nou aplike konsèp LB a nan moul, diskite ke sekans piki emolinf ccfDNA ka bay insight sou konpozisyon ekosistèm maren kotyè yo.An patikilye, nou te jwenn ke 1) emolinf moul gen konsantrasyon relativman wo (nivo mikwogram) nan fragman ADN ki sikile relativman gwo (~1-5 kb);2) fragman ADN sa yo tou de endepandan e ki pa endepandan 3) Pami sous etranje fragman ADN sa yo, nou jwenn ADN bakteri, archaeal ak viral, ansanm ak ADN lòt bèt miltiselilè;4) Akimilasyon fragman etranje ccfDNA sa yo nan emolinf la fèt rapidman epi kontribye nan aktivite filtraj entèn moul yo.An konklizyon, etid nou an demontre ke konsèp LB, ki te aplike jiskaprezan sitou nan domèn byomedsin, kode yon sous konesans rich men enkode ki ka itilize pou pi byen konprann entèraksyon ant espès santinèl ak anviwònman yo.
Anplis de sa nan primat, yo te rapòte izolasyon ccfDNA nan mamifè, tankou sourit, chen, chat, ak chwal [50, 51, 52].Sepandan, dapre konesans nou, etid nou an se premye moun ki rapòte deteksyon ak sekans ccfDNA nan espès maren ki gen yon sistèm sikilasyon ouvè.Karakteristik anatomik sa a ak kapasite filtraj moul yo ka, omwen an pati, eksplike karakteristik diferan gwosè fragman ADN sikile yo konpare ak lòt espès yo.Nan imen, pifò fragman ADN k ap sikile nan san an se ti fragman ki varye ant 150 a 200 bp.ak yon pik maksimòm 167 bp [34, 53].Yon ti men enpòtan pòsyon nan fragman ADN yo ant 300 ak 500 bp nan gwosè, ak apeprè 5% yo pi long pase 900 bp.[54].Rezon ki fè distribisyon gwosè sa a se ke sous prensipal la nan ccfDNA nan plasma rive kòm yon rezilta nan lanmò selil, swa akòz lanmò selil oswa akòz nekwoz nan sikile selil ematopoyetik nan moun ki an sante oswa akòz apoptoz nan selil timè nan pasyan kansè (ki rele ADN sikile timè)., ctDNA).Distribisyon gwosè emolinf ccfDNA ke nou te jwenn nan moul yo te varye ant 1000 ak 5000 bp, sa ki sijere ke ccfDNA moul gen yon orijin diferan.Sa a se yon ipotèz lojik, depi moul yo gen yon sistèm vaskilè semi-ouvè epi yo viv nan anviwònman akwatik maren ki gen gwo konsantrasyon nan ADN jenomik mikwòb.An reyalite, eksperyans laboratwa nou yo ki itilize ADN ekzojèn yo te montre ke moul akimile fragman ADN nan dlo lanmè, omwen apre kèk èdtan yo degrade apre absorption selilè ak / oswa lage ak / oswa estoke nan divès òganizasyon.Bay rar nan selil yo (tou de prokaryotic ak eukaryotic), itilizasyon lòj entravalvular ap diminye kantite ccfDNA ki soti nan sous pwòp tèt ou kòm byen ke nan sous etranje yo.Lè nou konsidere enpòtans iminite natirèl bivalv ak gwo kantite fagosit sikile, nou te sipoze plis ke menm ccfDNA etranje yo rich nan fagosit sikile ki akimile ADN etranje sou enjèstyon mikwo-òganis ak / oswa debri selilè.Ansanm, rezilta nou yo montre ke bivalv emolinf ccfDNA se yon depo inik nan enfòmasyon molekilè ak ranfòse estati yo kòm yon espès santinèl.
Done nou yo endike ke sekans ak analiz fragman ccfDNA emolinf ki sòti nan bakteri ka bay enfòmasyon kle sou flora bakteri lame a ak bakteri ki prezan nan ekosistèm maren ki antoure a.Teknik sekans piki yo te revele sekans bakteri kòmansal A. atra gill ki ta rate si yo te itilize metòd idantifikasyon konvansyonèl 16S rRNA, akòz patipri bibliyotèk referans yo.An reyalite, itilizasyon nou an nan done LB yo kolekte nan M. platensis nan menm kouch moul nan Kerguelen te montre ke konpozisyon senbyòt bakteri ki asosye ak gill te menm bagay la tou pou tou de espès moul (Fig. S4, Enfòmasyon siplemantè).Resanblans sa a nan de moul jenetikman diferan ka reflete konpozisyon kominote bakteri nan depo frèt, souf, ak vòlkanik nan Kerguelen [55, 56, 57, 58].Nivo ki pi wo nan mikwo-òganis ki diminye souf yo te byen dekri lè yo rekòlte moul ki soti nan zòn kotyè bioturbated [59], tankou kòt la nan Port-au-France.Yon lòt posibilite se ke flora moul kòmansal yo ka afekte pa transmisyon orizontal [60, 61].Gen plis rechèch ki nesesè pou detèmine korelasyon ki genyen ant anviwònman maren, sifas fon lanmè, ak konpozisyon bakteri senbyotik nan moul.Etid sa yo aktyèlman ap kontinye.
Longè ak konsantrasyon emolinf ccfDNA, fasilite pou pirifye li yo, ak bon jan kalite segondè pou pèmèt sekans rapid kout fizi se kèk nan anpil avantaj ki genyen nan itilize ccfDNA moul pou evalye divèsite biyolojik nan ekosistèm lanmè maren yo.Apwòch sa a se espesyalman efikas pou karakterize kominote viral (virom) nan yon ekosistèm bay [62, 63].Kontrèman ak bakteri, archaea, ak ekaryot, genòm viral pa genyen jèn ki konsève filogenetik tankou sekans 16S.Rezilta nou yo endike ke byopsi likid ki soti nan espès endikatè tankou moul yo ka itilize pou idantifye yon kantite relativman gwo fragman viris ccfDNA yo konnen ki enfekte lame ki anjeneral abite nan ekosistèm maren kotyè yo.Sa gen ladann viris yo konnen ki enfekte pwotozoa, atwopod, ensèk, plant, ak viris bakteri (egzanp, bakteriofaj).Yo te jwenn yon distribisyon menm jan an lè nou te egzamine emolinf ccfDNA virom moul ble (M. platensis) ki te kolekte nan menm kouch moul nan Kerguelen (Tablo S2, Enfòmasyon siplemantè).Sekans gè nan ccfDNA se vre yon nouvo apwòch pran momantòm nan etid la nan virome nan imen oswa lòt espès [21, 37, 64].Apwòch sa a patikilyèman itil pou etidye viris ADN doub, paske pa gen okenn jèn ki konsève pami tout viris ADN doub, ki reprezante klas viris ki pi divès ak pi laj nan Baltimore [65].Malgre ke pi fò nan viris sa yo rete san klasifikasyon epi yo ka gen ladan viris ki soti nan yon pati konplètman enkoni nan mond viral la [66], nou te jwenn ke virom yo ak seri lame nan moul A. atra ak M. platensis tonbe ant de espès yo.menm jan an (gade figi S3, enfòmasyon adisyonèl).Resanblans sa a pa etone, paske li ka reflete yon mank de selektivite nan absorption ADN ki prezan nan anviwònman an.Etid nan lavni ki itilize RNA pirifye yo kounye a nesesè yo karakterize virom RNA a.
Nan etid nou an, nou te itilize yon tiyo trè solid ki te adapte ak travay Kowarski ak kòlèg [37], ki te itilize yon efase de-etap nan pisin li ak kontig anvan ak apre asanble ccfDNA natif natal, sa ki lakòz yon gwo pwopòsyon nan lekti ki pa mape.Se poutèt sa, nou pa ka ekskli ke kèk nan lekti sa yo ki pa mape ka toujou gen pwòp orijin yo, sitou paske nou pa gen yon genòm referans pou espès moul sa a.Nou te itilize tiyo sa a tou paske nou te konsène sou chimè ki genyen ant lekti pwòp tèt ou ak ki pa pwòp tèt ou ak longè li ki te pwodwi pa Illumina MiSeq PE75 la.Yon lòt rezon pou majorite lekti enkoni se ke anpil nan mikwòb maren yo, espesyalman nan zòn ki lwen tankou Kerguelen, pa te anote.Nou itilize Illumina MiSeq PE75, sipoze longè fragman ccfDNA menm jan ak ccfDNA imen.Pou etid nan lavni, bay rezilta nou yo ki montre ke emolinf ccfDNA gen lekti pi long pase moun ak / oswa mamifè, nou rekòmande pou itilize yon platfòm sekans ki pi apwopriye pou fragman ccfDNA ki pi long.Pratik sa a pral fè li pi fasil pou idantifye plis endikasyon pou analiz pi fon.Jwenn sekans genomic nikleyè A. atra ki pa disponib kounye a ta tou fasilite diskriminasyon ccfDNA nan sous pwòp tèt ou ak sous ki pa pwòp tèt ou.Etandone ke rechèch nou an te konsantre sou posibilite pou aplike konsèp nan byopsi likid nan moul, nou espere ke kòm konsèp sa a yo itilize nan rechèch nan lavni, nouvo zouti ak tiyo yo pral devlope ogmante potansyèl la nan metòd sa a pou etidye divèsite mikwòb nan moul.ekosistèm maren.
Kòm yon biomarker klinik ki pa pwogrese, nivo plasma imen ki wo nan ccfDNA yo asosye ak divès maladi, domaj tisi, ak kondisyon estrès [67,68,69].Ogmantasyon sa a asosye ak liberasyon fragman ADN ki gen pwòp orijin li apre domaj tisi yo.Nou adrese pwoblèm sa a lè l sèvi avèk estrès chalè egi, nan ki moul yo te yon ti tan ekspoze a yon tanperati 30 °C.Nou te fè analiz sa a sou twa diferan kalite moul nan twa eksperyans endepandan.Sepandan, nou pa t jwenn okenn chanjman nan nivo ccfDNA apre estrès chalè egi (gade Figi S5, enfòmasyon adisyonèl).Dekouvèt sa a ka eksplike, omwen an pati, lefèt ke moul yo gen yon sistèm sikilasyon semi-ouvè ak akimile gwo kantite ADN etranje akòz gwo aktivite filtraj yo.Nan lòt men an, moul, tankou anpil envètebre, ka pi rezistan a domaj tisi estrès pwovoke, kidonk limite liberasyon ccfDNA nan emolinf yo [70, 71].
Pou dat, analiz ADN nan divèsite biyolojik nan ekosistèm akwatik sitou konsantre sou ADN anviwònman an (eDNA) metabarcoding.Sepandan, metòd sa a anjeneral limite nan analiz divèsite biyolojik lè yo itilize primè.Itilizasyon sekans fizi kontourne limit PCR ak seleksyon an patipri nan seri Jadendanfan.Kidonk, nan yon sans, metòd nou an pi pre metòd sekans eDNA Shotgun ki fèk itilize, ki kapab dirèkteman sekans ADN fragmenté epi analize prèske tout òganis yo [72, 73].Sepandan, gen yon kantite pwoblèm fondamantal ki fè distenksyon ant LB ak metòd eDNA estanda.Natirèlman, diferans prensipal la ant eDNA ak LB se itilize nan lame filtre natirèl.Yo te rapòte itilizasyon espès maren tankou eponj ak bivalv (Dresseina spp.) kòm yon filtè natirèl pou etidye eDNA [74, 75].Sepandan, etid Dreissena a te itilize byopsi tisi ki soti nan ki ADN te ekstrè.Analiz de ccfDNA soti nan LB pa mande pou byopsi tisi, ekipman espesyalize epi pafwa chè ak lojistik ki asosye ak eDNA oswa byopsi tisi.An reyalite, nou fèk rapòte ke ccfDNA soti nan LB ka estoke ak analize ak sipò FTA san yo pa kenbe yon chèn frèt, ki se yon gwo defi pou rechèch nan zòn aleka [76].Ekstraksyon ccfDNA nan byopsi likid tou senp epi li bay bon jan kalite ADN pou sekans fizi ak analiz PCR.Sa a se yon gwo avantaj bay kèk nan limit teknik ki asosye ak analiz eDNA [77].Senplisite ak pri ki ba nan metòd echantiyon an tou patikilyèman apwopriye pou pwogram siveyans alontèm.Anplis gwo kapasite filtraj yo, yon lòt karakteristik byen koni nan bivalv yo se konpozisyon chimik mucopolysaccharide larim yo, ki ankouraje absòpsyon viris yo [78, 79].Sa fè bivalv yon filtè natirèl ideyal pou karakterize divèsite biyolojik ak enpak chanjman nan klima nan yon ekosistèm akwatik.Malgre ke prezans nan fragman ADN ki sòti nan lame ka wè kòm yon limit nan metòd la konpare ak eDNA, pri ki asosye ak gen tankou yon ccfDNA natif natal konpare ak eDNA se ansanm konprann pou kantite lajan an vas nan enfòmasyon ki disponib pou etid sante.konpanse lame.Sa a gen ladan prezans nan sekans viral entegre nan genomic lame lame a.Sa a se espesyalman enpòtan pou moul, bay prezans retroviris leukemic ki transmèt orizontal nan bivalv [80, 81].Yon lòt avantaj nan LB sou eDNA se ke li eksplwate aktivite fagositik nan sikile selil san nan emolinf la, ki vale mikwo-òganis (ak genòm yo).Fagositoz se fonksyon prensipal selil san nan bivalv [82].Finalman, metòd la pran avantaj de kapasite nan filtraj segondè nan moul (mwayèn 1.5 l / h nan dlo lanmè) ak sikilasyon de jou, ki ogmante melanje nan kouch diferan nan dlo lanmè, ki pèmèt kapti a nan eDNA eterològ.[83, 84].Kidonk, analiz moul ccfDNA se yon avni enteresan bay enpak nitrisyonèl, ekonomik ak anviwònman an nan moul.Menm jan ak analiz de LB kolekte nan men moun, metòd sa a tou ouvè posiblite pou mezire chanjman jenetik ak epigenetik nan ADN lame an repons a sibstans ekzojèn.Pou egzanp, teknoloji sekans twazyèm jenerasyon yo ka anvizaje pou fè analiz methylation nan tout genòm nan ccfDNA natif natal lè l sèvi avèk sekans nanopore.Pwosesis sa a ta dwe fasilite pa lefèt ke longè fragman ccfDNA moul yo depreferans konpatib ak platfòm sekans ki long li ki pèmèt analiz metilation ADN nan tout genòm nan yon sèl kouri sekans san yo pa bezwen transfòmasyon chimik.Se poutèt sa, li ka bay bonjan insight sou mekanis ki kache ki gouvène repons apre ekspoze a chanjman nan klima oswa polyan [87].Sepandan, itilizasyon LB se pa san limit.Evidamman di, sa a mande pou prezans nan espès endikatè nan ekosistèm nan.Kòm mansyone pi wo a, lè l sèvi avèk LB pou evalye divèsite biyolojik yon ekosistèm bay yo mande tou yon tiyo byoenfòmatik solid ki pran an kont prezans fragman ADN ki soti nan sous la.Yon lòt gwo pwoblèm se disponiblite jenom referans pou espès maren yo.Nou espere ke inisyativ tankou Marin Mammal Genomes Project ak pwojè Fish10k ki fèk etabli [88] pral fasilite analiz sa yo alavni.Aplikasyon konsèp LB a pou òganis marin filtre-manje konpatib tou ak dènye pwogrè nan teknoloji sekans, sa ki fè li byen adapte pou devlopman milti-ohm byomarkè bay enfòmasyon enpòtan sou sante abita maren an repons a estrès anviwònman an.
Done sekans genòm yo te depoze nan NCBI Sequence Read Archive https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRR8924808 anba Bioprojects SRR8924808.
Brierley AS, Kingsford MJ Enpak chanjman nan klima sou lavi maren ak ekosistèm yo.Cole Biyoloji.2009;19: P602–P614.
Gissi E, Manea E, Mazaris AD, Fraschetti S, Almpanidou V, Bevilacqua S, et al.Konsidere enpak konbine chanjman nan klima ak lòt estrès lokal sou anviwònman maren an.anviwònman syantifik jeneral.2021;755:142564.
Carella F, Antuofermo E, Farina S, Salati F, Mandas D, Prado P, et al.).Syans nan premye mwa Mas la.2020;7:48.
Seront L, Nicastro CR, Zardi GI, Goberville E. Redwi tolerans chalè anba kondisyon estrès chalè repete eksplike mòtalite segondè ete a nan moul ble.Rapò syantifik 2019;9:17498.
Fey SB, Siepielski AM, Nussle S, Cervantes-Yoshida K, Hwan JL, Huber ER, et al.Dènye chanjman nan frekans, kòz ak limit lanmò bèt yo.Proc Natl Acad Sci USA.2015;112:1083-8.
Scarpa F, Sanna D, Azzena I, Mughetti D, Cerruti F, Hosseini S, et al.Plizyè patojèn ki pa espesifik pou espès yo ka lakòz mòtalite an mas Pinna nobilis.Lavi.2020;10:238.
Bradley M, Coutts SJ, Jenkins E, O'Hara TM.Enpak potansyèl chanjman nan klima sou maladi zoonotik Aktik.Int J Sikonpolè sante.2005;64:468–77.
Beyer J., Greene NW, Brooks S., Allan IJ, Ruus A., Gomez T. et al.Moules ble (Mytilus edulis spp.) Kòm òganis siyal nan siveyans polisyon bò lanmè: yon revizyon.Mar Environ Res 2017;130:338-65.
Siravegna G, Marsoni S, Siena S, Bardelli A. Entegrasyon byopsi likid nan tretman kansè.Nat Rev Clean Oncol.2017;14:531–48.
Wan JCM, Massie C, Garcia-Corbacho J, Mouliere F, Brenton JD, Caldas C, et al.Matirite byopsi likid: Pèmèt ADN timè sikile.Nat Rev Kansè.2017;17:223–38.
Mandel P., Metais P. Asid nikleik nan plasma imen.Reyinyon minit filyal Soc Biol.1948;142:241-3.
Bronkhorst AJ, Ungerer W, Holdenrieder S. Yon nouvo wòl pou ADN san selil kòm yon makè molekilè pou tretman kansè.Kantifikasyon analiz biomolar.2019;17:100087.
Ignatiadis M., Sledge GW, Jeffrey SS Byopsi likid antre nan klinik la - pwoblèm aplikasyon ak defi nan lavni.Nat Rev Clin Oncol.2021;18:297–312.
Lo YM, Corbetta N., Chamberlain PF, Rai W., Sargent IL, Redman CW ak lòt moun.ADN fetis la prezan nan plasma ak serom matènèl.Lancet.1997;350:485-7.
Mufarray MN, Wong RJ, Shaw GM, Stevenson DK, Quake SR Etid sou kou a nan gwosès ak konplikasyon li yo lè l sèvi avèk sikile RNA ekstraselilè nan san an nan fanm pandan gwosès la.Dopediatri.2020;8:605219.
Ollerich M, Sherwood K, Keown P, Schütz E, Beck J, Stegbauer J, et al.Byopsi likid: yo itilize ADN donatè san selil pou detekte blesi alojenik nan yon grèf ren.Nat Rev Nephrol.2021;17:591–603.
Juan FC, Lo YM Inovasyon nan dyagnostik prenatal: sekans genomic plasma matènèl.Anna MD.2016;67:419-32.
Gu W, Deng X, Lee M, Sucu YD, Arevalo S, Stryke D, et al.Deteksyon rapid patojèn ak pwochen jenerasyon sekans metagenomik nan likid kòporèl ki enfekte.Nat Medsin.2021;27:115-24.