Nature.com ಗೆ ಭೇಟಿ ನೀಡಿದ್ದಕ್ಕಾಗಿ ಧನ್ಯವಾದಗಳು.ನೀವು ಬಳಸುತ್ತಿರುವ ಬ್ರೌಸರ್ ಆವೃತ್ತಿಯು ಸೀಮಿತ CSS ಬೆಂಬಲವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ.ಉತ್ತಮ ಅನುಭವಕ್ಕಾಗಿ, ನೀವು ನವೀಕರಿಸಿದ ಬ್ರೌಸರ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಲು ನಾವು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡುತ್ತೇವೆ (ಅಥವಾ ಇಂಟರ್ನೆಟ್ ಎಕ್ಸ್‌ಪ್ಲೋರರ್‌ನಲ್ಲಿ ಹೊಂದಾಣಿಕೆ ಮೋಡ್ ಅನ್ನು ನಿಷ್ಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸಿ).ಈ ಮಧ್ಯೆ, ನಿರಂತರ ಬೆಂಬಲವನ್ನು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು, ನಾವು ಶೈಲಿಗಳು ಮತ್ತು ಜಾವಾಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟ್ ಇಲ್ಲದೆ ಸೈಟ್ ಅನ್ನು ರೆಂಡರ್ ಮಾಡುತ್ತೇವೆ.
ಲಿಕ್ವಿಡ್ ಬಯಾಪ್ಸಿ (LB) ಎನ್ನುವುದು ಬಯೋಮೆಡಿಕಲ್ ಕ್ಷೇತ್ರದಲ್ಲಿ ವೇಗವಾಗಿ ಜನಪ್ರಿಯತೆಯನ್ನು ಗಳಿಸುತ್ತಿರುವ ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯಾಗಿದೆ.ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯು ಮುಖ್ಯವಾಗಿ ಪರಿಚಲನೆಯಲ್ಲಿರುವ ಎಕ್ಸ್‌ಟ್ರಾಸೆಲ್ಯುಲರ್ ಡಿಎನ್‌ಎ (ಸಿಸಿಎಫ್‌ಡಿಎನ್‌ಎ) ತುಣುಕುಗಳ ಪತ್ತೆಯನ್ನು ಆಧರಿಸಿದೆ, ಇದು ಮುಖ್ಯವಾಗಿ ವಿವಿಧ ಅಂಗಾಂಶಗಳಲ್ಲಿ ಜೀವಕೋಶದ ಸಾವಿನ ನಂತರ ಸಣ್ಣ ತುಣುಕುಗಳಾಗಿ ಬಿಡುಗಡೆಯಾಗುತ್ತದೆ.ಈ ತುಣುಕುಗಳ ಒಂದು ಸಣ್ಣ ಪ್ರಮಾಣವು ವಿದೇಶಿ (ವಿದೇಶಿ) ಅಂಗಾಂಶಗಳು ಅಥವಾ ಜೀವಿಗಳಿಂದ ಹುಟ್ಟಿಕೊಂಡಿದೆ.ಪ್ರಸ್ತುತ ಕೆಲಸದಲ್ಲಿ, ನಾವು ಈ ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯನ್ನು ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳಿಗೆ ಅನ್ವಯಿಸಿದ್ದೇವೆ, ಇದು ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಮುದ್ರದ ನೀರಿನ ಶೋಧನೆ ಸಾಮರ್ಥ್ಯಕ್ಕೆ ಹೆಸರುವಾಸಿಯಾದ ಸೆಂಟಿನೆಲ್ ಜಾತಿಯಾಗಿದೆ.ಸಮುದ್ರದ ಕರಾವಳಿ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳ ಜೀವವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ಬಗ್ಗೆ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಒದಗಿಸಲು ವಿವಿಧ ಮೂಲಗಳಿಂದ ಪರಿಸರದ DNA ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲು ನೈಸರ್ಗಿಕ ಫಿಲ್ಟರ್‌ಗಳಾಗಿ ಕಾರ್ಯನಿರ್ವಹಿಸಲು ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ನಾವು ಬಳಸುತ್ತೇವೆ.1 ರಿಂದ 5 kb ವರೆಗೆ ಗಾತ್ರದಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ವ್ಯತ್ಯಾಸಗೊಳ್ಳುವ ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಮಸ್ಸೆಲ್ ಹೆಮೊಲಿಮ್ಫ್ ಹೊಂದಿದೆ ಎಂದು ನಮ್ಮ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ತೋರಿಸುತ್ತವೆ.ಶಾಟ್‌ಗನ್ ಅನುಕ್ರಮವು ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಖ್ಯೆಯ ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳು ವಿದೇಶಿ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಮೂಲದವು ಎಂದು ತೋರಿಸಿದೆ.ಅವುಗಳಲ್ಲಿ, ನಾವು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ, ಆರ್ಕಿಯಾ ಮತ್ತು ವೈರಸ್‌ಗಳಿಂದ ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ, ಇದರಲ್ಲಿ ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಕರಾವಳಿ ಸಮುದ್ರ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುವ ವಿವಿಧ ಅತಿಥೇಯಗಳಿಗೆ ಸೋಂಕು ತಗಲುವ ವೈರಸ್‌ಗಳು ಸೇರಿವೆ.ಕೊನೆಯಲ್ಲಿ, ನಮ್ಮ ಅಧ್ಯಯನವು ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳಿಗೆ ಅನ್ವಯಿಸಲಾದ LB ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯು ಸಮುದ್ರದ ಕರಾವಳಿ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಲ್ಲಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ಬಗ್ಗೆ ಶ್ರೀಮಂತ ಆದರೆ ಇನ್ನೂ ಅನ್ವೇಷಿಸದ ಜ್ಞಾನದ ಮೂಲವನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
ಸಮುದ್ರ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳ ಜೀವವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ಮೇಲೆ ಹವಾಮಾನ ಬದಲಾವಣೆಯ (CC) ಪ್ರಭಾವವು ವೇಗವಾಗಿ ಬೆಳೆಯುತ್ತಿರುವ ಸಂಶೋಧನೆಯ ಕ್ಷೇತ್ರವಾಗಿದೆ.ಜಾಗತಿಕ ತಾಪಮಾನವು ಪ್ರಮುಖ ಶಾರೀರಿಕ ಒತ್ತಡಗಳನ್ನು ಉಂಟುಮಾಡುವುದಲ್ಲದೆ, ಸಮುದ್ರ ಜೀವಿಗಳ ಉಷ್ಣ ಸ್ಥಿರತೆಯ ವಿಕಸನೀಯ ಮಿತಿಗಳನ್ನು ತಳ್ಳುತ್ತದೆ, ಹಲವಾರು ಜಾತಿಗಳ ಆವಾಸಸ್ಥಾನದ ಮೇಲೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರುತ್ತದೆ, ಹೆಚ್ಚು ಅನುಕೂಲಕರ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳನ್ನು ಹುಡುಕಲು ಅವರನ್ನು ಪ್ರೇರೇಪಿಸುತ್ತದೆ [1, 2].ಮೆಟಾಜೋವಾನ್‌ಗಳ ಜೀವವೈವಿಧ್ಯದ ಮೇಲೆ ಪರಿಣಾಮ ಬೀರುವುದರ ಜೊತೆಗೆ, CC ಅತಿಥೇಯ-ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ಸೂಕ್ಷ್ಮ ಸಮತೋಲನವನ್ನು ಅಡ್ಡಿಪಡಿಸುತ್ತದೆ.ಈ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಡೈಸ್ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯೊಸಿಸ್ ಸಮುದ್ರದ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಿಗೆ ಗಂಭೀರ ಅಪಾಯವನ್ನುಂಟುಮಾಡುತ್ತದೆ ಏಕೆಂದರೆ ಇದು ಸಮುದ್ರ ಜೀವಿಗಳನ್ನು ಸಾಂಕ್ರಾಮಿಕ ರೋಗಕಾರಕಗಳಿಗೆ [3, 4] ಹೆಚ್ಚು ಒಳಗಾಗುವಂತೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ.ಸಾಮೂಹಿಕ ಸಾವುಗಳಲ್ಲಿ SS ಪ್ರಮುಖ ಪಾತ್ರ ವಹಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ನಂಬಲಾಗಿದೆ, ಇದು ಜಾಗತಿಕ ಸಮುದ್ರ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳ ನಿರ್ವಹಣೆಗೆ ಗಂಭೀರ ಸಮಸ್ಯೆಯಾಗಿದೆ [5, 6].ಅನೇಕ ಸಮುದ್ರ ಜಾತಿಗಳ ಆರ್ಥಿಕ, ಪರಿಸರ ಮತ್ತು ಪೌಷ್ಟಿಕಾಂಶದ ಪರಿಣಾಮಗಳನ್ನು ನೀಡಿದ ಪ್ರಮುಖ ವಿಷಯವಾಗಿದೆ.ಧ್ರುವ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ವಾಸಿಸುವ ಬಿವಾಲ್ವ್‌ಗಳಿಗೆ ಇದು ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಸತ್ಯವಾಗಿದೆ, ಅಲ್ಲಿ CK ಯ ಪರಿಣಾಮಗಳು ಹೆಚ್ಚು ತಕ್ಷಣದ ಮತ್ತು ತೀವ್ರವಾಗಿರುತ್ತವೆ [6, 7].ವಾಸ್ತವವಾಗಿ, ಮೈಟಿಲಸ್ ಎಸ್ಪಿಪಿಯಂತಹ ಬಿವಾಲ್ವ್ಗಳು.ಸಾಗರ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳ ಮೇಲೆ CC ಯ ಪರಿಣಾಮಗಳನ್ನು ಮೇಲ್ವಿಚಾರಣೆ ಮಾಡಲು ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ.ಅವರ ಆರೋಗ್ಯವನ್ನು ಮೇಲ್ವಿಚಾರಣೆ ಮಾಡಲು ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಖ್ಯೆಯ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್‌ಗಳನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ, ಎಂಜೈಮ್ಯಾಟಿಕ್ ಚಟುವಟಿಕೆ ಅಥವಾ ಜೀವಕೋಶದ ಕಾರ್ಯಸಾಧ್ಯತೆ ಮತ್ತು ಫಾಗೊಸೈಟಿಕ್ ಚಟುವಟಿಕೆಯಂತಹ ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ಕ್ರಿಯೆಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್‌ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಎರಡು-ಹಂತದ ವಿಧಾನವನ್ನು ಬಳಸುವುದರಲ್ಲಿ ಆಶ್ಚರ್ಯವೇನಿಲ್ಲ.ಈ ವಿಧಾನಗಳು ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಮಾಣದ ಸಮುದ್ರದ ನೀರನ್ನು ಹೀರಿಕೊಳ್ಳುವ ನಂತರ ಮೃದು ಅಂಗಾಂಶಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹವಾಗುವ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಒತ್ತಡದ ಸೂಚಕಗಳ ಸಾಂದ್ರತೆಯ ಮಾಪನವನ್ನು ಸಹ ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ.ಆದಾಗ್ಯೂ, ಹೆಚ್ಚಿನ ಶೋಧನೆ ಸಾಮರ್ಥ್ಯ ಮತ್ತು ಬೈವಾಲ್ವ್‌ಗಳ ಅರೆ-ತೆರೆದ ರಕ್ತಪರಿಚಲನಾ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯು ದ್ರವ ಬಯಾಪ್ಸಿ (LB) ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಹೊಸ ಹೆಮೊಲಿಂಪ್ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್‌ಗಳನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲು ಅವಕಾಶವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು ರೋಗಿಗಳ ನಿರ್ವಹಣೆಗೆ ಸರಳ ಮತ್ತು ಕನಿಷ್ಠ ಆಕ್ರಮಣಕಾರಿ ವಿಧಾನವಾಗಿದೆ.ರಕ್ತದ ಮಾದರಿಗಳು [9, 10].ಮಾನವನ ಎಲ್‌ಬಿಯಲ್ಲಿ ಹಲವಾರು ವಿಧದ ಪರಿಚಲನೆ ಅಣುಗಳನ್ನು ಕಾಣಬಹುದು, ಈ ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯು ಪ್ರಾಥಮಿಕವಾಗಿ ಪ್ಲಾಸ್ಮಾದಲ್ಲಿ ಪರಿಚಲನೆಗೊಳ್ಳುವ ಎಕ್ಸ್‌ಟ್ರಾಸೆಲ್ಯುಲರ್ ಡಿಎನ್‌ಎ (ಸಿಸಿಎಫ್‌ಡಿಎನ್‌ಎ) ತುಣುಕುಗಳ ಡಿಎನ್‌ಎ ಅನುಕ್ರಮ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಆಧರಿಸಿದೆ.ವಾಸ್ತವವಾಗಿ, ಮಾನವ ಪ್ಲಾಸ್ಮಾದಲ್ಲಿ ಪರಿಚಲನೆಗೊಳ್ಳುವ ಡಿಎನ್‌ಎ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯು 20 ನೇ ಶತಮಾನದ ಮಧ್ಯಭಾಗದಿಂದ ತಿಳಿದುಬಂದಿದೆ [11], ಆದರೆ ಇತ್ತೀಚಿನ ವರ್ಷಗಳಲ್ಲಿ ಮಾತ್ರ ಹೆಚ್ಚಿನ-ಥ್ರೋಪುಟ್ ಅನುಕ್ರಮ ವಿಧಾನಗಳ ಆಗಮನವು ccfDNA ಆಧಾರಿತ ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ರೋಗನಿರ್ಣಯಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗಿದೆ.ಈ ಪರಿಚಲನೆಯ ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯು ಜೀವಕೋಶದ ಸಾವಿನ ನಂತರ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್‌ಎ (ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯರ್ ಮತ್ತು ಮೈಟೊಕಾಂಡ್ರಿಯ) ದ ನಿಷ್ಕ್ರಿಯ ಬಿಡುಗಡೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗಿದೆ. ಆರೋಗ್ಯವಂತ ವ್ಯಕ್ತಿಗಳಲ್ಲಿ, ccfDNA ಯ ಸಾಂದ್ರತೆಯು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಕಡಿಮೆ (<10 ng/mL) ಆದರೆ ವಿವಿಧ ರೋಗಶಾಸ್ತ್ರದಿಂದ ಬಳಲುತ್ತಿರುವ ಅಥವಾ ಒತ್ತಡಕ್ಕೆ ಒಳಗಾಗುವ ರೋಗಿಗಳಲ್ಲಿ 5-10 ಪಟ್ಟು ಹೆಚ್ಚಾಗಬಹುದು, ಇದರಿಂದಾಗಿ ಅಂಗಾಂಶ ಹಾನಿಯಾಗುತ್ತದೆ. ಆರೋಗ್ಯವಂತ ವ್ಯಕ್ತಿಗಳಲ್ಲಿ, ccfDNA ಯ ಸಾಂದ್ರತೆಯು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಕಡಿಮೆ (<10 ng/mL) ಆದರೆ ವಿವಿಧ ರೋಗಶಾಸ್ತ್ರದಿಂದ ಬಳಲುತ್ತಿರುವ ಅಥವಾ ಒತ್ತಡಕ್ಕೆ ಒಳಗಾಗುವ ರೋಗಿಗಳಲ್ಲಿ 5-10 ಪಟ್ಟು ಹೆಚ್ಚಾಗಬಹುದು, ಇದರಿಂದಾಗಿ ಅಂಗಾಂಶ ಹಾನಿಯಾಗುತ್ತದೆ. У здоровых людей концентрация вккДНК в норме низкая (<10 ng/ml), NO может повышатьсься в 5-10 ನೋಯ್ ಪ್ಯಾಟೊಲೊಗಿ ಅಥವಾ ಪೋಡ್ವರ್ಗಸಿಕ್ಯಾ ಸ್ಟ್ರೆಸ್ಸು, ಪ್ರಿವೊಡ್ಯಾಶೆಮು ಕೆ ಪೊವ್ರೆಡ್ಡೆನಿಸು ಟ್ಕಾನೆಯ್. ಆರೋಗ್ಯವಂತ ಜನರಲ್ಲಿ, cccDNA ಯ ಸಾಂದ್ರತೆಯು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಕಡಿಮೆಯಾಗಿದೆ (<10 ng/mL), ಆದರೆ ಇದು ಅಂಗಾಂಶ ಹಾನಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗುವ ವಿವಿಧ ರೋಗಶಾಸ್ತ್ರ ಅಥವಾ ಒತ್ತಡದ ರೋಗಿಗಳಲ್ಲಿ 5-10 ಪಟ್ಟು ಹೆಚ್ಚಾಗುತ್ತದೆ.在健康个体中，ccfDNA 的浓度通常较低（<10 ng/mL），但在患有各种病理或承囅受帎-10 倍，从而导致组织损伤。在 健康 个体 中, ccfdna增加 5-10 倍 , 从而 组织。。。ಕೊನ್ಸೆಂಟ್ರಾಶಿಯ ಸಿಸಿಎಫ್ಡಿಎನ್ಎ ನಿಜ್ಕಿಯೆ (<10 ng/ml) ಯು ಝಡೋರೋವಿಹ್ ಲುಡೆಯ್, ನೋ ಮೊಗಟ್ ಬ್ಯುಟ್ 5-10 ನೇ ವಾರದಲ್ಲಿ ನಿಮಿ ಪ್ಯಾಟೋಲೋಗಿಯಾಮಿ ಅಥವಾ ಸ್ಟ್ರೆಸ್ಸೋಮ್, ಚುಕ್ಟೋ ಪ್ರಿವೋಡಿಟ್ ಕೆ ಪೊವ್ರೆಡ್ಡೆನಿಯು ಟ್ಕಾನೆಯ್. ಆರೋಗ್ಯವಂತ ವ್ಯಕ್ತಿಗಳಲ್ಲಿ ccfDNA ಸಾಂದ್ರತೆಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಕಡಿಮೆ (<10 ng/ml), ಆದರೆ ವಿವಿಧ ರೋಗಶಾಸ್ತ್ರ ಅಥವಾ ಒತ್ತಡ ಹೊಂದಿರುವ ರೋಗಿಗಳಲ್ಲಿ 5-10-ಪಟ್ಟು ಹೆಚ್ಚಿಸಬಹುದು, ಇದು ಅಂಗಾಂಶ ಹಾನಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ.ccfDNA ತುಣುಕುಗಳ ಗಾತ್ರವು ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬದಲಾಗುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ 150 ರಿಂದ 200 bp ವರೆಗೆ ಇರುತ್ತದೆ.[12].ಸ್ವಯಂ-ಪಡೆದ ccfDNA ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ, ಅಂದರೆ, ಸಾಮಾನ್ಯ ಅಥವಾ ರೂಪಾಂತರಗೊಂಡ ಹೋಸ್ಟ್ ಕೋಶಗಳಿಂದ ccfDNA, ಪರಮಾಣು ಮತ್ತು/ಅಥವಾ ಮೈಟೊಕಾಂಡ್ರಿಯದ ಜೀನೋಮ್‌ನಲ್ಲಿರುವ ಆನುವಂಶಿಕ ಮತ್ತು ಎಪಿಜೆನೆಟಿಕ್ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಬಳಸಬಹುದು, ಇದರಿಂದಾಗಿ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಆಣ್ವಿಕ-ಉದ್ದೇಶಿತ ಚಿಕಿತ್ಸೆಗಳನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲು ವೈದ್ಯರಿಗೆ ಸಹಾಯ ಮಾಡುತ್ತದೆ [13] .ಆದಾಗ್ಯೂ, ccfDNA ಯನ್ನು ccfDNA ಯಂತಹ ವಿದೇಶಿ ಮೂಲಗಳಿಂದ ಗರ್ಭಾವಸ್ಥೆಯಲ್ಲಿ ಭ್ರೂಣದ ಜೀವಕೋಶಗಳಿಂದ ಅಥವಾ ಕಸಿ ಮಾಡಿದ ಅಂಗಗಳಿಂದ ಪಡೆಯಬಹುದು [14,15,16,17].ccfDNA ಒಂದು ಸಾಂಕ್ರಾಮಿಕ ಏಜೆಂಟ್ (ವಿದೇಶಿ) ನ ​​ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಿಕ್ ಆಮ್ಲಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಮಾಹಿತಿಯ ಪ್ರಮುಖ ಮೂಲವಾಗಿದೆ, ಇದು ರಕ್ತ ಸಂಸ್ಕೃತಿಗಳಿಂದ ಗುರುತಿಸಲ್ಪಡದ ವ್ಯಾಪಕವಾದ ಸೋಂಕುಗಳ ಆಕ್ರಮಣಶೀಲವಲ್ಲದ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುವಿಕೆಯನ್ನು ಅನುಮತಿಸುತ್ತದೆ, ಸೋಂಕಿತ ಅಂಗಾಂಶದ ಆಕ್ರಮಣಕಾರಿ ಬಯಾಪ್ಸಿಯನ್ನು ತಪ್ಪಿಸುತ್ತದೆ [18].ಇತ್ತೀಚಿನ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ವಾಸ್ತವವಾಗಿ ಮಾನವನ ರಕ್ತವು ವೈರಲ್ ಮತ್ತು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ರೋಗಕಾರಕಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಬಳಸಬಹುದಾದ ಮಾಹಿತಿಯ ಸಮೃದ್ಧ ಮೂಲವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿದೆ ಮತ್ತು ಮಾನವ ಪ್ಲಾಸ್ಮಾದಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬರುವ 1% ccfDNA ವಿದೇಶಿ ಮೂಲವಾಗಿದೆ [19].ಈ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ccfDNA ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಜೀವಿಯ ಪರಿಚಲನೆಯಲ್ಲಿರುವ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಜೀವವೈವಿಧ್ಯವನ್ನು ನಿರ್ಣಯಿಸಬಹುದು ಎಂದು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.ಆದಾಗ್ಯೂ, ಇತ್ತೀಚಿನವರೆಗೂ, ಈ ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯನ್ನು ಮಾನವರಲ್ಲಿ ಪ್ರತ್ಯೇಕವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತಿತ್ತು ಮತ್ತು ಸ್ವಲ್ಪ ಮಟ್ಟಿಗೆ ಇತರ ಕಶೇರುಕಗಳಲ್ಲಿ [20, 21] ಬಳಸಲಾಗುತ್ತಿತ್ತು.
ಪ್ರಸ್ತುತ ಪತ್ರಿಕೆಯಲ್ಲಿ, 35 ಮಿಲಿಯನ್ ವರ್ಷಗಳ ಹಿಂದೆ ರೂಪುಗೊಂಡ ದೊಡ್ಡ ಪ್ರಸ್ಥಭೂಮಿಯ ಮೇಲಿರುವ ದ್ವೀಪಗಳ ಸಮೂಹವಾದ ಸಬ್‌ಟಾರ್ಕ್ಟಿಕ್ ಕೆರ್ಗುಲೆನ್ ದ್ವೀಪಗಳಲ್ಲಿ ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಕಂಡುಬರುವ ದಕ್ಷಿಣದ ಜಾತಿಯಾದ ಔಲಕೊಮ್ಯ ಅಟ್ರಾದ ccfDNA ಅನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ನಾವು LB ಸಂಭಾವ್ಯತೆಯನ್ನು ಬಳಸುತ್ತೇವೆ.ಜ್ವಾಲಾಮುಖಿ ಆಸ್ಫೋಟ.ಇನ್ ವಿಟ್ರೊ ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, ಸಮುದ್ರದ ನೀರಿನಲ್ಲಿ ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳು ತ್ವರಿತವಾಗಿ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಹೆಮೊಲಿಮ್ಫ್ ವಿಭಾಗವನ್ನು ಪ್ರವೇಶಿಸುತ್ತವೆ ಎಂದು ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ.ಮಸ್ಸೆಲ್ ಹೆಮೊಲಿಂಫ್ ಸಿಸಿಎಫ್‌ಡಿಎನ್‌ಎ ತನ್ನದೇ ಆದ ಮತ್ತು ಸ್ವಯಂ-ಅಲ್ಲದ ಮೂಲದ ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ ಎಂದು ಶಾಟ್‌ಗನ್ ಅನುಕ್ರಮವು ತೋರಿಸಿದೆ, ಸಹಜೀವನದ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ ಮತ್ತು ಶೀತ ಜ್ವಾಲಾಮುಖಿ ಸಮುದ್ರ ಕರಾವಳಿ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳ ವಿಶಿಷ್ಟವಾದ ಬಯೋಮ್‌ಗಳಿಂದ ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳು ಸೇರಿವೆ.ಹೆಮೊಲಿಂಫ್ ಸಿಸಿಎಫ್‌ಡಿಎನ್‌ಎ ವಿವಿಧ ಹೋಸ್ಟ್ ಶ್ರೇಣಿಗಳೊಂದಿಗೆ ವೈರಸ್‌ಗಳಿಂದ ಪಡೆದ ವೈರಲ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಸಹ ಒಳಗೊಂಡಿದೆ.ಮೂಳೆ ಮೀನು, ಸಮುದ್ರ ಎನಿಮೋನ್‌ಗಳು, ಪಾಚಿ ಮತ್ತು ಕೀಟಗಳಂತಹ ಬಹುಕೋಶೀಯ ಪ್ರಾಣಿಗಳಿಂದ ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಸಹ ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ.ಕೊನೆಯಲ್ಲಿ, ಸಮುದ್ರ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಲ್ಲಿ ಶ್ರೀಮಂತ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸಂಗ್ರಹವನ್ನು ಸೃಷ್ಟಿಸಲು ಸಮುದ್ರದ ಅಕಶೇರುಕಗಳಿಗೆ LB ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯನ್ನು ಯಶಸ್ವಿಯಾಗಿ ಅನ್ವಯಿಸಬಹುದು ಎಂದು ನಮ್ಮ ಅಧ್ಯಯನವು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.
ವಯಸ್ಕರು (55-70 ಮಿಮೀ ಉದ್ದ) ಮೈಟಿಲಸ್ ಪ್ಲಾಟೆನ್ಸಿಸ್ (M. ಪ್ಲಾಟೆನ್ಸಿಸ್) ಮತ್ತು ಔಲಕೊಮ್ಯ ಅಟ್ರಾ (A. ಅಟ್ರಾ) ಪೋರ್ಟ್-ಔ-ಫ್ರಾನ್ಸ್‌ನ ಇಂಟರ್‌ಟೈಡಲ್ ರಾಕಿ ತೀರದಿಂದ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗಿದೆ (049°21.235 S, 070°13.490 E .).ಡಿಸೆಂಬರ್ 2018 ರಲ್ಲಿ ಕೆರ್ಗುಲೆನ್ ದ್ವೀಪಗಳು. ಇತರ ವಯಸ್ಕ ನೀಲಿ ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳನ್ನು (ಮೈಟಿಲಸ್ ಎಸ್‌ಪಿಪಿ.) ವಾಣಿಜ್ಯ ಪೂರೈಕೆದಾರರಿಂದ (ಪಿಇಐ ಮಸೆಲ್ ಕಿಂಗ್ ಇಂಕ್., ಪ್ರಿನ್ಸ್ ಎಡ್ವರ್ಡ್ ಐಲ್ಯಾಂಡ್, ಕೆನಡಾ) ಪಡೆಯಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು 10-20 ಲೀ 32‰ ಕೃತಕ ಬ್ರೈನ್ ಹೊಂದಿರುವ ತಾಪಮಾನ ನಿಯಂತ್ರಿತ (4 ° C) ಗಾಳಿ ತುಂಬಿದ ಟ್ಯಾಂಕ್‌ನಲ್ಲಿ ಇರಿಸಲಾಗಿದೆ.(ಕೃತಕ ಸಮುದ್ರದ ಉಪ್ಪು ರೀಫ್ ಕ್ರಿಸ್ಟಲ್, ತ್ವರಿತ ಸಾಗರ, ವರ್ಜೀನಿಯಾ, USA).ಪ್ರತಿ ಪ್ರಯೋಗಕ್ಕಾಗಿ, ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಚಿಪ್ಪುಗಳ ಉದ್ದ ಮತ್ತು ತೂಕವನ್ನು ಅಳೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ.
ಈ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂಗಾಗಿ ಉಚಿತ ಮುಕ್ತ ಪ್ರವೇಶ ಪ್ರೋಟೋಕಾಲ್ ಆನ್‌ಲೈನ್‌ನಲ್ಲಿ ಲಭ್ಯವಿದೆ (https://doi.org/10.17504/protocols.io.81wgb6z9olpk/v1).ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ, ವಿವರಿಸಿದಂತೆ ಅಪಹರಣಕಾರ ಸ್ನಾಯುಗಳಿಂದ LB ಹಿಮೋಲಿಂಫ್ ಅನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗಿದೆ [22].3 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ 1200×g ನಲ್ಲಿ ಕೇಂದ್ರಾಪಗಾಮಿ ಮೂಲಕ ಹಿಮೋಲಿಮ್ಫ್ ಅನ್ನು ಸ್ಪಷ್ಟಪಡಿಸಲಾಯಿತು, ಬಳಕೆಯಾಗುವವರೆಗೆ ಸೂಪರ್ನಾಟಂಟ್ ಅನ್ನು ಫ್ರೀಜ್ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ (-20 ° C).ಸಿಎಫ್‌ಡಿಎನ್‌ಎ ಪ್ರತ್ಯೇಕತೆ ಮತ್ತು ಶುದ್ಧೀಕರಣಕ್ಕಾಗಿ, ತಯಾರಕರ ಸೂಚನೆಗಳ ಪ್ರಕಾರ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಸ್ನ್ಯಾಪ್ ಸಿಎಫ್‌ಡಿಎನ್‌ಎ ಕಿಟ್ (ಮಾಚೆರಿ-ನಾಗೆಲ್, ಬೆಥ್‌ಲೆಹೆನ್, ಪಿಎ) ಬಳಸಿ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು (1.5-2.0 ಮಿಲಿ) ಕರಗಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಸಂಸ್ಕರಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ.ಮುಂದಿನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ccfDNA ಅನ್ನು -80 ° C ನಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗಿದೆ.ಕೆಲವು ಪ್ರಯೋಗಗಳಲ್ಲಿ, ccfDNA ಅನ್ನು QIAamp DNA ಇನ್ವೆಸ್ಟಿಗೇಟರ್ ಕಿಟ್ (QIAGEN, ಟೊರೊಂಟೊ, ಒಂಟಾರಿಯೊ, ಕೆನಡಾ) ಬಳಸಿ ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಿ ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಲಾಯಿತು.ಸ್ಟ್ಯಾಂಡರ್ಡ್ PicoGreen ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಿದ DNA ಅನ್ನು ಪ್ರಮಾಣೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ.ಹೈ ಸೆನ್ಸಿಟಿವಿಟಿ ಡಿಎನ್‌ಎ ಕಿಟ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಎಜಿಲೆಂಟ್ 2100 ಬಯೋಅನಾಲೈಜರ್ (ಎಜಿಲೆಂಟ್ ಟೆಕ್ನಾಲಜೀಸ್ ಇಂಕ್., ಸಾಂಟಾ ಕ್ಲಾರಾ, ಸಿಎ) ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಕ್ಯಾಪಿಲರಿ ಎಲೆಕ್ಟ್ರೋಫೋರೆಸಿಸ್‌ನಿಂದ ಪ್ರತ್ಯೇಕವಾದ ಸಿಸಿಎಫ್‌ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕು ವಿತರಣೆಯನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲಾಗಿದೆ.ತಯಾರಕರ ಸೂಚನೆಗಳ ಪ್ರಕಾರ ccfDNA ಮಾದರಿಯ 1 µl ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ನಡೆಸಲಾಯಿತು.
ಹೆಮೊಲಿಂಫ್ ccfDNA ತುಣುಕುಗಳ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕಾಗಿ, Génome Québec (ಮಾಂಟ್ರಿಯಲ್, ಕ್ವಿಬೆಕ್, ಕೆನಡಾ) Illumina MiSeq PE75 ಕಿಟ್‌ನ ಇಲ್ಯುಮಿನಾ DNA ಮಿಕ್ಸ್ ಕಿಟ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಶಾಟ್‌ಗನ್ ಲೈಬ್ರರಿಗಳನ್ನು ಸಿದ್ಧಪಡಿಸಿತು.ಪ್ರಮಾಣಿತ ಅಡಾಪ್ಟರ್ (BioO) ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಗಿದೆ.NCBI ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೀಡ್ ಆರ್ಕೈವ್ (SRR8924808 ಮತ್ತು SRR8924809) ನಿಂದ ಕಚ್ಚಾ ಡೇಟಾ ಫೈಲ್‌ಗಳು ಲಭ್ಯವಿವೆ.ಮೂಲಭೂತ ಓದುವ ಗುಣಮಟ್ಟವನ್ನು FastQC [23] ಬಳಸಿ ನಿರ್ಣಯಿಸಲಾಗಿದೆ.ಟ್ರಿಮ್ಮೊಮ್ಯಾಟಿಕ್ [24] ಅನ್ನು ಕ್ಲಿಪಿಂಗ್ ಅಡಾಪ್ಟರ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಕಳಪೆ ಗುಣಮಟ್ಟದ ಓದುವಿಕೆಗಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ.ಜೋಡಿಯಾಗಿರುವ ತುದಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಶಾಟ್‌ಗನ್ ರೀಡ್‌ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿಕೆಯಾಗದಂತೆ ತಡೆಯಲು 20 bp ಯ ಕನಿಷ್ಠ ಅತಿಕ್ರಮಣದೊಂದಿಗೆ ಉದ್ದವಾದ ಸಿಂಗಲ್ ರೀಡ್‌ಗಳಾಗಿ FLASH ವಿಲೀನಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ [25]. ಬಿವಾಲ್ವ್ NCBI ಟಕ್ಸಾನಮಿ ಡೇಟಾಬೇಸ್ (e ಮೌಲ್ಯ <1e−3 ಮತ್ತು 90% ಹೋಮಾಲಜಿ) ಬಳಸಿಕೊಂಡು BLASTN ನೊಂದಿಗೆ ವಿಲೀನಗೊಂಡ ರೀಡ್‌ಗಳನ್ನು ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಕಡಿಮೆ-ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಮರೆಮಾಚುವಿಕೆಯನ್ನು DUST [26] ಬಳಸಿ ನಡೆಸಲಾಯಿತು. ಬಿವಾಲ್ವ್ NCBI ಟಕ್ಸಾನಮಿ ಡೇಟಾಬೇಸ್ (e ಮೌಲ್ಯ <1e−3 ಮತ್ತು 90% ಹೋಮಾಲಜಿ) ಬಳಸಿಕೊಂಡು BLASTN ನೊಂದಿಗೆ ವಿಲೀನಗೊಂಡ ರೀಡ್‌ಗಳನ್ನು ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಕಡಿಮೆ-ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಮರೆಮಾಚುವಿಕೆಯನ್ನು DUST [26] ಬಳಸಿ ನಡೆಸಲಾಯಿತು. ಆಬ್ರ್ಯೂಡಿನೆನಿಸ್ ಬ್ಲೈ ಅನೋಟಿರೋವನ್ ಸಿ ಪೋಮೊಸ್ಯು ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ಎನ್ ಎಸ್ ಇಸ್ಪೋಲ್ಸೋವನಿಯಮ್ ಬ್ಯಾಝಿ ಡ್ಯಾನಿವ್ ಟ್ಯಾಕ್ಸೊನೊಮಿಸ್ ಬಿಐ (ಸಾಮರ್ಥ್ಯ ಇ <1e-3 ಮತ್ತು 90% ಗೊಮೊಲೊಗಿಗಳು), а маскирование последовательностей низкой сложности быловыпости 26]. NCBI ಬೈವಾಲ್ವ್ ಟ್ಯಾಕ್ಸಾನಮಿ ಡೇಟಾಬೇಸ್ (e ಮೌಲ್ಯ <1e-3 ಮತ್ತು 90% ಹೋಮಾಲಜಿ) ಬಳಸಿಕೊಂಡು BLASTN ನೊಂದಿಗೆ ಪೂಲ್ ಮಾಡಲಾದ ರೀಡ್‌ಗಳನ್ನು ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಕಡಿಮೆ ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯ ಅನುಕ್ರಮ ಮರೆಮಾಚುವಿಕೆಯನ್ನು DUST [26] ಬಳಸಿ ನಡೆಸಲಾಯಿತು.使用双壳类NCBI低复杂度序列的掩蔽。使用 双 壳类 ncbi 分类ಚಿತ್ರ掩蔽 掩蔽ಆಬ್ರ್ಯೂಡಿನೆನಿಯೆ ಚ್ಟೆನಿಯ ಬ್ಯ್ಲಿ ಅನೋಟಿರೋವನ್ ಸಿ ಪೊಮೊಶ್ಯು ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ಎನ್ ಎಸ್ ಇಸ್ಪೋಲ್ಸೊವಾನಿಯೆಮ್ ಟ್ಯಾಕ್ಸೊನೊಮಿಚೆಸ್ಕೊಯ್ ಬಾಝಿವ್ ಡೇಟ್ COV NCBI (ನಾಮಾಂಕಿತ ಇ <1e-3 ಮತ್ತು 90% GOMOLOGии), а маскирование последовательностей низкой сложности ಧೂಳು [26]. NCBI ಬೈವಾಲ್ವ್ ಟ್ಯಾಕ್ಸಾನಮಿಕ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ (e ಮೌಲ್ಯ <1e-3 ಮತ್ತು 90% ಹೋಮಾಲಜಿ) ಬಳಸಿಕೊಂಡು BLASTN ನೊಂದಿಗೆ ಪೂಲ್ ಮಾಡಲಾದ ರೀಡ್‌ಗಳನ್ನು ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಕಡಿಮೆ ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯ ಅನುಕ್ರಮ ಮರೆಮಾಚುವಿಕೆಯನ್ನು DUST [26] ಬಳಸಿ ನಡೆಸಲಾಯಿತು.ಓದುವಿಕೆಗಳನ್ನು ಎರಡು ಗುಂಪುಗಳಾಗಿ ವಿಂಗಡಿಸಲಾಗಿದೆ: ಬೈವಾಲ್ವ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದೆ (ಇಲ್ಲಿ ಸ್ವಯಂ-ಓದುತ್ತದೆ) ಮತ್ತು ಸಂಬಂಧವಿಲ್ಲದ (ಸ್ವಯಂ-ಓದಲು ಅಲ್ಲ).ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲು MEGAHIT ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಎರಡು ಗುಂಪುಗಳನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕವಾಗಿ ಜೋಡಿಸಲಾಗಿದೆ [27].ಏತನ್ಮಧ್ಯೆ, ಏಲಿಯನ್ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಮ್ ರೀಡ್‌ಗಳ ಟ್ಯಾಕ್ಸಾನಮಿಕ್ ವಿತರಣೆಯನ್ನು ಕ್ರಾಕನ್2 [28] ಬಳಸಿ ವರ್ಗೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಗ್ಯಾಲಕ್ಸಿ [29, 30] ನಲ್ಲಿ ಕ್ರೋನಾ ಪೈ ಚಾರ್ಟ್‌ನಿಂದ ಸಚಿತ್ರವಾಗಿ ಪ್ರತಿನಿಧಿಸಲಾಗಿದೆ.ನಮ್ಮ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಪ್ರಯೋಗಗಳಿಂದ ಸೂಕ್ತ ಕಿಮೀಗಾರರು ಕಿಮೀ-59 ಎಂದು ನಿರ್ಧರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಅಂತಿಮ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಾಗಿ BLASTN (ಬಿವಾಲ್ವ್ NCBI ಡೇಟಾಬೇಸ್, ಇ ಮೌಲ್ಯ <1e−10 ಮತ್ತು 60% ಹೋಮಾಲಜಿ) ನೊಂದಿಗೆ ಜೋಡಣೆಯ ಮೂಲಕ ಸ್ವಯಂ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ. ಅಂತಿಮ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಾಗಿ BLASTN (ಬಿವಾಲ್ವ್ NCBI ಡೇಟಾಬೇಸ್, ಇ ಮೌಲ್ಯ <1e−10 ಮತ್ತು 60% ಹೋಮಾಲಜಿ) ನೊಂದಿಗೆ ಜೋಡಣೆಯ ಮೂಲಕ ಸ್ವಯಂ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ. ಗ್ಯಾಟೆಮ್ ಸೋಬ್ಸ್ಟ್ವೆನ್ಯ ಕಾಂಟಿಗಿ ಬೈಲಿ ಐಡೆಂಟಿಫಿಶಿರೋವಾನಿ ಪುಟ ಸೋಪೋಸ್ಟಾವ್ಲೇನಿಯ ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ನ್ ение e <1e-10 и гомология 60%) ಅಂತಿಮ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಾಗಿ BLASTN (NCBI ಬೈವಾಲ್ವ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್, ಇ ಮೌಲ್ಯ <1e-10 ಮತ್ತು 60% ಹೋಮಾಲಜಿ) ವಿರುದ್ಧ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯ ಮೂಲಕ ಸ್ವಯಂ-ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ.然后通过与BLASTN（双壳贝类NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% 同源性）对齐来识别别最终注释.然后通过与BLASTN（双壳贝类NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% ಗ್ಯಾಟೆಮ್ ಬೈಲಿ ಐಡೆಂಟಿಫಿಶಿರೋವಾನಿ ಸೋಬ್ಸ್ಟ್ವೆನ್ನಿ ಕಾಂಟಿಗಿ ಡಿಲಿಯಾ ಒಕೊನ್ಚಾಟೆಲ್ನೊಯ್ ಅನೋಟಾಷಿಯಸ್ ಪುಸ್ತಕದ ಹೊಸ ಪುಸ್ತಕಗಳು для двустворчатых моллюсков, значение e <1e-10 и гомология 60%). BLASTN (NCBI ಬೈವಾಲ್ವ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್, ಇ ಮೌಲ್ಯ <1e-10 ಮತ್ತು 60% ಹೋಮಾಲಜಿ) ವಿರುದ್ಧ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯ ಮೂಲಕ ಅಂತಿಮ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಾಗಿ ಸ್ವಯಂ-ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ. ಸಮಾನಾಂತರವಾಗಿ, ನಾನ್ಸೆಲ್ಫ್ ಗ್ರೂಪ್ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು BLASTN (nt NCBI ಡೇಟಾಬೇಸ್, ಇ ಮೌಲ್ಯ <1e−10 ಮತ್ತು 60% ಹೋಮಾಲಜಿ) ನೊಂದಿಗೆ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ. ಸಮಾನಾಂತರವಾಗಿ, ನಾನ್ಸೆಲ್ಫ್ ಗ್ರೂಪ್ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು BLASTN (nt NCBI ಡೇಟಾಬೇಸ್, ಇ ಮೌಲ್ಯ <1e−10 ಮತ್ತು 60% ಹೋಮಾಲಜಿ) ನೊಂದಿಗೆ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ. ಪರಾಲ್ಲೆಲ್ನೊ ಚುಜೆರೊಡ್ನಿ ಗ್ರುಪ್ಪೋವಿ ಕಾಂಟಿಗಿ ಬೈಲಿ ಆನ್ನೋಟಿರೊವಾನಿ ಎಸ್ ಪೊಮೊಶಿಯು ಬ್ಲಾಸ್ಟ್‌ಎನ್ (ಬಜಾ ಡ್ಯಾನಿಮ್ ಎನ್‌ಸಿಬಿಐ, <ಎನ್‌ಸಿಬಿಐ, 10 60%). ಸಮಾನಾಂತರವಾಗಿ, ವಿದೇಶಿ ಗುಂಪಿನ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು BLASTN (NT NCBI ಡೇಟಾಬೇಸ್, ಇ ಮೌಲ್ಯ <1e-10 ಮತ್ತು 60% ಹೋಮಾಲಜಿ) ನೊಂದಿಗೆ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ.平行地，用BLASTN（nt NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% 同源性）注释非自身组重叠群平行地，用BLASTN（nt NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% 同源性）注释非自身组重叠群 ಪರಾಲ್ಲೆಲ್ನೋ ಕಾಂಟಿಗಿ, ನೋಟ್ನೋಸ್ಯಸ್ಯಾಕ್ ಸೋಬ್ಸ್ಟ್ವೆನ್ನೊಯ್ ಗ್ರುಪ್ಪೆ, ಬೈಲಿ ಅನೋಟಿರೋವನ್ ಸ್ ಫೋಮೊಸ್, ಬ್ಲಾಸ್ಟ್‌ನ್ <1e-10 и гомология 60%). ಸಮಾನಾಂತರವಾಗಿ, ಸ್ವಯಂ ಗುಂಪು-ಅಲ್ಲದ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು BLASTN (nt NCBI ಡೇಟಾಬೇಸ್, ಇ ಮೌಲ್ಯ <1e-10 ಮತ್ತು 60% ಹೋಮಾಲಜಿ) ನೊಂದಿಗೆ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ. Nr ಮತ್ತು RefSeq ಪ್ರೊಟೀನ್ NCBI ಡೇಟಾಬೇಸ್‌ಗಳನ್ನು (e ಮೌಲ್ಯ <1e−10 ಮತ್ತು 60% ಹೋಮಾಲಜಿ) ಬಳಸಿಕೊಂಡು ನಾನ್‌ಸೆಲ್ಫ್ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳ ಮೇಲೆ BLASTX ಅನ್ನು ಸಹ ನಡೆಸಲಾಯಿತು. Nr ಮತ್ತು RefSeq ಪ್ರೊಟೀನ್ NCBI ಡೇಟಾಬೇಸ್‌ಗಳನ್ನು (e ಮೌಲ್ಯ <1e−10 ಮತ್ತು 60% ಹೋಮಾಲಜಿ) ಬಳಸಿಕೊಂಡು ನಾನ್‌ಸೆಲ್ಫ್ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳ ಮೇಲೆ BLASTX ಅನ್ನು ಸಹ ನಡೆಸಲಾಯಿತು. BLASTX TAKJE BIL ಪ್ರೊವೆಡೆನ್ ನಲ್ಲಿ NESAMOSTOYATELINYH CONTIGAH SE ISPOLIZOVANIEM BAZ dannыh belka nr nr. ಒಲೊಜಿಯಾ 60%). nr ಮತ್ತು RefSeq NCBI ಪ್ರೊಟೀನ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್‌ಗಳನ್ನು (e ಮೌಲ್ಯ <1e-10 ಮತ್ತು 60% ಹೋಮಾಲಜಿ) ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸ್ವಯಂ-ಅಲ್ಲದ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳಲ್ಲಿ BLASTX ಅನ್ನು ಸಹ ನಡೆಸಲಾಯಿತು.还使用nr 和RefSeq 蛋白NCBI还使用nr 和RefSeq 蛋白NCBI BLASTX ಟ್ಯಾಕ್ ವೀಪೋಲ್ನಿಯಲ್ ಇನ್ ನ್ಯಾಸಾಮೊಸ್ಟೋಯಟೆಲ್ ಕಾನ್ಟಿಗಾಹ್ಸ್ ಇಸ್ಪೋಲ್ಸೊವ್ಯಾನಿಮ್ ಬ್ಯಾಸ್ ಡಾನ್ ಬೆಲ್ಕಾ ಎನ್ಆರ್ ಮತ್ತು ರೆಫ್ಸೆಕ್ ಎನ್‌ಸಿಬಿಐ (1000 60%). nr ಮತ್ತು RefSeq NCBI ಪ್ರೊಟೀನ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್‌ಗಳನ್ನು (e ಮೌಲ್ಯ <1e-10 ಮತ್ತು 60% ಹೋಮಾಲಜಿ) ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸ್ವಯಂ-ಅಲ್ಲದ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳಲ್ಲಿ BLASTX ಅನ್ನು ಸಹ ನಡೆಸಲಾಯಿತು.ಸ್ವಯಂ-ಕಾಂಟಿಗ್ಸ್ ಅಲ್ಲದ BLASTN ಮತ್ತು BLASTX ಪೂಲ್‌ಗಳು ಅಂತಿಮ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತವೆ (ಸಪ್ಲಿಮೆಂಟರಿ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ನೋಡಿ).
PCR ಗಾಗಿ ಬಳಸಲಾದ ಪ್ರೈಮರ್‌ಗಳನ್ನು ಟೇಬಲ್ S1 ನಲ್ಲಿ ಪಟ್ಟಿ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ.ccfDNA ಗುರಿ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ವರ್ಧಿಸಲು Taq DNA ಪಾಲಿಮರೇಸ್ (ಬಯೋ ಬೇಸಿಕ್ ಕೆನಡಾ, ಮಾರ್ಕ್‌ಹ್ಯಾಮ್, ON) ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಯಿತು.ಕೆಳಗಿನ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳನ್ನು ಬಳಸಲಾಗಿದೆ: 3 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ 95 ° C ನಲ್ಲಿ ಡಿನಾಟರೇಶನ್, 1 ನಿಮಿಷಕ್ಕೆ 95 ° C, 1 ನಿಮಿಷಕ್ಕೆ ಅನೆಲಿಂಗ್ ತಾಪಮಾನವನ್ನು ಹೊಂದಿಸಿ, 1 ನಿಮಿಷಕ್ಕೆ 72 ° C ನಲ್ಲಿ ವಿಸ್ತರಣೆ, 35 ಚಕ್ರಗಳು ಮತ್ತು ಅಂತಿಮವಾಗಿ 10 ನಿಮಿಷಗಳಲ್ಲಿ 72 ° C..PCR ಉತ್ಪನ್ನಗಳನ್ನು 95 V ನಲ್ಲಿ SYBRTM ಸೇಫ್ DNA ಜೆಲ್ ಸ್ಟೇನ್ (ಇನ್ವಿಟ್ರೋಜೆನ್, ಬರ್ಲಿಂಗ್ಟನ್, ON, ಕೆನಡಾ) ಹೊಂದಿರುವ ಅಗರೋಸ್ ಜೆಲ್‌ಗಳಲ್ಲಿ (1.5%) ಎಲೆಕ್ಟ್ರೋಫೋರೆಸಿಸ್‌ನಿಂದ ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಲಾಗಿದೆ.
ಮಸ್ಸೆಲ್ಸ್ (ಮೈಟಿಲಸ್ ಎಸ್ಪಿಪಿ.) 500 ಮಿಲಿ ಆಮ್ಲಜನಕಯುಕ್ತ ಸಮುದ್ರದ ನೀರಿನಲ್ಲಿ (32 PSU) 4 ° C ನಲ್ಲಿ 24 ಗಂಟೆಗಳ ಕಾಲ ಒಗ್ಗಿಕೊಳ್ಳಲಾಯಿತು.ಹ್ಯೂಮನ್ ಗ್ಯಾಲೆಕ್ಟಿನ್-7 cDNA ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು (NCBI ಪ್ರವೇಶ ಸಂಖ್ಯೆ L07769) ಎನ್‌ಕೋಡಿಂಗ್ ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ DNA ಅನ್ನು 190 μg/μl ನ ಅಂತಿಮ ಸಾಂದ್ರತೆಯಲ್ಲಿ ಸೀಸೆಗೆ ಸೇರಿಸಲಾಯಿತು.ಡಿಎನ್ಎ ಸೇರ್ಪಡೆ ಇಲ್ಲದೆ ಅದೇ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿ ಕಾವುಕೊಡುವ ಮಸ್ಸೆಲ್ಸ್ ನಿಯಂತ್ರಣವಾಗಿತ್ತು.ಮೂರನೇ ನಿಯಂತ್ರಣ ಟ್ಯಾಂಕ್ ಮಸ್ಸೆಲ್ಸ್ ಇಲ್ಲದೆ ಡಿಎನ್ಎ ಒಳಗೊಂಡಿತ್ತು.ಸಮುದ್ರದ ನೀರಿನಲ್ಲಿ DNA ಗುಣಮಟ್ಟವನ್ನು ಮೇಲ್ವಿಚಾರಣೆ ಮಾಡಲು, ಸಮುದ್ರದ ನೀರಿನ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು (20 μl; ಮೂರು ಪುನರಾವರ್ತನೆಗಳು) ಸೂಚಿಸಿದ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿ ಟ್ಯಾಂಕ್‌ನಿಂದ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳಲಾಗಿದೆ.ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ DNA ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುವಿಕೆಗಾಗಿ, LB ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸಿದ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಕೊಯ್ಲು ಮಾಡಲಾಯಿತು ಮತ್ತು qPCR ಮತ್ತು ddPCR ಮೂಲಕ ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ.ಸಮುದ್ರದ ನೀರಿನಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಉಪ್ಪು ಅಂಶವಿರುವುದರಿಂದ, ಎಲ್ಲಾ ಪಿಸಿಆರ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳಿಗೆ ಮೊದಲು ಅಲಿಕಾಟ್‌ಗಳನ್ನು ಪಿಸಿಆರ್ ಗುಣಮಟ್ಟದ ನೀರಿನಲ್ಲಿ (1:10) ದುರ್ಬಲಗೊಳಿಸಲಾಯಿತು.
ಡಿಜಿಟಲ್ ಡ್ರಾಪ್ಲೆಟ್ PCR (ddPCR) ಅನ್ನು BioRad QX200 ಪ್ರೋಟೋಕಾಲ್ (ಮಿಸ್ಸಿಸೌಗಾ, ಒಂಟಾರಿಯೊ, ಕೆನಡಾ) ಬಳಸಿ ನಡೆಸಲಾಯಿತು.ಗರಿಷ್ಠ ತಾಪಮಾನವನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ತಾಪಮಾನ ಪ್ರೊಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿ (ಟೇಬಲ್ S1).QX200 ಡ್ರಾಪ್ ಜನರೇಟರ್ (BioRad) ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಹನಿಗಳನ್ನು ರಚಿಸಲಾಗಿದೆ.ddPCR ಅನ್ನು ಈ ಕೆಳಗಿನಂತೆ ನಡೆಸಲಾಯಿತು: 5 ನಿಮಿಷಕ್ಕೆ 95 ° C, 30 ಸೆಕೆಂಡುಗಳಿಗೆ 95 ° C ನ 50 ಚಕ್ರಗಳು ಮತ್ತು 1 ನಿಮಿಷಕ್ಕೆ ಮತ್ತು 72 ° C ಗೆ 30 ಸೆ, 4 ° C 5 ನಿಮಿಷಕ್ಕೆ ಮತ್ತು 90 ° C ಗೆ 5 ನಿಮಿಷಗಳಲ್ಲಿ ನೀಡಲಾದ ಅನೆಲಿಂಗ್ ತಾಪಮಾನ.QX200 ಡ್ರಾಪ್ ರೀಡರ್ (BioRad) ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಹನಿಗಳು ಮತ್ತು ಧನಾತ್ಮಕ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಗಳ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು (ಪ್ರತಿಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ/µl) ಅಳೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ.10,000 ಹನಿಗಳಿಗಿಂತ ಕಡಿಮೆ ಇರುವ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ತಿರಸ್ಕರಿಸಲಾಗಿದೆ.ಪ್ರತಿ ಬಾರಿ ddPCR ರನ್ ಮಾಡಿದಾಗ ಪ್ಯಾಟರ್ನ್ ನಿಯಂತ್ರಣವನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ.
qPCR ಅನ್ನು Rotor-Gene® 3000 (ಕಾರ್ಬೆಟ್ ರಿಸರ್ಚ್, ಸಿಡ್ನಿ, ಆಸ್ಟ್ರೇಲಿಯಾ) ಮತ್ತು LGALS7 ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪ್ರೈಮರ್‌ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ ನಡೆಸಲಾಯಿತು.ಕ್ವಾಂಟಿಫಾಸ್ಟ್ SYBR ಗ್ರೀನ್ ಪಿಸಿಆರ್ ಕಿಟ್ (QIAGEN) ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಎಲ್ಲಾ ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕ PCR ಗಳನ್ನು 20 µl ನಲ್ಲಿ ನಿರ್ವಹಿಸಲಾಗಿದೆ.qPCR ಅನ್ನು 95 ° C ನಲ್ಲಿ 15 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾವುಗಳೊಂದಿಗೆ ಪ್ರಾರಂಭಿಸಲಾಯಿತು, ನಂತರ 95 ° C ನಲ್ಲಿ 10 ಸೆಕೆಂಡುಗಳ ಕಾಲ 40 ಚಕ್ರಗಳು ಮತ್ತು 60 ಸೆಕೆಂಡುಗಳ ಕಾಲ 60 ° C ನಲ್ಲಿ ಒಂದು ಡೇಟಾ ಸಂಗ್ರಹಣೆಯೊಂದಿಗೆ.ಕರಗುವ ವಕ್ರಾಕೃತಿಗಳನ್ನು 5 ಸೆಗಳಿಗೆ 95 ° C, 60 ಸೆಗಳಿಗೆ 65 ° C ಮತ್ತು qPCR ನ ಕೊನೆಯಲ್ಲಿ 97 ° C ನಲ್ಲಿ ಅನುಕ್ರಮ ಅಳತೆಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ರಚಿಸಲಾಗಿದೆ.ನಿಯಂತ್ರಣ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಹೊರತುಪಡಿಸಿ, ಪ್ರತಿ qPCR ಅನ್ನು ಮೂರು ಬಾರಿ ನಿರ್ವಹಿಸಲಾಗಿದೆ.
ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳು ಹೆಚ್ಚಿನ ಶೋಧನೆ ದರಕ್ಕೆ ಹೆಸರುವಾಸಿಯಾಗಿರುವುದರಿಂದ, ಸಮುದ್ರದ ನೀರಿನಲ್ಲಿ ಇರುವ ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಫಿಲ್ಟರ್ ಮಾಡಿ ಮತ್ತು ಉಳಿಸಿಕೊಳ್ಳಬಹುದೇ ಎಂದು ನಾವು ಮೊದಲು ತನಿಖೆ ಮಾಡಿದ್ದೇವೆ.ಈ ತುಣುಕುಗಳು ತಮ್ಮ ಅರೆ-ತೆರೆದ ದುಗ್ಧರಸ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹಗೊಳ್ಳುತ್ತವೆಯೇ ಎಂಬ ಬಗ್ಗೆ ನಾವು ಆಸಕ್ತಿ ಹೊಂದಿದ್ದೇವೆ.ನೀಲಿ ಮಸ್ಸೆಲ್ ಟ್ಯಾಂಕ್‌ಗಳಿಗೆ ಸೇರಿಸಲಾದ ಕರಗುವ ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳ ಭವಿಷ್ಯವನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುವ ಮೂಲಕ ನಾವು ಈ ಸಮಸ್ಯೆಯನ್ನು ಪ್ರಾಯೋಗಿಕವಾಗಿ ಪರಿಹರಿಸಿದ್ದೇವೆ.DNA ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ಅನುಕೂಲವಾಗುವಂತೆ, ನಾವು ಮಾನವ ಗ್ಯಾಲೆಕ್ಟಿನ್-7 ಜೀನ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ವಿದೇಶಿ (ಸ್ವಯಂ ಅಲ್ಲ) ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ DNA ಅನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ.ddPCR ಸಮುದ್ರದ ನೀರು ಮತ್ತು ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ DNA ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುತ್ತದೆ.ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಅನುಪಸ್ಥಿತಿಯಲ್ಲಿ ಸಮುದ್ರದ ನೀರಿನಲ್ಲಿನ DNA ತುಣುಕುಗಳ ಪ್ರಮಾಣವು ಕಾಲಾನಂತರದಲ್ಲಿ (7 ದಿನಗಳವರೆಗೆ) ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಸ್ಥಿರವಾಗಿದ್ದರೆ, ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯಲ್ಲಿ ಈ ಮಟ್ಟವು 8 ಗಂಟೆಗಳ ಒಳಗೆ ಸಂಪೂರ್ಣವಾಗಿ ಕಣ್ಮರೆಯಾಗುತ್ತದೆ ಎಂದು ನಮ್ಮ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ತೋರಿಸುತ್ತವೆ (Fig. 1a,b).ಇಂಟ್ರಾವಾಲ್ವುಲರ್ ದ್ರವ ಮತ್ತು ಹೆಮೊಲಿಮ್ಫ್ (Fig. 1c) ನಲ್ಲಿ 15 ನಿಮಿಷಗಳೊಳಗೆ ಬಾಹ್ಯ DNA ಯ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಸುಲಭವಾಗಿ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲಾಗಿದೆ.ಒಡ್ಡಿಕೊಂಡ 4 ಗಂಟೆಗಳ ನಂತರವೂ ಈ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆ ಮಾಡಬಹುದು.ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದಂತೆ ಈ ಫಿಲ್ಟರಿಂಗ್ ಚಟುವಟಿಕೆಯು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ ಮತ್ತು ಪಾಚಿಗಳ ಫಿಲ್ಟರಿಂಗ್ ಚಟುವಟಿಕೆಗೆ ಹೋಲಿಸಬಹುದು [31].ಈ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳು ತಮ್ಮ ದ್ರವದ ವಿಭಾಗಗಳಲ್ಲಿ ವಿದೇಶಿ ಡಿಎನ್‌ಎಯನ್ನು ಫಿಲ್ಟರ್ ಮಾಡಬಹುದು ಮತ್ತು ಸಂಗ್ರಹಿಸಬಹುದು ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ.
ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿ (A) ಅಥವಾ ಅನುಪಸ್ಥಿತಿಯಲ್ಲಿ (B) ಸಮುದ್ರದ ನೀರಿನಲ್ಲಿ ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ DNA ಯ ಸಾಪೇಕ್ಷ ಸಾಂದ್ರತೆಗಳು, ddPCR ನಿಂದ ಅಳೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ.A ನಲ್ಲಿ, ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಶೇಕಡಾವಾರುಗಳಾಗಿ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಪೆಟ್ಟಿಗೆಗಳ ಗಡಿಗಳು 75 ನೇ ಮತ್ತು 25 ನೇ ಶೇಕಡಾವನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತವೆ.ಅಳವಡಿಸಲಾದ ಲಾಗರಿಥಮಿಕ್ ಕರ್ವ್ ಅನ್ನು ಕೆಂಪು ಬಣ್ಣದಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಬೂದು ಬಣ್ಣದಲ್ಲಿ ಮಬ್ಬಾದ ಪ್ರದೇಶವು 95% ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹ ಮಧ್ಯಂತರವನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ.B ನಲ್ಲಿ, ಕೆಂಪು ರೇಖೆಯು ಸರಾಸರಿಯನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ನೀಲಿ ರೇಖೆಯು ಸಾಂದ್ರತೆಯ 95% ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹ ಮಧ್ಯಂತರವನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ.C ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ ಡಿಎನ್ಎ ಸೇರ್ಪಡೆಯ ನಂತರ ವಿವಿಧ ಸಮಯಗಳಲ್ಲಿ ಮಸ್ಸೆಲ್ಸ್ನ ಹಿಮೋಲಿಮ್ಫ್ ಮತ್ತು ಕವಾಟದ ದ್ರವದಲ್ಲಿ ಪ್ಲಾಸ್ಮಿಡ್ ಡಿಎನ್ಎ ಶೇಖರಣೆ.ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಪತ್ತೆಯಾದ ಸಂಪೂರ್ಣ ಪ್ರತಿಗಳು/mL (± SE) ಎಂದು ಪ್ರಸ್ತುತಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ.
ಮುಂದೆ, ಸೀಮಿತ ಮಾನವಜನ್ಯ ಪ್ರಭಾವವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ದೂರದ ದ್ವೀಪಗಳ ಗುಂಪಾದ ಕೆರ್ಗುಲೆನ್ ದ್ವೀಪಗಳಲ್ಲಿನ ಮಸ್ಸೆಲ್ ಹಾಸಿಗೆಗಳಿಂದ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾದ ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ccfDNA ಮೂಲವನ್ನು ನಾವು ತನಿಖೆ ಮಾಡಿದ್ದೇವೆ.ಈ ಉದ್ದೇಶಕ್ಕಾಗಿ, ಮಾನವನ cccDNA [32, 33] ಅನ್ನು ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಲು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಬಳಸುವ ವಿಧಾನಗಳಿಂದ ಮಸ್ಸೆಲ್ ಹೆಮೊಲಿಂಫ್‌ಗಳಿಂದ cccDNA ಅನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ.ಮಸ್ಸೆಲ್ಸ್‌ನಲ್ಲಿನ ಸರಾಸರಿ ಹಿಮೋಲಿಮ್ಫ್ ಸಿಸಿಎಫ್‌ಡಿಎನ್‌ಎ ಸಾಂದ್ರತೆಗಳು ಪ್ರತಿ ಮಿಲಿ ಹಿಮೋಲಿಮ್ಫ್ ಶ್ರೇಣಿಗೆ ಕಡಿಮೆ ಮೈಕ್ರೊಗ್ರಾಮ್‌ಗಳಲ್ಲಿವೆ ಎಂದು ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ (ಟೇಬಲ್ S2, ಪೂರಕ ಮಾಹಿತಿ ನೋಡಿ).ಈ ಸಾಂದ್ರತೆಯ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯು ಆರೋಗ್ಯವಂತ ಜನರಿಗಿಂತ (ಪ್ರತಿ ಮಿಲಿಲೀಟರ್‌ಗೆ ಕಡಿಮೆ ನ್ಯಾನೊಗ್ರಾಮ್‌ಗಳು) ಹೆಚ್ಚು ದೊಡ್ಡದಾಗಿದೆ, ಆದರೆ ಅಪರೂಪದ ಸಂದರ್ಭಗಳಲ್ಲಿ, ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ರೋಗಿಗಳಲ್ಲಿ, ccfDNA ಮಟ್ಟವು ಪ್ರತಿ ಮಿಲಿಲೀಟರ್‌ಗೆ ಹಲವಾರು ಮೈಕ್ರೋಗ್ರಾಂಗಳನ್ನು ತಲುಪಬಹುದು [34, 35].ಹಿಮೋಲಿಮ್ಫ್ ccfDNA ಯ ಗಾತ್ರದ ವಿತರಣೆಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಈ ತುಣುಕುಗಳು 1000 bp ನಿಂದ 1000 bp ವರೆಗಿನ ಗಾತ್ರದಲ್ಲಿ ಬಹಳವಾಗಿ ಬದಲಾಗುತ್ತವೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿದೆ.5000 ಬಿಪಿ ವರೆಗೆ (ಚಿತ್ರ 2).ಸಿಲಿಕಾ-ಆಧಾರಿತ QIAamp ಇನ್ವೆಸ್ಟಿಗೇಟರ್ ಕಿಟ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಇದೇ ರೀತಿಯ ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಪಡೆಯಲಾಗಿದೆ, ccfDNA [36] ಸೇರಿದಂತೆ ಕಡಿಮೆ ಸಾಂದ್ರತೆಯ DNA ಮಾದರಿಗಳಿಂದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್‌ಎಯನ್ನು ತ್ವರಿತವಾಗಿ ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಲು ಮತ್ತು ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಲು ವಿಧಿ ವಿಜ್ಞಾನದಲ್ಲಿ ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಬಳಸುವ ಒಂದು ವಿಧಾನವಾಗಿದೆ.
ಮಸ್ಸೆಲ್ ಹೆಮೋಲಿಂಫ್‌ನ ಪ್ರತಿನಿಧಿ ccfDNA ಎಲೆಕ್ಟ್ರೋಫೋರೆಗ್ರಾಮ್.ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಸ್ನ್ಯಾಪ್ ಪ್ಲಾಸ್ಮಾ ಕಿಟ್ (ಮೇಲ್ಭಾಗ) ಮತ್ತು QIAamp DNA ಇನ್ವೆಸ್ಟಿಗೇಟರ್ ಕಿಟ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಹೊರತೆಗೆಯಲಾಗಿದೆ.B ಮಸ್ಸೆಲ್ಸ್‌ನಲ್ಲಿ ಹಿಮೋಲಿಮ್ಫ್ ccfDNA ಸಾಂದ್ರತೆಯ (± SE) ವಿತರಣೆಯನ್ನು ತೋರಿಸುವ ಪಿಟೀಲು ಕಥಾವಸ್ತು.ಕಪ್ಪು ಮತ್ತು ಕೆಂಪು ರೇಖೆಗಳು ಕ್ರಮವಾಗಿ ಮಧ್ಯದ ಮತ್ತು ಮೊದಲ ಮತ್ತು ಮೂರನೇ ಕ್ವಾರ್ಟೈಲ್‌ಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತವೆ.
ಮಾನವರು ಮತ್ತು ಸಸ್ತನಿಗಳಲ್ಲಿ ಸರಿಸುಮಾರು 1% ccfDNA ವಿದೇಶಿ ಮೂಲವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ [21, 37].ಬೈವಾಲ್ವ್‌ಗಳ ಅರೆ-ತೆರೆದ ರಕ್ತಪರಿಚಲನಾ ವ್ಯವಸ್ಥೆ, ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿ-ಸಮೃದ್ಧ ಸಮುದ್ರದ ನೀರು ಮತ್ತು ಮಸ್ಸೆಲ್ ccfDNA ಯ ಗಾತ್ರದ ವಿತರಣೆಯನ್ನು ಗಮನಿಸಿದರೆ, ಮಸ್ಸೆಲ್ ಹೆಮೊಲಿಮ್ಫ್ ccfDNA ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ DNA ಯ ಶ್ರೀಮಂತ ಮತ್ತು ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಪೂಲ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿರಬಹುದು ಎಂದು ನಾವು ಊಹಿಸಿದ್ದೇವೆ.ಈ ಊಹೆಯನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸಲು, ನಾವು ಕೆರ್ಗುಲೆನ್ ದ್ವೀಪಗಳಿಂದ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾದ ಔಲಕೊಮ್ಯ ಅಟ್ರಾ ಮಾದರಿಗಳಿಂದ ಹಿಮೋಲಿಂಫ್ ಸಿಸಿಎಫ್‌ಡಿಎನ್‌ಎಯನ್ನು ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಿದ್ದೇವೆ, 10 ಮಿಲಿಯನ್‌ಗಿಂತಲೂ ಹೆಚ್ಚು ಓದುವಿಕೆಗಳನ್ನು ನೀಡಿತು, ಅದರಲ್ಲಿ 97.6% ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣವನ್ನು ಅಂಗೀಕರಿಸಿತು.ನಂತರ BLASTN ಮತ್ತು NCBI ಬೈವಾಲ್ವ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್‌ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸ್ವಯಂ ಮತ್ತು ಸ್ವಯಂ-ಅಲ್ಲದ ಮೂಲಗಳ ಪ್ರಕಾರ ವಾಚನಗೋಷ್ಠಿಯನ್ನು ವರ್ಗೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ (Fig. S1, ಪೂರಕ ಮಾಹಿತಿ).
ಮಾನವರಲ್ಲಿ, ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯರ್ ಮತ್ತು ಮೈಟೊಕಾಂಡ್ರಿಯದ DNA ಎರಡನ್ನೂ ರಕ್ತಪ್ರವಾಹಕ್ಕೆ ಬಿಡುಗಡೆ ಮಾಡಬಹುದು [38].ಆದಾಗ್ಯೂ, ಪ್ರಸ್ತುತ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ, ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಪರಮಾಣು ಜೀನೋಮಿಕ್ ಡಿಎನ್‌ಎಯನ್ನು ವಿವರವಾಗಿ ವಿವರಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗಲಿಲ್ಲ, A. ಅಟ್ರಾ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಅನುಕ್ರಮವಾಗಿ ಅಥವಾ ವಿವರಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ.ಆದಾಗ್ಯೂ, ನಾವು ಬೈವಾಲ್ವ್ ಲೈಬ್ರರಿ (Fig. S2, ಪೂರಕ ಮಾಹಿತಿ) ಬಳಸಿಕೊಂಡು ನಮ್ಮದೇ ಮೂಲದ ಹಲವಾರು ccfDNA ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಯಿತು.ನಾವು ನಮ್ಮದೇ ಮೂಲದ ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳ ಇರುವಿಕೆಯನ್ನು ದೃಢೀಕರಿಸಿದ್ದೇವೆ, ಆ A. ಅಟ್ರಾ ವಂಶವಾಹಿಗಳ ನಿರ್ದೇಶನದ PCR ವರ್ಧನೆಯ ಮೂಲಕ ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ (Fig. 3).ಅಂತೆಯೇ, A. ಅಟ್ರಾದ ಮೈಟೊಕಾಂಡ್ರಿಯದ ಜೀನೋಮ್ ಸಾರ್ವಜನಿಕ ಡೇಟಾಬೇಸ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಲಭ್ಯವಿರುವುದರಿಂದ, A. ಅಟ್ರಾದ ಹಿಮೋಲಿಂಫ್‌ನಲ್ಲಿ ಮೈಟೊಕಾಂಡ್ರಿಯದ ccfDNA ತುಣುಕುಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಗೆ ಪುರಾವೆಗಳನ್ನು ಕಾಣಬಹುದು.ಮೈಟೊಕಾಂಡ್ರಿಯದ DNA ತುಣುಕುಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯು PCR ವರ್ಧನೆಯಿಂದ ದೃಢೀಕರಿಸಲ್ಪಟ್ಟಿದೆ (Fig. 3).
ಪಿಸಿಆರ್‌ನಿಂದ ವರ್ಧಿಸಲ್ಪಟ್ಟ A. ಅಟ್ರಾ (ಕೆಂಪು ಚುಕ್ಕೆಗಳು - ಸ್ಟಾಕ್ ಸಂಖ್ಯೆ: SRX5705969) ಮತ್ತು M. ಪ್ಲಾಟೆನ್ಸಿಸ್ (ನೀಲಿ ಚುಕ್ಕೆಗಳು - ಸ್ಟಾಕ್ ಸಂಖ್ಯೆ: SRX5705968) ನ ಹಿಮೋಲಿಂಫ್‌ನಲ್ಲಿ ವಿವಿಧ ಮೈಟೊಕಾಂಡ್ರಿಯದ ಜೀನ್‌ಗಳು ಇರುತ್ತವೆ.ಬ್ರೆಟನ್ ಎಟ್ ಆಲ್., 2011 ಬಿ ಎ. ಅಟ್ರಾದಿಂದ ಹೆಮೊಲಿಂಫ್ ಸೂಪರ್‌ನಾಟಂಟ್‌ನ ವರ್ಧನೆಯಿಂದ ಅಳವಡಿಸಿಕೊಂಡ ಚಿತ್ರ FTA ಪೇಪರ್‌ನಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗಿದೆ.PCR ಮಿಶ್ರಣವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ PCR ಟ್ಯೂಬ್‌ಗೆ ನೇರವಾಗಿ ಸೇರಿಸಲು 3 mm ಪಂಚ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿ.
ಸಮುದ್ರದ ನೀರಿನಲ್ಲಿ ಹೇರಳವಾಗಿರುವ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಅಂಶವನ್ನು ಗಮನಿಸಿದರೆ, ನಾವು ಆರಂಭದಲ್ಲಿ ಹಿಮೋಲಿಂಫ್‌ನಲ್ಲಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಡಿಎನ್‌ಎ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳ ಮೇಲೆ ಕೇಂದ್ರೀಕರಿಸಿದ್ದೇವೆ.ಇದನ್ನು ಮಾಡಲು, ನಾವು ಎರಡು ವಿಭಿನ್ನ ತಂತ್ರಗಳನ್ನು ಬಳಸುತ್ತೇವೆ.ಮೊದಲ ತಂತ್ರವು BLAST ಮತ್ತು ಇತರ ಉಪಕರಣಗಳಿಗೆ ಹೋಲಿಸಬಹುದಾದ ನಿಖರತೆಯೊಂದಿಗೆ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಬಲ್ಲ ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್-ಆಧಾರಿತ ಅನುಕ್ರಮ ವರ್ಗೀಕರಣ ಪ್ರೋಗ್ರಾಂ Kraken2 ಅನ್ನು ಬಳಸಿತು [28].6719 ಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ರೀಡ್‌ಗಳು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಮೂಲವೆಂದು ನಿರ್ಧರಿಸಲಾಗಿದೆ, ಆದರೆ 124 ಮತ್ತು 64 ಕ್ರಮವಾಗಿ ಆರ್ಕಿಯಾ ಮತ್ತು ವೈರಸ್‌ಗಳಿಂದ ಬಂದವು (ಚಿತ್ರ 4).ಅತ್ಯಂತ ಹೇರಳವಾಗಿರುವ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ DNA ತುಣುಕುಗಳೆಂದರೆ ಫರ್ಮಿಕ್ಯೂಟ್ಸ್ (46%), ಪ್ರೋಟಿಯೊಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ (27%), ಮತ್ತು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಾಯ್ಡ್‌ಗಳು (17%) (Fig. 4a).ಈ ವಿತರಣೆಯು ಸಮುದ್ರ ನೀಲಿ ಮಸ್ಸೆಲ್ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಮ್ [39, 40] ನ ಹಿಂದಿನ ಅಧ್ಯಯನಗಳೊಂದಿಗೆ ಸ್ಥಿರವಾಗಿದೆ.Gammaproteobacteria ಅನೇಕ Vibrionales (Fig. 4b) ಸೇರಿದಂತೆ ಪ್ರೋಟಿಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಮುಖ್ಯ ವರ್ಗ (44%).ddPCR ವಿಧಾನವು A. ಅಟ್ರಾ ಹೆಮೊಲಿಂಫ್ (Fig. 4c) [41] ನ ccfDNA ಯಲ್ಲಿ ವಿಬ್ರಿಯೊ DNA ತುಣುಕುಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ದೃಢಪಡಿಸಿತು.ccfDNA ಯ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ ಮೂಲದ ಬಗ್ಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಪಡೆಯಲು, ಹೆಚ್ಚುವರಿ ವಿಧಾನವನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳಲಾಗಿದೆ (Fig. S2, ಪೂರಕ ಮಾಹಿತಿ). ಈ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ, ಅತಿಕ್ರಮಿಸಲಾದ ರೀಡ್‌ಗಳನ್ನು ಜೋಡಿ-ಕೊನೆಯ ರೀಡ್‌ಗಳಾಗಿ ಜೋಡಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು BLASTN ಮತ್ತು 1e−3 ನ ಇ ಮೌಲ್ಯವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸ್ವಯಂ (ಬಿವಾಲ್ವ್‌ಗಳು) ಅಥವಾ ನಾನ್‌ಸೆಲ್ಫ್ ಮೂಲ ಎಂದು ವರ್ಗೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು >90% ಹೋಮೋಲಜಿಯೊಂದಿಗೆ ಕಟ್‌ಆಫ್. ಈ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ, ಅತಿಕ್ರಮಿಸಲಾದ ರೀಡ್‌ಗಳನ್ನು ಜೋಡಿ-ಕೊನೆಯ ರೀಡ್‌ಗಳಾಗಿ ಜೋಡಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು BLASTN ಮತ್ತು 1e−3 ನ ಇ ಮೌಲ್ಯವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸ್ವಯಂ (ಬಿವಾಲ್ವ್‌ಗಳು) ಅಥವಾ ನಾನ್‌ಸೆಲ್ಫ್ ಮೂಲ ಎಂದು ವರ್ಗೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು >90% ಹೋಮೋಲಜಿಯೊಂದಿಗೆ ಕಟ್‌ಆಫ್. В В В В том случае перекрывующеся чтеня були собраны как чтения с парними концами и були класиси ye (ದಿನಾಂಕದ ಮಾಲಿಸ್ಕಿ) ಅಥವಾ ಚುಜಿ ಪೋ ಪ್ರೋಯಿಸ್ಹೋಡ್ಡೆನಿಯು ಸಿಸ್ಪೋಲ್ಸೋವನಿಯಮ್ ಬ್ಲಾಸ್ಟ್ನ್ ಮತ್ತು ಸಾಂಕೇತಿಕ ಶೈಲಿ 1e>3 0%. ಈ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ, ಅತಿಕ್ರಮಿಸುವ ರೀಡ್‌ಗಳನ್ನು ಪೇರ್ಡ್-ಎಂಡೆಡ್ ರೀಡ್‌ಗಳಾಗಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು BLASTN ಮತ್ತು 1e-3 ನ e ಮೌಲ್ಯವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸ್ಥಳೀಯ (ಬಿವಾಲ್ವ್) ಅಥವಾ ಮೂಲವಲ್ಲದವು ಎಂದು ವರ್ಗೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು >90% ಹೋಮಾಲಜಿಯೊಂದಿಗೆ ಕಟ್ಆಫ್.ಚಿತ್ರ分类为自身（双壳类）或非自身来源。ಚಿತ್ರ 0% 同源性 的 分类 自身 （双 壳 类 ಈ ವಿಷಯಗಳು устворчатые моллюски) ಅಥವಾ NESOBSTVENNYE PO ಪ್ರೊವಿಸ್ಹೋಡ್ಡೆನಿಯು с использованием значений e BLASTAN и 1e-30 ಈ ಸಂದರ್ಭದಲ್ಲಿ, ಅತಿಕ್ರಮಿಸುವ ರೀಡ್‌ಗಳನ್ನು ಜೋಡಿ-ಅಂತ್ಯದ ರೀಡ್‌ಗಳಾಗಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾಗಿದೆ ಮತ್ತು e BLASTN ಮತ್ತು 1e-3 ಮೌಲ್ಯಗಳು ಮತ್ತು ಹೋಮಾಲಜಿ ಥ್ರೆಶೋಲ್ಡ್>90% ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸ್ವಂತ (ಬಿವಾಲ್ವ್‌ಗಳು) ಅಥವಾ ಮೂಲವಲ್ಲದವು ಎಂದು ವರ್ಗೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ.A. ಅಟ್ರಾ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಇನ್ನೂ ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಲಾಗಿಲ್ಲವಾದ್ದರಿಂದ, ನಾವು MEGAHIT ನೆಕ್ಸ್ಟ್ ಜನರೇಷನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ (NGS) ಅಸೆಂಬ್ಲರ್‌ನ ಡಿ ನೊವೊ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ತಂತ್ರವನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ.ಒಟ್ಟು 147,188 ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು ಮೂಲದ ಅವಲಂಬಿತ (ಬಿವಾಲ್ವ್ಸ್) ಎಂದು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ.ಈ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು ನಂತರ BLASTN ಮತ್ತು BLASTX ಬಳಸಿ 1e-10 ರ ಇ-ಮೌಲ್ಯಗಳೊಂದಿಗೆ ಸ್ಫೋಟಿಸಲಾಯಿತು.ಈ ತಂತ್ರವು A. atra ccfDNA ಯಲ್ಲಿ ಇರುವ 482 ನಾನ್-ಬಿವಾಲ್ವ್ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ನಮಗೆ ಅವಕಾಶ ಮಾಡಿಕೊಟ್ಟಿತು.ಅರ್ಧಕ್ಕಿಂತ ಹೆಚ್ಚು (57%) ಈ ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದಿಂದ ಪಡೆಯಲಾಗಿದೆ, ಮುಖ್ಯವಾಗಿ ಸಲ್ಫೋಟ್ರೋಫಿಕ್ ಸಹಜೀವಿಗಳು ಸೇರಿದಂತೆ ಗಿಲ್ ಸಹಜೀವಿಗಳಿಂದ ಮತ್ತು ಗಿಲ್ ಸಹಜೀವನದ ಸೊಲೆಮಿಯಾ ವೆಲಮ್ (ಚಿತ್ರ 5).
ಪ್ರಕಾರದ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಸಾಪೇಕ್ಷ ಸಮೃದ್ಧಿ.B ಎರಡು ಮುಖ್ಯ ಫೈಲಾಗಳ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ವೈವಿಧ್ಯತೆ (ಫರ್ಮಿಕ್ಯೂಟ್ಸ್ ಮತ್ತು ಪ್ರೋಟಿಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ).ಡಿಡಿಪಿಸಿಆರ್ ಸಿ ವಿಬ್ರಿಯೊ ಎಸ್ಪಿಪಿಯ ಪ್ರತಿನಿಧಿ ವರ್ಧನೆ.A. ಮೂರು ಅಟ್ರಾ ಹೆಮೊಲಿಂಫ್‌ಗಳಲ್ಲಿ 16S ​​rRNA ಜೀನ್‌ನ (ನೀಲಿ) ತುಣುಕುಗಳು.
ಒಟ್ಟು 482 ಸಂಗ್ರಹಿಸಿದ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲಾಗಿದೆ.ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ಕಾಂಟಿಗ್ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಳ (ಪ್ರೊಕಾರ್ಯೋಟ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಯುಕ್ಯಾರಿಯೋಟ್‌ಗಳು) ವರ್ಗೀಕರಣದ ವಿತರಣೆಯ ಸಾಮಾನ್ಯ ಪ್ರೊಫೈಲ್.ಬಿ BLASTN ಮತ್ತು BLASTX ಗುರುತಿಸಿದ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ DNA ತುಣುಕುಗಳ ವಿವರವಾದ ವಿತರಣೆ.
ಕ್ರಾಕನ್2 ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಮಸ್ಸೆಲ್ ಸಿಸಿಎಫ್‌ಡಿಎನ್‌ಎ ಯುರಿಯಾರ್ಚಿಯೊಟಾ (65%), ಕ್ರೆನಾರ್‌ಚಿಯೊಟಾ (24%), ಮತ್ತು ಥೌರ್‌ಮಾರ್‌ಚಿಯೊಟಾ (11%) (ಚಿತ್ರ 6a) ನ DNA ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ಪುರಾತತ್ತ್ವದ DNA ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿದೆ.ಈ ಹಿಂದೆ ಕ್ಯಾಲಿಫೋರ್ನಿಯಾದ ಮಸ್ಸೆಲ್ಸ್‌ನ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಮುದಾಯದಲ್ಲಿ ಕಂಡುಬಂದ ಯುರಿಯಾರ್ಚಿಯೊಟಾ ಮತ್ತು ಕ್ರೆನಾರ್‌ಚಿಯೊಟಾದಿಂದ ಪಡೆದ DNA ತುಣುಕುಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯು ಆಶ್ಚರ್ಯಪಡಬೇಕಾಗಿಲ್ಲ [42].Euryarchaeota ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ತೀವ್ರತರವಾದ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿದ್ದರೂ, ಈಗ Euryarchaeota ಮತ್ತು Crenarcheota ಎರಡೂ ಸಮುದ್ರದ ಕ್ರಯೋಜೆನಿಕ್ ಪರಿಸರದಲ್ಲಿ ಅತ್ಯಂತ ಸಾಮಾನ್ಯವಾದ ಪ್ರೊಕಾರ್ಯೋಟ್ಗಳಲ್ಲಿ ಸೇರಿವೆ ಎಂದು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ [43, 44].ಕೆರ್ಗುಲೆನ್ ಪ್ರಸ್ಥಭೂಮಿಯಲ್ಲಿ [45] ಕೆಳಭಾಗದ ಸೋರಿಕೆಯಿಂದ ವ್ಯಾಪಕವಾದ ಮೀಥೇನ್ ಸೋರಿಕೆಗಳ ಇತ್ತೀಚಿನ ವರದಿಗಳನ್ನು ಮತ್ತು ಕೆರ್ಗುಲೆನ್ ದ್ವೀಪಗಳ [46] ಕರಾವಳಿಯಲ್ಲಿ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಮೀಥೇನ್ ಉತ್ಪಾದನೆಯನ್ನು ಗಮನಿಸಿದರೆ ಮಸ್ಸೆಲ್ಸ್‌ನಲ್ಲಿ ಮೆಥನೋಜೆನಿಕ್ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯು ಆಶ್ಚರ್ಯವೇನಿಲ್ಲ.
ನಂತರ ನಮ್ಮ ಗಮನವು ಡಿಎನ್‌ಎ ವೈರಸ್‌ಗಳ ವಾಚನಗೋಷ್ಠಿಗಳತ್ತ ಬದಲಾಯಿತು.ನಮಗೆ ತಿಳಿದಿರುವಂತೆ, ಇದು ಮೃದ್ವಂಗಿಗಳ ವೈರಸ್ ಅಂಶದ ಮೊದಲ ಆಫ್-ಟಾರ್ಗೆಟ್ ಅಧ್ಯಯನವಾಗಿದೆ.ನಿರೀಕ್ಷೆಯಂತೆ, ನಾವು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯೊಫೇಜಸ್ (ಕಾಡೋವೈರಲ್ಸ್) (Fig. 6b) ನ DNA ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ.ಆದಾಗ್ಯೂ, ಅತ್ಯಂತ ಸಾಮಾನ್ಯವಾದ ವೈರಲ್ DNA ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಸೈಟೊವೈರಸ್‌ಗಳ ಫೈಲಮ್‌ನಿಂದ ಬರುತ್ತದೆ, ಇದನ್ನು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯರ್ ಸೈಟೋಪ್ಲಾಸ್ಮಿಕ್ ದೊಡ್ಡ DNA ವೈರಸ್ (NCLDV) ಎಂದೂ ಕರೆಯುತ್ತಾರೆ, ಇದು ಯಾವುದೇ ವೈರಸ್‌ನ ಅತಿದೊಡ್ಡ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ.ಈ ಫೈಲಮ್‌ನೊಳಗೆ, ಹೆಚ್ಚಿನ ಡಿಎನ್‌ಎ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಮಿಮಿಮಿಡೋವಿರಿಡೆ (58%) ಮತ್ತು ಪೊಕ್ಸ್‌ವಿರಿಡೆ (21%) ಕುಟುಂಬಗಳಿಗೆ ಸೇರಿವೆ, ಇದರ ನೈಸರ್ಗಿಕ ಆತಿಥೇಯರು ಕಶೇರುಕಗಳು ಮತ್ತು ಆರ್ತ್ರೋಪಾಡ್‌ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ಈ ಡಿಎನ್‌ಎ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಒಂದು ಸಣ್ಣ ಪ್ರಮಾಣವು ತಿಳಿದಿರುವ ವೈರಾಲಜಿಕಲ್ ಪಾಚಿಗಳಿಗೆ ಸೇರಿದೆ.ಸಮುದ್ರದ ಯೂಕ್ಯಾರಿಯೋಟಿಕ್ ಪಾಚಿಗೆ ಸೋಂಕು ತರುತ್ತದೆ.ಪಂಡೋರಾ ವೈರಸ್‌ನಿಂದಲೂ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಪಡೆಯಲಾಗಿದೆ, ಇದು ತಿಳಿದಿರುವ ಯಾವುದೇ ವೈರಲ್ ಕುಲಗಳ ಅತಿದೊಡ್ಡ ಜೀನೋಮ್ ಗಾತ್ರವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ದೈತ್ಯ ವೈರಸ್.ಕುತೂಹಲಕಾರಿಯಾಗಿ, ಹಿಮೋಲಿಮ್ಫ್ ccfDNA ಅನುಕ್ರಮದಿಂದ ನಿರ್ಧರಿಸಲ್ಪಟ್ಟಂತೆ ವೈರಸ್ ಸೋಂಕಿಗೆ ಒಳಗಾದ ಹೋಸ್ಟ್‌ಗಳ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯು ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ದೊಡ್ಡದಾಗಿದೆ (ಚಿತ್ರ S3, ಪೂರಕ ಮಾಹಿತಿ).ಇದು ಬ್ಯಾಕುಲೋವಿರಿಡೆ ಮತ್ತು ಇರಿಡೋವಿರಿಡೆಯಂತಹ ಕೀಟಗಳನ್ನು ಸೋಂಕು ತಗುಲಿಸುವ ವೈರಸ್‌ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ, ಜೊತೆಗೆ ಅಮೀಬಾ, ಪಾಚಿ ಮತ್ತು ಕಶೇರುಕಗಳಿಗೆ ಸೋಂಕು ತಗುಲಿಸುವ ವೈರಸ್‌ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ.ಪಿಥೋವೈರಸ್ ಸೈಬರಿಕಮ್ ಜಿನೋಮ್‌ಗೆ ಹೊಂದಿಕೆಯಾಗುವ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಸಹ ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ.ಸೈಬೀರಿಯಾದಲ್ಲಿ [47] 30,000 ವರ್ಷಗಳಷ್ಟು ಹಳೆಯದಾದ ಪರ್ಮಾಫ್ರಾಸ್ಟ್‌ನಿಂದ ಪಿಟೊವೈರಸ್‌ಗಳನ್ನು ("ಜೊಂಬಿ ವೈರಸ್‌ಗಳು" ಎಂದೂ ಸಹ ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ) ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಲಾಗಿದೆ.ಹೀಗಾಗಿ, ನಮ್ಮ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಈ ವೈರಸ್‌ಗಳ ಎಲ್ಲಾ ಆಧುನಿಕ ಪ್ರಭೇದಗಳು ಅಳಿದುಹೋಗಿಲ್ಲ [48] ಮತ್ತು ಈ ವೈರಸ್‌ಗಳು ದೂರದ ಸಬಾರ್ಕ್ಟಿಕ್ ಸಮುದ್ರ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಲ್ಲಿ ಇರಬಹುದೆಂದು ತೋರಿಸುವ ಹಿಂದಿನ ವರದಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಸ್ಥಿರವಾಗಿದೆ.
ಅಂತಿಮವಾಗಿ, ನಾವು ಇತರ ಬಹುಕೋಶೀಯ ಪ್ರಾಣಿಗಳಿಂದ DNA ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಬಹುದೇ ಎಂದು ಪರೀಕ್ಷಿಸಿದ್ದೇವೆ.NT, nr ಮತ್ತು RefSeq ಲೈಬ್ರರಿಗಳೊಂದಿಗೆ (ಜೀನೋಮಿಕ್ ಮತ್ತು ಪ್ರೊಟೀನ್) BLASTN ಮತ್ತು BLASTX ಒಟ್ಟು 482 ವಿದೇಶಿ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಿದೆ.ಬಹುಕೋಶೀಯ ಪ್ರಾಣಿಗಳ ccfDNA ಯ ವಿದೇಶಿ ತುಣುಕುಗಳ ಪೈಕಿ ಎಲುಬಿನ ಮೂಳೆಗಳ DNA ಪ್ರಧಾನವಾಗಿದೆ ಎಂದು ನಮ್ಮ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ತೋರಿಸುತ್ತವೆ (Fig. 5).ಕೀಟಗಳು ಮತ್ತು ಇತರ ಜಾತಿಗಳ DNA ತುಣುಕುಗಳು ಸಹ ಕಂಡುಬಂದಿವೆ.ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳ ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಭಾಗವನ್ನು ಗುರುತಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ, ಪ್ರಾಯಶಃ ಭೂಮಂಡಲದ ಜಾತಿಗಳಿಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ಜಿನೋಮಿಕ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಖ್ಯೆಯ ಸಮುದ್ರ ಜಾತಿಗಳ ಕಡಿಮೆ ಪ್ರಾತಿನಿಧ್ಯದ ಕಾರಣದಿಂದಾಗಿರಬಹುದು [49].
ಪ್ರಸ್ತುತ ಪತ್ರಿಕೆಯಲ್ಲಿ, ನಾವು LB ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯನ್ನು ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳಿಗೆ ಅನ್ವಯಿಸುತ್ತೇವೆ, ಹೆಮೊಲಿಮ್ಫ್ ccfDNA ಶಾಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಸಮುದ್ರದ ಕರಾವಳಿ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳ ಸಂಯೋಜನೆಯ ಒಳನೋಟವನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ ಎಂದು ವಾದಿಸುತ್ತೇವೆ.ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿ ಹೇಳುವುದಾದರೆ, 1) ಮಸ್ಸೆಲ್ ಹೆಮೊಲಿಂಫ್ ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಾಂದ್ರತೆಯನ್ನು (ಮೈಕ್ರೋಗ್ರಾಮ್ ಮಟ್ಟಗಳು) ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ದೊಡ್ಡ (~ 1-5 kb) ಪರಿಚಲನೆ ಮಾಡುವ DNA ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ ಎಂದು ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ;2) ಈ ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳು ಸ್ವತಂತ್ರ ಮತ್ತು ಸ್ವತಂತ್ರವಲ್ಲದವು 3) ಈ ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳ ವಿದೇಶಿ ಮೂಲಗಳಲ್ಲಿ, ನಾವು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ, ಪುರಾತತ್ವ ಮತ್ತು ವೈರಲ್ ಡಿಎನ್‌ಎ, ಹಾಗೆಯೇ ಇತರ ಬಹುಕೋಶೀಯ ಪ್ರಾಣಿಗಳ ಡಿಎನ್‌ಎಗಳನ್ನು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ;4) ಹಿಮೋಲಿಂಫ್‌ನಲ್ಲಿ ಈ ವಿದೇಶಿ ccfDNA ತುಣುಕುಗಳ ಸಂಗ್ರಹವು ವೇಗವಾಗಿ ಸಂಭವಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಆಂತರಿಕ ಫಿಲ್ಟರಿಂಗ್ ಚಟುವಟಿಕೆಗೆ ಕೊಡುಗೆ ನೀಡುತ್ತದೆ.ಕೊನೆಯಲ್ಲಿ, ನಮ್ಮ ಅಧ್ಯಯನವು ಇಲ್ಲಿಯವರೆಗೆ ಮುಖ್ಯವಾಗಿ ಬಯೋಮೆಡಿಸಿನ್ ಕ್ಷೇತ್ರದಲ್ಲಿ ಅನ್ವಯಿಸಲಾದ LB ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯು ಶ್ರೀಮಂತ ಆದರೆ ಅನ್ವೇಷಿಸದ ಜ್ಞಾನದ ಮೂಲವನ್ನು ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ, ಇದನ್ನು ಸೆಂಟಿನೆಲ್ ಪ್ರಭೇದಗಳು ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಪರಿಸರದ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಚೆನ್ನಾಗಿ ಅರ್ಥಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು ಬಳಸಬಹುದು.
ಪ್ರೈಮೇಟ್‌ಗಳ ಜೊತೆಗೆ, ಇಲಿಗಳು, ನಾಯಿಗಳು, ಬೆಕ್ಕುಗಳು ಮತ್ತು ಕುದುರೆಗಳು [50, 51, 52] ಸೇರಿದಂತೆ ಸಸ್ತನಿಗಳಲ್ಲಿ ccfDNA ಪ್ರತ್ಯೇಕತೆಯು ವರದಿಯಾಗಿದೆ.ಆದಾಗ್ಯೂ, ನಮ್ಮ ಜ್ಞಾನಕ್ಕೆ, ತೆರೆದ ಪರಿಚಲನೆ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯೊಂದಿಗೆ ಸಮುದ್ರ ಜಾತಿಗಳಲ್ಲಿ ccfDNA ಪತ್ತೆ ಮತ್ತು ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ವರದಿ ಮಾಡುವ ಮೊದಲ ಅಧ್ಯಯನವು ನಮ್ಮ ಅಧ್ಯಯನವಾಗಿದೆ.ಮೃದ್ವಂಗಿಗಳ ಈ ಅಂಗರಚನಾ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯ ಮತ್ತು ಫಿಲ್ಟರಿಂಗ್ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವು, ಇತರ ಜಾತಿಗಳಿಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಪರಿಚಲನೆ ಮಾಡುವ ವಿಭಿನ್ನ ಗಾತ್ರದ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಕನಿಷ್ಠ ಭಾಗಶಃ ವಿವರಿಸಬಹುದು.ಮಾನವರಲ್ಲಿ, ರಕ್ತದಲ್ಲಿ ಪರಿಚಲನೆಗೊಳ್ಳುವ ಹೆಚ್ಚಿನ DNA ತುಣುಕುಗಳು 150 ರಿಂದ 200 bp ವರೆಗಿನ ಗಾತ್ರದ ಸಣ್ಣ ತುಣುಕುಗಳಾಗಿವೆ.167 ಬಿಪಿ [34, 53] ಗರಿಷ್ಠ ಗರಿಷ್ಠ.ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳ ಸಣ್ಣ ಆದರೆ ಗಮನಾರ್ಹ ಭಾಗವು 300 ಮತ್ತು 500 ಬಿಪಿ ಗಾತ್ರದಲ್ಲಿರುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಸುಮಾರು 5% 900 ಬಿಪಿಗಿಂತ ಉದ್ದವಾಗಿದೆ.[54].ಈ ಗಾತ್ರದ ವಿತರಣೆಗೆ ಕಾರಣವೆಂದರೆ ಪ್ಲಾಸ್ಮಾದಲ್ಲಿನ ccfDNA ಯ ಮುಖ್ಯ ಮೂಲವು ಜೀವಕೋಶದ ಸಾವಿನ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಸಂಭವಿಸುತ್ತದೆ, ಜೀವಕೋಶದ ಸಾವಿನಿಂದ ಅಥವಾ ಆರೋಗ್ಯಕರ ವ್ಯಕ್ತಿಗಳಲ್ಲಿ ರಕ್ತಪರಿಚಲನೆಯ ಹೆಮಟೊಪಯಟಿಕ್ ಕೋಶಗಳ ನೆಕ್ರೋಸಿಸ್ ಕಾರಣದಿಂದಾಗಿ ಅಥವಾ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ರೋಗಿಗಳಲ್ಲಿ ಗೆಡ್ಡೆಯ ಕೋಶಗಳ ಅಪೊಪ್ಟೋಸಿಸ್ (ಕಡ್ಡೆಯ DNA ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ)., ctDNA).ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡ ಹಿಮೋಲಿಮ್ಫ್ ಸಿಸಿಎಫ್‌ಡಿಎನ್‌ಎ ಗಾತ್ರದ ವಿತರಣೆಯು 1000 ರಿಂದ 5000 ಬಿಪಿ ವರೆಗೆ ಇರುತ್ತದೆ, ಇದು ಮಸ್ಸೆಲ್ ಸಿಸಿಎಫ್‌ಡಿಎನ್‌ಎ ವಿಭಿನ್ನ ಮೂಲವನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ.ಇದು ತಾರ್ಕಿಕ ಊಹೆಯಾಗಿದೆ, ಏಕೆಂದರೆ ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳು ಅರೆ-ತೆರೆದ ನಾಳೀಯ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಜೀನೋಮಿಕ್ DNA ಯ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಾಂದ್ರತೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಸಾಗರ ಜಲವಾಸಿ ಪರಿಸರದಲ್ಲಿ ವಾಸಿಸುತ್ತವೆ.ವಾಸ್ತವವಾಗಿ, ಬಾಹ್ಯ ಡಿಎನ್‌ಎಯನ್ನು ಬಳಸುವ ನಮ್ಮ ಪ್ರಯೋಗಾಲಯದ ಪ್ರಯೋಗಗಳು ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳು ಡಿಎನ್‌ಎ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಸಮುದ್ರದ ನೀರಿನಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸುತ್ತವೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿವೆ, ಕನಿಷ್ಠ ಕೆಲವು ಗಂಟೆಗಳ ನಂತರ ಅವು ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ಹೀರಿಕೊಳ್ಳುವಿಕೆಯ ನಂತರ ಮತ್ತು/ಅಥವಾ ಬಿಡುಗಡೆಯಾದ ನಂತರ ಮತ್ತು/ಅಥವಾ ವಿವಿಧ ಸಂಸ್ಥೆಗಳಲ್ಲಿ ಶೇಖರಿಸಿಡುತ್ತವೆ.ಜೀವಕೋಶಗಳ ವಿರಳತೆಯನ್ನು ಗಮನಿಸಿದರೆ (ಪ್ರೊಕಾರ್ಯೋಟಿಕ್ ಮತ್ತು ಯುಕ್ಯಾರಿಯೋಟಿಕ್ ಎರಡೂ), ಇಂಟ್ರಾವಾಲ್ವುಲರ್ ಕಂಪಾರ್ಟ್‌ಮೆಂಟ್‌ಗಳ ಬಳಕೆಯು ಸ್ವಯಂ-ಮೂಲಗಳಿಂದ ಮತ್ತು ವಿದೇಶಿ ಮೂಲಗಳಿಂದ ccfDNA ಪ್ರಮಾಣವನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡುತ್ತದೆ.ಬೈವಾಲ್ವ್ ಸಹಜ ಪ್ರತಿರಕ್ಷೆಯ ಪ್ರಾಮುಖ್ಯತೆ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಖ್ಯೆಯ ಪರಿಚಲನೆ ಫಾಗೊಸೈಟ್‌ಗಳನ್ನು ಪರಿಗಣಿಸಿ, ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳು ಮತ್ತು/ಅಥವಾ ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ಶಿಲಾಖಂಡರಾಶಿಗಳ ಸೇವನೆಯ ಮೇಲೆ ವಿದೇಶಿ ಡಿಎನ್‌ಎ ಸಂಗ್ರಹಗೊಳ್ಳುವ ಫಾಗೊಸೈಟ್‌ಗಳನ್ನು ಪರಿಚಲನೆ ಮಾಡುವಲ್ಲಿ ವಿದೇಶಿ ccfDNA ಕೂಡ ಸಮೃದ್ಧವಾಗಿದೆ ಎಂದು ನಾವು ಊಹಿಸಿದ್ದೇವೆ.ಒಟ್ಟಾಗಿ ತೆಗೆದುಕೊಂಡರೆ, ಬೈವಾಲ್ವ್ ಹೆಮೋಲಿಂಫ್ ಸಿಸಿಎಫ್‌ಡಿಎನ್‌ಎ ಆಣ್ವಿಕ ಮಾಹಿತಿಯ ವಿಶಿಷ್ಟ ಭಂಡಾರವಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಸೆಂಟಿನೆಲ್ ಜಾತಿಯ ಸ್ಥಾನಮಾನವನ್ನು ಬಲಪಡಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ನಮ್ಮ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ತೋರಿಸುತ್ತವೆ.
ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದಿಂದ ಪಡೆದ ಹಿಮೋಲಿಂಫ್ ccfDNA ತುಣುಕುಗಳ ಅನುಕ್ರಮ ಮತ್ತು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಅತಿಥೇಯ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ ಸಸ್ಯ ಮತ್ತು ಸುತ್ತಮುತ್ತಲಿನ ಸಮುದ್ರ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯಲ್ಲಿ ಇರುವ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಬಗ್ಗೆ ಪ್ರಮುಖ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ನಮ್ಮ ಡೇಟಾ ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ.ಶಾಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ತಂತ್ರಗಳು ಆರಂಭಿಕ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯ A. ಅಟ್ರಾ ಗಿಲ್‌ನ ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿವೆ, ಇದು ಸಾಂಪ್ರದಾಯಿಕ 16S rRNA ಗುರುತಿನ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದರೆ, ಭಾಗಶಃ ಉಲ್ಲೇಖ ಗ್ರಂಥಾಲಯದ ಪಕ್ಷಪಾತದಿಂದಾಗಿ ತಪ್ಪಿಹೋಗುತ್ತದೆ.ವಾಸ್ತವವಾಗಿ, Kerguelen ನಲ್ಲಿ ಅದೇ ಮಸ್ಸೆಲ್ ಪದರದಲ್ಲಿ M. ಪ್ಲಾಟೆನ್ಸಿಸ್‌ನಿಂದ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾದ LB ಡೇಟಾದ ನಮ್ಮ ಬಳಕೆಯು ಗಿಲ್-ಸಂಬಂಧಿತ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಸಹಜೀವನದ ಸಂಯೋಜನೆಯು ಎರಡೂ ಮಸ್ಸೆಲ್ ಜಾತಿಗಳಿಗೆ ಒಂದೇ ಆಗಿರುತ್ತದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸಿದೆ (Fig. S4, ಪೂರಕ ಮಾಹಿತಿ).ಎರಡು ತಳೀಯವಾಗಿ ವಿಭಿನ್ನವಾದ ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಈ ಹೋಲಿಕೆಯು ಕೆರ್ಗುಲೆನ್ [55, 56, 57, 58] ನ ಶೀತ, ಸಲ್ಫರಸ್ ಮತ್ತು ಜ್ವಾಲಾಮುಖಿ ನಿಕ್ಷೇಪಗಳಲ್ಲಿ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಸಮುದಾಯಗಳ ಸಂಯೋಜನೆಯನ್ನು ಪ್ರತಿಬಿಂಬಿಸುತ್ತದೆ.ಪೋರ್ಟ್-ಔ-ಫ್ರಾನ್ಸ್‌ನ ಕರಾವಳಿಯಂತಹ ಬಯೋಟರ್ಬೇಟೆಡ್ ಕರಾವಳಿ ಪ್ರದೇಶಗಳಿಂದ [59] ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳನ್ನು ಕೊಯ್ಲು ಮಾಡುವಾಗ ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಟ್ಟದ ಸಲ್ಫರ್-ಕಡಿಮೆಗೊಳಿಸುವ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳನ್ನು ಚೆನ್ನಾಗಿ ವಿವರಿಸಲಾಗಿದೆ.ಮತ್ತೊಂದು ಸಾಧ್ಯತೆಯೆಂದರೆ, ಆರಂಭಿಕ ಮಸ್ಸೆಲ್ ಸಸ್ಯವರ್ಗವು ಸಮತಲ ಪ್ರಸರಣದಿಂದ ಪ್ರಭಾವಿತವಾಗಬಹುದು [60, 61].ಸಮುದ್ರ ಪರಿಸರ, ಸಮುದ್ರದ ತಳದ ಮೇಲ್ಮೈ ಮತ್ತು ಮಸ್ಸೆಲ್ಸ್‌ಗಳಲ್ಲಿನ ಸಹಜೀವನದ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ಸಂಯೋಜನೆಯ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಶೋಧನೆಯ ಅಗತ್ಯವಿದೆ.ಈ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಪ್ರಸ್ತುತ ನಡೆಯುತ್ತಿವೆ.
ಹೀಮೊಲಿಮ್ಫ್ ccfDNA ಯ ಉದ್ದ ಮತ್ತು ಸಾಂದ್ರತೆ, ಅದರ ಶುದ್ಧೀಕರಣದ ಸುಲಭ, ಮತ್ತು ಕ್ಷಿಪ್ರ ಶಾಟ್‌ಗನ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಅನುಮತಿಸಲು ಉತ್ತಮ ಗುಣಮಟ್ಟವು ಸಮುದ್ರ ಕರಾವಳಿ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಲ್ಲಿ ಜೀವವೈವಿಧ್ಯತೆಯನ್ನು ನಿರ್ಣಯಿಸಲು ಮಸ್ಸೆಲ್ ccfDNA ಅನ್ನು ಬಳಸುವ ಹಲವು ಪ್ರಯೋಜನಗಳಾಗಿವೆ.ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯಲ್ಲಿ ವೈರಲ್ ಸಮುದಾಯಗಳನ್ನು (ವೈರೋಮ್‌ಗಳು) ನಿರೂಪಿಸಲು ಈ ವಿಧಾನವು ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಪರಿಣಾಮಕಾರಿಯಾಗಿದೆ [62, 63].ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ, ಆರ್ಕಿಯಾ ಮತ್ತು ಯೂಕ್ಯಾರಿಯೋಟ್‌ಗಳಂತಲ್ಲದೆ, ವೈರಲ್ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳು 16S ಅನುಕ್ರಮಗಳಂತಹ ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ಆಗಿ ಸಂರಕ್ಷಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವುದಿಲ್ಲ.ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳಂತಹ ಸೂಚಕ ಪ್ರಭೇದಗಳಿಂದ ದ್ರವ ಬಯಾಪ್ಸಿಗಳನ್ನು ತುಲನಾತ್ಮಕವಾಗಿ ದೊಡ್ಡ ಸಂಖ್ಯೆಯ ccfDNA ವೈರಸ್ ತುಣುಕುಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಬಳಸಬಹುದೆಂದು ನಮ್ಮ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ, ಇದು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಕರಾವಳಿ ಸಮುದ್ರ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಲ್ಲಿ ವಾಸಿಸುವ ಅತಿಥೇಯಗಳಿಗೆ ಸೋಂಕು ತರುತ್ತದೆ.ಇದು ಪ್ರೊಟೊಜೋವಾ, ಆರ್ತ್ರೋಪಾಡ್‌ಗಳು, ಕೀಟಗಳು, ಸಸ್ಯಗಳು ಮತ್ತು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ವೈರಸ್‌ಗಳನ್ನು (ಉದಾ, ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯೊಫೇಜ್‌ಗಳು) ಸೋಂಕಿಸುವ ವೈರಸ್‌ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ.ಕೆರ್ಗುಲೆನ್ (ಟೇಬಲ್ S2, ಪೂರಕ ಮಾಹಿತಿ) ನಲ್ಲಿ ಅದೇ ಮಸ್ಸೆಲ್ ಪದರದಲ್ಲಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾದ ನೀಲಿ ಮಸ್ಸೆಲ್ಸ್ (M. ಪ್ಲಾಟೆನ್ಸಿಸ್) ನ ಹೆಮೊಲಿಮ್ಫ್ ccfDNA ವೈರೋಮ್ ಅನ್ನು ನಾವು ಪರೀಕ್ಷಿಸಿದಾಗ ಇದೇ ರೀತಿಯ ವಿತರಣೆ ಕಂಡುಬಂದಿದೆ.ccfDNA ಯ ಶಾಟ್‌ಗನ್ ಅನುಕ್ರಮವು ಮಾನವರು ಅಥವಾ ಇತರ ಜಾತಿಗಳ [21, 37, 64] ವೈರೋಮ್‌ಗಳ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ ಆವೇಗವನ್ನು ಪಡೆಯುವ ಹೊಸ ವಿಧಾನವಾಗಿದೆ.ಈ ವಿಧಾನವು ಡಬಲ್-ಸ್ಟ್ರಾಂಡೆಡ್ DNA ವೈರಸ್‌ಗಳನ್ನು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲು ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಉಪಯುಕ್ತವಾಗಿದೆ, ಏಕೆಂದರೆ ಎಲ್ಲಾ ಡಬಲ್-ಸ್ಟ್ರಾಂಡೆಡ್ DNA ವೈರಸ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಯಾವುದೇ ಒಂದು ಜೀನ್ ಅನ್ನು ಸಂರಕ್ಷಿಸಲಾಗಿಲ್ಲ, ಇದು ಬಾಲ್ಟಿಮೋರ್‌ನಲ್ಲಿನ ಅತ್ಯಂತ ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಮತ್ತು ವಿಶಾಲ ವರ್ಗದ ವೈರಸ್‌ಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ [65].ಈ ವೈರಸ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನವು ವರ್ಗೀಕರಿಸದಿದ್ದರೂ ಮತ್ತು ವೈರಸ್ ಪ್ರಪಂಚದ ಸಂಪೂರ್ಣ ಅಪರಿಚಿತ ಭಾಗದಿಂದ ವೈರಸ್‌ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರಬಹುದು [66], ಮಸ್ಸೆಲ್ಸ್ A. ಅಟ್ರಾ ಮತ್ತು M. ಪ್ಲಾಟೆನ್ಸಿಸ್‌ಗಳ ವೈರೋಮ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಹೋಸ್ಟ್ ಶ್ರೇಣಿಗಳು ಎರಡು ಜಾತಿಗಳ ನಡುವೆ ಬೀಳುತ್ತವೆ ಎಂದು ನಾವು ಕಂಡುಕೊಂಡಿದ್ದೇವೆ.ಅದೇ ರೀತಿ (ಚಿತ್ರ S3 ನೋಡಿ, ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಮಾಹಿತಿ).ಈ ಹೋಲಿಕೆಯು ಆಶ್ಚರ್ಯವೇನಿಲ್ಲ, ಏಕೆಂದರೆ ಇದು ಪರಿಸರದಲ್ಲಿರುವ ಡಿಎನ್‌ಎ ಹೀರಿಕೊಳ್ಳುವಲ್ಲಿ ಆಯ್ಕೆಯ ಕೊರತೆಯನ್ನು ಪ್ರತಿಬಿಂಬಿಸಬಹುದು.ಆರ್ಎನ್ಎ ವೈರೋಮ್ ಅನ್ನು ನಿರೂಪಿಸಲು ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಿದ ಆರ್ಎನ್ಎಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಭವಿಷ್ಯದ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಪ್ರಸ್ತುತ ಅಗತ್ಯವಿದೆ.
ನಮ್ಮ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ, ನಾವು ಕೊವಾರ್ಸ್ಕಿ ಮತ್ತು ಸಹೋದ್ಯೋಗಿಗಳ [37] ಕೆಲಸದಿಂದ ಅಳವಡಿಸಿಕೊಂಡ ಅತ್ಯಂತ ಕಠಿಣವಾದ ಪೈಪ್‌ಲೈನ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ, ಅವರು ಸ್ಥಳೀಯ ccfDNA ಯ ಜೋಡಣೆಯ ಮೊದಲು ಮತ್ತು ನಂತರ ಪೂಲ್ ಮಾಡಿದ ರೀಡ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳ ಎರಡು-ಹಂತದ ಅಳಿಸುವಿಕೆಯನ್ನು ಬಳಸಿದರು, ಇದರ ಪರಿಣಾಮವಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಮಾಣದಲ್ಲಿ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡದ ಓದುವಿಕೆಗಳು ಕಂಡುಬರುತ್ತವೆ.ಆದ್ದರಿಂದ, ಈ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡದ ಕೆಲವು ರೀಡ್‌ಗಳು ಇನ್ನೂ ತಮ್ಮದೇ ಆದ ಮೂಲವನ್ನು ಹೊಂದಿರಬಹುದು ಎಂಬುದನ್ನು ನಾವು ತಳ್ಳಿಹಾಕಲು ಸಾಧ್ಯವಿಲ್ಲ, ಪ್ರಾಥಮಿಕವಾಗಿ ಈ ಮಸ್ಸೆಲ್ ಜಾತಿಗಳಿಗೆ ನಾವು ಉಲ್ಲೇಖ ಜಿನೋಮ್ ಅನ್ನು ಹೊಂದಿಲ್ಲ.ನಾವು ಈ ಪೈಪ್‌ಲೈನ್ ಅನ್ನು ಸಹ ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ ಏಕೆಂದರೆ ನಾವು ಸ್ವಯಂ ಮತ್ತು ಸ್ವಯಂ-ಅಲ್ಲದ ಓದುವಿಕೆಗಳ ನಡುವಿನ ಚೈಮೆರಾಗಳು ಮತ್ತು Illumina MiSeq PE75 ನಿಂದ ರಚಿಸಲಾದ ಓದುವ ಉದ್ದಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಕಾಳಜಿ ವಹಿಸಿದ್ದೇವೆ.ಹೆಚ್ಚಿನ ಗುರುತು ಹಾಕದ ವಾಚನಗೋಷ್ಠಿಗಳಿಗೆ ಇನ್ನೊಂದು ಕಾರಣವೆಂದರೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಮುದ್ರ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳು, ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಕೆರ್ಗುಲೆನ್‌ನಂತಹ ದೂರದ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ, ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾಗಿಲ್ಲ.ನಾವು ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ಮಿಸೆಕ್ ಪಿಇ75 ಅನ್ನು ಬಳಸಿದ್ದೇವೆ, ಮಾನವನ ಸಿಸಿಎಫ್‌ಡಿಎನ್‌ಎಗೆ ಹೋಲುವ ccfDNA ತುಣುಕು ಉದ್ದವನ್ನು ಊಹಿಸಿ.ಭವಿಷ್ಯದ ಅಧ್ಯಯನಗಳಿಗಾಗಿ, ಮಾನವರು ಮತ್ತು/ಅಥವಾ ಸಸ್ತನಿಗಳಿಗಿಂತ ಹೆಮೊಲಿಮ್ಫ್ ccfDNA ಹೆಚ್ಚು ಓದುತ್ತದೆ ಎಂದು ತೋರಿಸುವ ನಮ್ಮ ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ನೀಡಿದರೆ, ಉದ್ದವಾದ ccfDNA ತುಣುಕುಗಳಿಗೆ ಹೆಚ್ಚು ಸೂಕ್ತವಾದ ಅನುಕ್ರಮ ವೇದಿಕೆಯನ್ನು ಬಳಸಲು ನಾವು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡುತ್ತೇವೆ.ಆಳವಾದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸೂಚನೆಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಈ ಅಭ್ಯಾಸವು ಹೆಚ್ಚು ಸುಲಭವಾಗುತ್ತದೆ.ಪ್ರಸ್ತುತ ಲಭ್ಯವಿಲ್ಲದ ಸಂಪೂರ್ಣ A. ಅಟ್ರಾ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯರ್ ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಪಡೆಯುವುದು ಸ್ವಯಂ ಮತ್ತು ಸ್ವಯಂ-ಅಲ್ಲದ ಮೂಲಗಳಿಂದ ccfDNA ಯ ತಾರತಮ್ಯವನ್ನು ಹೆಚ್ಚು ಸುಗಮಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ.ನಮ್ಮ ಸಂಶೋಧನೆಯು ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳಿಗೆ ದ್ರವ ಬಯಾಪ್ಸಿಯ ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯನ್ನು ಅನ್ವಯಿಸುವ ಸಾಧ್ಯತೆಯ ಮೇಲೆ ಕೇಂದ್ರೀಕರಿಸಿದೆ, ಭವಿಷ್ಯದ ಸಂಶೋಧನೆಯಲ್ಲಿ ಈ ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯನ್ನು ಬಳಸುವುದರಿಂದ, ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯನ್ನು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲು ಈ ವಿಧಾನದ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸಲು ಹೊಸ ಉಪಕರಣಗಳು ಮತ್ತು ಪೈಪ್‌ಲೈನ್‌ಗಳನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗುವುದು ಎಂದು ನಾವು ಭಾವಿಸುತ್ತೇವೆ.ಸಮುದ್ರ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆ.
ಆಕ್ರಮಣಶೀಲವಲ್ಲದ ಕ್ಲಿನಿಕಲ್ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್‌ನಂತೆ, ಮಾನವನ ಪ್ಲಾಸ್ಮಾದಲ್ಲಿನ ccfDNA ಯ ಎತ್ತರದ ಮಟ್ಟಗಳು ವಿವಿಧ ರೋಗಗಳು, ಅಂಗಾಂಶ ಹಾನಿ ಮತ್ತು ಒತ್ತಡದ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿವೆ [67,68,69].ಈ ಹೆಚ್ಚಳವು ಅಂಗಾಂಶ ಹಾನಿಯ ನಂತರ ತನ್ನದೇ ಆದ ಮೂಲದ DNA ತುಣುಕುಗಳ ಬಿಡುಗಡೆಯೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದೆ.ತೀವ್ರವಾದ ಶಾಖದ ಒತ್ತಡವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ನಾವು ಈ ಸಮಸ್ಯೆಯನ್ನು ಪರಿಹರಿಸಿದ್ದೇವೆ, ಇದರಲ್ಲಿ ಮಸ್ಸೆಲ್ಸ್ ಅನ್ನು 30 °C ತಾಪಮಾನಕ್ಕೆ ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ ಒಡ್ಡಲಾಗುತ್ತದೆ.ನಾವು ಮೂರು ಸ್ವತಂತ್ರ ಪ್ರಯೋಗಗಳಲ್ಲಿ ಮೂರು ವಿಭಿನ್ನ ರೀತಿಯ ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಮೇಲೆ ಈ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ನಡೆಸಿದ್ದೇವೆ.ಆದಾಗ್ಯೂ, ತೀವ್ರವಾದ ಶಾಖದ ಒತ್ತಡದ ನಂತರ ccfDNA ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ನಾವು ಯಾವುದೇ ಬದಲಾವಣೆಯನ್ನು ಕಂಡುಕೊಂಡಿಲ್ಲ (ಚಿತ್ರ S5, ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಮಾಹಿತಿ ನೋಡಿ).ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳು ಅರೆ-ತೆರೆದ ರಕ್ತಪರಿಚಲನಾ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿವೆ ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಹೆಚ್ಚಿನ ಫಿಲ್ಟರಿಂಗ್ ಚಟುವಟಿಕೆಯಿಂದಾಗಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಮಾಣದ ವಿದೇಶಿ ಡಿಎನ್‌ಎಗಳನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸುತ್ತವೆ ಎಂಬ ಅಂಶವನ್ನು ಈ ಆವಿಷ್ಕಾರವು ಭಾಗಶಃ ವಿವರಿಸಬಹುದು.ಮತ್ತೊಂದೆಡೆ, ಮಸ್ಸೆಲ್ಸ್, ಅನೇಕ ಅಕಶೇರುಕಗಳಂತೆ, ಒತ್ತಡ-ಪ್ರೇರಿತ ಅಂಗಾಂಶ ಹಾನಿಗೆ ಹೆಚ್ಚು ನಿರೋಧಕವಾಗಿರಬಹುದು, ಇದರಿಂದಾಗಿ ಅವರ ಹೆಮೊಲಿಮ್ಫ್ [70, 71] ನಲ್ಲಿ ccfDNA ಬಿಡುಗಡೆಯನ್ನು ಸೀಮಿತಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ.
ಇಲ್ಲಿಯವರೆಗೆ, ಜಲವಾಸಿ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಲ್ಲಿನ ಜೀವವೈವಿಧ್ಯತೆಯ DNA ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಮುಖ್ಯವಾಗಿ ಪರಿಸರ DNA (eDNA) ಮೆಟಾಬಾರ್ಕೋಡಿಂಗ್ ಮೇಲೆ ಕೇಂದ್ರೀಕರಿಸಿದೆ.ಆದಾಗ್ಯೂ, ಪ್ರೈಮರ್‌ಗಳನ್ನು ಬಳಸುವಾಗ ಈ ವಿಧಾನವು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಜೀವವೈವಿಧ್ಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯಲ್ಲಿ ಸೀಮಿತವಾಗಿರುತ್ತದೆ.ಶಾಟ್‌ಗನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಬಳಕೆಯು ಪಿಸಿಆರ್‌ನ ಮಿತಿಗಳನ್ನು ಮತ್ತು ಪ್ರೈಮರ್ ಸೆಟ್‌ಗಳ ಪಕ್ಷಪಾತದ ಆಯ್ಕೆಯನ್ನು ತಪ್ಪಿಸುತ್ತದೆ.ಹೀಗಾಗಿ, ಒಂದು ಅರ್ಥದಲ್ಲಿ, ನಮ್ಮ ವಿಧಾನವು ಇತ್ತೀಚೆಗೆ ಬಳಸಿದ ಹೈ-ಥ್ರೂಪುಟ್ eDNA ಶಾಟ್‌ಗನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ವಿಧಾನಕ್ಕೆ ಹತ್ತಿರವಾಗಿದೆ, ಇದು ನೇರವಾಗಿ ವಿಘಟಿತ DNA ಯನ್ನು ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸಲು ಮತ್ತು ಬಹುತೇಕ ಎಲ್ಲಾ ಜೀವಿಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗುತ್ತದೆ [72, 73].ಆದಾಗ್ಯೂ, ಪ್ರಮಾಣಿತ eDNA ವಿಧಾನಗಳಿಂದ LB ಅನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸುವ ಹಲವಾರು ಮೂಲಭೂತ ಸಮಸ್ಯೆಗಳಿವೆ.ಸಹಜವಾಗಿ, eDNA ಮತ್ತು LB ನಡುವಿನ ಪ್ರಮುಖ ವ್ಯತ್ಯಾಸವೆಂದರೆ ನೈಸರ್ಗಿಕ ಫಿಲ್ಟರ್ ಹೋಸ್ಟ್ಗಳ ಬಳಕೆ.eDNA ಯನ್ನು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲು ನೈಸರ್ಗಿಕ ಫಿಲ್ಟರ್‌ನಂತೆ ಸ್ಪಂಜುಗಳು ಮತ್ತು ಬಿವಾಲ್ವ್‌ಗಳಂತಹ (ಡ್ರೆಸ್ಸೆನಾ ಎಸ್‌ಪಿಪಿ.) ಸಮುದ್ರ ಜಾತಿಗಳ ಬಳಕೆಯು ವರದಿಯಾಗಿದೆ [74, 75].ಆದಾಗ್ಯೂ, ಡ್ರೆಸ್ಸೆನಾ ಅವರ ಅಧ್ಯಯನವು ಅಂಗಾಂಶ ಬಯಾಪ್ಸಿಗಳನ್ನು ಬಳಸಿತು, ಇದರಿಂದ ಡಿಎನ್ಎ ಹೊರತೆಗೆಯಲಾಯಿತು.LB ಯಿಂದ ccfDNA ಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಅಂಗಾಂಶ ಬಯಾಪ್ಸಿ, ವಿಶೇಷ ಮತ್ತು ಕೆಲವೊಮ್ಮೆ ದುಬಾರಿ ಉಪಕರಣಗಳು ಮತ್ತು eDNA ಅಥವಾ ಅಂಗಾಂಶ ಬಯಾಪ್ಸಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಲಾಜಿಸ್ಟಿಕ್ಸ್ ಅಗತ್ಯವಿಲ್ಲ.ವಾಸ್ತವವಾಗಿ, LB ಯಿಂದ ccfDNA ಅನ್ನು ಶೀತ ಸರಪಳಿಯನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸದೆಯೇ FTA ಬೆಂಬಲದೊಂದಿಗೆ ಸಂಗ್ರಹಿಸಬಹುದು ಮತ್ತು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಬಹುದು ಎಂದು ನಾವು ಇತ್ತೀಚೆಗೆ ವರದಿ ಮಾಡಿದ್ದೇವೆ, ಇದು ದೂರದ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಶೋಧನೆಗೆ ಪ್ರಮುಖ ಸವಾಲಾಗಿದೆ [76].ದ್ರವ ಬಯಾಪ್ಸಿಗಳಿಂದ ccfDNA ಯ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆ ಕೂಡ ಸರಳವಾಗಿದೆ ಮತ್ತು ಶಾಟ್‌ಗನ್ ಅನುಕ್ರಮ ಮತ್ತು PCR ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಾಗಿ ಉತ್ತಮ ಗುಣಮಟ್ಟದ DNA ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ.eDNA ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ [77] ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಕೆಲವು ತಾಂತ್ರಿಕ ಮಿತಿಗಳನ್ನು ನೀಡಿದರೆ ಇದು ಉತ್ತಮ ಪ್ರಯೋಜನವಾಗಿದೆ.ಮಾದರಿ ವಿಧಾನದ ಸರಳತೆ ಮತ್ತು ಕಡಿಮೆ ವೆಚ್ಚವು ದೀರ್ಘಾವಧಿಯ ಮೇಲ್ವಿಚಾರಣಾ ಕಾರ್ಯಕ್ರಮಗಳಿಗೆ ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಸೂಕ್ತವಾಗಿದೆ.ಅವುಗಳ ಹೆಚ್ಚಿನ ಫಿಲ್ಟರಿಂಗ್ ಸಾಮರ್ಥ್ಯದ ಜೊತೆಗೆ, ಬೈವಾಲ್ವ್‌ಗಳ ಮತ್ತೊಂದು ಪ್ರಸಿದ್ಧ ಲಕ್ಷಣವೆಂದರೆ ಅವುಗಳ ಲೋಳೆಯ ರಾಸಾಯನಿಕ ಮ್ಯೂಕೋಪೊಲಿಸ್ಯಾಕರೈಡ್ ಸಂಯೋಜನೆ, ಇದು ವೈರಸ್‌ಗಳ ಹೀರಿಕೊಳ್ಳುವಿಕೆಯನ್ನು ಉತ್ತೇಜಿಸುತ್ತದೆ [78, 79].ಇದು ಜೈವಿಕ ವೈವಿಧ್ಯತೆ ಮತ್ತು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಜಲವಾಸಿ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯಲ್ಲಿ ಹವಾಮಾನ ಬದಲಾವಣೆಯ ಪ್ರಭಾವವನ್ನು ನಿರೂಪಿಸಲು ಬೈವಾಲ್ವ್‌ಗಳನ್ನು ಆದರ್ಶ ನೈಸರ್ಗಿಕ ಫಿಲ್ಟರ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ.eDNA ಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ಹೋಸ್ಟ್-ಪಡೆದ DNA ತುಣುಕುಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯು ವಿಧಾನದ ಮಿತಿಯಾಗಿ ಕಂಡುಬಂದರೂ, eDNA ಗೆ ಹೋಲಿಸಿದರೆ ಅಂತಹ ಸ್ಥಳೀಯ ccfDNA ಹೊಂದಿರುವ ವೆಚ್ಚವು ಆರೋಗ್ಯ ಅಧ್ಯಯನಗಳಿಗೆ ಲಭ್ಯವಿರುವ ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಮಾಣದ ಮಾಹಿತಿಗೆ ಏಕಕಾಲದಲ್ಲಿ ಅರ್ಥವಾಗುವಂತಹದ್ದಾಗಿದೆ.ಆಫ್‌ಸೆಟ್ ಹೋಸ್ಟ್.ಇದು ಹೋಸ್ಟ್ ಹೋಸ್ಟ್‌ನ ಜೀನೋಮ್‌ಗೆ ಸಂಯೋಜಿಸಲ್ಪಟ್ಟ ವೈರಲ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ.ಇದು ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳಿಗೆ ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಮುಖ್ಯವಾಗಿದೆ, ಬೈವಾಲ್ವ್‌ಗಳಲ್ಲಿ [80, 81] ಅಡ್ಡಲಾಗಿ ಹರಡುವ ಲ್ಯುಕೆಮಿಕ್ ರೆಟ್ರೊವೈರಸ್‌ಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ನೀಡಲಾಗಿದೆ.eDNA ಯ ಮೇಲೆ LB ಯ ಮತ್ತೊಂದು ಪ್ರಯೋಜನವೆಂದರೆ ಅದು ಹಿಮೋಲಿಮ್ಫ್‌ನಲ್ಲಿ ರಕ್ತ ಕಣಗಳನ್ನು ಪರಿಚಲನೆ ಮಾಡುವ ಫಾಗೊಸೈಟಿಕ್ ಚಟುವಟಿಕೆಯನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ, ಇದು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳನ್ನು (ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳನ್ನು) ಆವರಿಸುತ್ತದೆ.ಫಾಗೊಸೈಟೋಸಿಸ್ ಬೈವಾಲ್ವ್‌ಗಳಲ್ಲಿನ ರಕ್ತ ಕಣಗಳ ಮುಖ್ಯ ಕಾರ್ಯವಾಗಿದೆ [82].ಅಂತಿಮವಾಗಿ, ವಿಧಾನವು ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಹೆಚ್ಚಿನ ಫಿಲ್ಟರಿಂಗ್ ಸಾಮರ್ಥ್ಯದ ಪ್ರಯೋಜನವನ್ನು ಪಡೆಯುತ್ತದೆ (ಸರಾಸರಿ 1.5 ಲೀ / ಗಂ ಸಮುದ್ರದ ನೀರು) ಮತ್ತು ಎರಡು-ದಿನದ ಪರಿಚಲನೆ, ಇದು ಸಮುದ್ರದ ವಿವಿಧ ಪದರಗಳ ಮಿಶ್ರಣವನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು ಭಿನ್ನಜಾತಿಯ eDNA ಅನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ.[83, 84].ಹೀಗಾಗಿ, ಮಸ್ಸೆಲ್ ಸಿಸಿಎಫ್‌ಡಿಎನ್‌ಎ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಮಸ್ಸೆಲ್‌ಗಳ ಪೌಷ್ಟಿಕಾಂಶ, ಆರ್ಥಿಕ ಮತ್ತು ಪರಿಸರದ ಪರಿಣಾಮಗಳನ್ನು ನೀಡಿದ ಆಸಕ್ತಿದಾಯಕ ಮಾರ್ಗವಾಗಿದೆ.ಮಾನವರಿಂದ ಸಂಗ್ರಹಿಸಿದ LB ಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯಂತೆಯೇ, ಈ ವಿಧಾನವು ಬಾಹ್ಯ ಪದಾರ್ಥಗಳಿಗೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯಾಗಿ ಹೋಸ್ಟ್ DNA ಯಲ್ಲಿನ ಆನುವಂಶಿಕ ಮತ್ತು ಎಪಿಜೆನೆಟಿಕ್ ಬದಲಾವಣೆಗಳನ್ನು ಅಳೆಯುವ ಸಾಧ್ಯತೆಯನ್ನು ತೆರೆಯುತ್ತದೆ.ಉದಾಹರಣೆಗೆ, ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸ್ಥಳೀಯ ccfDNA ಯಲ್ಲಿ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಮೆತಿಲೀಕರಣ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸಲು ಮೂರನೇ-ಪೀಳಿಗೆಯ ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನಗಳನ್ನು ಕಲ್ಪಿಸಿಕೊಳ್ಳಬಹುದು.ಮಸ್ಸೆಲ್ ccfDNA ತುಣುಕುಗಳ ಉದ್ದವು ದೀರ್ಘ-ಓದಿದ ಅನುಕ್ರಮ ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ಆದರ್ಶಪ್ರಾಯವಾಗಿ ಹೊಂದಿಕೆಯಾಗುತ್ತದೆ ಎಂಬ ಅಂಶದಿಂದ ಈ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ಸುಗಮಗೊಳಿಸಬೇಕು, ಇದು ರಾಸಾಯನಿಕ ರೂಪಾಂತರಗಳ ಅಗತ್ಯವಿಲ್ಲದೇ ಒಂದೇ ಅನುಕ್ರಮದಿಂದ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಡಿಎನ್‌ಎ ಮೆತಿಲೀಕರಣ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಅನುಮತಿಸುತ್ತದೆ.85,86] ಇದು ಆಸಕ್ತಿದಾಯಕ ಸಾಧ್ಯತೆಯಾಗಿದೆ.ಆದ್ದರಿಂದ, ಹವಾಮಾನ ಬದಲಾವಣೆ ಅಥವಾ ಮಾಲಿನ್ಯಕಾರಕಗಳಿಗೆ [87] ಒಡ್ಡಿಕೊಂಡ ನಂತರ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸುವ ಆಧಾರವಾಗಿರುವ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಇದು ಮೌಲ್ಯಯುತವಾದ ಒಳನೋಟವನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ.ಆದಾಗ್ಯೂ, ಎಲ್ಬಿ ಬಳಕೆಯು ಮಿತಿಗಳಿಲ್ಲದೆ ಅಲ್ಲ.ಇದಕ್ಕೆ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯಲ್ಲಿ ಸೂಚಕ ಜಾತಿಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯ ಅಗತ್ಯವಿದೆ ಎಂದು ಹೇಳಬೇಕಾಗಿಲ್ಲ.ಮೇಲೆ ತಿಳಿಸಿದಂತೆ, ಕೊಟ್ಟಿರುವ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯ ಜೀವವೈವಿಧ್ಯವನ್ನು ನಿರ್ಣಯಿಸಲು LB ಅನ್ನು ಬಳಸುವುದರಿಂದ ಮೂಲದಿಂದ DNA ತುಣುಕುಗಳ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯನ್ನು ಗಣನೆಗೆ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುವ ಕಠಿಣ ಜೈವಿಕ ಮಾಹಿತಿ ಪೈಪ್‌ಲೈನ್‌ನ ಅಗತ್ಯವಿರುತ್ತದೆ.ಮತ್ತೊಂದು ಪ್ರಮುಖ ಸಮಸ್ಯೆ ಎಂದರೆ ಸಮುದ್ರ ಜಾತಿಗಳಿಗೆ ಉಲ್ಲೇಖ ಜಿನೋಮ್‌ಗಳ ಲಭ್ಯತೆ.ಸಾಗರ ಸಸ್ತನಿ ಜೀನೋಮ್ಸ್ ಪ್ರಾಜೆಕ್ಟ್ ಮತ್ತು ಇತ್ತೀಚೆಗೆ ಸ್ಥಾಪಿಸಲಾದ Fish10k ಯೋಜನೆ [88] ನಂತಹ ಉಪಕ್ರಮಗಳು ಭವಿಷ್ಯದಲ್ಲಿ ಅಂತಹ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಸುಗಮಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ಭಾವಿಸಲಾಗಿದೆ.ಸಮುದ್ರದ ಫಿಲ್ಟರ್-ಫೀಡಿಂಗ್ ಜೀವಿಗಳಿಗೆ LB ಪರಿಕಲ್ಪನೆಯ ಅನ್ವಯವು ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನದಲ್ಲಿನ ಇತ್ತೀಚಿನ ಪ್ರಗತಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೊಂದಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ, ಪರಿಸರದ ಒತ್ತಡಕ್ಕೆ ಪ್ರತಿಕ್ರಿಯೆಯಾಗಿ ಸಮುದ್ರದ ಆವಾಸಸ್ಥಾನಗಳ ಆರೋಗ್ಯದ ಕುರಿತು ಪ್ರಮುಖ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಒದಗಿಸಲು ಬಹು-ಓಮ್ ಬಯೋಮಾರ್ಕರ್‌ಗಳ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಗೆ ಇದು ಸೂಕ್ತವಾಗಿರುತ್ತದೆ.
ಜೀನೋಮ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಡೇಟಾವನ್ನು NCBI ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್ ರೀಡ್ ಆರ್ಕೈವ್ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRR8924808 ಬಯೋಪ್ರೊಜೆಕ್ಟ್ಸ್ SRR8924808 ಅಡಿಯಲ್ಲಿ ಠೇವಣಿ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ.
ಬ್ರಿಯರ್ಲಿ AS, ಕಿಂಗ್ಸ್‌ಫೋರ್ಡ್ MJ ಸಮುದ್ರ ಜೀವನ ಮತ್ತು ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳ ಮೇಲೆ ಹವಾಮಾನ ಬದಲಾವಣೆಯ ಪರಿಣಾಮ.ಕೋಲ್ ಬಯಾಲಜಿ.2009;19: P602–P614.
Gissi E, Manea E, Mazaris AD, Fraschetti S, Almpanidou V, Bevilacqua S, ಮತ್ತು ಇತರರು.ಸಮುದ್ರ ಪರಿಸರದ ಮೇಲೆ ಹವಾಮಾನ ಬದಲಾವಣೆ ಮತ್ತು ಇತರ ಸ್ಥಳೀಯ ಒತ್ತಡಗಳ ಸಂಯೋಜಿತ ಪರಿಣಾಮಗಳನ್ನು ಪರಿಗಣಿಸಿ.ಸಾಮಾನ್ಯ ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ಪರಿಸರ.2021;755:142564.
ಕ್ಯಾರೆಲ್ಲಾ F, Antuofermo E, Farina S, Salati F, Mandas D, Prado P, et al.)ಮಾರ್ಚ್ ಮೊದಲನೆಯ ವಿಜ್ಞಾನ.2020;7:48.
Seront L, Nicastro CR, Zardi GI, Goberville E. ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಶಾಖದ ಒತ್ತಡದ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿ ಕಡಿಮೆ ಶಾಖ ಸಹಿಷ್ಣುತೆ ನೀಲಿ ಮಸ್ಸೆಲ್ಸ್ನ ಹೆಚ್ಚಿನ ಬೇಸಿಗೆ ಮರಣವನ್ನು ವಿವರಿಸುತ್ತದೆ.ವೈಜ್ಞಾನಿಕ ವರದಿ 2019;9:17498.
ಫೆಯ್ ಎಸ್‌ಬಿ, ಸಿಪಿಯೆಲ್ಸ್ಕಿ ಎಎಮ್, ನಸ್ಲೆ ಎಸ್, ಸೆರ್ವಾಂಟೆಸ್-ಯೋಶಿಡಾ ಕೆ, ಹ್ವಾನ್ ಜೆಎಲ್, ಹ್ಯೂಬರ್ ಇಆರ್, ಮತ್ತು ಇತರರು.ಪ್ರಾಣಿಗಳ ಸಾವಿನ ಆವರ್ತನ, ಕಾರಣಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರಮಾಣದಲ್ಲಿ ಇತ್ತೀಚಿನ ಬದಲಾವಣೆಗಳು.Proc Natl Acad Sci USA.2015;112:1083-8.
Scarpa F, Sanna D, Azzena I, Mughetti D, Cerruti F, Hosseini S, et al.ಬಹು ಜಾತಿಗಳಲ್ಲದ-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ರೋಗಕಾರಕಗಳು ಪಿನ್ನಾ ನೊಬಿಲಿಸ್‌ನ ಸಾಮೂಹಿಕ ಮರಣಕ್ಕೆ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು.ಜೀವನ.2020;10:238.
ಬ್ರಾಡ್ಲಿ ಎಮ್, ಕೌಟ್ಸ್ ಎಸ್ಜೆ, ಜೆಂಕಿನ್ಸ್ ಇ, ಒ'ಹರಾ ಟಿಎಮ್.ಆರ್ಕ್ಟಿಕ್ ಝೂನೋಟಿಕ್ ಕಾಯಿಲೆಗಳ ಮೇಲೆ ಹವಾಮಾನ ಬದಲಾವಣೆಯ ಸಂಭಾವ್ಯ ಪರಿಣಾಮ.ಇಂಟ್ ಜೆ ಸರ್ಕಂಪೋಲಾರ್ ಆರೋಗ್ಯ.2005;64:468–77.
ಬೇಯರ್ J., ಗ್ರೀನ್ NW, ಬ್ರೂಕ್ಸ್ S., ಅಲನ್ IJ, ರೂಸ್ A., ಗೊಮೆಜ್ T. ಮತ್ತು ಇತರರು.ಕರಾವಳಿ ಮಾಲಿನ್ಯದ ಮೇಲ್ವಿಚಾರಣೆಯಲ್ಲಿ ನೀಲಿ ಮಸ್ಸೆಲ್ಸ್ (ಮೈಟಿಲಸ್ ಎಡುಲಿಸ್ ಎಸ್ಪಿಪಿ.) ಸಿಗ್ನಲ್ ಜೀವಿಗಳು: ಒಂದು ವಿಮರ್ಶೆ.ಮಾರ್ ಎನ್ವಿರಾನ್ ರೆಸ್ 2017;130:338-65.
ಸಿರವೆಗ್ನಾ ಜಿ, ಮಾರ್ಸೋನಿ ಎಸ್, ಸಿಯೆನಾ ಎಸ್, ಬಾರ್ಡೆಲ್ಲಿ ಎ. ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಚಿಕಿತ್ಸೆಯಲ್ಲಿ ದ್ರವ ಬಯಾಪ್ಸಿ ಏಕೀಕರಣ.ನ್ಯಾಟ್ ರೆವ್ ಕ್ಲೀನ್ ಓಂಕೋಲ್.2017;14:531–48.
ವಾನ್ ಜೆಸಿಎಮ್, ಮಾಸ್ಸಿ ಸಿ, ಗಾರ್ಸಿಯಾ-ಕೊರ್ಬಾಚೊ ಜೆ, ಮೌಲಿಯೆರ್ ಎಫ್, ಬ್ರೆಂಟನ್ ಜೆಡಿ, ಕ್ಯಾಲ್ಡಾಸ್ ಸಿ, ಮತ್ತು ಇತರರು.ಲಿಕ್ವಿಡ್ ಬಯಾಪ್ಸಿ ಪಕ್ವತೆ: ಟ್ಯೂಮರ್ ಡಿಎನ್‌ಎ ಪರಿಚಲನೆಗೆ ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ.ನ್ಯಾಟ್ ರೆವ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್.2017;17:223–38.
ಮ್ಯಾಂಡೆಲ್ ಪಿ., ಮೆಟೈಸ್ ಪಿ. ಮಾನವ ಪ್ಲಾಸ್ಮಾದಲ್ಲಿ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಿಕ್ ಆಮ್ಲಗಳು.Soc Biol ಅಂಗಸಂಸ್ಥೆಗಳ ಸಭೆಯ ನಿಮಿಷಗಳು.1948;142:241-3.
ಬ್ರಾಂಖೋರ್ಸ್ಟ್ ಎಜೆ, ಉಂಗರೆರ್ ಡಬ್ಲ್ಯೂ, ಹೋಲ್ಡೆನ್ರೈಡರ್ ಎಸ್. ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ ಚಿಕಿತ್ಸೆಗಾಗಿ ಆಣ್ವಿಕ ಮಾರ್ಕರ್ ಆಗಿ ಕೋಶ-ಮುಕ್ತ DNA ಗಾಗಿ ಹೊಸ ಪಾತ್ರ.ಬಯೋಮೋಲಾರ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಪ್ರಮಾಣೀಕರಣ.2019;17:100087.
Ignatiadis M., Sledge GW, Jeffrey SS ಲಿಕ್ವಿಡ್ ಬಯಾಪ್ಸಿ ಕ್ಲಿನಿಕ್ ಅನ್ನು ಪ್ರವೇಶಿಸುತ್ತದೆ - ಅನುಷ್ಠಾನದ ಸಮಸ್ಯೆಗಳು ಮತ್ತು ಭವಿಷ್ಯದ ಸವಾಲುಗಳು.ನ್ಯಾಟ್ ರೆವ್ ಕ್ಲಿನ್ ಓಂಕೋಲ್.2021;18:297–312.
ಲೋ YM, ಕಾರ್ಬೆಟ್ಟಾ N., ಚೇಂಬರ್ಲೇನ್ PF, ರೈ W., ಸಾರ್ಜೆಂಟ್ IL, Redman CW ಮತ್ತು ಇತರರು.ಭ್ರೂಣದ ಡಿಎನ್ಎ ತಾಯಿಯ ಪ್ಲಾಸ್ಮಾ ಮತ್ತು ಸೀರಮ್ನಲ್ಲಿ ಇರುತ್ತದೆ.ಲ್ಯಾನ್ಸೆಟ್.1997;350:485-7.
Mufarray MN, Wong RJ, Shaw GM, Stevenson DK, Quake SR ಗರ್ಭಾವಸ್ಥೆಯ ಕೋರ್ಸ್ ಮತ್ತು ಗರ್ಭಾವಸ್ಥೆಯಲ್ಲಿ ಮಹಿಳೆಯರ ರಕ್ತದಲ್ಲಿ ಪರಿಚಲನೆಯಲ್ಲಿರುವ ಎಕ್ಸ್ಟ್ರಾಸೆಲ್ಯುಲರ್ ಆರ್ಎನ್ಎ ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಅದರ ತೊಡಕುಗಳ ಅಧ್ಯಯನ.ಡೋಪಿಡಿಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್.2020;8:605219.
ಒಲ್ಲೆರಿಚ್ ಎಂ, ಶೆರ್ವುಡ್ ಕೆ, ಕಿಯೋನ್ ಪಿ, ಷುಟ್ಜ್ ಇ, ಬೆಕ್ ಜೆ, ಸ್ಟೆಗ್ಬೌರ್ ಜೆ, ಮತ್ತು ಇತರರು.ಲಿಕ್ವಿಡ್ ಬಯಾಪ್ಸಿ: ಮೂತ್ರಪಿಂಡದ ನಾಟಿಯಲ್ಲಿ ಅಲೋಜೆನಿಕ್ ಗಾಯಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಲು ದಾನಿ ಕೋಶ-ಮುಕ್ತ DNA ಅನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ.ನ್ಯಾಟ್ ರೆವ್ ನೆಫ್ರೋಲ್.2021;17:591–603.
ಪ್ರಸವಪೂರ್ವ ರೋಗನಿರ್ಣಯದಲ್ಲಿ ಜುವಾನ್ ಎಫ್‌ಸಿ, ಲೋ ವೈಎಮ್ ಇನ್ನೋವೇಶನ್ಸ್: ತಾಯಿಯ ಪ್ಲಾಸ್ಮಾ ಜಿನೋಮ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್.ಅಣ್ಣಾ MD.2016;67:419-32.
ಗು ಡಬ್ಲ್ಯೂ, ಡೆಂಗ್ ಎಕ್ಸ್, ಲೀ ಎಂ, ಸುಕು ವೈಡಿ, ಅರೆವಾಲೊ ಎಸ್, ಸ್ಟ್ರೈಕ್ ಡಿ, ಮತ್ತು ಇತರರು.ಸೋಂಕಿತ ದೈಹಿಕ ದ್ರವಗಳ ಮುಂದಿನ ಪೀಳಿಗೆಯ ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ಅನುಕ್ರಮದೊಂದಿಗೆ ತ್ವರಿತ ರೋಗಕಾರಕ ಪತ್ತೆ.ನ್ಯಾಟ್ ಮೆಡಿಸಿನ್.2021;27:115-24.