გმადლობთ Nature.com-ის მონახულებისთვის.ბრაუზერის ვერსიას, რომელსაც იყენებთ, აქვს შეზღუდული CSS მხარდაჭერა.საუკეთესო გამოცდილებისთვის, გირჩევთ გამოიყენოთ განახლებული ბრაუზერი (ან გამორთოთ თავსებადობის რეჟიმი Internet Explorer-ში).იმავდროულად, მუდმივი მხარდაჭერის უზრუნველსაყოფად, ჩვენ გამოვიყვანთ საიტს სტილის და JavaScript-ის გარეშე.
Angustifolius lupine (NLL, Lupinus angustifolius L.) არის პარკოსანი მცენარე, რომელიც გამოიყენება საკვების წარმოებისთვის და ნიადაგის გასაუმჯობესებლად.NLL-ის, როგორც მოსავლის გლობალურმა გაფართოებამ მიიზიდა მრავალი პათოგენური სოკო, მათ შორის ლუპინის ანტრაქნოზა, რომელიც იწვევს ანტრაქნოზის დამანგრეველ დაავადებას.ორი ალელი, Lanr1 და AnMan, რომლებიც ანიჭებენ გაზრდილ რეზისტენტობას, გამოიყენეს NLL გამოყვანაში, მაგრამ ძირითადი მოლეკულური მექანიზმები უცნობია.ამ კვლევაში Lanr1 და AnMan მარკერები გამოიყენეს ევროპული NLL ნიმუშების სკრინინგისთვის.ვაქცინის ტესტირებამ კონტროლირებად გარემოში დაადასტურა ორივე რეზისტენტული დონორის ეფექტურობა.დიფერენციალური გენის ექსპრესიის პროფილირება ჩატარდა წარმომადგენლობით რეზისტენტულ და მგრძნობიარე ხაზებზე.ანთრაქნოზის წინააღმდეგობა ასოცირებული იყო გენის ონტოლოგიის ტერმინების გადაჭარბებულ გამოხატვასთან „GO:0006952 თავდაცვის პასუხი“, „GO:0055114 რედოქსის პროცესი“ და „GO:0015979 ფოტოსინთეზი“.გარდა ამისა, Lanr1(83A:476) ხაზმა აჩვენა ტრანსკრიპტომის მნიშვნელოვანი გადაპროგრამირება ინოკულაციის შემდეგ სწრაფად, ხოლო სხვა ხაზებმა აჩვენეს ამ პასუხის დაყოვნება დაახლოებით 42 საათით.თავდაცვითი რეაქციები დაკავშირებულია TIR-NBS, CC-NBS-LRR და NBS-LRR გენებთან, პათოგენეზში ჩართულ 10 პროტეინთან, ლიპიდური გადაცემის პროტეინებთან, ენდოგლუკან-1,3-β-გლუკოზიდაზასთან, გლიცინით მდიდარ უჯრედის კედლის პროტეინებთან და ჟანგბადის რეაქტიული გზიდან გენებთან.ადრეული პასუხები 83A:476-ზე, მათ შორის ფოტოსინთეზთან დაკავშირებული გენების ფრთხილად ჩახშობა, დაემთხვა წარმატებულ დაცვას სოკოვანი ბიოლოგიის ვეგეტატიური ზრდის ფაზაში, რაც ვარაუდობს, რომ ეფექტორი იწვევს იმუნიტეტს.მანდელოპის რეაქცია შენელებულია, ისევე როგორც მთლიანი ჰორიზონტალური წევა.
ვიწროფოთლოვანი ლუპინი (NLL, Lupinus angustifolius L.) არის მაღალი ცილოვანი მარცვლეული, რომელიც წარმოიქმნება დასავლეთ ხმელთაშუა ზღვის რეგიონში1,2.ამჟამად ის იზრდება როგორც ცხოველებისა და ადამიანების საკვები კულტურა.იგი ასევე განიხილება მწვანე სასუქით მოსავლის როტაციის სისტემებში აზოტის ფიქსაციის გამო სიმბიოზური აზოტის ფიქსაციის ბაქტერიების მიერ და ნიადაგის სტრუქტურის საერთო გაუმჯობესების გამო.NLL-მ გასულ საუკუნეში განიცადა მოშინაურების სწრაფი პროცესი და კვლავ იმყოფება მაღალი გამრავლების წნევის ქვეშ3,4,5,6,7,8,9,10,11,12.NLL-ის ფართოდ გაშენებით, პათოგენური სოკოების თანმიმდევრობამ განავითარა ახალი სასოფლო-სამეურნეო ნიშები და გამოიწვია ახალი მოსავლის დამღუპველი დაავადებები. ყველაზე გამორჩეული ლუპინის ფერმერებისთვის და სელექციონერებისთვის იყო ანტრაქნოზის გამოჩენა, რომელიც გამოწვეული იყო პათოგენური სოკოთი Colletotrichum lupini (Bondar) Nirenberg, Feiler & Hagedorn13. ყველაზე გამორჩეული ლუპინის ფერმერებისთვის და სელექციონერებისთვის იყო ანტრაქნოზის გამოჩენა, რომელიც გამოწვეული იყო პათოგენური სოკოთი Colletotrichum lupini (Bondar) Nirenberg, Feiler & Hagedorn13. Наиболее примечательным для фермеров и селекционеров люпина было появление antraknoza, вызванного патогенным грибком Colletotrichum lupini (Bondar) Nirenberg, Feiler & Hagedorn13. ლუპინის ფერმერებისა და სელექციონერებისთვის ყველაზე მნიშვნელოვანი იყო ანთრაქნოზის გაჩენა, რომელიც გამოწვეული იყო პათოგენური სოკოთი Colletotrichum lupini (Bondar) Nirenberg, Feiler & Hagedorn13.对于羽扇豆农民和饲养者来说，最引人注目的是炭疽病的出现，它是猎Colletorich) , Feiler & Hagedorn13 引起的.对于羽扇豆农民和饲养者来说，最引人注目的是炭疽病的出现，它是猎Colletorich) თმიანი. 1 Наиболее поразительным для фермеров и селекционеров люпина является появление antraknoza, вызываемого патогенным грибком Colletotrichum lupini (Bondar) Nirenberg, Feiler & Hagedorn13. ლუპინის ფერმერებისა და სელექციონერებისთვის ყველაზე გასაოცარია ანთრაქნოზის გაჩენა, რომელიც გამოწვეულია პათოგენური სოკოთი Colletotrichum lupini (Bondar) Nirenberg, Feiler & Hagedorn13.დაავადების ყველაზე ადრეული ცნობები მოვიდა ბრაზილიიდან და შეერთებულ შტატებში, ტიპიური სიმპტომები გამოვლინდა შესაბამისად 1912 და 1929 წლებში.თუმცა, დაახლოებით 30 წლის შემდეგ, პათოგენი დასახელდა Colletotrichum gloeosporioides (Penz.) Penz. & Sacc., ტელეომორფი Glomerella cingulata (Stoneman) Spauld. & Sacc., ტელეომორფი Glomerella cingulata (Stoneman) Spauld. & Sacc., телеоморф Glomerella cingulata (Stoneman) Spauld. & Sacc., Glomerella cingulata (Stoneman) Spauld-ის ტელეომორფი. & Sacc.，有目的形态的Glomerella cingulata (Stoneman) Spauld. & Sacc.，有目的形态的Glomerella cingulata (Stoneman) Spauld. & Sacc., Glomerella cingulata (Stoneman) Spauld в Целенаправленной морфологии. & Sacc., Glomerella cingulata (Stoneman) Spauld მიზნობრივ მორფოლოგიაში. & H. Schrenk,. & H. Schrenk,.და ჰ.შრენკი. & H.施伦克,. & H.施伦克,.და ჰ.შლენკი,.მე-20 საუკუნის შუა პერიოდში ჩატარებულმა დაავადების წინასწარმა ფენოტიპმა აჩვენა გარკვეული წინააღმდეგობა NLL და ყვითელი ლუპინის (L. luteus L.) შეერთებებში, მაგრამ ყველა თეთრი ლუპინის (L. albus L.) ტესტირება იყო ძალიან მგრძნობიარე15,16.კვლევებმა აჩვენა, რომ ანთრაქნოზის განვითარება დაკავშირებულია ნალექებთან (ჰაერის ტენიანობა) და ტემპერატურასთან (12-28°C დიაპაზონში), რაც იწვევს რეზისტენტობის დარღვევას მაღალ ტემპერატურაზე17, 18. ფაქტობრივად, კონიდიების აღმოცენებისა და დაავადების დაწყებისთვის საჭირო დრო ოთხჯერ უფრო მოკლე იყო 24°C-ზე (15 სთ-ზე მაღალი ტენიანობის პირობებში 15°C-ზე (4 სთ-ზე).ამრიგად, მიმდინარე გლობალურმა დათბობამ გამოიწვია ანტრაქნოზის გავრცელება.თუმცა, დაავადება დაფიქსირდა საფრანგეთში (1982) და უკრაინაში (1983), როგორც მოსალოდნელი საფრთხის საწინდარი, მაგრამ აშკარად იგნორირებული იყო იმ დროისთვის ლუპინის ინდუსტრიის მიერ20,21.რამდენიმე წლის შემდეგ, ეს დამანგრეველი დაავადება მთელ მსოფლიოში გავრცელდა და ასევე შეეხო ლუპინის მწარმოებელ ძირითად ქვეყნებს, როგორიცაა ავსტრალია, პოლონეთი და გერმანია22,23,24.1990-იანი წლების შუა პერიოდში ანთრაქნოზის გავრცელების შემდეგ, ფართო სკრინინგმა გამოიწვია რამდენიმე რეზისტენტული დონორის იდენტიფიცირება NLL19 ნიმუშებში.ანთრაქნოზის მიმართ NLL რეზისტენტობას აკონტროლებს ორი ცალკეული დომინანტური ალელი, რომლებიც გვხვდება გერპლაზმის სხვადასხვა წყაროებში: Lanr1 ჯიშში Tanjil და Wonga და AnMan კულტივირში.Mandalay 25, 26. ეს ალელები ავსებენ მოლეკულურ მარკერებს, რომლებიც მხარს უჭერენ რეზისტენტული გერპლაზმის შერჩევას გამრავლების პროგრამებში25,26,27,28,29,30.რეზისტენტული გამრავლების ხაზი 83A:476, რომელიც ატარებს Lanr1 ალელს, გადაკვეთა მგრძნობიარე ველურ ხაზს P27255, რათა მიეღო RIL პოპულაცია, რომელიც გამოიყოფა ანთრაქნოზის წინააღმდეგობისთვის, რამაც შესაძლებელი გახადა Lanr1 ლოკუსის მინიჭება ქრომოსომა NLL-1131, 32, 32-დან 32-მდე, ალტერნატიული რეზისტენტობის ნიშნით. გენომიურ ჩარჩოში, NLL-მ გამოავლინა სამივე ალელის მდებარეობა ერთსა და იმავე ქრომოსომაზე (NLL-11), მაგრამ სხვადასხვა პოზიციებზე29,34,35.თუმცა, RIL-ების მცირე რაოდენობისა და მარკერებსა და შესაბამის ალელებს შორის დიდი გენეტიკური მანძილის გამო, მათი ფუძემდებლური გენების შესახებ სანდო დასკვნების გამოტანა შეუძლებელია.მეორე მხრივ, ლუპინებში საპირისპირო გენეტიკის გამოყენება რთულია მათი ძალიან დაბალი რეგენერაციის პოტენციალის გამო, რაც ართულებს გენეტიკურ მანიპულირებას37.
მოშინაურებული გერპლაზმის განვითარებამ, რომელიც ატარებს სასურველ ალელს ჰომოზიგოტურ მდგომარეობაში, როგორიცაა 83A:476 (Lanr1) და Mandelup (AnMan), გააღო კარი ანტრაქნოზის წინააღმდეგობის შესასწავლად ველურ პოპულაციებში ალელების საპირისპირო კომბინაციების არსებობის პირობებში.მოლეკულური მექანიზმების შესაძლებლობები.შეადარეთ კონკრეტული გენოტიპების მიერ წარმოქმნილი თავდაცვის რეაქციები.ამ კვლევამ შეაფასა NLL-ის ადრეული ტრანსკრიპტომის პასუხი C. lupini ვაქცინაციაზე.პირველ რიგში, ევროპული NLL germplasm პანელი, რომელიც შეიცავდა 215 ხაზს, სკრინინგდა მოლეკულური მარკერების გამოყენებით, რომლებიც აღნიშნავენ Lanr1 და AnMan ალელებს.ანთრაქნოზის ფენოტიპირება შემდეგ ჩატარდა 50 NLL ხაზზე, რომლებიც ადრე იყო შერჩეული მოლეკულური მარკერებისთვის, კონტროლირებად პირობებში.ამ ექსპერიმენტებზე დაყრდნობით, ოთხი ხაზი, რომლებიც განსხვავდებოდა ანთრაქნოზის რეზისტენტობით და Lanr1/AnMan ალელური შემადგენლობით, შეირჩა დიფერენციალური თავდაცვის გენის ექსპრესიის პროფილირებისთვის ორი დამატებითი მიდგომის გამოყენებით: მაღალი გამტარუნარიანობის რნმ თანმიმდევრობა და რეალურ დროში PCR რაოდენობრივი განსაზღვრა.
NLL germplasm-ის ნაკრების სკრინინგმა (N = 215) მარკერებით Lanr1 (Anseq3 და Anseq4) და AnMan (Anseq4) და AnMan (AnManM1) აჩვენა, რომ მხოლოდ ერთი ხაზი (95726, Salamanca-b-ის მახლობლად) აძლიერებს "წინააღმდეგობის" ნიშანს ყველა აღმოჩენილი ალელის "პროპორციულად" ყველა აღმოჩენილი ნიშნისთვის. 158 (~73,5%) სტრიქონში.ცამეტმა ხაზმა წარმოქმნა Lanr1 მარკერის ორი "რეზისტენტული" ალელი, ხოლო 8 ხაზი წარმოქმნა Lanr1-ის "რეზისტენტული" ალელები.მარკერი.AnMan მარკერის "რეზისტენტობის" ალელი (დამატებითი ცხრილი S1).ორი ხაზი იყო ჰეტეროზიგოტური Anseq3 მარკერისთვის და ერთი ჰეტეროზიგოტური AnManM1 მარკერისთვის.42 ხაზი (19.5%) ატარებდა Anseq3 და Anseq4 ალელების საპირისპირო ფაზებს, რაც მიუთითებს ამ ორ ადგილს შორის რეკომბინაციის მაღალ სიხშირეზე.ანთრაქნოზის ფენოტიპებმა კონტროლირებად პირობებში (დამატებითი ცხრილი S2) გამოავლინა ტესტირებადი გენოტიპების რეზისტენტობის ცვალებადობა, რაც აისახა ანტრაქნოზის სიმძიმეზე.განსხვავება საშუალო ქულებში მერყეობდა 1.8-დან (ზომიერად მდგრადი) 6.9-მდე (მგრძნობიარე) და მცენარის წონის განსხვავება მერყეობდა 0.62-დან (მგრძნობიარე) 4.45 გ-მდე (რეზისტენტული). არსებობდა მნიშვნელოვანი კორელაცია ექსპერიმენტის ორ გამეორებაში დაფიქსირებულ მნიშვნელობებს შორის (0,51 დაავადების სიმძიმის ქულებისთვის, P = 0,00017 და 0,61 მცენარის წონისთვის, P <0,0001), ასევე ამ ორ პარამეტრს შორის (− 0,59 და − 0,77, P <0,000). არსებობდა მნიშვნელოვანი კორელაცია ექსპერიმენტის ორ გამეორებაში დაფიქსირებულ მნიშვნელობებს შორის (0,51 დაავადების სიმძიმის ქულებისთვის, P = 0,00017 და 0,61 მცენარის წონისთვის, P <0,0001), ასევე ამ ორ პარამეტრს შორის (− 0,59 და − 0,77, P <0,0). Выявлена ​​Достоверная кореляция между значениями, наблюдаемыми в двух повторностях эксперимента (0,51 для баллов тяжести болезни, P = 0,00017 და 0,61 для мля массями, 0,51 для баллов тяжести болезни, P = 0,00017 და 0,61 для мля масся, 0,51 для баллов тяжести болезни), умя параметри (-0,59 и -0,77, Р < 0,0001) 0,0001). მნიშვნელოვანი კორელაცია დაფიქსირდა ექსპერიმენტის ორ გამეორებაში დაფიქსირებულ მნიშვნელობებს შორის (0,51 დაავადების სიმძიმის ქულებისთვის, P = 0,00017 და 0,61 მცენარის წონისთვის, P <0,0001), ასევე ამ ორ პარამეტრს შორის (- 0,59 და -0,77, P < 0,00).在两次重复实验中观察到的值之间存在显着相关性（疾病严重程度评P.10，0P.510.物重量为0.61，P <0.0001）以及这两个参数之间(- 0.59 和-0.77;P <0.0001)".在 两 次 重复 实验 中 观察 的 值 之间 存在 之间 存在 相关性1 ， p = 0,00017 ， 植物 为 为 0,61 ， p <0,0001） 以及和– 0,59 和- 0,77, P <0,0001). ნაблюдалась значительная кореляция между значениями, наблюдаемыми в двух повторностях (оценка тяжести заболевания 0,51, P = 0,00017 და масса მზარდი 0,61, P <0,00001, P <0,00001), 001) 0,77, P <0,0001. იყო მნიშვნელოვანი კორელაცია ორმაგად დაფიქსირებულ მნიშვნელობებს შორის (დაავადების სიმძიმის ქულა 0.51, P = 0.00017 და მცენარის წონა 0.61, P <0.0001) და ამ ორ პარამეტრს შორის (-0.59 და -0.0001) 0.77, P1.0.0. ).მგრძნობიარე მცენარეებში გამოვლენილი ტიპიური სიმპტომები მოიცავს ღეროს მოხვევას და გრეხილს, რომელიც წააგავს „მწყემსის მშვილდის“ სტრუქტურას, რასაც მოჰყვება ოვალური დაზიანებები ნარინჯისფერი/ვარდისფერი სპოროზოიტებით (დამატებითი სურ. 1).ავსტრალიური შეერთებები, რომლებიც ატარებენ Lanr1 (83A:476 და Tanjil) და AnMan (Mandelup) გენებს, ზომიერად რეზისტენტულია, 0.0331 და 0.0036.ზოგიერთი ხაზი, რომელიც ასევე შეიცავს "რეზისტენტული" Lanr1 და/ან AnMan ალელებს, აჩვენებს დაავადების სიმპტომებს.
საინტერესოა, რომ რამდენიმე NLL ხაზს, რომელსაც არ აქვს რაიმე „რეზისტენტული“ მარკერის ალელი გამოავლინა ანთრაქნოზის წინააღმდეგობის მაღალი დონე (შედარებით ან უფრო მაღალი, ვიდრე Lanr1 ან AnMan გენოტიპებისთვის), როგორიცაა Boregine (P მნიშვნელობა < 0,0001 ორივე პარამეტრისთვის), Bojar (P მნიშვნელობა <0,0001 <0,0001 და B 01 <01 მცენარისთვის და 001 მნიშვნელობა <0-9) და 0. .0001 ქულაზე და არამნიშვნელოვანი წონისთვის). საინტერესოა, რომ რამდენიმე NLL ხაზს, რომელსაც არ აქვს რაიმე „რეზისტენტული“ მარკერის ალელი გამოავლინა ანთრაქნოზის წინააღმდეგობის მაღალი დონე (შედარებით ან უფრო მაღალი, ვიდრე Lanr1 ან AnMan გენოტიპებისთვის), როგორიცაა Boregine (P მნიშვნელობა < 0,0001 ორივე პარამეტრისთვის), Bojar (P მნიშვნელობა <0,0001 <0,0001 და B 01 <01 მცენარისთვის და 001 მნიშვნელობა <0-9) და 0. .0001 ქულაზე და არამნიშვნელოვანი წონისთვის). Интересно, что несколько линий NLL, лишенных какого-либо «резистентного» маркерного аллеля, показали высокий уровень устойчивости к antraknozu (сопоставимый или более высокий, чем дль1мзначян), P <0,0001 для обоих параметров), Bojar (მნიშვნელობა P < 0,0001 для оценки и 0,001 для массы растения) და პოპულაციები B-549/79b (მნიშვნელობა P <0,0001 для оценки незначително). საინტერესოა, რომ რამდენიმე NLL ხაზს, რომელსაც არ გააჩნია რაიმე „რეზისტენტული“ მარკერის ალელი, აჩვენა გამძლეობის მაღალი დონე ანთრაქნოზის მიმართ (შედარებით ან უფრო მაღალი ვიდრე Lanr1 ან AnMan გენოტიპებისთვის), როგორიცაა Boregine (P მნიშვნელობა < 0,0001 ორივე პარამეტრისთვის ), Bojar (P მნიშვნელობა < 0.0001 წონა <0.0001) და B 0.0001 <0001 (მცენარის მნიშვნელობა <0.0001) <09/09 შეფასებისთვის და . 0.0001 შეფასებისთვის და არა მნიშვნელოვანი წონისთვის).有趣的是，一些缺乏任何“抗性”标记等位基因的NLL 系显示出高水平的炭 抗性an 基因型相当或更高），例如Boregine（两个参数的P 值< 0.0001）、Bojar（P 值<得0分个参数的P 值< 0.0001）、Bojar（P 值<得0分0 .001）和种群B-549/79b（得分P 值<0.0001，重量不显着）. საინტერესოა, რომ ზოგიერთი NLL სისტემა, რომელსაც არ აქვს რაიმე „ანტიგენური“ მარკერი, აჩვენებს მაღალ ჰორიზონტალურ წინააღმდეგობას (ექვივალენტური Lanr1 ან AnMan გენების ან უფრო მაღალი), როგორიცაა Boregine (ორივე პარამეტრი P <0,0001), Bojar (P მნიშვნელობა < 0,0001, მცენარის წონა 0,001) და შტამი <1 b0, არა მნიშვნელოვანი მნიშვნელობა (B-54). Интересно, что некоторые линии NLL, лишенные каких-либо маркерных аллелей «резистентности», показали высокие уровни устойчивости к antraknozu (сравнимые или повеќе, чем у генотипов Lanr1 или AnM). ров <0,0001), ბოჯარი (მნიშვნელობა P <0,0001, масса растения 0,001) და პოპულარობა B-549/79b (оценка P-მნიშვნელობა <0,0001, масса незначительна). საინტერესოა, რომ ზოგიერთ NLL ხაზს, რომელსაც არ აქვს რაიმე „რეზისტენტობის“ მარკერის ალელი, აჩვენა ანთრაქნოზის წინააღმდეგობის მაღალი დონე (შედარებით ან უფრო მაღალი ვიდრე Lanr1 ან AnMan გენოტიპები), როგორიცაა Boregine (P მნიშვნელობა ორივე პარამეტრისთვის <0.0001), Bojar (P-მნიშვნელობა <0.000-001 <0.0001-01, მცენარის წონა და 7-0-01 <01). .0001, წონა არ არის მნიშვნელოვანი).ეს ფენომენი ვარაუდობს წინააღმდეგობის ახალი გენეტიკური წყაროს შესაძლებლობას, რაც ხსნის მარკერის გენოტიპებსა და დაავადების ფენოტიპებს შორის კორელაციის დაფიქსირებულ ნაკლებობას (P მნიშვნელობები ~0,42-დან ~0,98-მდე).ამრიგად, კოლმოგოროვ-სმირნოვის ტესტმა აჩვენა, რომ ანთრაქნოზის რეზისტენტობის შესახებ მონაცემები დაახლოებით ნორმალურად იყო განაწილებული ქულებისთვის (P-მნიშვნელობები 0.25 და 0.11) და მცენარის მასაზე (P-მნიშვნელობები 0.47 და 0.55), რაც ვარაუდობს, რომ უფრო მეტი ალელი არის ჩართული ვიდრე Lanr1 და AnMan.
ანთრაქნოზის რეზისტენტობის სკრინინგის შედეგების საფუძველზე, ტრანსკრიპტომის ანალიზისთვის შეირჩა 4 ხაზი: 83A:476, Boregine, Mandelup და Population 22660. ეს ხაზები ხელახლა შემოწმდა ჯილეხის რეზისტენტობაზე ინოკულაციის ექსპერიმენტებში რნმ თანმიმდევრობით, იმ პირობით, რომ ისინი იგივე იყო, რაც წინა ტესტში.ქულების მნიშვნელობები იყო შემდეგი: ბორეგინი (1,71 ± 1,39), 83A: 476 (2,09 ± 1,38), მანდელუპი (3,82 ± 1,42) და მოსახლეობა 22660 (6,11 ± 1,29).
Illumina NovaSeq 6000 პროტოკოლმა მიაღწია საშუალოდ 40.5 Mread წყვილს ერთ ნიმუშზე (29.7-დან 54.4 Mreads-მდე) (დამატებითი ცხრილი S3).გასწორების ქულები საცნობარო თანმიმდევრობაში მერყეობდა 75.5%-დან 88.6%-მდე.წაკითხული რაოდენობის მონაცემების საშუალო კორელაცია ექსპერიმენტულ ვარიანტებს შორის ბიოლოგიურ რეპლიკებს შორის მერყეობდა 0,812-დან 0,997-მდე (საშუალოდ 0,959). გაანალიზებული 35170 გენიდან 2917-მა არ გამოავლინა ექსპრესია, ხოლო დანარჩენი 4785 გენი გამოხატული იყო უმნიშვნელო დონეზე (საბაზისო საშუალო < 5). გაანალიზებული 35170 გენიდან 2917-მა არ გამოავლინა ექსპრესია, ხოლო დანარჩენი 4785 გენი გამოხატული იყო უმნიშვნელო დონეზე (საბაზისო საშუალო < 5). Из 35 170 проанализированных генов 2917 не проявляли экспрессии, а остальные 4785 генов экспрессировались на незначительном уровне (базовое среднее <5). გაანალიზებული 35170 გენიდან 2917-მა არ აჩვენა ექსპრესია, ხოლო დანარჩენი 4785 გენი გამოხატული იყო უმნიშვნელო დონეზე (საბაზისო საშუალო <5).在分析的35,170 个基因中，2917 个没有表达，其他4785 个基因的表达可以有表达，其他4785 个基因的表达可以以忽值< 5).35170 Из 35 170 проанализированных генов 2917 не экспрессировались, а остальные 4785 генови имели незначительную экспрессию (базовое среднее значение <5). გაანალიზებული 35170 გენიდან 2917 არ იყო გამოხატული და დანარჩენ 4785 გენს ჰქონდა უმნიშვნელო გამოხატულება (საბაზისო საშუალო <5).ამრიგად, გენების რაოდენობა, რომელიც ჩათვლილი იყო გამოხატულად (საბაზისო საშუალო ≥ 5) ექსპერიმენტის დროს იყო 27,468 (78.1%) (დამატებითი ცხრილი S4).
პირველი დროიდან მოყოლებული, ყველა NLL ხაზი პასუხობდა C. lupini-ს (შტამი Col-08) ინოკულაციას ტრანსკრიპტომის რეპროგრამით (ცხრილი 1), თუმცა მნიშვნელოვანი განსხვავებები დაფიქსირდა ხაზებს შორის.ამრიგად, რეზისტენტობის ხაზმა 83A:476 (Lanr1 გენის მატარებელი) აჩვენა ტრანსკრიპტომის მნიშვნელოვანი რეპროგრამირება პირველ დროში (6 hpi) იზოლირებული ზემოთ და ქვემოთ გენების რაოდენობის 31-69-ჯერ გაზრდით სხვა დროის წერტილებთან შედარებით ამ დროის მომენტში.გარდა ამისა, ეს პიკი ხანმოკლე იყო, რადგან მხოლოდ რამდენიმე გენის გამოხატულება მნიშვნელოვნად შეიცვალა მეორე დროის მომენტში (12 hpi).საინტერესოა, რომ ბორეგინმა, რომელმაც ასევე აჩვენა წინააღმდეგობის მაღალი დონე ტრანსპლანტაციის ტესტში, ექსპერიმენტის დროს არ განხორციელებულა ასეთი მასიური ტრანსკრიპციული გადაპროგრამირება.თუმცა, დიფერენციალურად გამოხატული გენების რაოდენობა (DEG) იყო იგივე Boregine-სთვის და 83A:476 12 HPI-ზე.მანდელუპმა და 22660 პოპულაციამ აჩვენეს DEG პიკები ბოლო დროის მომენტში (48 ლ/წმ), რაც მიუთითებს თავდაცვის პასუხების შედარებით დაგვიანებაზე.
იმის გამო, რომ 83A:476 გაიარა მასიური ტრანსკრიპტომის რეპროგრამირება C. lupini-ის საპასუხოდ 6 HPI-ზე ყველა სხვა ხაზთან შედარებით, ამ დროისთვის დაფიქსირებული DEG-ების ~91% იყო საგვარეულო სპეციფიკური (ნახ. 1).თუმცა, ადრეულ პასუხებში იყო გარკვეული გადახურვა საკვლევ ხაზებს შორის, რადგან 68.5%, 50.9% და 52.6% DEG ბორეგინში, მანდელუპში და 22660 პოპულაციაში, შესაბამისად, გადაფარავდა 83A:476-ში აღმოჩენილს დროის გარკვეულ მომენტებში.თუმცა, ეს DEG-ები შეადგენდნენ მხოლოდ მცირე ნაწილს (0.97-1.70%) ყველა DEG-ის, რომელიც ამჟამად აღმოჩენილია 83A:476-ის გამოყენებით.გარდა ამისა, 11 DEG ყველა ხაზიდან იყო თანმიმდევრული ამ დროს (დამატებითი ცხრილები S4-S6), მათ შორის მცენარეთა თავდაცვითი პასუხის საერთო კომპონენტები: ლიპიდური გადამტანი ცილა (TanjilG_32225), ენდოგლუკან-1,3-β-გლუკოზიდის ფერმენტი (TanjilG_23384), ორი სტრესი-ინდუქციური პროტეინი (TanjilG_23384) 31531), ძირითადი ლატექსის ცილა (TanjilG_32352) და გლიცინით მდიდარი უჯრედის კედლის სტრუქტურული ცილა (TanjilG_19701 და TanjilG_19702).ასევე იყო შედარებით მაღალი გადაფარვა ტრანსკრიპტომის პასუხებში 83A:476-სა და Boregine-ს შორის 24 HPI (სულ 16-38% DEG) და Mandelup-სა და 22660 პოპულაციას შორის 48 HPI-ზე (სულ 14-20% DEG).
ვენის დიაგრამა, რომელიც გვიჩვენებს დიფერენციალურად გამოხატული გენების რაოდენობას (DEG) ვიწროფოთლიანი ლუპინის (NLL) ხაზებში Colletotrichum lupini-ით (შტამი Col-08 მიღებული ლუპინის ველებიდან Wierzhenice, პოლონეთი, 1999 წ.).გაანალიზებული NLL ხაზები იყო: 83A:476 (რეზისტენტული, Lanr1 ალელის მატარებელი), ბორეგინი (რეზისტენტული, გენეტიკური ფონი უცნობია), მანდელუპი (ზომიერად რეზისტენტული, AnMan ალელის მატარებელი) და პოპულაცია 22660 (ძალიან მგრძნობიარე).აბრევიატურა hpi დგას ვაქცინაციის შემდეგ რამდენიმე საათის განმავლობაში.ნულოვანი მნიშვნელობები ამოღებულია გრაფიკის გასამარტივებლად.
ზედმეტად გამოხატული გენების ნაკრები 6 hpi-ზე გაანალიზებული იყო კანონიკური R გენის დომენების არსებობისთვის (დამატებითი ცხრილი S7).ამ კვლევამ გამოავლინა კლასიკური დაავადების რეზისტენტობის გენების ტრანსკრიპტომის ინდუქცია NBS-LRR დომენებით მხოლოდ 83A:476-ზე.ეს ნაკრები შედგებოდა ერთი TIR-NBS-LRR გენისაგან (tanjilg_05042), ხუთი CC-NBS-LRR გენისაგან (tanjilg_06165, tanjilg_06162, tanjilg_22773, tanjilg_22640, და tanjilg_16ur16-Rr), და tanjilg_16ur16-Rr. LRRE (tanjilg_16162), ასევე Four NBS-Lrr (tanjilg_16162) და Four NBS-LRR (TANJILG_16162).ყველა ამ გენს აქვს კანონიკური დომენები, რომლებიც განლაგებულია შენახული თანმიმდევრობით.NBS-LRR დომენის გენების გარდა, რამდენიმე RLL კინაზა გააქტიურდა 6 hpi-ზე, კერძოდ, ერთი Boregine-ში (TanjilG_19877), ორი Mandelup-ში (TanjilG_07141 და TanjilG_19877) და 22660 პოპულაციაში (22660G (Tanjil114) და 398-ში. 7:476.
C. lupini-ით (შტამი Col-08) ინოკულაციის საპასუხოდ მნიშვნელოვნად შეცვლილი ექსპრესიის მქონე გენები დაექვემდებარა გენის ონტოლოგიის (GO) გამდიდრების ანალიზს (დამატებითი ცხრილი S8). ყველაზე ხშირად ზედმეტად წარმოდგენილი ბიოლოგიური პროცესის ტერმინი იყო „GO:0006952 თავდაცვის პასუხი“, რომელიც გამოჩნდა 16-დან 6 კომბინაციიდან (დრო × ხაზი) ​​მაღალი მნიშვნელობით (P მნიშვნელობა < 0.001) (ნახ. 2). ყველაზე ხშირად ზედმეტად წარმოდგენილი ბიოლოგიური პროცესის ტერმინი იყო „GO:0006952 თავდაცვის პასუხი“, რომელიც გამოჩნდა 16-დან 6 კომბინაციიდან (დრო × ხაზი) ​​მაღალი მნიშვნელობით (P მნიშვნელობა < 0.001) (ნახ. 2). Наиболее часто черезмерно представленным термином биологического процесса был «GO: 0006952 защитный ответ», который появлялся в 6 из 16 (время × линя) კომბინაციები со высокой, (0006952). ყველაზე ხშირად ზედმეტად წარმოდგენილი ბიოლოგიური პროცესის ტერმინი იყო 'GO:0006952 თავდაცვის პასუხი', რომელიც გამოჩნდა 16-დან 6 კომბინაციიდან (დრო × ხაზი) ​​მაღალი მნიშვნელობით (P მნიშვნელობა < 0,001) (ნახ. 2).最常被过度代表的生物过程术语是"GO:0006952 防御反应"，它出现在16 个（×旻个中，具有高显着性（P 值< 0.001）(图2）). ბიოლოგიური პროცესის ყველაზე წარმომადგენლობითი ტერმინია „GO:0006952 თავდაცვის პასუხი“, რომელიც ჩნდება 16 (时间×线) კომბინაციიდან 6-ში, მაღალი მნიშვნელობით (P მნიშვნელობა <0.001) (图2) . Наиболее часто черезмерно представленным термином биологического процесса был «GO: 0006952 Defense Response», კოторый появлялся в 6 из 16 კომბინაციй (время × линя) со высокой значимостью (2.00) <0.000 P. ყველაზე ხშირად ზედმეტად წარმოდგენილი ბიოლოგიური პროცესის ტერმინი იყო 'GO:0006952 თავდაცვის პასუხი', რომელიც გამოჩნდა 16 კომბინაციიდან 6-ში (დრო × ხაზი) ​​მაღალი მნიშვნელობით (P მნიშვნელობა < 0,001) (ნახ. 2).ეს ტერმინი ზედმეტად იყო წარმოდგენილი 83A-ში ორ დროის წერტილში: 476 და ბორეგინი (6 და 24 hpi) და ერთ დროს Mandelup-სა და Population 22660-ში (12 და 6 hpi, შესაბამისად).ეს არის მოსალოდნელი შედეგი, რომელიც ხაზს უსვამს რეზისტენტული ხაზების ანტიფუნგალურ რეაქციას.გარდა ამისა, 83A:476 უპასუხა C. lupini-ს სწრაფი ინდუცირებით გენებით, რომლებიც დაკავშირებულია ჟანგვის აფეთქებასთან, რომელიც წარმოდგენილია ტერმინით „GO:0055114 რედოქსის პროცესი“, რაც მიუთითებს სპეციფიკურ თავდაცვით პასუხზე, ხოლო ბორეგინმა გამოავლინა სპეციფიური თავდაცვის პასუხები, დაკავშირებული ტერმინთან „GO“.:0006950 სტრესის პასუხი“.პოპულაცია 22660-მა გაააქტიურა ჰორიზონტალური რეზისტენტობის რეაქცია მეორადი მეტაბოლიტების მონაწილეობით, ხაზს უსვამს ტერმინების გადაჭარბებულ რაოდენობას „GO:0016104 ტრიტერპენის ბიოსინთეზის პროცესი“ და „GO:0006722 ტრიტერპენის მეტაბოლიზმის პროცესი“ (ორივე ტერმინი ეკუთვნის გენების ერთსა და იმავე კომპლექტს, ანალიზის და GO რეაქციის გაძლიერების რეაქციის გათვალისწინებით). 22660. გარდა ამისა, ადრეული რეაქცია 83A:476 (6 hpi) და დაგვიანებული რეაქცია Mandelup and Population 22660 მოიცავს ტერმინს GO:0015979 „ფოტოსინთეზი“ და სხვა დაკავშირებულ ბიოლოგიურ პროცესებს.
ბიოპროცესის გენის ონტოლოგიის ტერმინები, რომლებიც შერჩეულია დიფერენციალურად გამოხატული გენების ანოტაციაში, ვიწროფოთლიანი ლუპინის (NLL) ტრანსკრიპტომული პასუხების დროს ჯილეხის ლუპინით (Col-08 შტამი მიღებული ლუპინის მინდვრებიდან მიღებული Wierzhenice, პოლონეთი, 1999 წელს) ტრანსკრიპტომული პასუხების დროს, დიდად არის დანერგილი.გაანალიზებული NLL ხაზები იყო: 83A:476 (რეზისტენტული, ჰომოზიგოტური Lanr1 ალელის მატარებელი), ბორეგინი (რეზისტენტული, უცნობი გენეტიკური ფონი), მანდელუპი (ზომიერად რეზისტენტული, ჰომოზიგოტური AnMan ალელის მატარებელი) და პოპულაცია 22660 (მგრძნობიარე).
იმის გამო, რომ ეს კვლევა მიზნად ისახავდა გენების იდენტიფიცირებას, რომლებიც ხელს უწყობენ ანთრაქნოზის რეზისტენტობას, გენები, რომლებიც მინიჭებული იყო ტერმინებზე GO „GO: 0006952 თავდაცვითი პასუხები“ და „GO: 0055114 რედოქსის პროცესები“ გაანალიზებული იყო წყვეტებით, რადგან საბაზისო ნიშნავს ≥ 30 მინიმუმ ერთი ხაზით.× დროის წერტილი, რომელიც აერთიანებს log2-ის სტატისტიკურად მნიშვნელოვან მნიშვნელობებს (ნაკეც ცვლილება).ამ კრიტერიუმების შესაბამისი გენების რაოდენობა იყო 65 GO:0006952-ისთვის და 524 GO:0055114-ისთვის.
83A:476-მა გამოავლინა ორი DEG მწვერვალი, ანოტირებული ტერმინით GO:0006952, პირველი 6 გენი ინჩზე (64 გენი, ზევით და ქვევით რეგულაცია) და მეორე 24 გენით ინჩზე (15 გენი, მხოლოდ რეგულაციით).ბორეგინმა ასევე აჩვენა, რომ GO:0006952 პიკს მიაღწია იმავე დროს, მაგრამ ნაკლები DEG (11 და 8) და შეღავათიანი გააქტიურებით.მანდელუპმა აჩვენა GO:0006952-ის ორი პიკი 12 და 48 HPI-ზე, ორივეს 12 გენის მატარებელი (პირველი გამააქტიურებელი გენით და მეორე მხოლოდ სუპრესიული გენებით), ხოლო 22660 პოპულაციას 6 HPI-ზე (13 გენი) ჰქონდა ზრდის პიკის უფრო დიდი დომინირება.რეგულირება.უნდა აღინიშნოს, რომ ამ მწვერვალებში GO:0006952 DEG-ის 96.4%-ს ჰქონდა იგივე ტიპის პასუხი (ზემოთ ან ქვევით), რაც მიუთითებს თავდაცვის პასუხებში მნიშვნელოვან გადახურვაზე, მიუხედავად ჩართული გენების რაოდენობაში განსხვავებისა.თანმიმდევრობების უდიდესი ჯგუფი, რომელიც დაკავშირებულია ტერმინთან GO:0006952, კოდირებს შიმშილის სტრესთან ასოცირებულ შეტყობინებას პროტეინს 22 (SAM22-ის მსგავსი), რომელიც მიეკუთვნება მე-10 პათოგენეზთან ასოცირებულ პროტეინს (PR-10) პროტეინის კლადს და ძირითადი პროტეინის ლატექსს.მსგავსი (MLP-ის მსგავსი) ცილა) ცილა (სურ. 3).ორი ჯგუფი განსხვავდებოდა გამოხატვის ბუნებით და პასუხის მიმართულებით.SAM22-ის მსგავსი ცილების მაკოდირებელი გენები აჩვენებდნენ თანმიმდევრულ და მნიშვნელოვან ინდუქციას ადრეულ დროში (6 ან 12 hpi) და ზოგადად არ რეაგირებდნენ ექსპერიმენტის ბოლოს (48 hpi), ხოლო MLP-ის მსგავსი პროტეინები აჩვენებდნენ კოორდინაციას 6 hpi-ზე.hpi.83A:476 და Mandelup 48 hp/in-ზე, თითქმის ყველა სხვა მონაცემთა წერტილი არ რეაგირებდა.გარდა ამისა, განსხვავებები SAM22-ის მსგავსი პროტეინის გენების გამოხატვის პროფილებში მოჰყვა დაკვირვებულ ცვალებადობას ანთრაქნოზის რეზისტენტობაში, რადგან უფრო რეზისტენტულ ხაზებს უფრო მეტი დრო ჰქონდათ, რომლებიც მნიშვნელოვნად იწვევდნენ ამ გენებს, ვიდრე უფრო მგრძნობიარე გენებს.სხვა LlR18A/B-ის მსგავსი PR-10 გენმა აჩვენა გამოხატვის ძალიან მსგავსი ნიმუში SAM22-ის მსგავსი ცილის გენთან.
იდენტიფიცირებული იყო ბიოლოგიური პროცესის ტერმინის „GO:0006952 თავდაცვის პასუხის“ ძირითადი კომპონენტები და Lanr1 და AnMan ალელების კანდიდატი გენების გამოხატვის ნიმუშები.Log2 სკალა წარმოადგენს log2 მნიშვნელობებს (ნაკეც ცვლილებას) ერთდროულად ინოკულირებულ (Colletotrichum lupini, შტამი Col-08, მიღებულ ლუპინის მინდვრებიდან, Wizhenica, პოლონეთი, 1999) და საკონტროლო (მოჩვენებითი დათესვა) მცენარეებს შორის.გაანალიზდა შემდეგი ვიწრო ფოთლოვანი ლუპინის ხაზები: 83A:476 (რეზისტენტული, ჰომოზიგოტური Lanr1 ალელის მატარებელი), ბორეგინი (რეზისტენტული, გენეტიკური ფონი უცნობია), მანდელუპი (ზომიერად რეზისტენტული, ჰომოზიგოტური AnMan ალელის მატარებელი) და პოპულაცია 22660 (მგრძნობიარე).
გარდა ამისა, შეფასდა RNA-seq კანდიდატი გენების Lanr1 (TanjilG_05042) და AnMan (TanjilG_12861) ექსპრესიის პროფილები (ნახ. 3).TanjilG_05042 გენმა აჩვენა მნიშვნელოვანი პასუხი (გააქტიურება) 83A:476 მხოლოდ პირველ დროში (6 hpi), ხოლო TanjilG_12861 იყო მნიშვნელოვანი Mandeloop-ში მხოლოდ ორ დროს: 6 hpi (დაქვეითება) და 24 hpi (6 hpi).თან.).რეგულირებადი)).
ყველაზე მეტად გამოხატული გენები ტერმინში GO:0055114 „რედოქს პროცესი“ იყო გენები, რომლებიც აკოდირებდნენ ციტოქრომ P450 ცილებს და პეროქსიდაზას (ნახ. 4).83A:476-დან იზოლირებული ნიმუშებისთვის 6 HPI-ზე, მაქსიმალური ან მინიმალური log2 (გამრავლების ცვლილება) მნიშვნელობები (გენების 86.6%-ისთვის) ზოგადად დაფიქსირდა აცხოვებულ და საკონტროლო მცენარეებს შორის, რაც ხაზს უსვამს ამ გენოტიპის მაღალ რეაქციას ინოკულაციის სქესზე.83A:476 აჩვენა ყველაზე მნიშვნელოვანი GO: 0055114 DEG 6 hpi-ზე (503 გენი), ხოლო დანარჩენი ხაზები 48 hpi-ზე (Boregine, 31 გენი; Mandelup, 85 გენი; და პოპულაცია 22660, 78 გენი)).GO:0055114 ოჯახის უმეტეს გენებში დაფიქსირდა ვაქცინაციაზე ორი ტიპის პასუხი (გააქტიურება და ინჰიბირება).საინტერესოა, რომ DEG-ების 97,6%-მდე იდენტიფიცირებულია ტერმინისთვის GO: 0055114 მანდელუპში 48 ცხ.ძ. ეს დაკვირვებები მიუთითებს იმაზე, რომ, მიუხედავად მნიშვნელოვნად მცირე მასშტაბისა (ანუ მუტაციური რედოქს გენების რაოდენობა, 85 503-ის წინააღმდეგ), მანდელუპის ადრეული რეაქციის ნიმუში მსგავსია 8-ზე ადრეული ტრანსკრიპტის რეაქციისა. 76.ბორეგინში და 22660 პოპულაციაში ეს კონვერგენცია უფრო დაბალია, შესაბამისად 51.6% და 75.6%.
გამოვლინდა ბიოლოგიური პროცესის ტერმინის „GO:0055114 რედოქს პროცესის“ ძირითადი კომპონენტების გამოხატვის ნიმუშები.Log2 სკალა წარმოადგენს log2 მნიშვნელობებს (ნაკეც ცვლილებას) ერთდროულად ინოკულირებულ (Colletotrichum lupini, შტამი Col-08, მიღებულ ლუპინის მინდვრებიდან, Wizhenica, პოლონეთი, 1999) და საკონტროლო (მოჩვენებითი დათესვა) მცენარეებს შორის.გაანალიზდა შემდეგი ვიწრო ფოთლოვანი ლუპინის ხაზები: 83A:476 (რეზისტენტული, ჰომოზიგოტური Lanr1 ალელის მატარებელი), ბორეგინი (რეზისტენტული, გენეტიკური ფონი უცნობია), მანდელუპი (ზომიერად რეზისტენტული, ჰომოზიგოტური AnMan ალელის მატარებელი) და პოპულაცია 22660 (მგრძნობიარე).
83A:476 ტრანსკრიპტომიური პასუხები C. lupini-ით ინოკულაციაზე (შტამი Col-08) ასევე მოიცავდა გენების კოორდინირებულ გაჩუმებას, რომელიც მიეკუთვნება ტერმინს GO:0015979 „ფოტოსინთეზს“ და სხვა დაკავშირებულ ბიოლოგიურ პროცესებს (ნახ. 5).ეს GO:0015979 DEG ნაკრები შეიცავდა 105 გენს, რომლებიც მნიშვნელოვნად იყო რეპრესირებული 6 hpi-ზე 83A:476-ზე.ამ ქვეჯგუფში, მანდელუპში ასევე დაქვეითებული იყო 37 გენი 48 HPI-ზე და 35 ამავე დროს 22660 პოპულაციაში, მათ შორის 19 DEG საერთო ორივე გენოტიპისთვის.ტერმინთან GO: 0015979 დაკავშირებული DEG-ები არ იყო მნიშვნელოვნად გააქტიურებული არცერთ კომბინაციაში (ხაზი x დრო).
გამოვლინდა ბიოლოგიური პროცესის ტერმინის „GO:0015979 ფოტოსინთეზის“ ძირითადი კომპონენტების გამოხატვის ნიმუშები.Log2 სკალა წარმოადგენს log2 მნიშვნელობებს (ნაკეც ცვლილებას) ერთდროულად ინოკულირებულ (Colletotrichum lupini, შტამი Col-08, მიღებულ ლუპინის მინდვრებიდან, Wizhenica, პოლონეთი, 1999) და საკონტროლო (მოჩვენებითი დათესვა) მცენარეებს შორის.გაანალიზდა შემდეგი ვიწრო ფოთლოვანი ლუპინის ხაზები: 83A:476 (რეზისტენტული, ჰომოზიგოტური Lanr1 ალელის მატარებელი), ბორეგინი (რეზისტენტული, გენეტიკური ფონი უცნობია), მანდელუპი (ზომიერად რეზისტენტული, ჰომოზიგოტური AnMan ალელის მატარებელი) და პოპულაცია 22660 (მგრძნობიარე).
დიფერენციალური ექსპრესიის ანალიზის შედეგების საფუძველზე და სავარაუდოდ ჩართული იყო პათოგენური სოკოების წინააღმდეგ თავდაცვით პასუხებში, ეს შვიდი გენი შეირჩა ექსპრესიის პროფილების რაოდენობრივი დასადგენად რეალურ დროში PCR-ით (დამატებითი ცხრილი S9).
სავარაუდო ცილის გენი TanjilG_10657 მნიშვნელოვნად იყო ინდუცირებული ყველა შესწავლილ ხაზსა და დროში საკონტროლო (მიმიკურ) მცენარეებთან შედარებით (დამატებითი ცხრილები S10, S11).გარდა ამისა, TanjilG_10657-ის გამოხატვის პროფილმა აჩვენა მზარდი ტენდენცია ექსპერიმენტის განმავლობაში ყველა ხაზისთვის.22660 პოპულაციამ აჩვენა TanjilG_10657-ის უმაღლესი მგრძნობელობა ინოკულაციის მიმართ 114-ჯერადი გააქტიურებით და ყველაზე მაღალი ფარდობითი გამოხატვის დონე (4.4 ± 0.4) 24 HPI-ზე (ნახ. 6a).PR10 LlR18A ცილის გენი TanjilG_27015 ასევე აჩვენებდა აქტივაციას ყველა ხაზსა და დროის წერტილებში, სტატისტიკური მნიშვნელობით უმეტეს მონაცემთა წერტილებში (ნახ. 6b).TanjilG_10657-ის მსგავსად, TanjilG_27015-ის ყველაზე მაღალი ფარდობითი გამოხატვის დონე დაფიქსირდა 22660 ინოკულირებულ პოპულაციაში 24 HPI-ზე (19.5 ± 2.4).მჟავა ენდოქიტინაზას გენი TanjilG_04706 მნიშვნელოვნად დარეგულირებული იყო ყველა ხაზში და დროის ყველა წერტილში, გარდა Boregine 6 hpi-ისა (ნახ. 6c).ის ძლიერ იყო ინდუცირებული პირველ დროში (6 HPI) 83A:476-ზე (10,5-ჯერ) და ზომიერად გაიზარდა სხვა ხაზებში (6,6-7,5-ჯერ).ექსპერიმენტის დროს, TanjilG_04706-ის გამოხატულება დარჩა მსგავს დონეზე 83A:476-სა და Boregine-ში, ხოლო Mandelup-სა და Population 22660-ში ის მნიშვნელოვნად გაიზარდა და მიაღწია შედარებით მაღალ მნიშვნელობებს (5,9 ± 1,5 და 6,2 ± 1,5, შესაბამისად).ენდოგლუკან-1,3-β-გლუკოზიდაზას მსგავსი გენი TanjilG_23384 აჩვენა მაღალი აქტივაცია პირველ ორ დროში (6 და 12 hpi) ყველა ხაზში გარდა 22660 პოპულაციისა (ნახ. 6d).TanjilG_23384-ის ყველაზე მაღალი ფარდობითი გამოხატვის დონეები დაფიქსირდა მეორე დროის წერტილში (12 hpi) Mandelup-ში (2.7 ± 0.3) და 83A:476 (1.5 ± 0.1).24 HPI-ზე, TanjilG_23384 გამოხატულება შედარებით დაბალი იყო ყველა შესწავლილ ხაზში (0.04 ± 0.009-დან 0.44 ± 0.12-მდე).
რაოდენობრივი PCR-ით გამოვლენილი შერჩეული გენების (ag) ექსპრესიის პროფილები.რიცხვები 6, 12 და 24 წარმოადგენს ვაქცინაციის შემდეგ საათებს.LanDExH7 და LanTUB6 გენები გამოიყენებოდა ნორმალიზებისთვის და LanTUB6 გამოიყენებოდა სერიებს შორის კალიბრაციისთვის.შეცდომის ზოლები წარმოადგენს სტანდარტულ გადახრას, რომელიც დაფუძნებულია სამ ბიოლოგიურ რეპლიკაზე, რომელთაგან თითოეული არის სამი ტექნიკური გამეორების საშუალო მაჩვენებელი. განსხვავებების სტატისტიკური მნიშვნელოვნება გამოხატვის დონეებს შორის ინოკულირებულ (Colletotrichum lupini, შტამი Col-08, მიღებული 1999 წელს ლუპინის მინდვრიდან Wierzenica, პოლონეთი) და საკონტროლო (იმიტირებულად დათესილი) მცენარეებს შორის მონიშნულია მონაცემთა წერტილების ზემოთ (*P მნიშვნელობა <0.05, **P მნიშვნელობა *** 0). განსხვავებების სტატისტიკური მნიშვნელოვნება გამოხატვის დონეებს შორის ინოკულირებულ (Colletotrichum lupini, შტამი Col-08, მიღებული 1999 წელს ლუპინის მინდვრიდან Wierzenica, პოლონეთი) და საკონტროლო (იმიტირებულად დათესილი) მცენარეებს შორის მონიშნულია მონაცემთა წერტილების ზემოთ (*P მნიშვნელობა <0.05, **P მნიშვნელობა *** 0). Статистическая значимость различий в уровнях экспрессии между инокулированными (Colletotrichum lupini, штамм Col-08, poluchen in 1999 წ. со поля люпина в Верженице, Польша) და კონტროლერით х (*მნიშვნელობა P <0,05, **მნიშვნელობა P ≤ 0,01, ***მნიშვნელობა P ≤ 0,001). სტატისტიკურად მნიშვნელოვანი განსხვავებები ექსპრესიის დონეებში ინოკულირებულ (Colletotrichum lupini, შტამი Col-08, მიღებული 1999 წელს ლუპინის მინდვრიდან ვიერჟენიცში, პოლონეთი) და საკონტროლო (შემთხვევით დათესილი) მცენარეებს შორის აღინიშნა მონაცემთა წერტილების ზემოთ (*P მნიშვნელობა < 0.05, **P-მნიშვნელობა ≤1.0, 0.0).接种（Colletotrichum lupini，Col-08株，1999年从波兰Wierzenica的羽扇豆田获得）和对照（模觋漢水平差异的统计学显着性标记在数据点上方（*P值< 0,05, **P 值≤ 0,01, ***P 倂0≤接种 (colletotrichum lupini ， color-08 株 ， 1999 წელი平 差异 的 统计学 显着性 标记 数据点 上方*p 值 <0.05, **P ≤ 0.01, ***P ≤ 0.001) Статистически расте значимые различия в уровнях экспрессии между инокулированными (Colletotrichum lupini, штамм Col-08, полученный со полей люпина в Верженице, Польша, в 1999 წ.) нных (* მნიშვნელობა P < 0,05, ** P-მნიშვნელობა ≤ 0,01, ***P-მნიშვნელობა ≤ 0,001). სტატისტიკურად მნიშვნელოვანი განსხვავებები ექსპრესიის დონეებში ინოკულირებულ (Colletotrichum lupini, შტამი Col-08, მიღებული ლუპინის მინდვრებიდან ვერჟენიცში, პოლონეთი, 1999 წელს) და საკონტროლო (მოჩვენებითი დათესვა) მცენარეებს შორის აღინიშნა მონაცემთა წერტილების ზემოთ (*P მნიშვნელობა < 0.05 , **P-მნიშვნელობა .≥0-0.0.გაანალიზებული NLL ხაზები იყო: 83A:476 (რეზისტენტული, ჰომოზიგოტური Lanr1 ალელის მატარებელი), მანდელუპი (ზომიერად რეზისტენტული, ჰომოზიგოტური AnMan ალელის მატარებელი), ბორეგინი (რეზისტენტული, უცნობი გენეტიკური ფონი) და პოპულაცია 22660 (მგრძნობიარე).
კანდიდატმა გენი TanjilG_05042 Lanr1 ლოკუსზე აჩვენა მკვეთრად განსხვავებული გამოხატვის ნიმუში რნმ-seq კვლევებიდან მიღებული პროფილებისგან (ნახ. 6e).ამ გენის მნიშვნელოვანი გააქტიურება დაფიქსირდა მანდელუპში და 22660 პოპულაციაში (39,7-მდე და 11,7-ჯერ, შესაბამისად), რის შედეგადაც გამოვლინდა შედარებით მაღალი დონე (1,4 ± 0,14 და 7,2 ± 1,3, შესაბამისად).83A:476-მა ასევე გამოავლინა TanjilG_05042 გენის გარკვეული რეგულაცია (3,8-ჯერ), თუმცა, მიღწეული ფარდობითი გამოხატვის დონეები (0,044 ± 0,002) 30-ჯერ უფრო დაბალი იყო ვიდრე Mandelup-ში და 22660 პოპულაციაში დაფიქსირებული.qPCR-ით გაანალიზებულმა აჩვენა მნიშვნელოვანი განსხვავებები გამოხატვის დონეებში გენოტიპებს შორის იმიტირებულ ვაქცინირებულ (საკონტროლო) ვარიანტებში, რაც მიაღწია 58-ჯერ განსხვავებას 22660 და 83A:476 პოპულაციებს შორის, ასევე 22660 და 22660 პოპულაციებს შორის. ორმაგი განსხვავება მიღწეული იყო Boregine-სა და Mandalup.-ს შორის.
კანდიდატი გენი AnMan ლოკუსში, TanjilG_12861, გააქტიურდა ვაქცინაციის საპასუხოდ 83A:476-ში და Mandelup-ში, იყო ნეიტრალური 22660 პოპულაციაში და დაქვეითებული იყო ბორეგინში (ნახ. 6f).TanjilG_12861 გენის ფარდობითი გამოხატულება იყო ყველაზე მაღალი ინოკულირებულ 83A-ში: 476 (0.14±0.01).17.4 kDa I კლასის სითბური შოკის პროტეინის გენი TanjilG_05080 HSP17.4 აჩვენა დაბალი ფარდობითი გამოხატვის დონეები ყველა შესწავლილ შტამებში და დროში (ნახ. 6გ).ყველაზე მაღალი მნიშვნელობა დაფიქსირდა 24 HPI-ზე 22660 პოპულაციაში (0.14 ± 0.02, რვაჯერ ზრდა ვაქცინაციის საპასუხოდ).
გენის ექსპრესიის პროფილების შედარებამ (ნახ. 7) გამოავლინა მაღალი კორელაცია TanjilG_10657-სა და ოთხ სხვა გენს შორის: TanjilG_27015 (r = 0,89), TanjilG_05080 (r = 0,85), TanjilG_05042 (r = 0,707G (r = 0,80) და 4.ასეთი შედეგები შეიძლება მიუთითებდეს ამ გენების თანარეგულაციაზე თავდაცვითი რეაქციების დროს.TanjilG_12861 და TanjilG_23384 გენებმა აჩვენეს განსხვავებული გამოხატვის პროფილები Pearson-ის ქვედა კორელაციის კოეფიციენტის მნიშვნელობებით (0,08-დან 0,43-მდე და -0,19-დან 0,28-მდე, შესაბამისად) სხვა გენებთან შედარებით.
კორელაციები გენის ექსპრესიის პროფილებს შორის გამოვლინდა რაოდენობრივი PCR-ის გამოყენებით.გაანალიზდა შემდეგი ვიწრო ფოთლოვანი ლუპინის ხაზები: 83A:476 (რეზისტენტული, ჰომოზიგოტური Lanr1 ალელის მატარებელი), მანდელუპი (ზომიერად რეზისტენტული, ჰომოზიგოტური AnMan ალელის მატარებელი), ბორეგინი (რეზისტენტული, გენეტიკური ფონი უცნობია) და პოპულაცია 22660 (მგრძნობიარე).გამოითვალა სამი დროის წერტილი (ინოკულაციის შემდეგ 6, 12 და 24 საათის განმავლობაში), მათ შორის ინოკულირებული (Colletotrichum lupini, შტამი Col-08, მიღებული ლუპინის მინდვრებიდან Wierzhenice, პოლონეთი, 1999 წელს) და საკონტროლო (შამ-ვანოკულირებული) მცენარეები.სკალა აჩვენებს პირსონის კორელაციის კოეფიციენტის მნიშვნელობას.
ინჩზე 6 ცხენის ძალაზე მიღებულ მონაცემებზე დაყრდნობით, WGCNA შესრულდა 9981 DEG-ზე, გამოვლენილი ინოკულირებული და საკონტროლო მცენარეების შედარებით ადრეულ თავდაცვით პასუხებზე ფოკუსირებისთვის (დამატებითი ცხრილი S12).ნაპოვნი იქნა ოცდაორი გენის მოდული (კლასტერი) გენოტიპებსა და ექსპერიმენტულ ვარიანტებს შორის კორელირებული (დადებითი ან უარყოფითი) გამოხატვის პროფილებით. საშუალოდ, გენის ექსპრესიის დონეები მცირდებოდა თანმიმდევრობით 83A:476 > Mandelup > Boregine > Population 22660 (თუმცა ორივე ვარიანტში ეს ტენდენცია უფრო ძლიერი იყო საკონტროლო მცენარეებში). საშუალოდ, გენის ექსპრესიის დონეები მცირდებოდა თანმიმდევრობით 83A:476 > Mandelup > Boregine > Population 22660 (თუმცა ორივე ვარიანტში ეს ტენდენცია უფრო ძლიერი იყო საკონტროლო მცენარეებში). В среднем уровни экспрессии генов снижались в порядке 83A:476 > Mandelup > Boregine > Population 22660 (в обоих варијантах, однако, эта тенденция была сильнее у контрольных растений). საშუალოდ, გენის ექსპრესიის დონე შემცირდა რიგით 83A:476 > Mandelup > Boregine > Population 22660 (თუმცა ორივე ვარიანტში ეს ტენდენცია უფრო ძლიერი იყო საკონტროლო მცენარეებში).平均而言，基因表达水平按83A:476 > Mandelup > Boregine > მოსახლეობა 22660 的顺序下降（然而，在两在对照植物中更强）.平均 而 言 ， 基因 水平 按 按 83a: 476> mandelup> boregine> მოსახლეობა 22660 的 顺序 下降 （， 下降 （， 在在 植物 中 更）………………….. In среднем уровни экспрессии генов снижались в ряду 83A:476 > Mandelup > Boregine > Population 22660 (однако в обоих варијантах эта тенденция была сильнее у контрольных растений). საშუალოდ, გენის ექსპრესიის დონე მცირდება სერიაში 83A:476 > Mandelup > Boregine > Population 22660 (თუმცა, ორივე ვარიანტში ეს ტენდენცია უფრო ძლიერი იყო საკონტროლო მცენარეებში).ვაქცინაციამ გამოიწვია გენის ექსპრესიის რეგულაცია, განსაკუთრებით 18, 19, 14, 6 და 1 მოდულებში (ეფექტის კლებადობით), ნეგატიური რეგულირებით (მაგ. 9 და 20 მოდულები) ან ნეიტრალური ეფექტებით (მაგ. 11, 22, 8 და 13 მოდულები).GO ტერმინის გამდიდრების ანალიზმა (დამატებითი ცხრილი S13) გამოავლინა „GO: 0006952 დამცავი პასუხები“ ინოკულირებული მოდულისთვის (18) მაქსიმალური აქტივაციით, qPCR-ით გაანალიზებული გენების ჩათვლით (TanjilG_04706, TanjilG_23384, TanjilG_23384, TanjilG_23384, TanjilG_1065, TanjilG_1065, TanjilG_1065). დაპრესილი ფოტოსინთეზის მოდულები (9).მოდულის 18 კონცენტრატორი (ნახ. 8) იდენტიფიცირებული იყო, როგორც TanjilG_26536 გენი, რომელიც აკოდირებს PR-10-ის მსგავსი LlR18B პროტეინს, და მოდულის 9 კონცენტრატორი იდენტიფიცირებული იყო, როგორც TanjilG_28955 გენი, რომელიც აკოდირებს ფოტოსისტემის II PsbQ პროტეინს.ანთრაქნოზის რეზისტენტობის კანდიდატი გენი Lanr1, TanjilG_05042, ნაპოვნი იქნა 22 მოდულში (ნახ. 9) და ასოცირდება ტერმინებთან „GO:0044260 უჯრედული მაკრომოლეკულური მეტაბოლური პროცესები“ და „GO:0006355 ტრანსკრიპციული რეგულაცია, დნმ-ის შაბლონი“_01212G.b.გენი აკოდირებს სითბოს სტრესის ტრანსკრიფციის ფაქტორს A-4a (HSFA4a).
მოდულების გენის თანაგამოხატვის შეწონილი ქსელის ანალიზი ბიოლოგიური პროცესის ზედმეტად წარმოდგენილი ტერმინებით „GO: 0006952 თავდაცვის პასუხები“.ლიგირება გამარტივდა, რათა გამოეყო qPCR-ით გაანალიზებული ოთხი გენი (TanjilG_04706, TanjilG_23384, TanjilG_10657 და TanjilG_27015).
მოდულის გენის თანაგამოხატვის შეწონილი ქსელის ანალიზი, ზედმეტად წარმოდგენილი ბიოლოგიური პროცესის ტერმინით „GO: 0006355: ტრანსკრიპციული რეგულირება, დნმ-ის შაბლონი“ და მატარებელი კანდიდატი ანთრაქნოზის წინააღმდეგობის გენის Lanr1 TanjilG_05042.ლიგირება გამარტივდა TanjilG_05042 გენის და ცენტრალური TanjilG_01212 გენის იზოლირებისთვის.
ავსტრალიაში შეგროვებულმა ანტრაქნოზის წინააღმდეგობის სკრინინგმა აჩვენა, რომ ადრე გამოშვებული ჯიშების უმეტესობა მგრძნობიარე იყო;Kalya, Coromup და Mandelup აღწერილია, როგორც ზომიერად რეზისტენტული, ხოლო Wonga, Tanjil და 83A:476 აღწერილია, როგორც მაღალი გამძლეობით26,27,31.ჰქონდათ იგივე წინააღმდეგობის ალელი, დანიშნული Lanr1, ხოლო Coromup-სა და Mandelup-ს ჰქონდათ განსხვავებული ალელი, დანიშნული AnMan10, 26, 39, ხოლო კალიამ გადასცა სხვა ალელი., Lanr2.გერმანიაში ანთრაქნოზის რეზისტენტობის სკრინინგმა გამოიწვია რეზისტენტული ხაზის Bo7212 იდენტიფიცირება კანდიდატ ალელთან Lanr1-ის გარდა, სახელწოდებით LanrBo36.
ჩვენმა კვლევამ გამოავლინა Lanr1 ალელის ძალიან დაბალი სიხშირე (დაახლოებით 6%) შემოწმებულ ჩანასახში.ეს დაკვირვება შეესაბამება აღმოსავლეთ ევროპის გერპლაზმის სკრინინგის შედეგებს Anseq3 და Anseq4 მარკერების გამოყენებით, რამაც აჩვენა, რომ Lanr1 ალელი იმყოფება მხოლოდ ორ ბელორუსულ ხაზში.ეს იმაზე მეტყველებს, რომ Lanr1 ალელი ჯერ კიდევ არ არის ფართოდ გამოყენებული ადგილობრივი მეცხოველეობის პროგრამების მიერ, განსხვავებით ავსტრალიისგან, სადაც ის არის ერთ-ერთი მთავარი ალელი მარკერის დახმარებით.ეს შეიძლება გამოწვეული იყოს Lanr1 ალელის მიერ ავსტრალიურ მოხსენებასთან შედარებით ევროპის საველე პირობებში გამძლეობის დაბალი დონით.გარდა ამისა, ანთრაქნოზის კვლევებმა ავსტრალიის მაღალ წვიმიან რაიონებში აჩვენა, რომ რეზისტენტობის რეაქცია, რომელსაც შუამავლობს Lanr1 ალელი, შეიძლება არ იყოს ეფექტური ამინდის პირობებში, რაც ხელს უწყობს პათოგენის ზრდას და სწრაფ განვითარებას19,42.სინამდვილეში, წინამდებარე კვლევაში ანთრაქნოზის ზოგიერთი სიმპტომი ასევე დაფიქსირდა Lanr1 ალელის მატარებელ გენოტიპებში, რაც ვარაუდობს, რომ რეზისტენტობა შეიძლება გაქრეს C. lupini-ს განვითარების ოპტიმალურ პირობებში.გარდა ამისა, Anseq3 და Anseq4 მარკერების არსებობის ცრუ დადებითი ინტერპრეტაციები, რომლებიც Lanr1 ლოკუსიდან დაახლოებით 1 სმ დაშორებით, შესაძლებელია 28,30,43.
ჩვენმა კვლევამ აჩვენა, რომ 83A:476, რომელიც ატარებს Lanr1 ალელს, უპასუხა C. lupini ინოკულაციას ფართომასშტაბიანი ტრანსკრიპტომის რეპროგრამით პირველ გაანალიზებულ დროში (6 hpi), ხოლო Mandelup-ში, რომელიც ატარებს AnMan ალელს, ტრანსკრიპტომიური პასუხები დაფიქსირდა გაცილებით გვიან.(24-დან 48 ცხ.ძ-მდე).თავდაცვითი რეაქციების ეს დროებითი ვარიაციები დაკავშირებულია დაავადების სიმპტომების განსხვავებულობასთან, რაც ხაზს უსვამს პათოგენის ადრეული ამოცნობის მნიშვნელობას რეზისტენტობაზე წარმატებული რეაგირებისთვის.მცენარეული ქსოვილის დასაინფიცირებლად ჯილეხის სპორებმა უნდა გაიარონ განვითარების რამდენიმე ეტაპი მასპინძლის ზედაპირზე, მათ შორის გაღივება, უჯრედების გაყოფა და აპრესორიუმის ფორმირება.დანამატი არის ინფექციური სტრუქტურა, რომელიც მიმაგრებულია მასპინძლის ზედაპირზე და ხელს უწყობს მასპინძლის ქსოვილებში შეღწევას.ამრიგად, ბარდის ექსტრაქტში C. gloeosporioides-ის სპორები აჩვენებდნენ ბირთვის პირველ გაყოფას ინკუბაციიდან 75-90 წუთის შემდეგ, ჩანასახის მილის წარმოქმნას 90-120 წუთის შემდეგ და ჩახშობას 4 საათის შემდეგ 45 .მანგოს C. gloeosporioides-მა აჩვენა 40%-ზე მეტი კონიდური გაღივება ინკუბაციიდან 3 საათის შემდეგ და დაახლოებით 20% აპრესორების წარმოქმნა 4 საათის შემდეგ.C. gloeosporioides-ის ვირულენტობასთან ასოცირებული CAP20 გენი აჩვენებდა ტრანსკრიპციულ აქტივობას ეპიფიტის წარმომქმნელ კონიდიებში 3.5 საათის ინკუბაციის შემდეგ ავოკადოს ზედაპირულ ცვილში CAP20 ცილის მაღალი კონცენტრაციით 4 სთ 46 წუთის შემდეგ.ანალოგიურად, მელანინის ბიოსინთეზის გენების აქტივობა C. trifolii-ში იყო გამოწვეული 2-საათიანი ინკუბაციის დროს, რასაც მოჰყვა აპრესორიუმის ფორმირება 1 საათის შემდეგ.ფოთლის ქსოვილების კვლევებმა აჩვენა, რომ C. acutatum-ით ინოკულირებულ მარწყვს აქვს პირველი დათრგუნვა 8 hpi-ზე, ხოლო C. coccodes-ით ინოკულირებულ პომიდორს აქვს პირველი სუპრესია 4 hpi48,49.დიდწილად შეესაბამება Colletotrichum spp-ის დროის შკალას.ინფექციური პროცესი.სწრაფი თავდაცვითი პასუხები 83A:476-ზე ვარაუდობს მცენარეთა რეზისტენტობისა და ეფექტურ-გამომწვევი იმუნიტეტის (ETI) გენების ჩართვას ამ ხაზში, ხოლო მანდელაპის დაგვიანებული პასუხები მხარს უჭერს მიკრო-ასოცირებულ მოლეკულური ნიმუშით გამოწვეული იმუნიტეტის (MTI) ჰიპოთეზას 50. ადრეული პასუხები 83A: 476 და Mandelup.დაგვიანებულ პასუხში ზევით ან ქვევით რეგულირებულ გენებს შორის ნაწილობრივი გადაფარვა ასევე მხარს უჭერს ამ კონცეფციას, რადგან ETI ხშირად განიხილება, როგორც დაჩქარებული და გაძლიერებული MTI პასუხი, რომელიც მთავრდება ინფექციის ადგილზე უჯრედების დაპროგრამებულ სიკვდილში, რომელიც ცნობილია როგორც ანაფილაქსიური შოკი 51,52.
გენების უმეტესობა მიეკუთვნება ზედმეტად წარმოდგენილ ტერმინს Gene Ontology GO:0006952 „თავდაცვითი პასუხი“ არის სტრესით გამოწვეული სამარხვო შეტყობინების 22 პროტეინის 11 ჰომოლოგი (SAM22-ის მსგავსი) და შვიდი ძირითადი ლატექსის ცილის მსგავსი (MLPs).-მსგავსი პროტეინები 31, 34, 43 და 423 აჩვენებდნენ თანმიმდევრობის მსგავსებას.SAM22-ის მსგავსმა გენებმა აჩვენეს მნიშვნელოვანი აქტივაცია, რომელიც უფრო მეტხანს გაგრძელდა, აჩვენა ანთრაქნოზის წინააღმდეგობის გაზრდილი დონე (83A:476 და ბორეგინი).თუმცა, MLP-ის მსგავსი გენები დაქვეითებული იყო მხოლოდ კანდიდატის წინააღმდეგობის ალელის მატარებელ ხაზებში (83A:476/Lanr1 6 hpi-ზე და Mandelup/AnMan 24 hpi-ზე).უნდა აღინიშნოს, რომ ყველა იდენტიფიცირებული SAM22-ის მსგავსი ჰომოლოგები წარმოიქმნება გენების კლასტერიდან, რომელიც მოიცავს დაახლოებით 105 კბ-ს, ხოლო MLP-ის მსგავსი გენები წარმოიქმნება გენომის ცალკეული რეგიონებიდან.ასეთი SAM22-ის მსგავსი გენების კოორდინირებული გააქტიურება ასევე იქნა ნაპოვნი Diaporthetoxica-ს ინოკულაციისადმი NLL რეზისტენტობის ჩვენს წინა კვლევაში, რაც ვარაუდობს, რომ ისინი მონაწილეობენ თავდაცვის პასუხის ჰორიზონტალურ კომპონენტებში.ამ დასკვნას ასევე მხარს უჭერს SAM22-ის მსგავსი გენების დადებითი პასუხი დაზიანებაზე ან სალიცილის მჟავით, სოკოს ინდუქტორებით ან წყალბადის ზეჟანგით მკურნალობაზე.
ნაჩვენებია, რომ MLP-ის მსგავსი გენები პასუხობენ სხვადასხვა აბიოტურ და ბიოტურ სტრესებს, მათ შორის ბაქტერიულ, ვირუსულ და პათოგენურ სოკოვან ინფექციებს მცენარის ბევრ სახეობაში55.მცენარეებსა და პათოგენებს შორის გარკვეულ ურთიერთქმედებებზე რეაგირების მიმართულებები მერყეობდა მკვეთრად გაზრდილიდან (ანუ ბამბის Verticillium dahliae-ით ინვაზიის დროს) მნიშვნელოვნად კლებამდე (ანუ ვაშლის ხის Alternaria spp. ინფექციის შემდეგ)56,57.MLP-ის მსგავსი 423 გენის მნიშვნელოვანი დაქვეითება დაფიქსირდა F. niger ინფექციის მიმართ ავოკადოს დაცვის დროს და ვაშლის ხის Botryosphaeria berengeriana f ინფექციის დროს.კნ.piricola და Alternaria alternata არის ვაშლის პათოტიპები58,59.გარდა ამისა, ვაშლის კალიებს, რომლებიც ზედმეტად გამოხატავს MLP-ის მსგავს 423 გენს, ჰქონდათ რეზისტენტობასთან ასოცირებული გენების დაბალი გამოხატულება და უფრო მგრძნობიარე იყო სოკოვანი ინფექციის მიმართ59.Fusarium oxysporum f-ის შემდეგ, MLP-ის მსგავსი 423 გენი ასევე დათრგუნული იყო რეზისტენტული ჩვეულებრივი ლობიოს ჩანასახში.კნ.ლობიოს ინფექცია 60.
PR-10 ოჯახის სხვა წევრები, რომლებიც იდენტიფიცირებულია ჩვენს RNA-seq კვლევაში, იყო LlR18A და LlR18B გენები ზერეგულაციის საპასუხოდ, ისევე როგორც ზერეგულირებული (1 გენი) ან დაქვეითებული (3 გენი) გენი ლიპიდური გადამტანი ცილისთვის DIR1..გარდა ამისა, WGCNA ხაზს უსვამს LlR18B გენს, როგორც კერას ამ მოდულში, რომელიც ძალიან მგრძნობიარეა ვაქცინაციის მიმართ და ატარებს რამდენიმე დამცავი პასუხის გენს.LlR18A და LlR18B გენები ინდუცირებული იყო ყვითელ ლუპინის ფოთლებში პათოგენური ბაქტერიების საპასუხოდ, ისევე როგორც NLL ღეროებში D. toxica ინოკულაციის შემდეგ, ხოლო ამ გენების ბრინჯის ჰომოლოგი, RSOsPR10, სწრაფად იყო ინდუცირებული სოკოვანი ინფექციით, რომელიც სავარაუდოდ ჩართული იყო მჟავას31,61, jasmon სიგნალის გზაზე. არასპეციფიკური ლიპიდური სატრანსპორტო ცილები, რომლებიც საჭიროა სისტემური შეძენილი რეზისტენტობის (SAR) დასაწყებად.დამცავი რეაქციების განვითარებით, DIR1 ცილა ტრანსპორტირდება ინფექციის ფოკუსიდან ფლოემით, რათა გამოიწვიოს SAR შორეულ ორგანოებში.საინტერესოა, რომ TanjilG_02313 DIR1 გენი მნიშვნელოვნად იყო ინდუცირებული პირველ დროში ხაზებში 84A:476 და პოპულაცია 22660, მაგრამ ანთრაქნოზის წინააღმდეგობა წარმატებით განვითარდა მხოლოდ ხაზში 84A:476.ეს შეიძლება მიუთითებდეს DIR1 გენის გარკვეულ სუბფუნქციონალიზაციაზე NLL-ში, ვინაიდან დარჩენილი სამი ჰომოლოგი პასუხობდა ინოკულაციას მხოლოდ 83A:476 ხაზში 6 hpi-ზე და ეს პასუხი მიმართული იყო ქვევით.
ჩვენს კვლევაში, ყველაზე გავრცელებული კომპონენტები, რომლებიც შეესაბამება ბიოლოგიურ პროცესს სახელწოდებით „GO:0055114 Redox process“ იყო ციტოქრომ P450 ცილა, პეროქსიდაზა, ლინოლეინის მჟავა 9S-/13S-ლიპოქსიგენაზა და 1-ამინოციკლოპროპან-1-კარბოქსილის მჟავა ოქსიდაზა.გარდა ამისა, ჩვენი WGCNA განსაზღვრავს HSFA4a ჰომოლოგს, როგორც ცენტრს, რომელიც ატარებს მოდულებს, როგორიცაა Lanr1 წინააღმდეგობის გენის კანდიდატი TanjilG_05042.HSFA4a არის მცენარეებში ბირთვული ტრანსკრიპციის რედოქსზე დამოკიდებული რეგულირების კომპონენტი.
ციტოქრომ P450 პროტეინები არის ოქსიდორედუქტაზები, რომლებიც ახდენენ NADPH და/ან O2-დამოკიდებულ ჰიდროქსილირების რეაქციებს პირველად და მეორად მეტაბოლიზმში, მათ შორის ქსენობიოტიკების მეტაბოლიზმში, ასევე ჰორმონებს, ცხიმოვან მჟავებს, სტეროლებს, უჯრედის კედლის კომპონენტებს, ბიოპოლიმერებს და ბიოსინთეზს. ფუნქცია შემცირდა -10.6 log2-დან (გამრავლების ცვლილება) 5.7-მდე შეცვლილი ჰომოლოგების დიდი რაოდენობით (37) და სპეციფიკურ გენებს შორის რეაგირების შაბლონებში განსხვავებების გამო, რაც ასახავს ზევით რევიზიას..მხოლოდ RNA-seq მონაცემების გამოყენება NLL გენების სავარაუდო ბიოლოგიური ფუნქციის გასარკვევად ცილების ასეთ დიდ ზეოჯახში ძალიან სპეკულაციური იქნებოდა.თუმცა, აღსანიშნავია, რომ ციტოქრომ P450 ზოგიერთი გენი ასოცირდება გაზრდილ წინააღმდეგობასთან პათოგენური სოკოების ან ბაქტერიების მიმართ, მათ შორის, წვლილი ალერგიულ რეაქციებში69,70,71.
III კლასის პეროქსიდაზები არის მცენარეთა მრავალფუნქციური ფერმენტები, რომლებიც მონაწილეობენ მეტაბოლურ პროცესებში მცენარის ზრდისა და განვითარების დროს, აგრეთვე გარემო სტრესების საპასუხოდ, როგორიცაა მარილიანობა, გვალვა, სინათლის მაღალი ინტენსივობა და პათოგენის შეტევა72.პეროქსიდაზები ჩართულია მცენარეთა რამდენიმე სახეობის ურთიერთქმედებაში ანტრაციზთან, მათ შორის Stylosanthes humilis და C. gloeosporioides, Lens culinaris და C. truncatum, Phaseolus vulgaris და C. lindemuthianum, Cucumis sativus და C. lagenarium73,76.75.რეაქცია ძალიან სწრაფია, ზოგჯერ 4 HPI-ზეც კი, სანამ სოკო მცენარეულ ქსოვილში შეაღწევს73.პეროქსიდაზას გენი ასევე პასუხობდა D. toxica NLL ინოკულაციას.ოქსიდაციური აფეთქების რეგულირების ან ოქსიდაციური სტრესის აღმოსაფხვრელად მათი ტიპიური ფუნქციების გარდა, პეროქსიდაზებს შეუძლიათ ხელი შეუშალონ პათოგენის ზრდას, შექმნიან ფიზიკურ ბარიერებს უჯრედის კედლის გამაგრების საფუძველზე ლიგნიფიკაციის, ქვედანაყოფის ან კონკრეტული ნაერთების ჯვარედინი დაკავშირების დროს.ეს ფუნქცია შეიძლება მიეწეროს სილიკოში TanjilG_03329 გენს, რომელიც აკოდირებს სავარაუდო ლიგნინის წარმომქმნელ ანიონ პეროქსიდაზას, რომელიც მნიშვნელოვნად დარეგულირდა ჩვენს კვლევაში 83A:476 რეზისტენტულ ხაზში 6 HPI-ზე, მაგრამ არა სხვა შტამებსა და დროში, რომლებიც არ რეაგირებდნენ.
ლინოლეინის მჟავას 9S-/13S-ლიპოქსიგენაზა არის პირველი საფეხური ლიპიდური ბიოსინთეზის ოქსიდაციურ გზაზე78.ამ გზის პროდუქტებს აქვთ მრავალი ფუნქცია მცენარის დაცვაში, მათ შორის უჯრედის კედლის გაძლიერება კალოზისა და პექტინის დეპოზიტების წარმოქმნით და ოქსიდაციური სტრესის რეგულირება რეაქტიული ჟანგბადის სახეობების წარმოქმნით79,80,81,82,83.წინამდებარე კვლევაში, ლინოლეინის მჟავას 9S-/13S-ლიპოქსიგენაზას ექსპრესია შეცვლილი იყო ყველა შტამში, მაგრამ მგრძნობიარე პოპულაციაში 22660, ზერეგულაცია ჭარბობდა დროის სხვადასხვა მომენტში, ხოლო შტამებში, რომლებიც ატარებენ რეზისტენტულ Lanr1-ს და AnMan ალელს, ეს ხაზს უსვამს დივერსიფიკაციას ამ გენლიპინოტიპის ფენების დამცავ ფენებს შორის.
1-ამინოციკლოპროპან-1-კარბოქსილატ ოქსიდაზას (ACO) ჰომოლოგი მნიშვნელოვნად დაქვეითებული იყო (9 გენი) ან დაქვეითებული (2 გენი) ლუპინით ინოკულაციისას.ორი გამონაკლისის გარდა, ყველა ეს პასუხი მოხდა 6 ცხ.ძ.83A:476-ზე.ACO ცილების შუამავლობით გამოწვეული ფერმენტული რეაქცია არის სიჩქარის შემზღუდველი საფეხური ეთილენის წარმოებაში და, შესაბამისად, ძალიან რეგულირდება84.ეთილენი არის მცენარეული ჰორმონი, რომელიც ასრულებს მრავალფეროვან როლს მცენარის განვითარების რეგულირებაში და აბიოტური და ბიოტური სტრესის პირობებზე რეაგირებაში.ACO-ს ტრანსკრიფციის ინდუქცია და ეთილენის სასიგნალო გზის გააქტიურება მონაწილეობს ბრინჯის წინააღმდეგობის გაზრდაში ჰემიბიოტროფული სოკოს oryzae oryzae-ს მიმართ რეაქტიული ჟანგბადის სახეობებისა და ფიტოალექსინების წარმოების რეგულირებით.ფოთლის ინფექციის ძალიან მსგავსი პროცესი, რომელიც ნაპოვნია M. oryzae-სა და C. lupini88,89-ს შორის, ACO ჰომოლოგების მნიშვნელოვანი რეგულაციის ფონზე 83A:476 ხაზში, რომელიც მოხსენებულია ამ კვლევაში, ცვლის NLL ანთრაქნოზა ეთილენისადმი წინააღმდეგობის მინიჭების შესაძლებლობას, როგორც სასიგნალო ცენტრალურ საფეხურს მოლეკულურ გზებში.
წინამდებარე კვლევაში, ფოტოსინთეზთან დაკავშირებული მრავალი გენის ფართომასშტაბიანი ჩახშობა დაფიქსირდა 6 hpi-ზე 83A:476-ში და 48 hpi-ზე Mandeloop-ში და 22660 პოპულაციაში.ამ ცვლილებების მასშტაბი და პროგრესირება დონის პროპორციულია.ამ ექსპერიმენტში დაფიქსირდა ანტრაქნოზის წინააღმდეგობა.ბოლო დროს, ფოტოსინთეზთან დაკავშირებული ტრანსკრიპტების ძლიერი და ადრეული რეპრესია დაფიქსირდა მცენარე-პათოგენის ურთიერთქმედების რამდენიმე მოდელში, მათ შორის პათოგენურ ბაქტერიებსა და სოკოებში.აჩქარებამ (ზოგიერთ ურთიერთქმედებაში 2 HPI-დან) და ფოტოსინთეზთან დაკავშირებული გენების გლობალურ დათრგუნვას ინფექციის საპასუხოდ, შეიძლება გამოიწვიოს მცენარეთა იმუნიტეტი რეაქტიული ჟანგბადის სახეობების განლაგებით და მათი ურთიერთქმედებით სალიცილის მჟავას გზაზე, რათა გამოიწვიოს ალერგიული რეაქციები 90,94.
დასკვნის სახით, თავდაცვის პასუხის მექანიზმები შემოთავაზებული ყველაზე რეზისტენტული ხაზისთვის (83A:476) მოიცავს პათოგენის სწრაფ ამოცნობას R გენის მიერ (სავარაუდოდ TIR-NBS-LRR TanjilG_05042) და ალერგიული პასუხის შუამავლობით სალიცილის მჟავას და ეთილენის სიგნალიზაციას, რასაც მოჰყვება გრძელვადიანი SAR.მოქმედებას მხარს უჭერს DIR-1 ცილა.უნდა აღინიშნოს, რომ C. lupini ინფექციის ბიოტროფიული პერიოდი ძალიან მოკლეა (დაახლოებით 2 დღე), რასაც მოჰყვება ნეკროზული ზრდა95.ამ ეტაპებს შორის გადასვლა შეიძლება დაკავშირებული იყოს ნეკროზთან და ეთილენით ინდუქციური ცილების ექსპრესიასთან, რომლებიც მოქმედებენ როგორც მასპინძელ მცენარეებში ჰიპერმგრძნობელობის რეაქციების გამომწვევი.ამიტომ, C. lupini-ის წარმატებული დაჭერის დროის ფანჯარა ბიოტროფულ ეტაპზე ძალიან ვიწროა.83A:476-ში დაფიქსირებული რედოქსთან და ფოტოსინთეზთან დაკავშირებული გენების რეპროგრამირება 6 hpi-ზე შეესაბამება სოკოვანი ჰიფების პროგრესირებას და აუწყებს წარმატებული დამცავი პასუხის განვითარებას ბიოტროფიულ ეტაპზე.მანდელუპისა და 22660 პოპულაციის ტრანსკრიპტომიური პასუხები შეიძლება ძალიან დაგვიანებული იყოს სოკოს დაჭერისთვის ნეკროზულ ზრდაზე გადასვლამდე, თუმცა მანდელუპი შეიძლება იყოს უფრო ეფექტური ვიდრე 22660 პოპულაცია, რადგან PR-10 ცილის შედარებით სწრაფი რეგულირება ხელს უწყობს ჰორიზონტალურ წინააღმდეგობას.
ETI, რომელსაც განაპირობებს კანონიკური R გენი, როგორც ჩანს, ლობიოს წინააღმდეგობის საერთო მექანიზმია ანთრაქნოზის მიმართ.ამგვარად, მოდელში პარკოსანი მცენარე Medicago truncatula, ანთრაქნოზის მიმართ რეზისტენტობას ანიჭებს RCT1 გენი, TIR-NBS-LRR97 მცენარეთა R გენის კლასის წევრი.ეს გენი ასევე ანიჭებს ფართო სპექტრის ანთრაქნოზურ რეზისტენტობას იონჯაში მგრძნობიარე მცენარეებზე გადატანისას.ჩვეულებრივ ლობიოში (P. vulgaris) დღემდე გამოვლენილია ორ ათზე მეტი ანტრაქნოზის წინააღმდეგობის გენი.ამ გენების ნაწილი გვხვდება რეგიონებში, რომლებსაც არ გააჩნიათ რაიმე კანონიკური R გენი, თუმცა ბევრი სხვა განლაგებულია ქრომოსომების კიდეებზე, რომლებიც ატარებენ NBS-LRR გენების კლასტერს, მათ შორის TIR-NBS-LRRs99.გენომის მასშტაბით ჩატარებულმა SSR კვლევამ ასევე დაადასტურა NBS-LRR გენის კავშირი ანთრაქნოზის წინააღმდეგობასთან ჩვეულებრივ ლობიოში.კანონიკური R გენი ასევე ნაპოვნი იქნა გენომიურ რეგიონში, რომელიც ატარებს ანთრაქნოზის წინააღმდეგობის ძირითად ადგილს თეთრ ლუპინ 101-ში.
ჩვენი ნამუშევარი გვიჩვენებს, რომ მყისიერი წინააღმდეგობის რეაქცია, რომელიც გააქტიურებულია მცენარეთა ინფექციის ადრეულ ეტაპზე (სასურველია არაუგვიანეს 12 hpi), ეფექტურად იცავს ვიწროფოთლიან ლუპინს ანთრაქნოზისგან გამოწვეული პათოგენური სოკოთი Collelotrichum lupini.მაღალი გამტარუნარიანობის თანმიმდევრობის გამოყენებით, ჩვენ ვაჩვენეთ ანთრაქნოზის რეზისტენტობის გენების დიფერენციალური გამოხატვის პროფილები NLL მცენარეებში, შუამავლობით Lanr1 და AnMan რეზისტენტობის გენებით.წარმატებული დაცვა გულისხმობს ცილების გენების გულდასმით შემუშავებას, რომლებიც მონაწილეობენ რედოქსში, ფოტოსინთეზსა და პათოგენეზში მცენარის პათოგენთან პირველი კონტაქტიდან რამდენიმე საათში.მსგავსი დამცავი რეაქციები, მაგრამ დროში დაგვიანებული, გაცილებით ნაკლებად ეფექტურია მცენარეების დაავადებებისგან დასაცავად.Lanr1 გენის შუამავლობით ანტრაქსის რეზისტენტობა ჰგავს R გენის ტიპურ სწრაფ რეაქციას (ეფექტორით გამოწვეული იმუნიტეტი), ხოლო AnMan გენი, სავარაუდოდ, უზრუნველყოფს ჰორიზონტალურ პასუხს (მიკრობებთან ასოცირებული მოლეკულური ნიმუშით გამოწვეული იმუნიტეტი), რაც უზრუნველყოფს მდგრადობის ზომიერ დონეს.
215 NLL ხაზი, რომელიც გამოყენებული იყო ანთრაქნოზის მარკერების სკრინინგისთვის, შედგებოდა 74 ჯიშისგან, 60 ხაზისგან, რომელიც მიღებული იყო შეჯვარების ან გამრავლების გზით, 5 მუტანტისგან და 76 ველური ან ორიგინალური ჩანასახისგან.ხაზები მოვიდა 17 ქვეყნიდან, ძირითადად პოლონეთიდან (58), ესპანეთიდან (47), გერმანიიდან (27), ავსტრალიიდან (26), რუსეთიდან (19), ბელორუსიიდან (7), იტალიიდან (5) და სხვა ხაზებიდან.10 ქვეყნიდან.კომპლექტში ასევე შედის საცნობარო რეზისტენტული ხაზები: 83A:476, Tanjil, Wonga, რომელსაც აქვს Lanr1 ალელი და Mandelup, რომელიც ატარებს AnMan ალელს.ხაზები მიღებული იქნა ევროპული ლუპინის გენეტიკური რესურსების მონაცემთა ბაზიდან, რომელსაც აწარმოებს Poznań Plant Breeding Ltd., Wiatrowo, პოლონეთი (დამატებითი ცხრილი S1).
მცენარეები გაიზარდა კონტროლირებად პირობებში (ფოტოპერიოდი 16 საათი, ტემპერატურა 25°C დღის განმავლობაში და 18°C ​​ღამით).გაანალიზდა ორი ბიოლოგიური რეპლიკა.დნმ იზოლირებული იყო სამი კვირის ფოთლებიდან DNeasy Plant Mini Kit-ის გამოყენებით (Qiagen, Hilden, გერმანია) პროტოკოლის მიხედვით.იზოლირებული დნმ-ის ხარისხი და კონცენტრაცია შეფასდა სპექტროფოტომეტრიული მეთოდებით (NanoDrop 2000; Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USA).AnManM1 მარკერი, რომელიც აღნიშნავს ანთრაქნოზის რეზისტენტობის გენს AnMan (მიღებული cv. Mandelup-დან) და მარკერები Anseq3 და Anseq4 გენის Lanr1-ის გვერდით (მიღებული cv. Tanjil-დან) გაანალიზებული იყო 11,26,28.რეზისტენტული ალელისთვის ჰომოზიგოტები შეფასდა როგორც "1", მგრძნობიარე - როგორც "0" და ჰეტეროზიგოტები - როგორც 0.5.
AnManM1, AnSeq3 და AnSeq4 მარკერების სკრინინგის შედეგებზე და საბოლოო შემდგომი ექსპერიმენტებისთვის თესლის ხელმისაწვდომობის საფუძველზე, შერჩეული იქნა 50 NLL ხაზი ანტრაქნოზის რეზისტენტობის ფენოტიპისთვის.ანალიზი ჩატარდა დუბლიკატში კომპიუტერის კონტროლირებად სათბურში 14 საათიანი ფოტოპერიოდით 22°C დღისით და 19°C ღამით.თესლს აკაწრებენ (თესლის ფენას ჭრიან ემბრიონის მოპირდაპირე მხარეს ბასრი პირით) დათესვის წინ, რათა თავიდან იქნას აცილებული თესლის მოსვენება თესლის ზედმეტად ხისტის გამო და უზრუნველყოს ერთგვაროვანი გაღივება.მცენარეები გაიზარდა ქოთნებში (11 × 11 × 21 სმ) სტერილური ნიადაგით (TS-1 REC 085 Medium Basic, Klasmann-Deilmann Polska, ვარშავა, პოლონეთი).ინოკულაცია განხორციელდა Colletotrichum lupini Col-08 შტამით, რომელიც გაიზარდა 1999 წელს ვიწრო ფოთლოვანი ლუპინის მცენარეების ღეროებიდან, რომლებიც გაიზარდა ვერჟენიცაში, დიდი პოლონეთი (52° 27′ 42″ N 17° 04′ 05″ E ).მიიღეთ ტერიტორია.იზოლატები კულტივირებული იყო SNA გარემოში 20°C-ზე შავი შუქის ქვეშ 21 დღის განმავლობაში სპორულაციის გამოწვევის მიზნით.დათესვიდან ოთხი კვირის შემდეგ, როცა მცენარეებმა მიაღწიეს 4-6 ფოთლოვან სტადიას, ინოკულაცია ტარდებოდა კონიდიების სუსპენზიით შესხურებით 0,5 x 106 კონიდია მლ-ზე.ინოკულაციის შემდეგ მცენარეები ინახებოდა სიბნელეში 24 საათის განმავლობაში დაახლოებით 98% ტენიანობით და 25°C ტემპერატურაზე, რათა ხელი შეუწყოს კონიდიების გაღივებას და ინფექციის პროცესს.შემდეგ მცენარეები იზრდებოდა 14-საათიანი ფოტოპერიოდით 22°C დღე/19°C ღამით და 70% ტენიანობა.დაავადების ქულა შედგენილი იქნა ინოკულაციის შემდეგ 22 დღის შემდეგ და მერყეობდა 0-დან (იმუნური) 9-მდე (ძალიან მგრძნობიარე) ღეროებსა და ფოთლებზე ნეკროზული დაზიანებების არსებობის ან არარსებობის მიხედვით.გარდა ამისა, გაანგარიშების შემდეგ, მცენარეების წონა გაზომეს.კავშირი მარკერის გენოტიპებსა და დაავადების ფენოტიპებს შორის გამოთვლილი იყო, როგორც წერტილის ორი მიმდევრობითი კორელაციები (ჰეტეროზიგოტური მარკერების არარსებობა ხაზებში ანთრაქნოზის რეზისტენტობის ფენოტიპის ანალიზისთვის).