Mauruuru koe mo te toro ki Nature.com.Ko te putanga pūtirotiro e whakamahia ana e koe he iti te tautoko CSS.Mo te wheako pai rawa atu, e taunaki ana matou me whakamahi koe i tetahi kaitirotiro kua whakahoutia (me monohia ranei te Aratau Hototahi ki Internet Explorer).I tenei wa, hei whakarite i te tautoko tonu, ka tukuna e matou te waahi kaore he momo me te JavaScript.
Ko te koiora wai (LB) he ariā e tere haere ana te rongonui i roto i te mara koiora.Ko te kaupapa i ahu mai i te kitenga o nga kongakonga o te DNA extracellular tomio (ccfDNA), ka tukuna te nuinga hei kongakonga iti i muri i te mate o nga pūtau i roto i nga momo kopa.He wahanga iti o enei kongakonga i ahu mai i nga kopa o ke (ke) rauropi ranei.I roto i nga mahi o naianei, kua whakamahia e matou tenei ariā ki te kuku, he momo tuutuu e mohiotia ana mo te kaha ki te tātari wai moana.Ka whakamahia e matou te kaha o te kuku ki te mahi hei whiriwhiringa maaori ki te hopu i nga kongakonga DNA taiao mai i nga momo puna maha hei tuku korero mo te kanorau o nga rauwiringa kaiao takutai moana.E ai ki o maatau kitenga kei roto i te hemolymph kuku nga kongakonga DNA he rereke te rahi, mai i te 1 ki te 5 kb.I kitea e te raupapatanga o te pu pere he nui te maha o nga kongakonga DNA he takenga moroiti ke.I roto i a raatau, i kitea e matou he maramara DNA mai i nga huakita, archaea, me nga wheori, tae atu ki nga wheori e mohiotia ana ka pangia e te tini o nga kaihautu ka kitea i roto i nga rauwiringa kaiao moana.Hei whakamutunga, ka whakaatu ta maatau rangahau ko te kaupapa o te LB e pa ana ki te kuku he puna matauranga nui engari kaore ano kia tuhurahia mo te kanorau moroiti i roto i nga rauwiringa kaiao takutai moana.
Ko te paanga o te huringa o te rangi (CC) ki te kanorau o te rauwiringa kaiao moana he waahi rangahau e tere haere ana.Ko te whakamahanatanga o te ao ehara i te mea ka puta nga taumahatanga ahuwhenua nui, engari ka turaki hoki i nga rohe kukuwhatanga o te pumau o te waiariki o nga rauropi moana, ka pa ki te noho o te maha o nga momo, ka akiaki i a raatau ki te rapu tikanga pai ake [1, 2].I tua atu i te whakararu i te kanorau koiora o nga metazoans, ka whakararu a CC i te toenga ngawari o nga taunekeneke a te kaihautu-microbial.Ko tenei dysbacteriosis microbial he tino riri ki nga rauwiringa kaiao moana na te mea ka kaha ake nga rauropi o te moana ki nga tukumate hopuhopu [3, 4].E whakaponohia ana he mahi nui a SS i roto i nga mate papatipu, he raru nui mo te whakahaere i nga rauwiringa kaiao moana o te ao [5, 6].He take nui tenei i runga i nga paanga ohaoha, kaiao me te kai o nga momo momo moana maha.He tino tika tenei mo nga bivalves e noho ana i nga rohe polar, kei reira nga paanga o te CK he tere ake, he kino hoki [6, 7].Inaa, ko nga bivalves penei i te Mytilus spp.e whakamahia nuitia ana ki te aro turuki i nga paanga o te CC ki nga rauwiringa kaiao moana.Ehara i te mea miharo, he maha nga tohu koiora kua whakawhanakehia hei aroturuki i to ratau hauora, he maha nga wa e whakamahi ana i te huarahi e rua-waahanga e uru ana ki nga tohu koiora mahi i runga i nga mahi enzymatic, i nga mahi pūtau ranei penei i te oranga o te pūtau me te mahi phagocytic [8].Kei roto hoki i enei tikanga te inenga o te kukū o nga tohu pehanga motuhake e whakaemi ana i roto i nga kopa ngohengohe i muri i te whakaurunga o te nui o te wai moana.Heoi ano, na te kaha o te filtration me te punaha tohanga ahua-tuwhera o nga bivalves ka whai waahi ki te whakawhanake i nga tohu koiora hemolymph hou ma te whakamahi i te ariā o te koiora wai (LB), he huarahi ngawari me te iti o te whakaekenga ki te whakahaere turoro.nga tauira toto [9, 10].Ahakoa te maha o nga momo ngota ngota tohanga ka kitea i roto i te LB tangata, ko tenei ariā i ahu mai i runga i te tātari raupapa DNA o nga kongakonga DNA extracellular (ccfDNA) toha i roto i te plasma.Ko te mea pono, ko te waahi o te DNA hurihanga i roto i te plasma tangata kua mohiotia mai i te waenganui o te rautau 20 [11], engari i roto i nga tau tata nei ko te taenga mai o nga tikanga whakahiato teitei kua arahina ki te taatai ​​haumanu i runga i te ccfDNA.Ko te noho mai o enei kongakonga DNA e huri haere ana na te tukunga o te DNA genomic (karihi me te mitochondrial) i muri i te mate o te pūtau. I roto i nga tangata hauora, he iti noa te kukū o te ccfDNA (<10 ng/mL) engari ka taea te whakanui ake ma te 5-10 nga wa i roto i nga turoro e mate ana i nga momo pathologies, i raro ranei i te ahotea, ka hua te kino o te kiko. I roto i nga tangata hauora, he iti noa te kukū o te ccfDNA (<10 ng/mL) engari ka taea te whakanui ake ma te 5-10 nga wa i roto i nga turoro e mate ana i nga momo pathologies, i raro ranei i te ahotea, ka hua te kino o te kiko. У здоровых людей концентрация вккДНК в норме низкая (<10 нг/мл), но может повышаться в 5–10 раз ухлат или подвергающихся стрессу, приводящему к повреждению тканей. I roto i te hunga hauora, he iti noa te kukū o te cccDNA (<10 ng/mL), engari ka piki ake ma te 5-10 nga wa i roto i nga turoro me nga momo pathology, i raro ranei i te ahotea e arahi ana ki te kino o te kiko.在健康个体中，ccfDNA 的浓度通常较低（<10 ng/mL），但在患有各种病理或承受压受受压加的5受压受加倍，从而导致组织损伤。在 健康 个体 中 ， ccfdna 的 浓度 较 低 （（<10 ng/ml） 但 在 各 种 病理 或 承叛 或 承叛加 5-10 ， 从而 组织。。 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤Концентрации ccfDNA обычно низкие (<10 нг/мл) у здоровых людей, но могут быть увелично низкие (<10 нг/мл) у здоровых людей, но могут быть увелично низкие в 5-10 раз у плича ями или стрессом, что приводит к повреждению тканей. Ko te nuinga o nga wa e iti ana nga kohinga ccfDNA (<10 ng/ml) i roto i nga tangata hauora, engari ka taea te whakanui ake i te 5-10 nga wa i roto i nga turoro me nga momo pathologies, te ahotea ranei, ka hua te kino o te kiko.He rereke te rahi o nga kongakonga ccfDNA, engari ko te nuinga o te waa mai i te 150 ki te 200 bp.[12].Ko te tātaritanga o te ccfDNA i ahu mai i a ia ano, ara, ko te ccfDNA mai i nga pūtau kaihautu noa, kua whakarerekehia ranei, ka taea te whakamahi ki te kite i nga huringa ira me nga huringa epigenetic kei roto i te ira karihi me te / mitochondrial genome, na reira ka awhina i nga kaimatai ki te whiriwhiri i nga maimoatanga molecular-targeted [13].Engari, ka taea te tiki mai i te ccfDNA mai i nga puna kee penei i te ccfDNA mai i nga pūtau o te kopu i te wa e hapu ana, mai i nga whekau whakawhitinga ranei [14,15,16,17].Ko te ccfDNA he puna korero nui mo te kite i te noho mai o nga waikawa nucleic o tetahi kaihoko hopuhopu (tangata ke), e taea ai te kite i nga mate whanui kaore i kitea e nga ahurea toto, te karo i te koiora invasive o te kiko pangia [18].Kua kitea e nga rangahau o tata nei kei roto i te toto o te tangata he puna nui o nga korero ka taea te whakamahi ki te tautuhi i nga pathogens viral me te huakita, a ko te 1% o te ccfDNA i kitea i roto i te plasma tangata he takenga kee [19].Ko enei rangahau e whakaatu ana ka taea te aromatawai i te kanorau koiora o te microbiome tohanga o te rauropi ma te whakamahi i te tātaritanga ccfDNA.Heoi, tae noa ki nga wa tata nei, i whakamahia noa tenei ariā i roto i te tangata, me te iti ake, i etahi atu vertebrates [20, 21].
I roto i te pepa o tenei wa, ka whakamahia e matou te kaha LB ki te wetewete i te ccfDNA o Aulacomya atra, he momo ki te tonga e kitea nuitia ana i nga Moutere o Kerguelen subantarctic, he roopu moutere kei runga i te paparahi nui i hanga 35 miriona tau ki muri.hūnga puia.Ma te whakamahi i te punaha whakamatautau in vitro, i kitea e matou ko nga kongakonga DNA i roto i te wai moana ka haria tere e nga kuku ka uru ki te wahanga hemolymph.Kua kitea e te raupapatanga o te pu pere kei roto i te kutai hemolymph ccfDNA nga kongakonga DNA o tona ake takenga ake me te takenga ehara i a ia ano, tae atu ki nga huakita symbiotic me nga kongakonga DNA mai i nga koiora o te puia makariri o te takutai moana.Kei roto hoki i te Hemolymph ccfDNA nga raupapa viral i ahu mai i nga wheori me nga awhe kaihautu rereke.I kitea ano e matou he maramara DNA mai i nga kararehe maha-a-roto penei i te ika koiwi, te anemone moana, te pukohu me nga pepeke.Hei mutunga, e whakaatu ana ta maatau rangahau ka taea te whakamahi angitū te ariā LB ki ngā hātaretare o te moana ki te whakaputa i te repertoire genomic whai rawa i roto i te rauwiringa kaiao moana.
Ko nga pakeke (55-70 mm te roa) Mytilus platensis (M. platensis) me Aulacomya atra (A. atra) i kohia mai i nga takutai toka o Port-au-France (049°21.235 S, 070°13.490 E .).Ko nga Moutere o Kerguelen i te Hakihea 2018. Ko etahi atu kuku puru pakeke (Mytilus spp.) i riro mai i tetahi kaiwhakarato arumoni (PEI Mussel King Inc., Prince Edward Island, Canada) ka whakanohoia ki roto i te waahi whakamahana (4°C) te tank aerated kei roto 10–20 L o te 32‰ tote horihori.(te tote moana artificial Reef Crystal, Instant Ocean, Virginia, USA).Mo ia whakamatautau, i inehia te roa me te taumaha o nga anga takitahi.
Kei te ipurangi te kawa uru tuwhera kore utu mo tenei kaupapa (https://doi.org/10.17504/protocols.io.81wgb6z9olpk/v1).He poto, ko te LB hemolymph i kohia mai i nga uaua kaipahua pera i whakaahuatia [22].I whakamaramahia te hemolymph na roto i te centrifugation i te 1200xg mo te 3 meneti, ka maroke te supernatant (-20 ° C) tae noa ki te whakamahi.Mo te wehe me te purea o te cfDNA, ko nga tauira (1.5-2.0 ml) i rewa me te tukatuka ma te whakamahi i te kete NucleoSnap cfDNA (Macherey-Nagel, Peterehen, PA) kia rite ki nga tohutohu a te kaihanga.I penapenahia te ccfDNA ki te -80°C tae noa ki te tātaritanga.I etahi whakamatautau, i wehea te ccfDNA me te purea ma te whakamahi i te QIAamp DNA Investigator Kit (QIAGEN, Toronto, Ontario, Canada).I ine te DNA pure ma te whakamahi i te whakamatautau PicoGreen paerewa.Ko te tohatoha kongakonga o te ccfDNA taratahi i tātarihia e te electrophoresis capillary ma te whakamahi i te Agilent 2100 bioanalyzer (Agilent Technologies Inc., Santa Clara, CA) ma te whakamahi i te Kete DNA Tino Tino.I mahia te whakamatautau ma te whakamahi i te 1 µl o te tauira ccfDNA e ai ki nga tohutohu a te kaihanga.
Mo te raupapatanga o nga kongakonga hemolymph ccfDNA, i whakaritea e Génome Québec (Montreal, Quebec, Kanata) nga whare pukapuka pu ma te whakamahi i te kete Illumina DNA Mix o te kete Illumina MiSeq PE75.I whakamahia he urutau paerewa (BioO).Kei te waatea nga konae raraunga raw mai i te NCBI Sequence Read Archive (SRR8924808 me SRR8924809).I aromatawaihia te kounga panui taketake ma te whakamahi i te FastQC [23].Kua whakamahia te Trimmomatic [24] mo nga taputapu tope me nga panui kore kounga.Ko nga panui pu me nga pito takirua i hanumihia a FLASH ki nga panui kotahi roa me te iti rawa o te inaki 20 bp kia kore ai e taurite [25]. Ko nga panui kua hanumi i tuhia ki te BLASTN ma te whakamahi i te putunga korero NCBI Taxonomy (e uara <1e−3 me te 90% homology), me te huna i nga raupapa uaua-iti i mahia ma te DUST [26]. Ko nga panui kua hanumi i tuhia ki te BLASTN ma te whakamahi i te putunga korero NCBI Taxonomy (e uara <1e−3 me te 90% homology), me te huna i nga raupapa uaua-iti i mahia ma te DUST [26]. Объединенные чтения были аннотированы с помощью BLASTN с использованием базы данных таксономии двустворчорчатылюх1 3 и 90% гомологии), а маскирование последовательностей низкой сложности было выполнено с использованием DUST [26]. Ko nga panui paanui i tohuhia ki te BLASTN ma te whakamahi i te NCBI bivalve taxonomy database (e uara <1e-3 me te 90% homology), me te iti o te whakahiato raupapatanga i mahia ma te whakamahi DUST [26].使用双壳类NCBI 分类数据库（e 值< 1e-3 和90% 同源性）用BLASTN 注释合并的读敽，使用使，用使使使用用性）复杂度序列的掩蔽。使用 双 壳类 ncbi 分类 （（（<1e-3 和 90% 同源） 用 用 用 注释 合并 读数 ， 蛻数 ， 使用复杂度 序列 的。。。 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽 掩蔽蔽Объединенные чтения были аннотированы с помощью BLASTN с использованием таксономической базы данных двузленичермча <1e-3 и 90% гомологии), а маскирование последовательностей низкой сложности было выполнено с использованием PUHU [26]. Ko nga panui paanui i tuhia ki te BLASTN ma te whakamahi i te NCBI bivalve taxonomic database (e uara <1e-3 me te 90% homology), me te iti o te uaua o te raupapa whakahiato i mahia ma te whakamahi DUST [26].I wehewehea nga panui ki nga roopu e rua: e pa ana ki nga raupapa rua (e kiia nei ko te panui-whaiaro) me te kore hononga (kaore i te panui-whaiaro).E rua nga roopu i whakaemihia ma te whakamahi i te MEGAHIT hei whakaputa i nga contigs [27].I taua wa, i whakarōpūhia te tohatoha takoha o nga panui microbiome tangata ke ma te whakamahi i te Kraken2 [28] me te tohu kauwhata e te tūtohi porowhita Krona i runga i nga tupuni [29, 30].Ko nga kmers tino pai i whakatauhia kia kmers-59 mai i a maatau whakamatautau tuatahi. Ko nga hononga whaiaro ka tautuhia ma te hono ki te BLASTN (bivalve NCBI database, e uara <1e−10 me te 60% homology) mo te tuhinga whakamutunga. Ko nga hononga whaiaro ka tautuhia ma te hono ki te BLASTN (bivalve NCBI database, e uara <1e−10 me te 60% homology) mo te tuhinga whakamutunga. Затем собственные контиги были идентифицированы путем сопоставления с BLASTN (база данных двустворчатых моллюбиск, 1 мозлюбиск, 1 ология 60%) для окончательной аннотации. Ko nga hononga-whaiaro ka tautuhia ma te whakataurite ki te BLASTN (NCBI bivalve database, e uara <1e-10 me te 60% homology) mo te tuhinga whakamutunga.然后通过与BLASTN（双壳贝类NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% 同源性）对齐来识别美自他终注释。然后通过与BLASTN（双壳贝类NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% Затем были идентифицированы собственные контиги для окончательной аннотации путем сопоставления с BLASTN (базал хдмун оллюсков, значение e <1e-10 и гомология 60%). Ka tautuhia nga hononga-whaiaro mo te whakamohiotanga whakamutunga ma te whakataurite ki te BLASTN (NCBI bivalve database, e uara <1e-10 me te 60% homology). I roto i te whakarara, ko nga roopu roopu-kore i tuhia ki te BLASTN (nt NCBI database, e uara <1e−10 me te 60% homology). I roto i te whakarara, ko nga roopu roopu-kore i tuhia ki te BLASTN (nt NCBI database, e uara <1e−10 me te 60% homology). Параллельно чужеродные групповые контиги были аннотированы с помощью BLASTN (база данных nt NCBI, значение e <1e-10 % I roto i te whakarara, ko nga roopu roopu ke i tohuhia ki te BLASTN (NT NCBI pātengi raraunga, e uara <1e-10 me te 60% homology).平行地，用BLASTN（nt NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% 同源性）注释非自身组重叠群。平行地，用BLASTN（nt NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% 同源性）注释非自身组重叠群。 Параллельно контиги, не относящиеся к собственной группе, были аннотированы с помощью BLASTN (база даNCных nt 1 60%). I roto i te whakarara, ko nga roopu roopu-kore i tuhia ki te BLASTN (nt NCBI database, e uara <1e-10 me te 60% homology). I whakahaerehia ano te BLASTX i runga i nga hononga kore-whaiaro ma te whakamahi i te nr me te RefSeq pūmua NCBI pātengi raraunga (e uara <1e−10 me te 60% homology). I whakahaerehia ano te BLASTX i runga i nga hononga kore-whaiaro ma te whakamahi i te nr me te RefSeq pūmua NCBI pātengi raraunga (e uara <1e−10 me te 60% homology). BLASTX также был проведен на несамостоятельных контигах с использованием баз данных белка nr и RefSeq NCBI (значогение e <1e.0%) I mahia ano te BLASTX i runga i nga hononga kore-whaiaro ma te whakamahi i te nr me te RefSeq NCBI pātengi raraunga pūmua (e uara <1e-10 me te 60% homology).还使用nr 和RefSeq 蛋白NCBI 数据库对非自身重叠群进行了BLASTX（e 值< 1e-10 和） 同60% 。还使用nr 和RefSeq 蛋白NCBI 数据库对非自身重叠群进行了BLASTX（e 值< 1e-10 和） 同60% 。 BLASTX также выполняли на несамостоятельных контигах с использованием баз данных белка nr и RefSeq NCBI (значение e <1e-10 %) I mahia ano te BLASTX i runga i nga hononga kore-whaiaro ma te whakamahi i te nr me RefSeq NCBI pātengi raraunga pūmua (e uara <1e-10 me 60% homology).Ko nga puna BLASTN me te BLASTX o nga kore-whaiaro contigs e tohu ana i nga contigs whakamutunga (tirohia te konae taapiri).
Ko nga mea tuatahi e whakamahia ana mo te PCR kei te Ripanga S1.I whakamahia te Taq DNA polymerase (Bio Basic Canada, Markham, ON) ki te whakanui i nga ira ira ccfDNA.Ko nga tikanga tauhohenga e whai ake nei i whakamahia: te denaturation i te 95°C mo te 3 meneti, 95°C mo te 1 meneti, te whakarite i te mahana whakaene mo te 1 meneti, te whakaroa ki te 72°C mo te 1 meneti, 35 nga huringa, ka mutu te 72°C i roto i te 10 meneti..Ko nga hua PCR i wehehia e te electrophoresis i roto i nga kaera agarose (1.5%) kei roto SYBRTM Safe DNA Gel Stain (Invitrogen, Burlington, ON, Canada) i te 95 V.
Ko nga kuku (Mytilus spp.) i whakahiatotia ki te 500 ml wai moana whai hāora (32 PSU) mo te 24 haora i te 4°C.Ko te DNA Plasmid kei roto he whakauru whakauru whakawaehere i te raupapa cDNA galectin-7 tangata (te nama whakaurunga NCBI L07769) i whakauruhia ki te ipu i te kukū whakamutunga o 190 μg/μl.Ko nga kuku i whakakororia i raro i nga tikanga ano kaore he taapiri DNA ko te mana whakahaere.Kei roto i te taika whakahaere tuatoru he DNA kahore he kuku.Hei aroturuki i te kounga o te DNA i roto i te wai moana, ka tangohia nga tauira wai moana (20 μl; e toru nga tukurua) mai ia tank i te wa kua tohua.Mo te plasmid DNA traceability, ka hauhake nga kuku LB i nga wa kua tohua, ka tātarihia e te qPCR me te ddPCR.Na te nui o te tote o te wai moana, i waimeha nga aliquot ki te wai PCR kounga (1:10) i mua i nga whakamatautau PCR katoa.
I mahia te PCR droplet mamati (ddPCR) ma te whakamahi i te kawa BioRad QX200 (Mississauga, Ontario, Canada).Whakamahia te tohu pāmahana hei whakatau i te pāmahana tino pai (Ripanga S1).I hangaia nga maturuturu ma te whakamahi i te kaihanga maturuturu QX200 (BioRad).I whakahaeretia te ddPCR e whai ake nei: 95°C mo te 5 meneti, 50 huringa o te 95°C mo te 30 s me te whakamahana whakamahana mo te 1 meneti me te 72°C mo te 30 s, 4°C mo te 5 meneti me te 90°C i roto i te 5 meneti.Ko te maha o nga pata me nga tauhohenga pai (te maha o nga kape/µl) i inehia ma te whakamahi i te panui maturuturu QX200 (BioRad).Ko nga tauira he iti ake i te 10,000 nga pata iti i paopaohia.Kaore i mahia te mana tauira i nga wa katoa e whakahaerehia ana te ddPCR.
I mahia te qPCR ma te whakamahi i te Rotor-Gene® 3000 (Corbett Research, Sydney, Australia) me te LGALS7 motuhake.I mahia nga PCR ine ine i te 20 µl ma te whakamahi i te QuantiFast SYBR Green PCR Kit (QIAGEN).I timatahia te qPCR me te 15 min incubation i te 95°C ka whai i nga huringa 40 i te 95°C mo te 10 hēkona me te 60°C mo te 60 hēkona me te kohinga raraunga kotahi.I hangaia nga pihi rewa ma te whakamahi i nga inenga whai muri i te 95°C mo te 5 s, 65°C mo te 60 s, me te 97°C i te mutunga o te qPCR.I mahia ia qPCR i roto i te taarua, engari mo nga tauira whakahaere.
I te mea e mohiotia ana te kuku mo tona tere filtration teitei, i tirotirohia e matou i te tuatahi mena ka taea e ratou te tarai me te pupuri i nga kongakonga DNA kei roto i te wai moana.I hiahia ano matou ki te kohi enei kongakonga i roto i to raatau punaha lymphatic ahua-tuwhera.I whakatauhia e matou tenei take ma te tirotiro i te mutunga o nga kongakonga DNA wairewa ka taapiri atu ki nga taika kuku kahurangi.Hei whakangawari i te whai i nga kongakonga DNA, i whakamahia e matou te DNA plasmid ke (ehara i a ia ano) kei roto te ira galectin-7 tangata.Ka whai te ddPCR i nga maramara DNA plasmid i roto i te wai moana me te kuku.E ai ki a matou hua, ki te noho tonu te nui o nga kongakonga DNA i roto i te wai moana i roto i te waa (tae atu ki te 7 ra) i te kore o te kuku, na i te aroaro o te kuku ka tata ngaro tenei taumata i roto i nga haora 8 (Fig. 1a,b).I kitea ngawari nga kongakonga o te DNA o waho i roto i te 15 meneti i roto i te wai intravalvular me te hemolymph (Fig. 1c).Ka kitea tonu enei kongakonga tae noa ki te 4 haora i muri i te tukunga.Ko tenei mahi tātari e pa ana ki nga kongakonga DNA he rite ki te mahi tātari o te huakita me te pukohu [31].Ko enei hua e tohu ana ka taea e nga kuku te tarai me te whakaemi i te ADN ke ki roto i o raatau waahanga wai.
Ko nga kohinga o te DNA plasmid i roto i te wai moana i te aroaro (A) i te ngaro ranei (B) o nga kuku, i inehia e te ddPCR.I roto i te A, ka whakaatuhia nga hua hei pahekeheke, me nga taitapa o nga pouaka e tohu ana i te 75 me te 25 o te ōrau.Ko te ānau taukohiko kua oti te whakaatu ki te whero, a ko te waahi kua whakamarumaru ki te hina e tohu ana i te 95% o te waahi maia.I roto i te B, ko te raina whero e tohu ana i te toharite, ko te raina kikorangi e tohu ana i te 95% o te wa maia mo te kukū.C Te kohikohinga o te DNA plasmid i roto i te hemolymph me te wai valvular o te kuku i nga wa rereke i muri i te taapiri o te DNA plasmid.Ka whakaatuhia nga hua hei kape tino kitea/mL (± SE).
I muri mai, i tirotirohia e matou te takenga mai o te ccfDNA i roto i nga kuku i kohia mai i nga moenga kuku i nga Moutere o Kerguelen, he roopu motu tawhiti he iti te awe o te tangata.Mo tenei kaupapa, ka wehea te cccDNA mai i nga hemolymph mussel ka purea e nga tikanga e whakamahia ana hei pure i te cccDNA tangata [32, 33].I kitea e matou ko te toharite hemolymph ccfDNA i roto i nga kuku kei roto i nga micrograms iti mo ia ml awhe hemolymph (tirohia te Ripanga S2, Nga korero taapiri).He nui ake tenei awhe o nga kukū ki nga tangata hauora (he iti nanograms ia milliliter), engari i nga keehi onge, i nga turoro mate pukupuku, ka taea e te taumata o te ccfDNA te tae ki etahi micrograms mo ia mira [34, 35].He tātaritanga mo te tohatoha rahi o te hemolymph ccfDNA i whakaatu he rerekee te rahi o enei kongakonga, mai i te 1000 bp ki te 1000 bp.ki te 5000 bp (Fig. 2).He rite nga hua i puta ma te whakamahi i te QIAamp Investigator Kit, he tikanga e whakamahia nuitia ana i roto i te aoiao matapae kia tere te wehe me te pure i te DNA genomic mai i nga tauira DNA kukū iti, tae atu ki te ccfDNA [36].
Mangai ccfDNA electrophoregram o te hemolymph kuku.I tangohia mai me te Kete Plasma NucleoSnap (runga) me te QIAamp DNA Investigator Kit.B maataki waioriina e whakaatu ana i te tohatoha o te hemolymph ccfDNA (± SE) i roto i te kuku.Ko nga raina pango me te whero e tohu ana i te tau waenga me te hauwhā tuatahi me te tuatoru.
Tata ki te 1% o te ccfDNA i roto i te tangata me nga primates he puna ke [21, 37].I runga i te punaha toho tohanga o te bivalves, te wai moana whai hua moroiti, me te tohanga rahi o te ccfDNA kuku, i whakapae matou kei roto pea i te ccfDNA te hemolymph mussel he puna nui, kanorau hoki o te DNA moroiti.Hei whakamatautau i tenei whakapae, i raupapahia e matou te hemolymph ccfDNA mai i nga tauira Aulacomya atra i kohia mai i nga Moutere o Kerguelen, neke atu i te 10 miriona panui, 97.6% o enei i eke ki te mana kounga.Ko nga panui ka whakarōpūhia kia rite ki nga punawai whaiaro me te kore-whaiaro ma te whakamahi i te BLASTN me te NCBI bivalve pātengi raraunga (Fig. S1, Nga korero taapiri).
I roto i te tangata, ka taea te tuku i te DNA karihi me te mitochondrial ki roto i te toto [38].Heoi, i roto i te rangahau o naianei, kaore i taea te whakaatu i nga korero mo te DNA genomic karihi o nga kuku, i te mea kaore ano te A. atra genome i raupapahia, i whakaahuahia ranei.Heoi, i taea e matou te tautuhi i te maha o nga kongakonga ccfDNA o to matou ake takenga mai ma te whakamahi i te whare pukapuka bivalve (Fig. S2, Nga korero taapiri).I whakapumau ano matou i te noho mai o nga kongakonga DNA o to matou ake takenga ma te whakahau PCR whakakaha o aua ira A. atra i whakaraupapahia (Fig. 3).Waihoki, i te mea kei te waatea te mitochondrial genome o A. atra i roto i nga papaa korero a te iwi, ka kitea e tetahi he taunakitanga mo te waahi o nga wahanga mitochondrial ccfDNA i roto i te hemolymph o A. atra.Ko te aroaro o nga wahanga DNA mitochondrial i whakapumautia e te PCR amplification (Fig. 3).
He maha nga momo ira mitochondrial i roto i te hemolymph o A. atra (nga ira whero - te nama kararehe: SRX5705969) me te M. platensis (nga ira kikorangi - te nama kararehe: SRX5705968) kua whakanuia e PCR.He ahua i urutau mai i a Breton et al., 2011 B Whakanuia o te hemolymph supernatant mai i A. atra I rongoa ki te pepa FTA.Whakamahia he wero 3 mm hei tapiri tika ki te ngongo PCR kei roto te ranunga PCR.
I runga i te nui o te ihirangi microbial i roto i te wai moana, i te tuatahi i aro matou ki te tohu o nga raupapa DNA microbial i te hemolymph.Ki te mahi i tenei, ka whakamahia e matou nga rautaki rereke e rua.Ko te rautaki tuatahi i whakamahia a Kraken2, he kaupapa whakarōpū raupapa e pa ana ki te algorithm ka taea te tautuhi i nga raupapa microbial me te tika e rite ana ki te BLAST me etahi atu taputapu [28].Neke atu i te 6719 nga panui i whakatauhia he huakita huakita, ko te 124 me te 64 i ahu mai i te archaea me nga huaketo (Fig. 4).Ko nga wahanga DNA huakita tino nui ko Firmicutes (46%), Proteobacteria (27%), me Bacteroidetes (17%) (Fig. 4a).He rite tenei tohatoha ki nga rangahau o mua mo te microbiome mussel puru moana [39, 40].Ko te Gammaproteobacteria te akomanga matua o Proteobacteria (44%), tae atu ki te maha o nga Vibrionales (Fig. 4b).Ko te tikanga ddPCR i whakapumau i te aroaro o nga wahanga DNA Vibrio i roto i te ccfDNA o A. atra hemolymph (Fig. 4c) [41].Hei tiki atu i nga korero mo te takenga mai o te huakita o te ccfDNA, i mahia he huarahi taapiri (Fig. S2, Nga korero taapiri). I tenei keehi, ko nga panui i whakahiatohia hei panui-mutunga takirua, ka whakarōpūhia he tangata ake (bivalves) he takenga kore ake ranei ma te whakamahi i te BLASTN me te uara e 1e−3 me te tapahi ki te >90% homology. I tenei keehi, ko nga panui i whakahiatohia hei panui-mutunga takirua, ka whakarōpūhia he tangata ake (bivalves) he takenga kore ake ranei ma te whakamahi i te BLASTN me te uara e 1e−3 me te tapahi ki te >90% homology. В этом случае перекрывающиеся чтения были собраны как чтения с парными концами и были классифицированы каквланывыство юски) или чужие по происхождению с использованием BLASTN и значения e 1e-3 и отсечения с гомологией> 90%. I tenei take, i kohia nga panui inaki hei panui-mutu takirua ka whakarōpūhia hei tangata whenua (bivalve) ehara ranei i te taketake ma te whakamahi i te BLASTN me te uara e o te 1e-3 me te tapahi ki te >90% homology.在这种情况下，重叠的读数组装为配对末端读数，并使用BLASTN 和1e-3 的e 众咐>90% 我們和>90%为自身（双壳类）或非自身来源。在 这 种 情况 下 ， 重叠 读数 组装 为 配 末端 读数 ， 使用 使用 使用 的9 和 1 % 和同源性 的 分类 自身 （双 壳类） 非 自身。。。。。。。 В этом случае перекрывающиеся чтения были собраны как чтения с парными концами и классифицированы как собстовлетный и) или несобственные по происхождению с использованием значений e BLASTN и 1e-3 и порога гомологии> 90%. I tenei keehi, ko nga panui inaki i kohia hei panui takirua-mutu ka whakarōpūhia hei panui (bivalves) ehara ranei i te mea taketake ma te whakamahi i nga uara e BLASTN me 1e-3 me te paepae homology >90%.I te mea kaore ano kia raupapahia te A. atra genome, i whakamahia e matou te rautaki huihuinga de novo o te MEGAHIT Next Generation Sequencing (NGS) assembler.E 147,188 te katoa o nga mea kua tohuhia he whirinaki (bivalves) te takenga mai.Ko enei contigs katahi ka pupuhihia me nga e-uara o 1e-10 ma te whakamahi i te BLASTN me te BLASTX.I taea e tenei rautaki te tautuhi i nga kongakonga kore-bivalve e 482 kei roto i te A. atra ccfDNA.Neke atu i te haurua (57%) o enei kongakonga DNA i riro mai i te huakita, ko te nuinga mai i nga tohu hianga, tae atu ki nga symbionts sulfotrophic, me nga symbionts gill Solemya velum (Fig. 5).
Te nui o te ahua i te taumata momo.B Te kanorau moroiti o te rua matua (Firmicutes me Proteobacteria).Te whakakaha ake o te ddPCR C Vibrio spp.A. Nga kongakonga o te ira 16S rRNA (puru) i roto i nga atra hemolymphs e toru.
E 482 katoa nga contigs i kohia i tātarihia.Kōtaha whānui o te tohatoha takoha o nga tohu tohu metagenomic contig (prokaryotes me te eukaryotes).B Te tohatoha taipitopito o nga kongakonga DNA huakita i tautuhia e BLASTN me BLASTX.
I whakaatu ano te tātaritanga Kraken2 kei roto i te kuku ccfDNA nga wahanga DNA archaeal, tae atu ki nga kongakonga DNA o Euryarchaeota (65%), Crenarchaeota (24%), me Thaurmarcheota (11%) (Fig. 6a).Ko te noho mai o nga kongakonga DNA i ahu mai i Euryarchaeota me Crenarchaeota, i kitea i mua i roto i te hapori microbial o nga kuku Californian, kaua e miharo [42].Ahakoa ko te Euryarchaeota e pa ana ki nga ahuatanga tino kino, kua mohiohia inaianei ko Euryarchaeota me Crenarcheota tetahi o nga prokaryotes tino noa i roto i te taiao cryogenic moana [43, 44].Ehara i te mea miharo te noho mai o nga microorganisms methanogenic i roto i te kuku, na te mea kua puta nga purongo o te nui o te methane turuturu i raro i te papa o Kerguelen Plateau [45] me te hanga methane microbial i kitea i te takutai o nga Moutere o Kerguelen [46].
Ka huri to maatau aro ki nga panui mai i nga huaketo DNA.E ai ki o matau mohiotanga, koinei te rangahau tuatahi ki waho o te whainga o te ihirangi huaketo o te kuku.I te mea e tumanakohia ana, i kitea e matou nga wahanga DNA o te bacteriophages (Caudovirales) (Fig. 6b).Heoi ano, ko te DNA huaketo tino noa ka ahu mai i te phylum o nucleocytoviruses, e mohiotia ana ko te nuclear cytoplasmic large DNA virus (NCLDV), kei a ia te ira nui rawa atu o tetahi huaketo.I roto i tenei roopu, ko te nuinga o nga raupapa DNA no nga whanau Mimimidoviridae (58%) me Poxviridae (21%).Ka pangia te pukohu eukaryotic moana.I riro mai ano nga raupapa mai i te Pandora huaketo, te wheori nui me te rahi o te ira ira tangata o nga puninga huaketo e mohiotia ana.Ko te mea whakamere, he nui te awhe o nga kaihautu e mohiotia ana kua pangia e te huaketo, i whakatauhia e te raupapa hemolymph ccfDNA, he ahua nui (Whakaahua S3, Nga korero taapiri).Kei roto ko nga huaketo e pangia ana nga pepeke penei i te Baculoviridae me te Iridoviridae, tae atu ki nga huaketo e pangia ana te amoeba, te pukohu me te vertebrates.I kitea ano e matou nga raupapa e rite ana ki te Pithovirus sibericum genome.Ko nga Pitoviruses (e mohiotia ana ko "te huaketo zombie") i wehe tuatahi mai i te 30,000 tau te haupapa i Siberia [47].No reira, e rite ana a maatau hua ki nga purongo o mua e whakaatu ana kaore nga momo hou katoa o enei wheori kua ngaro [48] a ka noho pea enei wheori i roto i nga rauwiringa kaiao moana subarctic mamao.
Ka mutu, i whakamatauria kia kite mena ka kitea e matou nga maramara DNA mai i etahi atu kararehe multicellular.E 482 nga contigs ke i tohua e BLASTN me BLASTX me nga whare pukapuka nt, nr me RefSeq (genomic me te pūmua).E ai ki o maatau hua, kei roto i nga kongakonga ke o te ccfDNA o nga kararehe multicellular te DNA o nga wheua wheua te nuinga (Fig. 5).Kua kitea ano nga maramara DNA mai i nga pepeke me etahi atu momo.Ko tetahi waahanga nui o nga mahanga DNA kaore ano kia kitea, na te mea pea na te iti o te whakaatu i te maha o nga momo moana i roto i nga papaaarangi genomic kua whakaritea ki nga momo whenua [49].
I roto i te pepa nei, ka whakamahia e matou te ariā LB ki te kuku, me te kii ka taea e te hemolymph ccfDNA te whakahiato i te pere ka maarama ki te hanganga o nga rauwiringa kaiao takutai moana.Ina koa, i kitea e 1) te hemolymph o te kuku he nui te kukū (nga taumata microgram) o nga maramara DNA e huri haere ana (~1-5 kb);2) Ko enei kongakonga DNA he mea motuhake me te kore-motuhake 3) I roto i nga puna ke o enei kongakonga DNA, i kitea e matou te DNA huakita, archaeal me te DNA viral, me te DNA o etahi atu kararehe multicellular;4) Ka tere te whakaemi o enei kongakonga ccfDNA ke i roto i te hemolymph, ka uru ki te mahi tātari o roto o te kuku.Hei whakamutunga, e whakaatu ana ta maatau rangahau ko te kaupapa o te LB, kua whakamahia i tenei wa i te nuinga o te waahanga o te rongoa koiora, ka whakauru i tetahi puna matauranga nui engari kaore ano kia maarama e taea te whakamahi kia pai ake te maarama ki te taunekeneke i waenga i nga momo tuutuu me o raatau taiao.
I tua atu i nga primates, kua korerohia te wehenga o te ccfDNA i roto i nga ngote, tae atu ki nga kiore, kuri, ngeru, me nga hoiho [50, 51, 52].Heoi, ki ta matou mohio, ko ta matou rangahau te tuatahi ki te whakaatu i te kitenga me te raupapatanga o te ccfDNA i roto i nga momo moana me te punaha tohanga tuwhera.Ko tenei ahuatanga tinana me te kaha tātari o te kuku ka taea te whakamarama i nga ahuatanga rereke rereke o nga maramara DNA toha haere ki etahi atu momo.I roto i te tangata, ko te nuinga o nga kongakonga DNA e huri haere ana i roto i te toto he kongakonga iti mai i te 150 ki te 200 bp te rahi.me te tihi teitei o te 167 bp [34, 53].Ko tetahi waahanga iti engari nui o nga kongakonga DNA kei waenga i te 300 me te 500 bp te rahi, me te 5% he roa ake i te 900 bp.[54].Ko te take o tenei tohatoha rahi ko te puna matua o te ccfDNA i roto i te plasma ka puta mai i te mate o te pūtau, na te mate o te pūtau, na te necrosis ranei o te huri haere i nga pūtau hematopoietic i roto i nga tangata hauora, na te apoptosis ranei o nga pūtau puku i roto i nga turoro mate pukupuku ( e mohiotia ana ko te DNA tumo tohanga)., ctDNA).Ko te nui o te tohatoha o te hemolymph ccfDNA i kitea e matou i roto i nga kuku mai i te 1000 ki te 5000 bp, e tohu ana he rereke te takenga mai o te kuku ccfDNA.He whakaaro arorau tenei, i te mea he punaha ngongo ahua-tuwhera te kuku me te noho ki roto i nga taiao riwai moana e mau ana te nui o te DNA ira moroiti.Inaa, ko o maatau whakamatautau taiwhanga e whakamahi ana i te DNA o waho kua whakaatu mai ka whakaemi nga kuku i nga kongakonga DNA i roto i te wai moana, i te iti rawa i muri i etahi haora ka whakahekehia i muri i te tango a te pūkoro me te tuku me te rongoa i roto i nga momo whakahaere.I runga i te onge o nga pūtau (prokaryotic me te eukaryotic), ma te whakamahi i nga waahanga intravalvular ka whakaitihia te nui o te ccfDNA mai i nga puna-whaiaro tae atu ki nga puna ke.Ma te whakaaro ki te hiranga o te mate o roto o te bivalve me te maha o nga phagocytes tohanga, i whakapae ano matou ka whakarangatirahia te ccfDNA ke i roto i nga phagocytes tohanga e whakaemi ana i te DNA ke i runga i te whakaurunga o nga microorganisms me/ranei nga otaota pūtau.Ka huihuia, ka whakaatu a maatau hua ko te bivalve hemolymph ccfDNA he putunga ahurei o nga korero irapo me te whakakaha i to ratau mana hei momo kaitiaki.
E tohu ana a maatau raraunga ko te raupapa me te tātaritanga o nga kongakonga hemolymph ccfDNA huakita ka taea te tuku korero matua mo te tipu huakita kaihautu me nga huakita kei roto i te rauwiringa kaiao moana.Kua kitea e nga tikanga raupapa mapere nga raupapa o nga huakita A. atra gill ka ngaro mena i whakamahia nga tikanga tautuhi 16S rRNA, na te mea he kino te whare pukapuka tohutoro.Ko te tikanga, ko ta matou whakamahi i nga raraunga LB i kohia mai i te M. platensis i roto i te paparanga kuku kotahi i Kerguelen i whakaatu he rite tonu te hanganga o nga huakita huakita e pa ana ki te gill mo nga momo kuku e rua (Fig. S4, Nga korero taapiri).Ko tenei ahua o nga kuku rereke e rua ka whakaatu pea i te hanganga o nga hapori huakita i roto i nga putunga makariri, whanariki, puia hoki o Kerguelen [55, 56, 57, 58].Ko nga taumata teitei ake o nga rauropi whakaheke whanariki kua pai te korero i te wa e hauhake ana nga kuku mai i nga waahi takutai koiora [59], penei i te takutai o Port-au-France.Ko tetahi atu pea ka pa te tipu o te kuku i te tuku whakapae [60, 61].Me nui ake nga rangahau hei whakatau i te hononga i waenga i te taiao moana, te mata o te moana, me te hanganga o nga huakita symbiotic i roto i te kuku.Kei te haere tonu enei rangahau i tenei wa.
Ko te roa me te kukū o te hemolymph ccfDNA, te ngawari o te purenga, me te kounga teitei kia tere ai te raupapatanga o te pu pere ko etahi o nga painga maha o te whakamahi kuku ccfDNA ki te aromatawai i te kanorau koiora i roto i nga rauwiringa kaiao takutai moana.He tino whai hua tenei huarahi mo te tohu i nga hapori viral (virome) i roto i tetahi puunaha rauwiringa kaiao [62, 63].He rereke ki te huakita, archaea, me te eukaryotes, karekau he ira ira e tiakina ana i roto i nga ira phylogenetically penei i nga raupapa 16S.E ai ki o maatau kitenga ka taea te whakamahi nga koiora wai mai i nga momo tohu penei i te kuku ki te tautuhi i te maha o nga kongakonga huaketo ccfDNA e mohiotia ana ka pangia e nga kaihautu e noho ana i nga rauwiringa kaiao moana.Kei roto i tenei ko nga huaketo e mohiotia ana ka pangia te protozoa, nga angawaho, nga ngarara, nga tipu, me nga huaketo kitakita (hei tauira, bacteriophages).He rite ano te tohatoha i kitea i te wa i tirotirohia e matou te hemolymph ccfDNA virome o nga kuku kahurangi (M. platensis) i kohia i roto i te paparanga kuku kotahi i Kerguelen (Ripanga S2, Nga korero taapiri).Ko te raupapa pu o te ccfDNA he huarahi hou e kaha haere ana i roto i te rangahau o te virome o te tangata, o etahi atu momo ranei [21, 37, 64].He tino pai tenei huarahi mo te ako i nga wheori DNA paerua-rua, na te mea karekau he ira kotahi e tiakina i waenga i nga wheori DNA-waarua katoa, e tohu ana i nga momo wheori tino rerekee me te whanui o Baltimore [65].Ahakoa ko te nuinga o enei wheori kare ano i te whakarōpūtia, ka uru pea ki nga wheori mai i tetahi wahanga tino kore e mohiotia o te ao wheori [66], i kitea e matou ko nga wheori me nga awhe manaaki o nga kuku A. atra me M. platensis ka taka ki waenganui i nga momo e rua.pera ano (tirohia te ahua S3, etahi atu korero).Ehara tenei i te mea miharo, na te mea ka whakaatu pea i te kore o te whiriwhiringa i te tangohanga o te DNA kei roto i te taiao.Ko nga rangahau a meake nei ma te whakamahi i te RNA kua purea e hiahiatia ana hei tohu i te RNA virome.
I roto i ta maatau rangahau, i whakamahia e matou he paipa tino uaua i urutau mai i nga mahi a Kowarski me o hoa mahi [37], i whakamahi i te whakakorenga e rua-taahiraa o nga panui me nga contigs i mua i muri mai i muri mai i te huihuinga o te ccfDNA taketake, ka hua te nui o te waahanga o nga panui kore mapi.No reira, kare e taea e matou te whakakore he takenga mai ano etahi o enei panui karekau i mapi, na te mea karekau he momo tohutoro mo tenei momo kuku.I whakamahia ano e matou tenei pipeline na te mea i awangawanga matou mo nga chimeras i waenga i te panui whaiaro me te panui-kore me te roa o te panui i hangaia e te Illumina MiSeq PE75.Ko tetahi atu take mo te nuinga o nga panui karekau i tuhia ko te nuinga o nga moroiti o te moana, otira ki nga waahi mamao penei i a Kerguelen, kaore ano kia tuhia.I whakamahia e matou a Illumina MiSeq PE75, me te whakaaro he rite te roa o te wahanga ccfDNA ki te ccfDNA tangata.Mo nga rangahau a meake nei, i runga i o maatau hua e whakaatu ana he roa ake te panui o te hemolymph ccfDNA i te tangata me/ranei ngongo, ka tūtohu kia whakamahia he papa raupapa e pai ake ana mo nga wahanga ccfDNA roa ake.Ma tenei mahi ka ngawari ake te tautuhi i etahi atu tohu mo te tātari hohonu.Ko te whiwhi i te raupapa ira karihi A. atra kaore i te waatea i tenei wa ka tino whakaahuruhia te ccfDNA mai i nga punaa ake me te kore-whaiaro.I te mea kua aro atu a maatau rangahau ki te whai waahi ki te whakamahi i te kaupapa o te koiora wai ki te kuku, e tumanako ana matou i te mea e whakamahia ana tenei ariā i roto i nga rangahau a muri ake nei, ka hangaia he taputapu hou me nga paipa paipa hei whakanui ake i te kaha o tenei tikanga ki te ako i te rereketanga moroiti o te kuku.rauwiringa kaiao moana.
I te mea he tohu koiora haumanu-kore, ko nga taumata plasma teitei o te ccfDNA e pa ana ki nga momo mate, te kino o te kiko, me nga ahuatanga o te ahotea [67,68,69].Ko tenei pikinga e pa ana ki te tukunga o nga kongakonga DNA o tona takenga ake i muri i te pakaru o te kiko.I whakatikahia e matou tenei take ma te kaha o te werawera, he wa poto nei te noho o te kuku ki te mahana o te 30 °C.I mahia e matou tenei tātaritanga mo nga momo kuku e toru i roto i nga whakamatautau motuhake e toru.Heoi, karekau i kitea he huringa o nga taumata ccfDNA i muri i te ahotea wera whakapeka (tirohia te Whakaahua S5, etahi atu korero).Ka whakamarama pea tenei kitenga, i te iti rawa, i te mea he punaha tohanga tohanga o te kuku me te whakaemi i te nui o te DNA kee na te nui o te mahi tātari.I tetahi atu taha, ko nga kuku, penei i te maha o nga invertebrates, ka kaha ake te atete ki te kino o te kiko o te ahotea, na reira ka whakaiti i te tukunga o te ccfDNA i roto i to ratou hemolymph [70, 71].
I tenei wa, ko te tātaritanga DNA o te kanorau koiora i roto i nga rauwiringa kaiao wai kua aro te nuinga ki te DNA taiao (eDNA) metabarcoding.Heoi, he iti noa tenei tikanga i roto i te tātaritanga kanorau koiora i te wa e whakamahia ana nga kaupapa tuatahi.Ko te whakamahi i te raupapatanga o te pu pere ka huri i nga herenga o te PCR me te kowhiringa o nga huinga tuatahi.No reira, i roto i te tikanga, he tata to taatau tikanga ki te tikanga whakahiato eDNA Shotgun kua whakamahia tata nei, e kaha ana ki te whakaraupapa tika i te DNA wehewehe me te tātari tata ki nga rauropi katoa [72, 73].Engari, he maha nga take matua e wehewehe ana i te LB mai i nga tikanga eDNA paerewa.Ko te tikanga, ko te rereketanga nui i waenga i te eDNA me te LB ko te whakamahi i nga kaiwhakarato tātari taiao.Ko te whakamahinga o nga momo moana penei i te hautai me te bivalves (Dresseina spp.) hei tātari taiao mo te ako eDNA kua panuitia [74, 75].Heoi, i whakamahia e te rangahau a Dreissena nga koiora kiko i tangohia mai ai te DNA.Ko te tātaritanga o te ccfDNA mai i te LB karekau e rapua he koiora kiko, he taputapu motuhake me etahi wa utu nui me nga arorau e pa ana ki te eDNA me te koiora kiko.Ko te tikanga, i korero tata nei ka taea te rongoa me te tātarihia te ccfDNA mai i te LB me te tautoko FTA me te kore e pupuri i te mekameka makariri, he wero nui mo te rangahau i nga waahi mamao [76].He maamaa hoki te tangohanga o te ccfDNA mai i nga koiora wai me te whakarato i te DNA o te kounga teitei mo te raupapatanga pu me te tātari PCR.He painga nui tenei na etahi o nga here hangarau e pa ana ki te tātari eDNA [77].Ko te ngawari me te iti o te utu o te tikanga whakatauira he tino pai mo nga kaupapa aro turuki mo te wa roa.I tua atu i to raatau kaha ki te tarai, ko tetahi atu waahanga rongonui o te bivalves ko te hanganga matū mucopolysaccharide o o ratou mucus, e whakatairanga ana i te whakauru o nga huaketo [78, 79].Na tenei ka noho pai nga bivalves hei tātari maaori hei tohu i te kanorau koiora me te paanga o te huringa o te rangi i roto i tetahi puunaha rauwiringa wai.Ahakoa ko te noho mai o nga kongakonga DNA i ahu mai i te kaihautu ka kitea he herenga o te tikanga ka whakaritea ki te eDNA, ko te utu e pa ana ki te whai i taua ccfDNA taketake ki te eDNA ka marama i te wa kotahi mo te nui o nga korero e waatea ana mo nga rangahau hauora.kaihautu whakatiki.Kei roto i tenei ko te waahi o nga raupapa viral kua whakauruhia ki roto i te genome o te ope ope.He mea tino nui tenei mo nga kuku, na te mea kei te noho whakapae nga retroviruses leukemic i roto i nga bivalves [80, 81].Ko tetahi atu painga o te LB ki runga i te eDNA ko tana whakamahi i te mahi phagocytic o te huri i nga pūtau toto i roto i te hemolymph, e kohia ana nga microorganisms (me o ratou genome).Ko te Phagocytosis te mahi matua o nga pūtau toto i roto i nga bivalves [82].Ka mutu, ka whai hua te tikanga mo te kaha tātari nui o te kuku (te toharite 1.5 l/h o te wai moana) me te tohanga o nga ra e rua, ka piki ake te whakaranu o nga paparanga rereke o te wai moana, ka taea te hopu i te eDNA heterologous.[83, 84].No reira, he huarahi whakamere te tātari ccfDNA kuku i runga i nga paanga kai, ohaoha, taiao hoki o te kuku.He rite ki te tātaritanga o te LB i kohia mai i te tangata, ka whakatuwheratia ano e tenei tikanga te ine i nga huringa ira me te epigenetic i roto i te DNA manaaki hei whakautu ki nga matū o waho.Hei tauira, ka taea te whakaaro nga hangarau raupapa reanga tuatoru ki te mahi tātari methylation ira-whanui i roto i te ccfDNA taketake ma te whakamahi i te raupapa nanopore.Ko tenei tukanga kia pai ake i te mea ko te roa o nga kongakonga kuku ccfDNA he pai te hototahi ki nga papahanga raupapa-roa e taea ai te tātari methylation DNA ira-whanui mai i te oma raupapa kotahi me te kore e hiahiatia nga huringa matū.85,86] He mea whakamiharo tenei, i te mea kua whakaatuhia ko nga tauira methylation DNA me te whakaata tonu i te urupare ki te maru o te taiao.Na reira, ka taea e ia te whakaatu whakaaro nui ki nga tikanga o raro e whakahaere ana i te urupare i muri i te paahitanga ki te huringa o te rangi, ki nga poke ranei [87].Engari, ko te whakamahinga o te LB ehara i te mea he herekore.Me kii atu, me whai waahi nga momo tohu i roto i te puunaha rauwiringa kaiao.Ka rite ki te korero i runga ake nei, ma te whakamahi i te LB ki te aromatawai i te kanorau o tetahi puunaha rauwiringa kaiao, me kaha ano te paipa bioinformatics e whai whakaaro ana ki te noho mai o nga kongakonga DNA mai i te puna.Ko tetahi atu raruraru nui ko te waatea o nga momo tohutoro mo nga momo moana.Ko te tumanako ma nga kaupapa penei i te Marine Mammal Genomes Project me te kaupapa Fish10k katahi ano ka whakatuuhia [88] ka whakahaere i enei tātaritanga a muri ake nei.Ko te whakamahinga o te ariā LB ki nga rauropi kai tātari-moana he hototahi ano ki nga ahunga whakamua hou o te hangarau raupapa, e pai ana mo te whakawhanaketanga o nga tohu koiora maha-ohm ki te whakarato korero nui mo te hauora o nga kaainga o te moana hei whakautu i te taumahatanga o te taiao.
Kua tukuna nga raraunga raupapa ira i roto i te NCBI Sequence Read Archive https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRR8924808 i raro i Bioprojects SRR8924808.
Brierley AS, Kingsford MJ Te paanga o te huringa huarere ki nga oranga moana me nga puunaha rauwiringa kaiao.Koiora Cole.2009;19: P602–P614.
Gissi E, Manea E, Mazaris AD, Fraschetti S, Almpanidou V, Bevilacqua S, et al.Whakaarohia nga paanga o te huringa o te rangi me etahi atu taumahatanga o te rohe ki te taiao moana.taiao pūtaiao whānui.2021;755:142564.
Carella F, Antuofermo E, Farina S, Salati F, Mandas D, Prado P, et al.).Pūtaiao o te tuatahi o Maehe.2020;7:48.
Seront L, Nicastro CR, Zardi GI, Goberville E. Ko te whakaiti i te whakamaaramatanga o te wera i raro i nga ahuatanga o te ahotea wera e whakamarama ana i te nui o te mate o te kuku kahurangi i te raumati.Pūrongo Pūtaiao 2019;9:17498.
Fey SB, Siepielski AM, Nussle S, Cervantes-Yoshida K, Hwan JL, Huber ER, et al.Ko nga huringa hou o te auau, nga take me te whānuitanga o te mate kararehe.Proc Natl Acad Sci USA.2015;112:1083-8.
Scarpa F, Sanna D, Azzena I, Mugheti D, Cerruti F, Hosseini S, et al.He maha nga tukumate kore-momo-motuhake kua mate pea te tini o te Pinna nobilis.Te ora.2020;10:238.
Bradley M, Coutts SJ, Jenkins E, O'Hara TM.Te paanga pea o te huringa o te rangi ki nga mate zoonotic Arctic.Int J Circumpolar hauora.2005;64:468–77.
Beyer J., Greene NW, Brooks S., Allan IJ, Ruus A., Gomez T. et al.Ko nga kuku kahurangi (Mytilus edulis spp.) hei rauropi tohu mo te tirotiro parahanga takutai: he arotake.Maehe Taiao Res 2017;130:338-65.
Siravegna G, Marsoni S, Siena S, Bardelli A. Te whakauru o te koiora wai i roto i te maimoatanga mate pukupuku.Nat Rev Clean Oncol.2017;14:531–48.
Wan JCM, Massie C, Garcia-Corbacho J, Mouliere F, Brenton JD, Caldas C, et al.Ko te matuatanga o te koiora wai: Ka taea e te DNA puku te huri haere.Nat Rev Cancer.2017;17:223–38.
Mandel P., Metais P. Nga waikawa nucleic i roto i te plasma tangata.Nga meneti hui a nga apiti a Soc Biol.1948;142:241-3.
Bronkhorst AJ, Ungerer W, Holdenrieder S. He mahi hou mo te DNA kore-puu hei tohu mole mo te maimoatanga mate pukupuku.Te inenga o te tātari biomolar.2019;17:100087.
Ignatiadis M., Sledge GW, Jeffrey SS Liquid biopsy ka uru ki te whare haumanu - nga take whakatinanatanga me nga wero kei te heke mai.Nat Rev Clin Oncol.2021;18:297–312.
Lo YM, Corbetta N., Chamberlain PF, Rai W., Sargent IL, Redman CW me etahi atu.Ko te DNA fetal kei roto i te plasma whaea me te serum.Lancet.1997;350:485-7.
Mufarray MN, Wong RJ, Shaw GM, Stevenson DK, Quake SR Te ako mo te akoranga o te haputanga me ona raruraru ma te whakamahi i te RNA extracellular i roto i te toto o nga wahine i te wa e hapu ana.Dopediatrics.2020;8:605219.
Ollerich M, Sherwood K, Keown P, Schütz E, Beck J, Stegbauer J, et al.Ko te waiora wai: ka whakamahia te DNA-kore-kore-a-tuku-a-tuku ki te kite i nga reinga allogeneic i roto i te kohanga whatukuhu.Nat Rev Nephrol.2021;17:591–603.
Juan FC, Lo YM Innovations in prenatal diagnostics: maternal plasma genome sequencing.Ana MD.2016;67:419-32.
Gu W, Deng X, Lee M, Sucu YD, Arevalo S, Stryke D, et al.Te kitenga tukumate tere me te whakapapa metagenomic o muri mai o nga wē tinana kua pangia.Rongoa Nat.2021;27:115-24.