Nature.com 'ਤੇ ਜਾਣ ਲਈ ਧੰਨਵਾਦ। ਤੁਹਾਡੇ ਦੁਆਰਾ ਵਰਤੇ ਜਾ ਰਹੇ ਬ੍ਰਾਊਜ਼ਰ ਸੰਸਕਰਣ ਵਿੱਚ ਸੀਮਤ CSS ਸਹਾਇਤਾ ਹੈ। ਸਭ ਤੋਂ ਵਧੀਆ ਅਨੁਭਵ ਲਈ, ਅਸੀਂ ਸਿਫ਼ਾਰਿਸ਼ ਕਰਦੇ ਹਾਂ ਕਿ ਤੁਸੀਂ ਇੱਕ ਅੱਪਡੇਟ ਕੀਤੇ ਬ੍ਰਾਊਜ਼ਰ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰੋ (ਜਾਂ ਇੰਟਰਨੈੱਟ ਐਕਸਪਲੋਰਰ ਵਿੱਚ ਅਨੁਕੂਲਤਾ ਮੋਡ ਨੂੰ ਅਯੋਗ ਕਰੋ)। ਇਸ ਦੌਰਾਨ, ਨਿਰੰਤਰ ਸਹਾਇਤਾ ਨੂੰ ਯਕੀਨੀ ਬਣਾਉਣ ਲਈ, ਅਸੀਂ ਸਾਈਟ ਨੂੰ ਸਟਾਈਲ ਅਤੇ JavaScript ਤੋਂ ਬਿਨਾਂ ਰੈਂਡਰ ਕਰਾਂਗੇ।
ਤਰਲ ਬਾਇਓਪਸੀ (LB) ਇੱਕ ਅਜਿਹਾ ਸੰਕਲਪ ਹੈ ਜੋ ਬਾਇਓਮੈਡੀਕਲ ਖੇਤਰ ਵਿੱਚ ਤੇਜ਼ੀ ਨਾਲ ਪ੍ਰਸਿੱਧੀ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕਰ ਰਿਹਾ ਹੈ। ਇਹ ਸੰਕਲਪ ਮੁੱਖ ਤੌਰ 'ਤੇ ਘੁੰਮਦੇ ਬਾਹਰੀ ਸੈੱਲ DNA (ccfDNA) ਦੇ ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੀ ਖੋਜ 'ਤੇ ਅਧਾਰਤ ਹੈ, ਜੋ ਮੁੱਖ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਟਿਸ਼ੂਆਂ ਵਿੱਚ ਸੈੱਲ ਦੀ ਮੌਤ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਛੋਟੇ ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੇ ਰੂਪ ਵਿੱਚ ਜਾਰੀ ਕੀਤੇ ਜਾਂਦੇ ਹਨ। ਇਹਨਾਂ ਟੁਕੜਿਆਂ ਦਾ ਇੱਕ ਛੋਟਾ ਜਿਹਾ ਹਿੱਸਾ ਵਿਦੇਸ਼ੀ (ਵਿਦੇਸ਼ੀ) ਟਿਸ਼ੂਆਂ ਜਾਂ ਜੀਵਾਂ ਤੋਂ ਉਤਪੰਨ ਹੁੰਦਾ ਹੈ। ਮੌਜੂਦਾ ਕੰਮ ਵਿੱਚ, ਅਸੀਂ ਇਸ ਸੰਕਲਪ ਨੂੰ ਮੱਸਲਾਂ 'ਤੇ ਲਾਗੂ ਕੀਤਾ ਹੈ, ਇੱਕ ਸੈਂਟੀਨੇਲ ਪ੍ਰਜਾਤੀ ਜੋ ਆਪਣੀ ਉੱਚ ਸਮੁੰਦਰੀ ਪਾਣੀ ਦੀ ਫਿਲਟਰੇਸ਼ਨ ਸਮਰੱਥਾ ਲਈ ਜਾਣੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ। ਅਸੀਂ ਸਮੁੰਦਰੀ ਤੱਟਵਰਤੀ ਵਾਤਾਵਰਣ ਪ੍ਰਣਾਲੀਆਂ ਦੀ ਜੈਵ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਬਾਰੇ ਜਾਣਕਾਰੀ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਨ ਲਈ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਸਰੋਤਾਂ ਤੋਂ ਵਾਤਾਵਰਣ ਸੰਬੰਧੀ DNA ਟੁਕੜਿਆਂ ਨੂੰ ਹਾਸਲ ਕਰਨ ਲਈ ਮੱਸਲਾਂ ਦੀ ਕੁਦਰਤੀ ਫਿਲਟਰਾਂ ਵਜੋਂ ਕੰਮ ਕਰਨ ਦੀ ਯੋਗਤਾ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹਾਂ। ਸਾਡੇ ਨਤੀਜੇ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ ਕਿ ਮੱਸਲ ਹੀਮੋਲਿਮਫ ਵਿੱਚ DNA ਟੁਕੜੇ ਹੁੰਦੇ ਹਨ ਜੋ ਆਕਾਰ ਵਿੱਚ ਬਹੁਤ ਵੱਖਰੇ ਹੁੰਦੇ ਹਨ, 1 ਤੋਂ 5 kb ਤੱਕ। ਸ਼ਾਟਗਨ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ ਨੇ ਦਿਖਾਇਆ ਕਿ ਵੱਡੀ ਗਿਣਤੀ ਵਿੱਚ DNA ਟੁਕੜੇ ਵਿਦੇਸ਼ੀ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਮੂਲ ਦੇ ਹਨ। ਉਹਨਾਂ ਵਿੱਚੋਂ, ਸਾਨੂੰ ਬੈਕਟੀਰੀਆ, ਆਰਕੀਆ ਅਤੇ ਵਾਇਰਸਾਂ ਤੋਂ DNA ਟੁਕੜੇ ਮਿਲੇ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਵਾਇਰਸ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ ਜੋ ਆਮ ਤੌਰ 'ਤੇ ਤੱਟਵਰਤੀ ਸਮੁੰਦਰੀ ਵਾਤਾਵਰਣ ਪ੍ਰਣਾਲੀਆਂ ਵਿੱਚ ਪਾਏ ਜਾਣ ਵਾਲੇ ਕਈ ਤਰ੍ਹਾਂ ਦੇ ਮੇਜ਼ਬਾਨਾਂ ਨੂੰ ਸੰਕਰਮਿਤ ਕਰਨ ਲਈ ਜਾਣੇ ਜਾਂਦੇ ਹਨ। ਸਿੱਟੇ ਵਜੋਂ, ਸਾਡਾ ਅਧਿਐਨ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਕਿ ਮੱਸਲਾਂ 'ਤੇ ਲਾਗੂ LB ਦੀ ਧਾਰਨਾ ਸਮੁੰਦਰੀ ਤੱਟਵਰਤੀ ਵਾਤਾਵਰਣ ਪ੍ਰਣਾਲੀਆਂ ਵਿੱਚ ਸੂਖਮ ਜੀਵ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਬਾਰੇ ਗਿਆਨ ਦੇ ਇੱਕ ਅਮੀਰ ਪਰ ਅਜੇ ਤੱਕ ਅਣਪਛਾਤੇ ਸਰੋਤ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀ ਹੈ।
ਸਮੁੰਦਰੀ ਵਾਤਾਵਰਣ ਪ੍ਰਣਾਲੀਆਂ ਦੀ ਜੈਵ ਵਿਭਿੰਨਤਾ 'ਤੇ ਜਲਵਾਯੂ ਪਰਿਵਰਤਨ (CC) ਦਾ ਪ੍ਰਭਾਵ ਖੋਜ ਦਾ ਇੱਕ ਤੇਜ਼ੀ ਨਾਲ ਵਧ ਰਿਹਾ ਖੇਤਰ ਹੈ। ਗਲੋਬਲ ਵਾਰਮਿੰਗ ਨਾ ਸਿਰਫ਼ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਸਰੀਰਕ ਤਣਾਅ ਦਾ ਕਾਰਨ ਬਣਦੀ ਹੈ, ਸਗੋਂ ਸਮੁੰਦਰੀ ਜੀਵਾਂ ਦੀ ਥਰਮਲ ਸਥਿਰਤਾ ਦੀਆਂ ਵਿਕਾਸਵਾਦੀ ਸੀਮਾਵਾਂ ਨੂੰ ਵੀ ਧੱਕਦੀ ਹੈ, ਜਿਸ ਨਾਲ ਕਈ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੇ ਨਿਵਾਸ ਸਥਾਨ ਨੂੰ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, ਜਿਸ ਨਾਲ ਉਨ੍ਹਾਂ ਨੂੰ ਵਧੇਰੇ ਅਨੁਕੂਲ ਸਥਿਤੀਆਂ ਦੀ ਖੋਜ ਕਰਨ ਲਈ ਪ੍ਰੇਰਿਤ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ [1, 2]। ਮੈਟਾਜ਼ੋਆਨਾਂ ਦੀ ਜੈਵ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਨੂੰ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਕਰਨ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, CC ਮੇਜ਼ਬਾਨ-ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਪਰਸਪਰ ਪ੍ਰਭਾਵ ਦੇ ਨਾਜ਼ੁਕ ਸੰਤੁਲਨ ਨੂੰ ਵਿਗਾੜਦਾ ਹੈ। ਇਹ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਡਿਸਬੈਕਟੀਰੀਓਸਿਸ ਸਮੁੰਦਰੀ ਵਾਤਾਵਰਣ ਪ੍ਰਣਾਲੀਆਂ ਲਈ ਇੱਕ ਗੰਭੀਰ ਖ਼ਤਰਾ ਪੈਦਾ ਕਰਦਾ ਹੈ ਕਿਉਂਕਿ ਇਹ ਸਮੁੰਦਰੀ ਜੀਵਾਂ ਨੂੰ ਛੂਤ ਵਾਲੇ ਰੋਗਾਣੂਆਂ ਲਈ ਵਧੇਰੇ ਸੰਵੇਦਨਸ਼ੀਲ ਬਣਾਉਂਦਾ ਹੈ [3, 4]। ਇਹ ਮੰਨਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ ਕਿ SS ਸਮੂਹਿਕ ਮੌਤਾਂ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਭੂਮਿਕਾ ਨਿਭਾਉਂਦਾ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਵਿਸ਼ਵਵਿਆਪੀ ਸਮੁੰਦਰੀ ਵਾਤਾਵਰਣ ਪ੍ਰਣਾਲੀਆਂ ਦੇ ਪ੍ਰਬੰਧਨ ਲਈ ਇੱਕ ਗੰਭੀਰ ਸਮੱਸਿਆ ਹੈ [5, 6]। ਇਹ ਬਹੁਤ ਸਾਰੀਆਂ ਸਮੁੰਦਰੀ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੇ ਆਰਥਿਕ, ਵਾਤਾਵਰਣ ਅਤੇ ਪੌਸ਼ਟਿਕ ਪ੍ਰਭਾਵਾਂ ਨੂੰ ਦੇਖਦੇ ਹੋਏ ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਮੁੱਦਾ ਹੈ। ਇਹ ਖਾਸ ਤੌਰ 'ਤੇ ਧਰੁਵੀ ਖੇਤਰਾਂ ਵਿੱਚ ਰਹਿਣ ਵਾਲੇ ਬਾਇਵਾਲਵ ਲਈ ਸੱਚ ਹੈ, ਜਿੱਥੇ CK ਦੇ ਪ੍ਰਭਾਵ ਵਧੇਰੇ ਤੁਰੰਤ ਅਤੇ ਗੰਭੀਰ ਹੁੰਦੇ ਹਨ [6, 7]। ਦਰਅਸਲ, ਬਾਇਵਾਲਵ ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਮਾਈਟਿਲਸ ਐਸਪੀਪੀ। ਸਮੁੰਦਰੀ ਵਾਤਾਵਰਣ ਪ੍ਰਣਾਲੀਆਂ 'ਤੇ CC ਦੇ ਪ੍ਰਭਾਵਾਂ ਦੀ ਨਿਗਰਾਨੀ ਕਰਨ ਲਈ ਵਿਆਪਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵਰਤੇ ਜਾਂਦੇ ਹਨ। ਹੈਰਾਨੀ ਦੀ ਗੱਲ ਨਹੀਂ ਹੈ ਕਿ, ਉਨ੍ਹਾਂ ਦੀ ਸਿਹਤ ਦੀ ਨਿਗਰਾਨੀ ਕਰਨ ਲਈ ਮੁਕਾਬਲਤਨ ਵੱਡੀ ਗਿਣਤੀ ਵਿੱਚ ਬਾਇਓਮਾਰਕਰ ਵਿਕਸਤ ਕੀਤੇ ਗਏ ਹਨ, ਅਕਸਰ ਐਂਜ਼ਾਈਮੈਟਿਕ ਗਤੀਵਿਧੀ ਜਾਂ ਸੈੱਲ ਵਿਵਹਾਰਕਤਾ ਅਤੇ ਫੈਗੋਸਾਈਟਿਕ ਗਤੀਵਿਧੀ [8] ਵਰਗੇ ਸੈਲੂਲਰ ਫੰਕਸ਼ਨਾਂ 'ਤੇ ਅਧਾਰਤ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਬਾਇਓਮਾਰਕਰਾਂ ਨੂੰ ਸ਼ਾਮਲ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਦੋ-ਪੱਧਰੀ ਪਹੁੰਚ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ। ਇਹਨਾਂ ਤਰੀਕਿਆਂ ਵਿੱਚ ਖਾਸ ਦਬਾਅ ਸੂਚਕਾਂ ਦੀ ਗਾੜ੍ਹਾਪਣ ਦਾ ਮਾਪ ਵੀ ਸ਼ਾਮਲ ਹੈ ਜੋ ਸਮੁੰਦਰੀ ਪਾਣੀ ਦੀ ਵੱਡੀ ਮਾਤਰਾ ਨੂੰ ਸੋਖਣ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਨਰਮ ਟਿਸ਼ੂਆਂ ਵਿੱਚ ਇਕੱਠੇ ਹੁੰਦੇ ਹਨ। ਹਾਲਾਂਕਿ, ਬਾਇਵਾਲਵਜ਼ ਦੀ ਉੱਚ ਫਿਲਟਰੇਸ਼ਨ ਸਮਰੱਥਾ ਅਤੇ ਅਰਧ-ਖੁੱਲ੍ਹਾ ਸੰਚਾਰ ਪ੍ਰਣਾਲੀ ਤਰਲ ਬਾਇਓਪਸੀ (LB) ਦੀ ਧਾਰਨਾ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ ਨਵੇਂ ਹੀਮੋਲਿੰਫ ਬਾਇਓਮਾਰਕਰ ਵਿਕਸਤ ਕਰਨ ਦਾ ਮੌਕਾ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦੀ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਮਰੀਜ਼ ਪ੍ਰਬੰਧਨ ਲਈ ਇੱਕ ਸਧਾਰਨ ਅਤੇ ਘੱਟੋ-ਘੱਟ ਹਮਲਾਵਰ ਪਹੁੰਚ ਹੈ। ਖੂਨ ਦੇ ਨਮੂਨੇ [9, 10]। ਹਾਲਾਂਕਿ ਮਨੁੱਖੀ LB ਵਿੱਚ ਕਈ ਕਿਸਮਾਂ ਦੇ ਘੁੰਮਣ ਵਾਲੇ ਅਣੂ ਲੱਭੇ ਜਾ ਸਕਦੇ ਹਨ, ਇਹ ਸੰਕਲਪ ਮੁੱਖ ਤੌਰ 'ਤੇ ਪਲਾਜ਼ਮਾ ਵਿੱਚ ਘੁੰਮਣ ਵਾਲੇ ਐਕਸਟਰਸੈਲੂਲਰ DNA (ccfDNA) ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੇ DNA ਕ੍ਰਮ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ 'ਤੇ ਅਧਾਰਤ ਹੈ। ਦਰਅਸਲ, ਮਨੁੱਖੀ ਪਲਾਜ਼ਮਾ ਵਿੱਚ ਘੁੰਮਦੇ ਡੀਐਨਏ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ 20ਵੀਂ ਸਦੀ ਦੇ ਮੱਧ ਤੋਂ ਜਾਣੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ [11], ਪਰ ਇਹ ਸਿਰਫ ਹਾਲ ਹੀ ਦੇ ਸਾਲਾਂ ਵਿੱਚ ਹੈ ਕਿ ਉੱਚ-ਥਰੂਪੁੱਟ ਸੀਕੁਐਂਸਿੰਗ ਵਿਧੀਆਂ ਦੇ ਆਗਮਨ ਨੇ ਸੀਸੀਐਫਡੀਐਨਏ ਦੇ ਅਧਾਰ ਤੇ ਕਲੀਨਿਕਲ ਨਿਦਾਨ ਦੀ ਅਗਵਾਈ ਕੀਤੀ ਹੈ। ਇਹਨਾਂ ਘੁੰਮਦੇ ਡੀਐਨਏ ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਕੁਝ ਹੱਦ ਤੱਕ ਸੈੱਲ ਦੀ ਮੌਤ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਜੀਨੋਮਿਕ ਡੀਐਨਏ (ਨਿਊਕਲੀਅਰ ਅਤੇ ਮਾਈਟੋਕੌਂਡਰੀਅਲ) ਦੇ ਪੈਸਿਵ ਰੀਲੀਜ਼ ਦੇ ਕਾਰਨ ਹੈ। ਸਿਹਤਮੰਦ ਵਿਅਕਤੀਆਂ ਵਿੱਚ, ccfDNA ਦੀ ਗਾੜ੍ਹਾਪਣ ਆਮ ਤੌਰ 'ਤੇ ਘੱਟ ਹੁੰਦੀ ਹੈ (<10 ng/mL) ਪਰ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਰੋਗਾਂ ਤੋਂ ਪੀੜਤ ਜਾਂ ਤਣਾਅ ਦੇ ਅਧੀਨ ਮਰੀਜ਼ਾਂ ਵਿੱਚ 5-10 ਗੁਣਾ ਵਧ ਸਕਦੀ ਹੈ, ਜਿਸਦੇ ਨਤੀਜੇ ਵਜੋਂ ਟਿਸ਼ੂ ਨੂੰ ਨੁਕਸਾਨ ਹੁੰਦਾ ਹੈ। ਸਿਹਤਮੰਦ ਵਿਅਕਤੀਆਂ ਵਿੱਚ, ccfDNA ਦੀ ਗਾੜ੍ਹਾਪਣ ਆਮ ਤੌਰ 'ਤੇ ਘੱਟ ਹੁੰਦੀ ਹੈ (<10 ng/mL) ਪਰ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਰੋਗਾਂ ਤੋਂ ਪੀੜਤ ਜਾਂ ਤਣਾਅ ਦੇ ਅਧੀਨ ਮਰੀਜ਼ਾਂ ਵਿੱਚ 5-10 ਗੁਣਾ ਵਧ ਸਕਦੀ ਹੈ, ਜਿਸਦੇ ਨਤੀਜੇ ਵਜੋਂ ਟਿਸ਼ੂ ਨੂੰ ਨੁਕਸਾਨ ਹੁੰਦਾ ਹੈ। У здоровых людей концентрация вккДНК в норме низкая (<10 нг/мл), но может повышаться в 5–10 раз у больныйтой больныйтох подвергающихся стрессу, приводящему к повреждению тканей. ਸਿਹਤਮੰਦ ਲੋਕਾਂ ਵਿੱਚ, cccDNA ਦੀ ਗਾੜ੍ਹਾਪਣ ਆਮ ਤੌਰ 'ਤੇ ਘੱਟ ਹੁੰਦੀ ਹੈ (<10 ng/mL), ਪਰ ਇਹ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਰੋਗਾਂ ਵਾਲੇ ਮਰੀਜ਼ਾਂ ਜਾਂ ਤਣਾਅ ਅਧੀਨ 5-10 ਗੁਣਾ ਵੱਧ ਸਕਦੀ ਹੈ ਜਿਸ ਨਾਲ ਟਿਸ਼ੂ ਨੂੰ ਨੁਕਸਾਨ ਹੁੰਦਾ ਹੈ।在健康个体中，ccfDNA 的浓度通常较低（<10 ng/mL），但在患有各种病理或承受压力渞01的受度通常较低（倍, 从而导致组织损伤.在 健康 个体 中 ， ccfdna 的 浓度 较 低 （（<10 ng/ml） 但 在 各 种 病理 或 承受苊 叀叀承受增加 5-10 倍, 从而 组织.。 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤 损伤Концентрации ccfDNA обычно низкие (<10 нг/мл) у здоровых людей, но могут быть увеличены в 5-10 раз у павцизимент. патологиями или стрессом, что приводит к повреждению тканей. ਸਿਹਤਮੰਦ ਵਿਅਕਤੀਆਂ ਵਿੱਚ ccfDNA ਦੀ ਗਾੜ੍ਹਾਪਣ ਆਮ ਤੌਰ 'ਤੇ ਘੱਟ ਹੁੰਦੀ ਹੈ (<10 ng/ml), ਪਰ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਰੋਗਾਂ ਜਾਂ ਤਣਾਅ ਵਾਲੇ ਮਰੀਜ਼ਾਂ ਵਿੱਚ ਇਸਨੂੰ 5-10 ਗੁਣਾ ਵਧਾਇਆ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ, ਜਿਸਦੇ ਨਤੀਜੇ ਵਜੋਂ ਟਿਸ਼ੂ ਨੂੰ ਨੁਕਸਾਨ ਹੁੰਦਾ ਹੈ।ccfDNA ਦੇ ਟੁਕੜਿਆਂ ਦਾ ਆਕਾਰ ਵਿਆਪਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਹੁੰਦਾ ਹੈ, ਪਰ ਆਮ ਤੌਰ 'ਤੇ 150 ਤੋਂ 200 bp ਤੱਕ ਹੁੰਦਾ ਹੈ। [12]। ਸਵੈ-ਪ੍ਰਾਪਤ ccfDNA, ਭਾਵ, ਆਮ ਜਾਂ ਪਰਿਵਰਤਿਤ ਹੋਸਟ ਸੈੱਲਾਂ ਤੋਂ ccfDNA, ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ, ਨਿਊਕਲੀਅਰ ਅਤੇ/ਜਾਂ ਮਾਈਟੋਕੌਂਡਰੀਅਲ ਜੀਨੋਮ ਵਿੱਚ ਮੌਜੂਦ ਜੈਨੇਟਿਕ ਅਤੇ ਐਪੀਜੇਨੇਟਿਕ ਤਬਦੀਲੀਆਂ ਦਾ ਪਤਾ ਲਗਾਉਣ ਲਈ ਵਰਤਿਆ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ, ਜਿਸ ਨਾਲ ਡਾਕਟਰ ਖਾਸ ਅਣੂ-ਨਿਸ਼ਾਨਾ ਥੈਰੇਪੀਆਂ ਦੀ ਚੋਣ ਕਰਨ ਵਿੱਚ ਮਦਦ ਕਰਦੇ ਹਨ [13]। ਹਾਲਾਂਕਿ, ccfDNA ਵਿਦੇਸ਼ੀ ਸਰੋਤਾਂ ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਗਰਭ ਅਵਸਥਾ ਦੌਰਾਨ ਭਰੂਣ ਸੈੱਲਾਂ ਤੋਂ ਜਾਂ ਟ੍ਰਾਂਸਪਲਾਂਟ ਕੀਤੇ ਅੰਗਾਂ ਤੋਂ ccfDNA ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤਾ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ [14,15,16,17]। ccfDNA ਇੱਕ ਛੂਤ ਵਾਲੇ ਏਜੰਟ (ਵਿਦੇਸ਼ੀ) ਦੇ ਨਿਊਕਲੀਕ ਐਸਿਡ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਦਾ ਪਤਾ ਲਗਾਉਣ ਲਈ ਜਾਣਕਾਰੀ ਦਾ ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਸਰੋਤ ਵੀ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਖੂਨ ਦੇ ਸਭਿਆਚਾਰਾਂ ਦੁਆਰਾ ਪਛਾਣੇ ਨਾ ਜਾਣ ਵਾਲੇ ਵਿਆਪਕ ਲਾਗਾਂ ਦੀ ਗੈਰ-ਹਮਲਾਵਰ ਖੋਜ ਦੀ ਆਗਿਆ ਦਿੰਦਾ ਹੈ, ਸੰਕਰਮਿਤ ਟਿਸ਼ੂ ਦੇ ਹਮਲਾਵਰ ਬਾਇਓਪਸੀ ਤੋਂ ਬਚਦਾ ਹੈ [18]। ਹਾਲੀਆ ਅਧਿਐਨਾਂ ਨੇ ਸੱਚਮੁੱਚ ਦਿਖਾਇਆ ਹੈ ਕਿ ਮਨੁੱਖੀ ਖੂਨ ਵਿੱਚ ਜਾਣਕਾਰੀ ਦਾ ਇੱਕ ਅਮੀਰ ਸਰੋਤ ਹੁੰਦਾ ਹੈ ਜਿਸਦੀ ਵਰਤੋਂ ਵਾਇਰਲ ਅਤੇ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਰੋਗਾਣੂਆਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਨ ਲਈ ਕੀਤੀ ਜਾ ਸਕਦੀ ਹੈ, ਅਤੇ ਮਨੁੱਖੀ ਪਲਾਜ਼ਮਾ ਵਿੱਚ ਪਾਇਆ ਜਾਣ ਵਾਲਾ ਲਗਭਗ 1% ccfDNA ਵਿਦੇਸ਼ੀ ਮੂਲ ਦਾ ਹੈ [19]। ਇਹ ਅਧਿਐਨ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ ਕਿ ਕਿਸੇ ਜੀਵ ਦੇ ਘੁੰਮਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਦੀ ਜੈਵ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਦਾ ਮੁਲਾਂਕਣ ccfDNA ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਕੀਤਾ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਹਾਲਾਂਕਿ, ਹਾਲ ਹੀ ਤੱਕ, ਇਹ ਸੰਕਲਪ ਸਿਰਫ਼ ਮਨੁੱਖਾਂ ਵਿੱਚ ਅਤੇ, ਕੁਝ ਹੱਦ ਤੱਕ, ਹੋਰ ਰੀੜ੍ਹ ਦੀ ਹੱਡੀ ਵਾਲੇ ਜਾਨਵਰਾਂ ਵਿੱਚ ਵਰਤਿਆ ਜਾਂਦਾ ਸੀ [20, 21]।
ਮੌਜੂਦਾ ਪੇਪਰ ਵਿੱਚ, ਅਸੀਂ ਔਲਾਕੋਮਿਆ ਅਟਰਾ ਦੇ ccfDNA ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕਰਨ ਲਈ LB ਸਮਰੱਥਾ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹਾਂ, ਇੱਕ ਦੱਖਣੀ ਪ੍ਰਜਾਤੀ ਜੋ ਆਮ ਤੌਰ 'ਤੇ ਸਬ-ਅੰਟਾਰਕਟਿਕ ਕੇਰਗੁਲੇਨ ਟਾਪੂਆਂ ਵਿੱਚ ਪਾਈ ਜਾਂਦੀ ਹੈ, ਇੱਕ ਵੱਡੇ ਪਠਾਰ ਦੇ ਉੱਪਰ ਟਾਪੂਆਂ ਦਾ ਇੱਕ ਸਮੂਹ ਜੋ 35 ਮਿਲੀਅਨ ਸਾਲ ਪਹਿਲਾਂ ਬਣਿਆ ਸੀ। ਜਵਾਲਾਮੁਖੀ ਫਟਣਾ। ਇੱਕ ਇਨ ਵਿਟਰੋ ਪ੍ਰਯੋਗਾਤਮਕ ਪ੍ਰਣਾਲੀ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ, ਅਸੀਂ ਪਾਇਆ ਕਿ ਸਮੁੰਦਰੀ ਪਾਣੀ ਵਿੱਚ DNA ਦੇ ਟੁਕੜੇ ਜਲਦੀ ਹੀ ਮੱਸਲਾਂ ਦੁਆਰਾ ਲਏ ਜਾਂਦੇ ਹਨ ਅਤੇ ਹੀਮੋਲਿੰਫ ਡੱਬੇ ਵਿੱਚ ਦਾਖਲ ਹੁੰਦੇ ਹਨ। ਸ਼ਾਟਗਨ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ ਨੇ ਦਿਖਾਇਆ ਹੈ ਕਿ ਮੱਸਲ ਹੀਮੋਲਿੰਫ ccfDNA ਵਿੱਚ ਇਸਦੇ ਆਪਣੇ ਅਤੇ ਗੈਰ-ਸਵੈ-ਮੂਲ ਦੇ DNA ਟੁਕੜੇ ਹੁੰਦੇ ਹਨ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਸਹਿਜੀਵ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਅਤੇ ਠੰਡੇ ਜਵਾਲਾਮੁਖੀ ਸਮੁੰਦਰੀ ਤੱਟਵਰਤੀ ਵਾਤਾਵਰਣ ਪ੍ਰਣਾਲੀਆਂ ਦੇ ਖਾਸ ਬਾਇਓਮਜ਼ ਤੋਂ DNA ਟੁਕੜੇ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ। Hemolymph ccfDNA ਵਿੱਚ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਮੇਜ਼ਬਾਨ ਰੇਂਜਾਂ ਵਾਲੇ ਵਾਇਰਸਾਂ ਤੋਂ ਪ੍ਰਾਪਤ ਵਾਇਰਲ ਕ੍ਰਮ ਵੀ ਹੁੰਦੇ ਹਨ। ਸਾਨੂੰ ਬੋਨੀ ਮੱਛੀ, ਸਮੁੰਦਰੀ ਐਨੀਮੋਨ, ਐਲਗੀ ਅਤੇ ਕੀੜੇ ਵਰਗੇ ਬਹੁ-ਸੈਲੂਲਰ ਜਾਨਵਰਾਂ ਤੋਂ DNA ਟੁਕੜੇ ਵੀ ਮਿਲੇ। ਸਿੱਟੇ ਵਜੋਂ, ਸਾਡਾ ਅਧਿਐਨ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਕਿ LB ਸੰਕਲਪ ਨੂੰ ਸਮੁੰਦਰੀ ਵਾਤਾਵਰਣ ਪ੍ਰਣਾਲੀਆਂ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਅਮੀਰ ਜੀਨੋਮਿਕ ਭੰਡਾਰ ਪੈਦਾ ਕਰਨ ਲਈ ਸਮੁੰਦਰੀ ਇਨਵਰਟੇਬ੍ਰੇਟਸ 'ਤੇ ਸਫਲਤਾਪੂਰਵਕ ਲਾਗੂ ਕੀਤਾ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ।
ਬਾਲਗ (55-70 ਮਿਲੀਮੀਟਰ ਲੰਬੇ) ਮਾਈਟਿਲਸ ਪਲੇਟੈਂਸਿਸ (ਐਮ. ਪਲੇਟੈਂਸਿਸ) ਅਤੇ ਔਲਾਕੋਮਿਆ ਐਟਰਾ (ਏ. ਐਟਰਾ) ਪੋਰਟ-ਔ-ਫਰਾਂਸ (049°21.235 S, 070°13.490 E.) ਦੇ ਇੰਟਰਟਾਈਡਲ ਪਥਰੀਲੇ ਕਿਨਾਰਿਆਂ ਤੋਂ ਇਕੱਠੇ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ। ਦਸੰਬਰ 2018 ਵਿੱਚ ਕੇਰਗੁਲੇਨ ਟਾਪੂ। ਹੋਰ ਬਾਲਗ ਨੀਲੇ ਮੱਸਲ (ਮਾਈਟਿਲਸ ਐਸਪੀਪੀ.) ਇੱਕ ਵਪਾਰਕ ਸਪਲਾਇਰ (PEI ਮੱਸਲ ਕਿੰਗ ਇੰਕ., ਪ੍ਰਿੰਸ ਐਡਵਰਡ ਆਈਲੈਂਡ, ਕੈਨੇਡਾ) ਤੋਂ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ ਅਤੇ ਇੱਕ ਤਾਪਮਾਨ ਨਿਯੰਤਰਿਤ (4°C) ਏਅਰੇਟਿਡ ਟੈਂਕ ਵਿੱਚ ਰੱਖੇ ਗਏ ਸਨ ਜਿਸ ਵਿੱਚ 10-20 ਲੀਟਰ 32‰ ਨਕਲੀ ਨਮਕ ਹੁੰਦਾ ਹੈ। (ਨਕਲੀ ਸਮੁੰਦਰੀ ਨਮਕ ਰੀਫ ਕ੍ਰਿਸਟਲ, ਇੰਸਟੈਂਟ ਓਸ਼ਨ, ਵਰਜੀਨੀਆ, ਅਮਰੀਕਾ)। ਹਰੇਕ ਪ੍ਰਯੋਗ ਲਈ, ਵਿਅਕਤੀਗਤ ਸ਼ੈੱਲਾਂ ਦੀ ਲੰਬਾਈ ਅਤੇ ਭਾਰ ਮਾਪਿਆ ਗਿਆ ਸੀ।
ਇਸ ਪ੍ਰੋਗਰਾਮ ਲਈ ਇੱਕ ਮੁਫ਼ਤ ਓਪਨ ਐਕਸੈਸ ਪ੍ਰੋਟੋਕੋਲ ਔਨਲਾਈਨ ਉਪਲਬਧ ਹੈ (https://doi.org/10.17504/protocols.io.81wgb6z9olpk/v1)। ਸੰਖੇਪ ਵਿੱਚ, LB ਹੀਮੋਲਿੰਫ ਨੂੰ ਅਗਵਾ ਕਰਨ ਵਾਲੀਆਂ ਮਾਸਪੇਸ਼ੀਆਂ ਤੋਂ ਇਕੱਠਾ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਦੱਸਿਆ ਗਿਆ ਹੈ [22]। ਹੀਮੋਲਿੰਫ ਨੂੰ 1200×g 'ਤੇ ਸੈਂਟਰਿਫਿਊਗੇਸ਼ਨ ਦੁਆਰਾ 3 ਮਿੰਟ ਲਈ ਸਪੱਸ਼ਟ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ, ਸੁਪਰਨੇਟੈਂਟ ਨੂੰ ਵਰਤੋਂ ਤੱਕ ਫ੍ਰੀਜ਼ (-20°C) ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। cfDNA ਨੂੰ ਅਲੱਗ ਕਰਨ ਅਤੇ ਸ਼ੁੱਧ ਕਰਨ ਲਈ, ਨਮੂਨੇ (1.5-2.0 ml) ਨੂੰ ਨਿਰਮਾਤਾ ਦੀਆਂ ਹਦਾਇਤਾਂ ਅਨੁਸਾਰ NucleoSnap cfDNA ਕਿੱਟ (Macherey-Nagel, Bethlehen, PA) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਪਿਘਲਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ ਅਤੇ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। ccfDNA ਨੂੰ ਅਗਲੇ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਤੱਕ -80°C 'ਤੇ ਸਟੋਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਕੁਝ ਪ੍ਰਯੋਗਾਂ ਵਿੱਚ, ccfDNA ਨੂੰ QIAamp DNA ਇਨਵੈਸਟੀਗੇਟਰ ਕਿੱਟ (QIAGEN, ਟੋਰਾਂਟੋ, ਓਨਟਾਰੀਓ, ਕੈਨੇਡਾ) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਅਲੱਗ ਅਤੇ ਸ਼ੁੱਧ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਸ਼ੁੱਧ ਕੀਤੇ DNA ਨੂੰ ਇੱਕ ਮਿਆਰੀ PicoGreen ਪਰਖ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਮਾਤਰਾ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਅਲੱਗ ਕੀਤੇ ccfDNA ਦੇ ਟੁਕੜੇ ਵੰਡ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕੇਸ਼ੀਲ ਇਲੈਕਟ੍ਰੋਫੋਰੇਸਿਸ ਦੁਆਰਾ ਇੱਕ ਐਜਿਲੈਂਟ 2100 ਬਾਇਓਐਨਾਲਾਈਜ਼ਰ (ਐਜਿਲੈਂਟ ਟੈਕਨਾਲੋਜੀਜ਼ ਇੰਕ., ਸੈਂਟਾ ਕਲਾਰਾ, CA) ਦੁਆਰਾ ਇੱਕ ਉੱਚ ਸੰਵੇਦਨਸ਼ੀਲਤਾ DNA ਕਿੱਟ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਨਿਰਮਾਤਾ ਦੀਆਂ ਹਦਾਇਤਾਂ ਅਨੁਸਾਰ ccfDNA ਨਮੂਨੇ ਦੇ 1 µl ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਪਰਖ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।
ਹੀਮੋਲਿੰਫ ccfDNA ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੀ ਲੜੀ ਲਈ, Génome Québec (Montreal, Quebec, Canada) ਨੇ Illumina MiSeq PE75 ਕਿੱਟ ਦੇ Illumina DNA ਮਿਕਸ ਕਿੱਟ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਸ਼ਾਟਗਨ ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀਆਂ ਤਿਆਰ ਕੀਤੀਆਂ। ਇੱਕ ਮਿਆਰੀ ਅਡੈਪਟਰ (BioO) ਵਰਤਿਆ ਗਿਆ ਸੀ। ਕੱਚਾ ਡੇਟਾ ਫਾਈਲਾਂ NCBI ਸੀਕੁਐਂਸ ਰੀਡ ਆਰਕਾਈਵ (SRR8924808 ਅਤੇ SRR8924809) ਤੋਂ ਉਪਲਬਧ ਹਨ। FastQC [23] ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਮੁੱਢਲੀ ਪੜ੍ਹਨ ਦੀ ਗੁਣਵੱਤਾ ਦਾ ਮੁਲਾਂਕਣ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਟ੍ਰਿਮੋਮੈਟਿਕ [24] ਨੂੰ ਕਲਿੱਪਿੰਗ ਅਡੈਪਟਰਾਂ ਅਤੇ ਮਾੜੀ ਗੁਣਵੱਤਾ ਵਾਲੇ ਪੜ੍ਹਨ ਲਈ ਵਰਤਿਆ ਗਿਆ ਹੈ। ਜੋੜੀਦਾਰ ਸਿਰਿਆਂ ਵਾਲੇ ਸ਼ਾਟਗਨ ਰੀਡਾਂ ਨੂੰ FLASH ਨੂੰ 20 bp ਦੇ ਘੱਟੋ-ਘੱਟ ਓਵਰਲੈਪ ਦੇ ਨਾਲ ਲੰਬੇ ਸਿੰਗਲ ਰੀਡਾਂ ਵਿੱਚ ਮਿਲਾ ਦਿੱਤਾ ਗਿਆ ਸੀ ਤਾਂ ਜੋ ਮੇਲ ਨਾ ਖਾਵੇ [25]। ਇੱਕ ਬਾਇਵਾਲਵ NCBI ਟੈਕਸੋਨੋਮੀ ਡੇਟਾਬੇਸ (e ਮੁੱਲ < 1e−3 ਅਤੇ 90% ਸਮਰੂਪਤਾ) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ BLASTN ਨਾਲ ਮਰਜ ਕੀਤੇ ਰੀਡਜ਼ ਨੂੰ ਐਨੋਟੇਟ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ, ਅਤੇ DUST [26] ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਘੱਟ-ਜਟਿਲਤਾ ਵਾਲੇ ਕ੍ਰਮਾਂ ਦੀ ਮਾਸਕਿੰਗ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਇੱਕ ਬਾਇਵਾਲਵ NCBI ਟੈਕਸੋਨੋਮੀ ਡੇਟਾਬੇਸ (e ਮੁੱਲ < 1e−3 ਅਤੇ 90% ਸਮਰੂਪਤਾ) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ BLASTN ਨਾਲ ਮਰਜ ਕੀਤੇ ਰੀਡਜ਼ ਨੂੰ ਐਨੋਟੇਟ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ, ਅਤੇ DUST [26] ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਘੱਟ-ਜਟਿਲਤਾ ਵਾਲੇ ਕ੍ਰਮਾਂ ਦੀ ਮਾਸਕਿੰਗ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। Объединенные чтения были аннотированы с помощью BLASTN с использованием базы данных таксономии двустворчатьвых 1e-3 и 90% гомологии), а маскирование последовательностей низкой сложности было выполнено с использованием DUST [26]. NCBI ਬਾਇਵਾਲਵ ਟੈਕਸੋਨੋਮੀ ਡੇਟਾਬੇਸ (e ਮੁੱਲ < 1e-3 ਅਤੇ 90% ਸਮਰੂਪਤਾ) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ BLASTN ਨਾਲ ਪੂਲਡ ਰੀਡਜ਼ ਐਨੋਟੇਟ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ, ਅਤੇ DUST [26] ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਘੱਟ ਜਟਿਲਤਾ ਵਾਲੇ ਕ੍ਰਮ ਮਾਸਕਿੰਗ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।使用双壳类NCBI 分类数据库（e 值< 1e-3 和90% 同源性）用BLASTN 注释合并的读买, [2ST用]D进行低复杂度序列的掩蔽.使用 双 壳类 ncbi 分类 （（（<1e-3 和 90% 同源） 用 用 注释 合并 读湔 2,st 忻湔] du.进行 复杂度 序列 的. . . .掩蔽 掩蔽 掩蔽Объединенные чтения были аннотированы с помощью BLASTN с использованием таксономической базы данных двустворчать данных (значение e <1e-3 и 90% гомологии), а маскирование последовательностей низкой сложности было выполнено с использование с использование 26. NCBI ਬਾਇਵਾਲਵ ਟੈਕਸੋਨੋਮਿਕ ਡੇਟਾਬੇਸ (e ਮੁੱਲ <1e-3 ਅਤੇ 90% ਸਮਰੂਪਤਾ) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ BLASTN ਨਾਲ ਪੂਲਡ ਰੀਡਜ਼ ਐਨੋਟੇਟ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ, ਅਤੇ DUST [26] ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਘੱਟ ਜਟਿਲਤਾ ਵਾਲੇ ਕ੍ਰਮ ਮਾਸਕਿੰਗ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।ਰੀਡਾਂ ਨੂੰ ਦੋ ਸਮੂਹਾਂ ਵਿੱਚ ਵੰਡਿਆ ਗਿਆ ਸੀ: ਬਾਇਵਾਲਵ ਸੀਕੁਐਂਸ (ਇੱਥੇ ਸਵੈ-ਰੀਡ ਕਿਹਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ) ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਅਤੇ ਗੈਰ-ਸਵੈ-ਰੀਡ (ਗੈਰ-ਸਵੈ-ਰੀਡ)। ਕੰਟਿਗ [27] ਪੈਦਾ ਕਰਨ ਲਈ MEGAHIT ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਦੋ ਸਮੂਹਾਂ ਨੂੰ ਵੱਖਰੇ ਤੌਰ 'ਤੇ ਇਕੱਠਾ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਇਸ ਦੌਰਾਨ, ਏਲੀਅਨ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਰੀਡਾਂ ਦੇ ਟੈਕਸੋਨੋਮਿਕ ਵੰਡ ਨੂੰ Kraken2 [28] ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਵਰਗੀਕ੍ਰਿਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ ਅਤੇ Galaxy [29, 30] 'ਤੇ ਇੱਕ ਕਰੋਨਾ ਪਾਈ ਚਾਰਟ ਦੁਆਰਾ ਗ੍ਰਾਫਿਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਦਰਸਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ। ਸਾਡੇ ਸ਼ੁਰੂਆਤੀ ਪ੍ਰਯੋਗਾਂ ਤੋਂ ਅਨੁਕੂਲ kmers kmers-59 ਹੋਣ ਦਾ ਪਤਾ ਲਗਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ। ਫਿਰ ਅੰਤਿਮ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਲਈ BLASTN (ਬਾਈਵਾਲਵ NCBI ਡੇਟਾਬੇਸ, e ਮੁੱਲ < 1e−10 ਅਤੇ 60% ਸਮਰੂਪਤਾ) ਨਾਲ ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ ਦੁਆਰਾ ਸਵੈ-ਸੰਬੰਧਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕੀਤੀ ਗਈ। ਫਿਰ ਅੰਤਿਮ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਲਈ BLASTN (ਬਾਈਵਾਲਵ NCBI ਡੇਟਾਬੇਸ, e ਮੁੱਲ < 1e−10 ਅਤੇ 60% ਸਮਰੂਪਤਾ) ਨਾਲ ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ ਦੁਆਰਾ ਸਵੈ-ਸੰਬੰਧਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕੀਤੀ ਗਈ। Затем собственные контиги были идентифицированы путем сопоставления с BLASTN <1e-10 и гомология 60%) для окончательной аннотации. ਫਿਰ ਅੰਤਿਮ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਲਈ BLASTN (NCBI ਬਾਇਵਾਲਵ ਡੇਟਾਬੇਸ, e ਮੁੱਲ <1e-10 ਅਤੇ 60% ਸਮਰੂਪਤਾ) ਨਾਲ ਮੇਲ ਕਰਕੇ ਸਵੈ-ਕੰਟਿਗ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕੀਤੀ ਗਈ।然后通过与BLASTN（双壳贝类NCBI 数据库，e 值<1e-10 和60%同源性）对齐来识别自身重叠群以进行最终注释.然后通过与BLASTN（双壳贝类NCBI 数据库，e 值<1e-10 和60% Затем были идентифицированы собственные контиги для окончательной аннотации путем сопоставления с BLASTN двустворчатых моллюсков, значение e <1e-10 и гомология 60%). ਫਿਰ BLASTN (NCBI ਬਾਇਵਾਲਵ ਡੇਟਾਬੇਸ, e ਮੁੱਲ <1e-10 ਅਤੇ 60% ਸਮਰੂਪਤਾ) ਨਾਲ ਮੇਲ ਕਰਕੇ ਅੰਤਿਮ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਲਈ ਸਵੈ-ਕੰਟਿਗ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕੀਤੀ ਗਈ। ਸਮਾਨਾਂਤਰ ਵਿੱਚ, ਗੈਰ-ਸੈਲਫ਼ ਗਰੁੱਪ ਕੰਟਿਗ ਨੂੰ BLASTN (nt NCBI ਡੇਟਾਬੇਸ, e ਮੁੱਲ < 1e−10 ਅਤੇ 60% ਸਮਰੂਪਤਾ) ਨਾਲ ਐਨੋਟੇਟ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਸਮਾਨਾਂਤਰ ਵਿੱਚ, ਗੈਰ-ਸੈਲਫ਼ ਗਰੁੱਪ ਕੰਟਿਗ ਨੂੰ BLASTN (nt NCBI ਡੇਟਾਬੇਸ, e ਮੁੱਲ < 1e−10 ਅਤੇ 60% ਸਮਰੂਪਤਾ) ਨਾਲ ਐਨੋਟੇਟ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। Параллельно чужеродные групповые контиги были аннотированы с помощью BLASTN (база данных nt NCBI, значение e <1e-10%06могоим). ਸਮਾਨਾਂਤਰ ਵਿੱਚ, ਵਿਦੇਸ਼ੀ ਸਮੂਹ ਕੰਟਿਗਸ ਨੂੰ BLASTN (NT NCBI ਡੇਟਾਬੇਸ, e ਮੁੱਲ <1e-10 ਅਤੇ 60% ਸਮਰੂਪਤਾ) ਨਾਲ ਐਨੋਟੇਟ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।平行地，用BLASTN（nt NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% 同源性）注释非自身组重叠群.平行地，用BLASTN（nt NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% 同源性）注释非自身组重叠群. Параллельно контиги, не относящиеся к собственной группе, были аннотированы с помощью BLASTN (база данных nt
ਪੀਸੀਆਰ ਲਈ ਵਰਤੇ ਜਾਣ ਵਾਲੇ ਪ੍ਰਾਈਮਰ ਸਾਰਣੀ S1 ਵਿੱਚ ਸੂਚੀਬੱਧ ਹਨ। ਟਾਕ ਡੀਐਨਏ ਪੋਲੀਮੇਰੇਜ਼ (ਬਾਇਓ ਬੇਸਿਕ ਕੈਨੇਡਾ, ਮਾਰਖਮ, ਓਐਨ) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਸੀਸੀਐਫਡੀਐਨਏ ਟਾਰਗੇਟ ਜੀਨਾਂ ਨੂੰ ਵਧਾਉਣ ਲਈ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਹੇਠ ਲਿਖੀਆਂ ਪ੍ਰਤੀਕ੍ਰਿਆ ਸਥਿਤੀਆਂ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ: 3 ਮਿੰਟ ਲਈ 95°C 'ਤੇ ਡੀਨੇਚੁਰੇਸ਼ਨ, 1 ਮਿੰਟ ਲਈ 95°C, 1 ਮਿੰਟ ਲਈ ਐਨੀਲਿੰਗ ਤਾਪਮਾਨ ਸੈੱਟ ਕਰੋ, 1 ਮਿੰਟ ਲਈ 72°C 'ਤੇ ਲੰਬਕਾਰੀ, 35 ਚੱਕਰ, ਅਤੇ ਅੰਤ ਵਿੱਚ 10 ਮਿੰਟਾਂ ਦੇ ਅੰਦਰ 72°C। . ਪੀਸੀਆਰ ਉਤਪਾਦਾਂ ਨੂੰ ਐਗਰੋਜ਼ ਜੈੱਲਾਂ (1.5%) ਵਿੱਚ ਇਲੈਕਟ੍ਰੋਫੋਰੇਸਿਸ ਦੁਆਰਾ ਵੱਖ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ ਜਿਸ ਵਿੱਚ SYBRTM ਸੇਫ ਡੀਐਨਏ ਜੈੱਲ ਸਟੇਨ (ਇਨਵਿਟ੍ਰੋਜਨ, ਬਰਲਿੰਗਟਨ, ਓਐਨ, ਕੈਨੇਡਾ) 95 V 'ਤੇ ਸੀ।
ਮੱਸਲਾਂ (ਮਾਈਟਿਲਸ ਐਸਪੀਪੀ.) ਨੂੰ 500 ਮਿਲੀਲੀਟਰ ਆਕਸੀਜਨ ਵਾਲੇ ਸਮੁੰਦਰੀ ਪਾਣੀ (32 PSU) ਵਿੱਚ 4°C 'ਤੇ 24 ਘੰਟਿਆਂ ਲਈ ਅਨੁਕੂਲ ਬਣਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ। ਪਲਾਜ਼ਮੀਡ ਡੀਐਨਏ ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਮਨੁੱਖੀ ਗੈਲੈਕਟਿਨ-7 cDNA ਕ੍ਰਮ (NCBI ਐਕਸੈਸ਼ਨ ਨੰਬਰ L07769) ਨੂੰ ਏਨਕੋਡ ਕਰਨ ਵਾਲਾ ਇੱਕ ਸੰਮਿਲਨ ਸੀ, ਨੂੰ 190 μg/μl ਦੀ ਅੰਤਮ ਗਾੜ੍ਹਾਪਣ 'ਤੇ ਸ਼ੀਸ਼ੀ ਵਿੱਚ ਜੋੜਿਆ ਗਿਆ ਸੀ। ਡੀਐਨਏ ਜੋੜਨ ਤੋਂ ਬਿਨਾਂ ਉਸੇ ਸਥਿਤੀਆਂ ਵਿੱਚ ਇਨਕਿਊਬੇਟ ਕੀਤੇ ਗਏ ਮੱਸਲ ਨਿਯੰਤਰਣ ਸਨ। ਤੀਜੇ ਕੰਟਰੋਲ ਟੈਂਕ ਵਿੱਚ ਮੱਸਲਾਂ ਤੋਂ ਬਿਨਾਂ ਡੀਐਨਏ ਸੀ। ਸਮੁੰਦਰੀ ਪਾਣੀ ਵਿੱਚ ਡੀਐਨਏ ਦੀ ਗੁਣਵੱਤਾ ਦੀ ਨਿਗਰਾਨੀ ਕਰਨ ਲਈ, ਦਰਸਾਏ ਸਮੇਂ 'ਤੇ ਹਰੇਕ ਟੈਂਕ ਤੋਂ ਸਮੁੰਦਰੀ ਪਾਣੀ ਦੇ ਨਮੂਨੇ (20 μl; ਤਿੰਨ ਦੁਹਰਾਓ) ਲਏ ਗਏ ਸਨ। ਪਲਾਜ਼ਮੀਡ ਡੀਐਨਏ ਟਰੇਸੇਬਿਲਟੀ ਲਈ, LB ਮੱਸਲਾਂ ਨੂੰ ਦਰਸਾਏ ਸਮੇਂ 'ਤੇ ਕਟਾਈ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ ਅਤੇ qPCR ਅਤੇ ddPCR ਦੁਆਰਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਸਮੁੰਦਰੀ ਪਾਣੀ ਵਿੱਚ ਲੂਣ ਦੀ ਮਾਤਰਾ ਜ਼ਿਆਦਾ ਹੋਣ ਦੇ ਕਾਰਨ, ਸਾਰੇ PCR ਅਸੈਸ ਤੋਂ ਪਹਿਲਾਂ ਐਲੀਕੋਟਸ ਨੂੰ PCR ਗੁਣਵੱਤਾ ਵਾਲੇ ਪਾਣੀ (1:10) ਵਿੱਚ ਪਤਲਾ ਕਰ ਦਿੱਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।
ਡਿਜੀਟਲ ਡ੍ਰੌਪਲਟ ਪੀਸੀਆਰ (ddPCR) BioRad QX200 ਪ੍ਰੋਟੋਕੋਲ (ਮਿਸੀਸਾਗਾ, ਓਨਟਾਰੀਓ, ਕੈਨੇਡਾ) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਸਰਵੋਤਮ ਤਾਪਮਾਨ (ਟੇਬਲ S1) ਨਿਰਧਾਰਤ ਕਰਨ ਲਈ ਤਾਪਮਾਨ ਪ੍ਰੋਫਾਈਲ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰੋ। QX200 ਡ੍ਰੌਪ ਜਨਰੇਟਰ (BioRad) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਡ੍ਰੌਪ ਤਿਆਰ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ। ddPCR ਇਸ ਤਰ੍ਹਾਂ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ: 5 ਮਿੰਟ ਲਈ 95°C, 30 ਸਕਿੰਟਾਂ ਲਈ 95°C ਦੇ 50 ਚੱਕਰ ਅਤੇ 1 ਮਿੰਟ ਲਈ ਦਿੱਤਾ ਗਿਆ ਐਨੀਲਿੰਗ ਤਾਪਮਾਨ ਅਤੇ 30 ਸਕਿੰਟਾਂ ਲਈ 72°C, 5 ਮਿੰਟ ਲਈ 4°C ਅਤੇ 5 ਮਿੰਟਾਂ ਦੇ ਅੰਦਰ 90°C। QX200 ਡ੍ਰੌਪ ਰੀਡਰ (BioRad) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਬੂੰਦਾਂ ਦੀ ਗਿਣਤੀ ਅਤੇ ਸਕਾਰਾਤਮਕ ਪ੍ਰਤੀਕ੍ਰਿਆਵਾਂ (ਕਾਪੀਆਂ/µl) ਦੀ ਗਿਣਤੀ ਮਾਪੀ ਗਈ ਸੀ। 10,000 ਤੋਂ ਘੱਟ ਬੂੰਦਾਂ ਵਾਲੇ ਨਮੂਨੇ ਰੱਦ ਕਰ ਦਿੱਤੇ ਗਏ ਸਨ। ਹਰ ਵਾਰ ddPCR ਚਲਾਉਣ 'ਤੇ ਪੈਟਰਨ ਨਿਯੰਤਰਣ ਨਹੀਂ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।
qPCR ਰੋਟਰ-ਜੀਨ® 3000 (ਕਾਰਬੇਟ ਰਿਸਰਚ, ਸਿਡਨੀ, ਆਸਟ੍ਰੇਲੀਆ) ਅਤੇ LGALS7 ਖਾਸ ਪ੍ਰਾਈਮਰਾਂ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਸਾਰੇ ਮਾਤਰਾਤਮਕ PCR QuantiFast SYBR ਗ੍ਰੀਨ PCR ਕਿੱਟ (QIAGEN) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ 20 µl ਵਿੱਚ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ। qPCR ਨੂੰ 95°C 'ਤੇ 15 ਮਿੰਟ ਦੇ ਇਨਕਿਊਬੇਸ਼ਨ ਨਾਲ ਸ਼ੁਰੂ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ, ਜਿਸ ਤੋਂ ਬਾਅਦ 95°C 'ਤੇ 10 ਸਕਿੰਟਾਂ ਲਈ 40 ਚੱਕਰ ਅਤੇ 60°C 'ਤੇ 60 ਸਕਿੰਟਾਂ ਲਈ ਇੱਕ ਡੇਟਾ ਸੰਗ੍ਰਹਿ ਦੇ ਨਾਲ। ਪਿਘਲਣ ਵਾਲੇ ਵਕਰ 5 ਸਕਿੰਟਾਂ ਲਈ 95°C, 60 ਸਕਿੰਟਾਂ ਲਈ 65°C, ਅਤੇ qPCR ਦੇ ਅੰਤ 'ਤੇ 97°C 'ਤੇ ਲਗਾਤਾਰ ਮਾਪਾਂ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਤਿਆਰ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ। ਹਰੇਕ qPCR ਨੂੰ ਕੰਟਰੋਲ ਨਮੂਨਿਆਂ ਨੂੰ ਛੱਡ ਕੇ, ਤਿੰਨ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀ ਵਿੱਚ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।
ਕਿਉਂਕਿ ਮੱਸਲ ਆਪਣੀ ਉੱਚ ਫਿਲਟ੍ਰੇਸ਼ਨ ਦਰ ਲਈ ਜਾਣੇ ਜਾਂਦੇ ਹਨ, ਅਸੀਂ ਪਹਿਲਾਂ ਜਾਂਚ ਕੀਤੀ ਕਿ ਕੀ ਉਹ ਸਮੁੰਦਰੀ ਪਾਣੀ ਵਿੱਚ ਮੌਜੂਦ ਡੀਐਨਏ ਟੁਕੜਿਆਂ ਨੂੰ ਫਿਲਟਰ ਅਤੇ ਬਰਕਰਾਰ ਰੱਖ ਸਕਦੇ ਹਨ। ਸਾਨੂੰ ਇਹ ਵੀ ਦਿਲਚਸਪੀ ਸੀ ਕਿ ਕੀ ਇਹ ਟੁਕੜੇ ਉਨ੍ਹਾਂ ਦੇ ਅਰਧ-ਖੁੱਲ੍ਹੇ ਲਿੰਫੈਟਿਕ ਸਿਸਟਮ ਵਿੱਚ ਇਕੱਠੇ ਹੁੰਦੇ ਹਨ। ਅਸੀਂ ਨੀਲੇ ਮੱਸਲ ਟੈਂਕਾਂ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਮਲ ਕੀਤੇ ਗਏ ਘੁਲਣਸ਼ੀਲ ਡੀਐਨਏ ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੀ ਕਿਸਮਤ ਦਾ ਪਤਾ ਲਗਾ ਕੇ ਪ੍ਰਯੋਗਾਤਮਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਇਸ ਮੁੱਦੇ ਨੂੰ ਹੱਲ ਕੀਤਾ। ਡੀਐਨਏ ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੀ ਟਰੈਕਿੰਗ ਦੀ ਸਹੂਲਤ ਲਈ, ਅਸੀਂ ਮਨੁੱਖੀ ਗੈਲੈਕਟਿਨ-7 ਜੀਨ ਵਾਲੇ ਵਿਦੇਸ਼ੀ (ਸਵੈ ਨਹੀਂ) ਪਲਾਜ਼ਮਿਡ ਡੀਐਨਏ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕੀਤੀ। ddPCR ਸਮੁੰਦਰੀ ਪਾਣੀ ਅਤੇ ਮੱਸਲਾਂ ਵਿੱਚ ਪਲਾਜ਼ਮਿਡ ਡੀਐਨਏ ਟੁਕੜਿਆਂ ਦਾ ਪਤਾ ਲਗਾਉਂਦਾ ਹੈ। ਸਾਡੇ ਨਤੀਜੇ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ ਕਿ ਜੇਕਰ ਮੱਸਲਾਂ ਦੀ ਅਣਹੋਂਦ ਵਿੱਚ ਸਮੁੰਦਰੀ ਪਾਣੀ ਵਿੱਚ ਡੀਐਨਏ ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੀ ਮਾਤਰਾ ਸਮੇਂ ਦੇ ਨਾਲ (7 ਦਿਨਾਂ ਤੱਕ) ਮੁਕਾਬਲਤਨ ਸਥਿਰ ਰਹੀ, ਤਾਂ ਮੱਸਲਾਂ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਵਿੱਚ ਇਹ ਪੱਧਰ ਲਗਭਗ 8 ਘੰਟਿਆਂ ਦੇ ਅੰਦਰ ਪੂਰੀ ਤਰ੍ਹਾਂ ਅਲੋਪ ਹੋ ਗਿਆ (ਚਿੱਤਰ 1a,b)। ਬਾਹਰੀ ਡੀਐਨਏ ਦੇ ਟੁਕੜੇ ਇੰਟਰਾਵਾਲਵੂਲਰ ਤਰਲ ਅਤੇ ਹੀਮੋਲਿਮਫ (ਚਿੱਤਰ 1c) ਵਿੱਚ 15 ਮਿੰਟ ਦੇ ਅੰਦਰ ਆਸਾਨੀ ਨਾਲ ਖੋਜੇ ਗਏ ਸਨ। ਇਹਨਾਂ ਟੁਕੜਿਆਂ ਨੂੰ ਐਕਸਪੋਜਰ ਤੋਂ ਬਾਅਦ 4 ਘੰਟਿਆਂ ਤੱਕ ਅਜੇ ਵੀ ਖੋਜਿਆ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਡੀਐਨਏ ਦੇ ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੇ ਸੰਬੰਧ ਵਿੱਚ ਇਹ ਫਿਲਟਰਿੰਗ ਗਤੀਵਿਧੀ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਅਤੇ ਐਲਗੀ ਦੀ ਫਿਲਟਰਿੰਗ ਗਤੀਵਿਧੀ ਦੇ ਮੁਕਾਬਲੇ ਹੈ [31]। ਇਹ ਨਤੀਜੇ ਸੁਝਾਅ ਦਿੰਦੇ ਹਨ ਕਿ ਮੱਸਲ ਆਪਣੇ ਤਰਲ ਪਦਾਰਥਾਂ ਵਿੱਚ ਵਿਦੇਸ਼ੀ ਡੀਐਨਏ ਨੂੰ ਫਿਲਟਰ ਅਤੇ ਇਕੱਠਾ ਕਰ ਸਕਦੇ ਹਨ।
ਸਮੁੰਦਰੀ ਪਾਣੀ ਵਿੱਚ ਪਲਾਜ਼ਮਿਡ ਡੀਐਨਏ ਦੀ ਸਾਪੇਖਿਕ ਗਾੜ੍ਹਾਪਣ, ਜੋ ਕਿ ਮੱਸਲਾਂ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ (A) ਜਾਂ ਗੈਰਹਾਜ਼ਰੀ (B) ਵਿੱਚ ddPCR ਦੁਆਰਾ ਮਾਪੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ। A ਵਿੱਚ, ਨਤੀਜੇ ਪ੍ਰਤੀਸ਼ਤ ਦੇ ਰੂਪ ਵਿੱਚ ਦਰਸਾਏ ਗਏ ਹਨ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਬਕਸਿਆਂ ਦੀਆਂ ਸਰਹੱਦਾਂ 75ਵੇਂ ਅਤੇ 25ਵੇਂ ਪ੍ਰਤੀਸ਼ਤ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀਆਂ ਹਨ। ਫਿੱਟ ਕੀਤਾ ਲਘੂਗਣਕ ਕਰਵ ਲਾਲ ਰੰਗ ਵਿੱਚ ਦਿਖਾਇਆ ਗਿਆ ਹੈ, ਅਤੇ ਸਲੇਟੀ ਰੰਗ ਵਿੱਚ ਛਾਇਆ ਹੋਇਆ ਖੇਤਰ 95% ਵਿਸ਼ਵਾਸ ਅੰਤਰਾਲ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ। B ਵਿੱਚ, ਲਾਲ ਲਾਈਨ ਮੱਧਮਾਨ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀ ਹੈ ਅਤੇ ਨੀਲੀ ਲਾਈਨ ਗਾੜ੍ਹਾਪਣ ਲਈ 95% ਵਿਸ਼ਵਾਸ ਅੰਤਰਾਲ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀ ਹੈ। C ਪਲਾਜ਼ਮਿਡ ਡੀਐਨਏ ਦੇ ਜੋੜ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਸਮੇਂ 'ਤੇ ਮੱਸਲਾਂ ਦੇ ਹੀਮੋਲਿੰਫ ਅਤੇ ਵਾਲਵੂਲਰ ਤਰਲ ਵਿੱਚ ਪਲਾਜ਼ਮਿਡ ਡੀਐਨਏ ਦਾ ਇਕੱਠਾ ਹੋਣਾ। ਨਤੀਜੇ ਖੋਜੀਆਂ ਗਈਆਂ ਸੰਪੂਰਨ ਕਾਪੀਆਂ/mL (±SE) ਦੇ ਰੂਪ ਵਿੱਚ ਪੇਸ਼ ਕੀਤੇ ਗਏ ਹਨ।
ਅੱਗੇ, ਅਸੀਂ ਕੇਰਗੁਲੇਨ ਟਾਪੂਆਂ 'ਤੇ ਮੱਸਲ ਬਿਸਤਰਿਆਂ ਤੋਂ ਇਕੱਠੇ ਕੀਤੇ ਮੱਸਲਾਂ ਵਿੱਚ ccfDNA ਦੇ ਮੂਲ ਦੀ ਜਾਂਚ ਕੀਤੀ, ਜੋ ਕਿ ਸੀਮਤ ਮਾਨਵ-ਪ੍ਰਭਾਵ ਵਾਲੇ ਟਾਪੂਆਂ ਦਾ ਇੱਕ ਦੂਰ-ਦੁਰਾਡੇ ਸਮੂਹ ਹੈ। ਇਸ ਉਦੇਸ਼ ਲਈ, ਮੱਸਲ ਹੀਮੋਲਿੰਫਾਂ ਤੋਂ cccDNA ਨੂੰ ਮਨੁੱਖੀ cccDNA ਨੂੰ ਸ਼ੁੱਧ ਕਰਨ ਲਈ ਆਮ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵਰਤੇ ਜਾਂਦੇ ਤਰੀਕਿਆਂ ਦੁਆਰਾ ਅਲੱਗ ਅਤੇ ਸ਼ੁੱਧ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ [32, 33]। ਅਸੀਂ ਪਾਇਆ ਕਿ ਮੱਸਲਾਂ ਵਿੱਚ ਔਸਤ ਹੀਮੋਲਿੰਫ ccfDNA ਗਾੜ੍ਹਾਪਣ ਘੱਟ ਮਾਈਕ੍ਰੋਗ੍ਰਾਮ ਪ੍ਰਤੀ ਮਿਲੀਲੀਟਰ ਹੀਮੋਲਿੰਫ ਰੇਂਜ ਵਿੱਚ ਹੈ (ਟੇਬਲ S2, ਪੂਰਕ ਜਾਣਕਾਰੀ ਵੇਖੋ)। ਗਾੜ੍ਹਾਪਣ ਦੀ ਇਹ ਰੇਂਜ ਸਿਹਤਮੰਦ ਲੋਕਾਂ ਨਾਲੋਂ ਬਹੁਤ ਵੱਡੀ ਹੈ (ਘੱਟ ਨੈਨੋਗ੍ਰਾਮ ਪ੍ਰਤੀ ਮਿਲੀਲੀਟਰ), ਪਰ ਬਹੁਤ ਘੱਟ ਮਾਮਲਿਆਂ ਵਿੱਚ, ਕੈਂਸਰ ਦੇ ਮਰੀਜ਼ਾਂ ਵਿੱਚ, ccfDNA ਦਾ ਪੱਧਰ ਕਈ ਮਾਈਕ੍ਰੋਗ੍ਰਾਮ ਪ੍ਰਤੀ ਮਿਲੀਲੀਟਰ ਤੱਕ ਪਹੁੰਚ ਸਕਦਾ ਹੈ [34, 35]। ਹੀਮੋਲਿੰਫ ccfDNA ਦੇ ਆਕਾਰ ਵੰਡ ਦੇ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਨੇ ਦਿਖਾਇਆ ਕਿ ਇਹ ਟੁਕੜੇ ਆਕਾਰ ਵਿੱਚ ਬਹੁਤ ਵੱਖਰੇ ਹੁੰਦੇ ਹਨ, 1000 bp ਤੋਂ 1000 bp ਤੱਕ। 5000 bp ਤੱਕ (ਚਿੱਤਰ 2)। ਇਸੇ ਤਰ੍ਹਾਂ ਦੇ ਨਤੀਜੇ ਸਿਲਿਕਾ-ਅਧਾਰਤ QIAamp ਇਨਵੈਸਟੀਗੇਟਰ ਕਿੱਟ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤੇ ਗਏ, ਜੋ ਕਿ ਫੋਰੈਂਸਿਕ ਵਿਗਿਆਨ ਵਿੱਚ ਆਮ ਤੌਰ 'ਤੇ ਘੱਟ ਗਾੜ੍ਹਾਪਣ ਵਾਲੇ DNA ਨਮੂਨਿਆਂ ਤੋਂ ਜੀਨੋਮਿਕ DNA ਨੂੰ ਤੇਜ਼ੀ ਨਾਲ ਅਲੱਗ ਕਰਨ ਅਤੇ ਸ਼ੁੱਧ ਕਰਨ ਲਈ ਵਰਤਿਆ ਜਾਂਦਾ ਇੱਕ ਤਰੀਕਾ ਹੈ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ccfDNA [36] ਸ਼ਾਮਲ ਹੈ।
ਮੱਸਲ ਹੀਮੋਲਿੰਫ ਦਾ ਪ੍ਰਤੀਨਿਧੀ ccfDNA ਇਲੈਕਟ੍ਰੋਫੋਰੇਗ੍ਰਾਮ। ਨਿਊਕਲੀਓਸਨੈਪ ਪਲਾਜ਼ਮਾ ਕਿੱਟ (ਉੱਪਰ) ਅਤੇ QIAamp DNA ਇਨਵੈਸਟੀਗੇਟਰ ਕਿੱਟ ਨਾਲ ਕੱਢਿਆ ਗਿਆ। B ਵਾਇਲਨ ਪਲਾਟ ਮੱਸਲ ਵਿੱਚ ਹੀਮੋਲਿੰਫ ccfDNA ਗਾੜ੍ਹਾਪਣ (±SE) ਦੀ ਵੰਡ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ। ਕਾਲੀਆਂ ਅਤੇ ਲਾਲ ਰੇਖਾਵਾਂ ਕ੍ਰਮਵਾਰ ਮੱਧਮਾਨ ਅਤੇ ਪਹਿਲੇ ਅਤੇ ਤੀਜੇ ਚੌਥਾਈ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀਆਂ ਹਨ।
ਮਨੁੱਖਾਂ ਅਤੇ ਪ੍ਰਾਈਮੇਟਸ ਵਿੱਚ ਲਗਭਗ 1% ccfDNA ਦਾ ਇੱਕ ਵਿਦੇਸ਼ੀ ਸਰੋਤ ਹੁੰਦਾ ਹੈ [21, 37]। ਬਾਇਵਾਲਵਜ਼ ਦੇ ਅਰਧ-ਖੁੱਲ੍ਹੇ ਸੰਚਾਰ ਪ੍ਰਣਾਲੀ, ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ-ਅਮੀਰ ਸਮੁੰਦਰੀ ਪਾਣੀ, ਅਤੇ ਮੱਸਲ ccfDNA ਦੇ ਆਕਾਰ ਦੀ ਵੰਡ ਨੂੰ ਦੇਖਦੇ ਹੋਏ, ਅਸੀਂ ਇਹ ਅਨੁਮਾਨ ਲਗਾਇਆ ਕਿ ਮੱਸਲ ਹੀਮੋਲਿੰਫ ccfDNA ਵਿੱਚ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ DNA ਦਾ ਇੱਕ ਅਮੀਰ ਅਤੇ ਵਿਭਿੰਨ ਪੂਲ ਹੋ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਇਸ ਪਰਿਕਲਪਨਾ ਦੀ ਜਾਂਚ ਕਰਨ ਲਈ, ਅਸੀਂ ਕੇਰਗੁਲੇਨ ਟਾਪੂਆਂ ਤੋਂ ਇਕੱਠੇ ਕੀਤੇ ਔਲਾਕੋਮਿਆ ਐਟਰਾ ਨਮੂਨਿਆਂ ਤੋਂ ਹੀਮੋਲਿੰਫ ccfDNA ਨੂੰ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਕੀਤਾ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ 10 ਮਿਲੀਅਨ ਤੋਂ ਵੱਧ ਰੀਡ ਮਿਲੇ, ਜਿਨ੍ਹਾਂ ਵਿੱਚੋਂ 97.6% ਗੁਣਵੱਤਾ ਨਿਯੰਤਰਣ ਪਾਸ ਕਰ ਗਏ। ਫਿਰ ਰੀਡਿੰਗਾਂ ਨੂੰ BLASTN ਅਤੇ NCBI ਬਾਇਵਾਲਵ ਡੇਟਾਬੇਸ (ਚਿੱਤਰ S1, ਪੂਰਕ ਜਾਣਕਾਰੀ) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ ਸਵੈ ਅਤੇ ਗੈਰ-ਸਵੈ ਸਰੋਤਾਂ ਦੇ ਅਨੁਸਾਰ ਸ਼੍ਰੇਣੀਬੱਧ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।
ਮਨੁੱਖਾਂ ਵਿੱਚ, ਨਿਊਕਲੀਅਰ ਅਤੇ ਮਾਈਟੋਕੌਂਡਰੀਅਲ ਦੋਵੇਂ ਡੀਐਨਏ ਖੂਨ ਦੇ ਪ੍ਰਵਾਹ ਵਿੱਚ ਛੱਡੇ ਜਾ ਸਕਦੇ ਹਨ [38]। ਹਾਲਾਂਕਿ, ਮੌਜੂਦਾ ਅਧਿਐਨ ਵਿੱਚ, ਮੱਸਲਾਂ ਦੇ ਨਿਊਕਲੀਅਰ ਜੀਨੋਮਿਕ ਡੀਐਨਏ ਦਾ ਵਿਸਥਾਰ ਵਿੱਚ ਵਰਣਨ ਕਰਨਾ ਸੰਭਵ ਨਹੀਂ ਸੀ, ਕਿਉਂਕਿ ਏ. ਐਟਰਾ ਜੀਨੋਮ ਨੂੰ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਜਾਂ ਵਰਣਨ ਨਹੀਂ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ। ਹਾਲਾਂਕਿ, ਅਸੀਂ ਬਾਇਵਾਲਵ ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ (ਚਿੱਤਰ S2, ਪੂਰਕ ਜਾਣਕਾਰੀ) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਆਪਣੇ ਖੁਦ ਦੇ ਮੂਲ ਦੇ ਕਈ ਸੀਸੀਐਫਡੀਐਨਏ ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਨ ਦੇ ਯੋਗ ਸੀ। ਅਸੀਂ ਉਹਨਾਂ ਏ. ਐਟਰਾ ਜੀਨਾਂ ਦੇ ਨਿਰਦੇਸ਼ਿਤ ਪੀਸੀਆਰ ਐਂਪਲੀਫਿਕੇਸ਼ਨ ਦੁਆਰਾ ਆਪਣੇ ਖੁਦ ਦੇ ਮੂਲ ਦੇ ਡੀਐਨਏ ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਦੀ ਪੁਸ਼ਟੀ ਵੀ ਕੀਤੀ ਜੋ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ (ਚਿੱਤਰ 3)। ਇਸੇ ਤਰ੍ਹਾਂ, ਇਹ ਦੇਖਦੇ ਹੋਏ ਕਿ ਏ. ਐਟਰਾ ਦਾ ਮਾਈਟੋਕੌਂਡਰੀਅਲ ਜੀਨੋਮ ਜਨਤਕ ਡੇਟਾਬੇਸ ਵਿੱਚ ਉਪਲਬਧ ਹੈ, ਕੋਈ ਵੀ ਏ. ਐਟਰਾ ਦੇ ਹੀਮੋਲਿੰਫ ਵਿੱਚ ਮਾਈਟੋਕੌਂਡਰੀਅਲ ਸੀਸੀਐਫਡੀਐਨਏ ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਲਈ ਸਬੂਤ ਲੱਭ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਮਾਈਟੋਕੌਂਡਰੀਅਲ ਡੀਐਨਏ ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਪੀਸੀਆਰ ਐਂਪਲੀਫਿਕੇਸ਼ਨ ਦੁਆਰਾ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ (ਚਿੱਤਰ 3)।
A. atra (ਲਾਲ ਬਿੰਦੀਆਂ - ਸਟਾਕ ਨੰਬਰ: SRX5705969) ਅਤੇ M. platensis (ਨੀਲੇ ਬਿੰਦੀਆਂ - ਸਟਾਕ ਨੰਬਰ: SRX5705968) ਦੇ ਹੀਮੋਲਿੰਫ ਵਿੱਚ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਮਾਈਟੋਕੌਂਡਰੀਅਲ ਜੀਨ ਮੌਜੂਦ ਸਨ ਜੋ PCR ਦੁਆਰਾ ਵਧਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ। Breton et al., 2011 B ਤੋਂ ਅਨੁਕੂਲਿਤ ਚਿੱਤਰ A. atra ਤੋਂ ਹੀਮੋਲਿੰਫ ਸੁਪਰਨੇਟੈਂਟ ਦਾ ਵਧਾਇਆ ਗਿਆ FTA ਕਾਗਜ਼ 'ਤੇ ਸਟੋਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ। PCR ਮਿਸ਼ਰਣ ਵਾਲੀ PCR ਟਿਊਬ ਵਿੱਚ ਸਿੱਧਾ ਜੋੜਨ ਲਈ 3 mm ਪੰਚ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰੋ।
ਸਮੁੰਦਰੀ ਪਾਣੀ ਵਿੱਚ ਭਰਪੂਰ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਸਮੱਗਰੀ ਨੂੰ ਦੇਖਦੇ ਹੋਏ, ਅਸੀਂ ਸ਼ੁਰੂ ਵਿੱਚ ਹੀਮੋਲਿਮਫ ਵਿੱਚ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਡੀਐਨਏ ਕ੍ਰਮਾਂ ਦੀ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾ 'ਤੇ ਧਿਆਨ ਕੇਂਦਰਿਤ ਕੀਤਾ। ਅਜਿਹਾ ਕਰਨ ਲਈ, ਅਸੀਂ ਦੋ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਰਣਨੀਤੀਆਂ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹਾਂ। ਪਹਿਲੀ ਰਣਨੀਤੀ ਵਿੱਚ Kraken2 ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕੀਤੀ ਗਈ, ਇੱਕ ਐਲਗੋਰਿਦਮ-ਅਧਾਰਤ ਕ੍ਰਮ ਵਰਗੀਕਰਣ ਪ੍ਰੋਗਰਾਮ ਜੋ BLAST ਅਤੇ ਹੋਰ ਸਾਧਨਾਂ [28] ਦੇ ਮੁਕਾਬਲੇ ਸ਼ੁੱਧਤਾ ਨਾਲ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਕ੍ਰਮਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰ ਸਕਦਾ ਹੈ। 6719 ਤੋਂ ਵੱਧ ਰੀਡ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਮੂਲ ਦੇ ਹੋਣ ਦਾ ਪਤਾ ਲਗਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ, ਜਦੋਂ ਕਿ 124 ਅਤੇ 64 ਕ੍ਰਮਵਾਰ ਆਰਕੀਆ ਅਤੇ ਵਾਇਰਸਾਂ ਤੋਂ ਸਨ (ਚਿੱਤਰ 4)। ਸਭ ਤੋਂ ਵੱਧ ਭਰਪੂਰ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਡੀਐਨਏ ਟੁਕੜੇ ਫਰਮੀਕਿਊਟਸ (46%), ਪ੍ਰੋਟੀਓਬੈਕਟੀਰੀਆ (27%), ਅਤੇ ਬੈਕਟੀਰੋਇਡੇਟਸ (17%) (ਚਿੱਤਰ 4a) ਸਨ। ਇਹ ਵੰਡ ਸਮੁੰਦਰੀ ਨੀਲੇ ਮੱਸਲ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ [39, 40] ਦੇ ਪਿਛਲੇ ਅਧਿਐਨਾਂ ਦੇ ਅਨੁਕੂਲ ਹੈ। ਗਾਮਾਪ੍ਰੋਟੀਓਬੈਕਟੀਰੀਆ ਪ੍ਰੋਟੀਓਬੈਕਟੀਰੀਆ (44%) ਦਾ ਮੁੱਖ ਵਰਗ ਸੀ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਬਹੁਤ ਸਾਰੇ ਵਿਬ੍ਰਿਓਨੇਲਸ (ਚਿੱਤਰ 4b) ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ। ddPCR ਵਿਧੀ ਨੇ A. atra hemolymph (ਚਿੱਤਰ 4c) [41] ਦੇ ccfDNA ਵਿੱਚ Vibrio DNA ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਦੀ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕੀਤੀ। ccfDNA ਦੇ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਮੂਲ ਬਾਰੇ ਵਧੇਰੇ ਜਾਣਕਾਰੀ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕਰਨ ਲਈ, ਇੱਕ ਵਾਧੂ ਪਹੁੰਚ ਅਪਣਾਈ ਗਈ (ਚਿੱਤਰ S2, ਪੂਰਕ ਜਾਣਕਾਰੀ)। ਇਸ ਮਾਮਲੇ ਵਿੱਚ, ਓਵਰਲੈਪ ਕੀਤੇ ਗਏ ਰੀਡਾਂ ਨੂੰ ਪੇਅਰਡ-ਐਂਡ ਰੀਡਾਂ ਦੇ ਰੂਪ ਵਿੱਚ ਇਕੱਠਾ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ ਅਤੇ BLASTN ਅਤੇ 1e−3 ਦੇ e ਮੁੱਲ ਅਤੇ >90% ਸਮਰੂਪਤਾ ਦੇ ਨਾਲ ਇੱਕ ਕੱਟਆਫ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ ਸਵੈ (ਬਾਈਵਾਲਵ) ਜਾਂ ਗੈਰ-ਸਵੈ ਮੂਲ ਦੇ ਰੂਪ ਵਿੱਚ ਸ਼੍ਰੇਣੀਬੱਧ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਇਸ ਮਾਮਲੇ ਵਿੱਚ, ਓਵਰਲੈਪ ਕੀਤੇ ਗਏ ਰੀਡਾਂ ਨੂੰ ਪੇਅਰਡ-ਐਂਡ ਰੀਡਾਂ ਦੇ ਰੂਪ ਵਿੱਚ ਇਕੱਠਾ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ ਅਤੇ BLASTN ਅਤੇ 1e−3 ਦੇ e ਮੁੱਲ ਅਤੇ >90% ਸਮਰੂਪਤਾ ਦੇ ਨਾਲ ਇੱਕ ਕੱਟਆਫ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ ਸਵੈ (ਬਾਈਵਾਲਵ) ਜਾਂ ਗੈਰ-ਸਵੈ ਮੂਲ ਦੇ ਰੂਪ ਵਿੱਚ ਸ਼੍ਰੇਣੀਬੱਧ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। В этом случае перекрывающиеся чтения были собраны как чтения с парными концами и были классифицированы как собраны как собраны моллюски) или чужие по происхождению с использованием BLASTN и значения e 1e-3 и отсечения с гомологией > 90%. ਇਸ ਮਾਮਲੇ ਵਿੱਚ, ਓਵਰਲੈਪਿੰਗ ਰੀਡਜ਼ ਨੂੰ ਪੇਅਰਡ-ਐਂਡਡ ਰੀਡਜ਼ ਵਜੋਂ ਇਕੱਠਾ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ ਅਤੇ BLASTN ਅਤੇ 1e-3 ਦੇ e ਮੁੱਲ ਅਤੇ 90% ਤੋਂ ਵੱਧ ਸਮਰੂਪਤਾ ਦੇ ਨਾਲ ਕੱਟਆਫ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਮੂਲ (ਬਾਈਵਾਲਵ) ਜਾਂ ਗੈਰ-ਮੂਲ ਵਜੋਂ ਸ਼੍ਰੇਣੀਬੱਧ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।在这种情况下，重叠的读数组装为配对末端读数，并使用BLASTN 和1e-3 的e 值和>90%同源性的截止值分类为自身（双壳类）或非自身来源.在这种情况下，重叠读数组装为配末端读数，使用的使用使用 ਬਲਾਸਟਨ 和和1> 90% 同源性 的 分类 自身 （双 壳类） 非 自身。. . . . . . В этом случае перекрывающиеся чтения были собраны как чтения с парными концами и классифицированы как собственчевыстированы моллюски) или несобственные по происхождению с использованием значений e BLASTN и 1e-3 и порога гомологии> 90%. ਇਸ ਮਾਮਲੇ ਵਿੱਚ, ਓਵਰਲੈਪਿੰਗ ਰੀਡਜ਼ ਨੂੰ ਪੇਅਰਡ-ਐਂਡਡ ਰੀਡਜ਼ ਵਜੋਂ ਇਕੱਠਾ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ ਅਤੇ e BLASTN ਅਤੇ 1e-3 ਮੁੱਲਾਂ ਅਤੇ ਇੱਕ ਸਮਰੂਪਤਾ ਥ੍ਰੈਸ਼ਹੋਲਡ >90% ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਆਪਣੇ (ਬਾਈਵਾਲਵ) ਜਾਂ ਗੈਰ-ਮੂਲ ਵਜੋਂ ਸ਼੍ਰੇਣੀਬੱਧ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।ਕਿਉਂਕਿ A. atra ਜੀਨੋਮ ਨੂੰ ਅਜੇ ਤੱਕ ਸੀਕੁਐਂਸ ਨਹੀਂ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ, ਇਸ ਲਈ ਅਸੀਂ MEGAHIT Next Generation Sequencing (NGS) ਅਸੈਂਬਲਰ ਦੀ ਡੀ ਨੋਵੋ ਅਸੈਂਬਲੀ ਰਣਨੀਤੀ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕੀਤੀ। ਕੁੱਲ 147,188 ਕੰਟਿਗਸ ਨੂੰ ਮੂਲ ਦੇ ਨਿਰਭਰ (ਬਾਈਵਾਲਵ) ਵਜੋਂ ਪਛਾਣਿਆ ਗਿਆ ਹੈ। ਫਿਰ ਇਹਨਾਂ ਕੰਟਿਗਸ ਨੂੰ BLASTN ਅਤੇ BLASTX ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ 1e-10 ਦੇ e-ਮੁੱਲਾਂ ਨਾਲ ਵਿਸਫੋਟ ਕੀਤਾ ਗਿਆ। ਇਸ ਰਣਨੀਤੀ ਨੇ ਸਾਨੂੰ A. atra ccfDNA ਵਿੱਚ ਮੌਜੂਦ 482 ਗੈਰ-ਬਾਈਵਾਲਵ ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਨ ਦੀ ਆਗਿਆ ਦਿੱਤੀ। ਇਹਨਾਂ DNA ਟੁਕੜਿਆਂ ਵਿੱਚੋਂ ਅੱਧੇ ਤੋਂ ਵੱਧ (57%) ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਤੋਂ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ, ਮੁੱਖ ਤੌਰ 'ਤੇ ਗਿੱਲ ਸਿੰਬੀਅਨਟਸ ਤੋਂ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਸਲਫੋਟ੍ਰੋਫਿਕ ਸਿੰਬੀਅਨਟਸ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ, ਅਤੇ ਗਿੱਲ ਸਿੰਬੀਅਨਟਸ ਸੋਲੇਮੀਆ ਵੇਲਮ (ਚਿੱਤਰ 5) ਤੋਂ।
ਕਿਸਮ ਦੇ ਪੱਧਰ 'ਤੇ ਸਾਪੇਖਿਕ ਭਰਪੂਰਤਾ। B ਦੋ ਮੁੱਖ ਫਾਈਲਾ (ਫਰਮੀਕਿਊਟਸ ਅਤੇ ਪ੍ਰੋਟੀਓਬੈਕਟੀਰੀਆ) ਦੀ ਸੂਖਮ ਵਿਭਿੰਨਤਾ। ddPCR C ਵਿਬਰੀਓ spp ਦਾ ਪ੍ਰਤੀਨਿਧੀ ਪ੍ਰਵਚਨ। A. ਤਿੰਨ ਐਟਰਾ ਹੀਮੋਲਿਮਫਸ ਵਿੱਚ 16S rRNA ਜੀਨ (ਨੀਲਾ) ਦੇ ਟੁਕੜੇ।
ਕੁੱਲ 482 ਇਕੱਠੇ ਕੀਤੇ ਕੰਟਿਗ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕੀਤਾ ਗਿਆ। ਮੈਟਾਜੇਨੋਮਿਕ ਕੰਟਿਗ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨਾਂ (ਪ੍ਰੋਕੈਰੀਓਟਸ ਅਤੇ ਯੂਕੇਰੀਓਟਸ) ਦੇ ਟੈਕਸੋਨੋਮਿਕ ਵੰਡ ਦਾ ਆਮ ਪ੍ਰੋਫਾਈਲ। B BLASTN ਅਤੇ BLASTX ਦੁਆਰਾ ਪਛਾਣੇ ਗਏ ਬੈਕਟੀਰੀਆ DNA ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੀ ਵਿਸਤ੍ਰਿਤ ਵੰਡ।
Kraken2 ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਨੇ ਇਹ ਵੀ ਦਿਖਾਇਆ ਕਿ ਮੱਸਲ ccfDNA ਵਿੱਚ ਪੁਰਾਤੱਤਵ DNA ਟੁਕੜੇ ਸਨ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ Euryarchaeota (65%), Crenarchaeota (24%), ਅਤੇ Thaurmarcheota (11%) ਦੇ DNA ਟੁਕੜੇ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ (ਚਿੱਤਰ 6a)। Euryarchaeota ਅਤੇ Crenarchaeota ਤੋਂ ਪ੍ਰਾਪਤ DNA ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ, ਜੋ ਪਹਿਲਾਂ ਕੈਲੀਫੋਰਨੀਆ ਦੇ ਮੱਸਲਾਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਭਾਈਚਾਰੇ ਵਿੱਚ ਪਾਈ ਜਾਂਦੀ ਸੀ, ਹੈਰਾਨੀ ਵਾਲੀ ਨਹੀਂ ਹੋਣੀ ਚਾਹੀਦੀ [42]। ਹਾਲਾਂਕਿ Euryarchaeota ਅਕਸਰ ਅਤਿਅੰਤ ਸਥਿਤੀਆਂ ਨਾਲ ਜੁੜਿਆ ਹੁੰਦਾ ਹੈ, ਹੁਣ ਇਹ ਮੰਨਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ ਕਿ Euryarchaeota ਅਤੇ Crenarchaeota ਦੋਵੇਂ ਸਮੁੰਦਰੀ ਕ੍ਰਾਇਓਜੇਨਿਕ ਵਾਤਾਵਰਣ ਵਿੱਚ ਸਭ ਤੋਂ ਆਮ ਪ੍ਰੋਕੈਰੀਓਟਸ ਵਿੱਚੋਂ ਹਨ [43, 44]। ਮੱਸਲਾਂ ਵਿੱਚ ਮੀਥੇਨੋਜੇਨਿਕ ਸੂਖਮ ਜੀਵਾਂ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਹੈਰਾਨੀ ਵਾਲੀ ਨਹੀਂ ਹੈ, ਕੇਰਗੁਲੇਨ ਪਠਾਰ [45] 'ਤੇ ਤਲ ਲੀਕ ਤੋਂ ਵਿਆਪਕ ਮੀਥੇਨ ਲੀਕ ਹੋਣ ਅਤੇ ਕੇਰਗੁਲੇਨ ਟਾਪੂਆਂ ਦੇ ਤੱਟ 'ਤੇ ਦੇਖੇ ਗਏ ਸੰਭਾਵਿਤ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਮੀਥੇਨ ਉਤਪਾਦਨ ਦੀਆਂ ਹਾਲੀਆ ਰਿਪੋਰਟਾਂ ਨੂੰ ਦੇਖਦੇ ਹੋਏ [46]।
ਫਿਰ ਸਾਡਾ ਧਿਆਨ ਡੀਐਨਏ ਵਾਇਰਸਾਂ ਤੋਂ ਰੀਡਿੰਗਾਂ ਵੱਲ ਚਲਾ ਗਿਆ। ਸਾਡੀ ਸਭ ਤੋਂ ਵਧੀਆ ਜਾਣਕਾਰੀ ਅਨੁਸਾਰ, ਇਹ ਮੱਸਲਾਂ ਦੇ ਵਾਇਰਸ ਸਮੱਗਰੀ ਦਾ ਪਹਿਲਾ ਆਫ-ਟਾਰਗੇਟ ਅਧਿਐਨ ਹੈ। ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਉਮੀਦ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ, ਸਾਨੂੰ ਬੈਕਟੀਰੀਓਫੇਜ (ਕੌਡੋਵਾਇਰਲਸ) (ਚਿੱਤਰ 6b) ਦੇ ਡੀਐਨਏ ਟੁਕੜੇ ਮਿਲੇ। ਹਾਲਾਂਕਿ, ਸਭ ਤੋਂ ਆਮ ਵਾਇਰਲ ਡੀਐਨਏ ਨਿਊਕਲੀਓਸਾਈਟੋਵਾਇਰਸ ਦੇ ਇੱਕ ਫਾਈਲਮ ਤੋਂ ਆਉਂਦਾ ਹੈ, ਜਿਸਨੂੰ ਨਿਊਕਲੀਅਰ ਸਾਇਟੋਪਲਾਜ਼ਮਿਕ ਵੱਡੇ ਡੀਐਨਏ ਵਾਇਰਸ (NCLDV) ਵੀ ਕਿਹਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਕਿਸੇ ਵੀ ਵਾਇਰਸ ਦਾ ਸਭ ਤੋਂ ਵੱਡਾ ਜੀਨੋਮ ਹੁੰਦਾ ਹੈ। ਇਸ ਫਾਈਲਮ ਦੇ ਅੰਦਰ, ਜ਼ਿਆਦਾਤਰ ਡੀਐਨਏ ਕ੍ਰਮ ਮਿਮੀਮੀਡੋਵਾਇਰੀਡੇ (58%) ਅਤੇ ਪੋਕਸਵਾਇਰੀਡੇ (21%) ਪਰਿਵਾਰਾਂ ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਹਨ, ਜਿਨ੍ਹਾਂ ਦੇ ਕੁਦਰਤੀ ਮੇਜ਼ਬਾਨਾਂ ਵਿੱਚ ਰੀੜ੍ਹ ਦੀ ਹੱਡੀ ਅਤੇ ਆਰਥਰੋਪੋਡ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ, ਜਦੋਂ ਕਿ ਇਹਨਾਂ ਡੀਐਨਏ ਕ੍ਰਮਾਂ ਦਾ ਇੱਕ ਛੋਟਾ ਜਿਹਾ ਅਨੁਪਾਤ ਜਾਣਿਆ ਜਾਂਦਾ ਵਾਇਰਲੋਜੀਕਲ ਐਲਗੀ ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਹੈ। ਸਮੁੰਦਰੀ ਯੂਕੇਰੀਓਟਿਕ ਐਲਗੀ ਨੂੰ ਸੰਕਰਮਿਤ ਕਰਦਾ ਹੈ। ਇਹ ਕ੍ਰਮ ਪੈਂਡੋਰਾ ਵਾਇਰਸ ਤੋਂ ਵੀ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ, ਜੋ ਕਿ ਕਿਸੇ ਵੀ ਜਾਣੇ-ਪਛਾਣੇ ਵਾਇਰਲ ਜੀਨੇਰਾ ਦੇ ਸਭ ਤੋਂ ਵੱਡੇ ਜੀਨੋਮ ਆਕਾਰ ਵਾਲਾ ਵਿਸ਼ਾਲ ਵਾਇਰਸ ਹੈ। ਦਿਲਚਸਪ ਗੱਲ ਇਹ ਹੈ ਕਿ, ਵਾਇਰਸ ਨਾਲ ਸੰਕਰਮਿਤ ਹੋਣ ਵਾਲੇ ਜਾਣੇ ਜਾਂਦੇ ਮੇਜ਼ਬਾਨਾਂ ਦੀ ਰੇਂਜ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਹੀਮੋਲਿੰਫ ccfDNA ਕ੍ਰਮ ਦੁਆਰਾ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ, ਮੁਕਾਬਲਤਨ ਵੱਡੀ ਸੀ (ਚਿੱਤਰ S3, ਪੂਰਕ ਜਾਣਕਾਰੀ)। ਇਸ ਵਿੱਚ ਉਹ ਵਾਇਰਸ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ ਜੋ ਕੀੜੇ-ਮਕੌੜਿਆਂ ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਬੈਕੂਲੋਵਾਇਰੀਡੇ ਅਤੇ ਇਰੀਡੋਵਾਇਰੀਡੇ ਨੂੰ ਸੰਕਰਮਿਤ ਕਰਦੇ ਹਨ, ਨਾਲ ਹੀ ਉਹ ਵਾਇਰਸ ਜੋ ਅਮੀਬਾ, ਐਲਗੀ ਅਤੇ ਰੀੜ੍ਹ ਦੀ ਹੱਡੀ ਵਾਲੇ ਜਾਨਵਰਾਂ ਨੂੰ ਸੰਕਰਮਿਤ ਕਰਦੇ ਹਨ। ਸਾਨੂੰ ਪਿਥੋਵਾਇਰਸ ਸਾਈਬੇਰਿਕਮ ਜੀਨੋਮ ਨਾਲ ਮੇਲ ਖਾਂਦੇ ਕ੍ਰਮ ਵੀ ਮਿਲੇ। ਪਿਟੋਵਾਇਰਸ (ਜਿਸਨੂੰ "ਜ਼ੋਂਬੀ ਵਾਇਰਸ" ਵੀ ਕਿਹਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ) ਨੂੰ ਪਹਿਲਾਂ ਸਾਇਬੇਰੀਆ ਵਿੱਚ 30,000 ਸਾਲ ਪੁਰਾਣੇ ਪਰਮਾਫ੍ਰੌਸਟ ਤੋਂ ਅਲੱਗ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ [47]। ਇਸ ਤਰ੍ਹਾਂ, ਸਾਡੇ ਨਤੀਜੇ ਪਿਛਲੀਆਂ ਰਿਪੋਰਟਾਂ ਨਾਲ ਮੇਲ ਖਾਂਦੇ ਹਨ ਜੋ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ ਕਿ ਇਹਨਾਂ ਵਾਇਰਸਾਂ ਦੀਆਂ ਸਾਰੀਆਂ ਆਧੁਨਿਕ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਅਲੋਪ ਨਹੀਂ ਹੋਈਆਂ ਹਨ [48] ਅਤੇ ਇਹ ਵਾਇਰਸ ਦੂਰ-ਦੁਰਾਡੇ ਉਪ-ਆਰਕਟਿਕ ਸਮੁੰਦਰੀ ਵਾਤਾਵਰਣ ਪ੍ਰਣਾਲੀਆਂ ਵਿੱਚ ਮੌਜੂਦ ਹੋ ਸਕਦੇ ਹਨ।
ਅੰਤ ਵਿੱਚ, ਅਸੀਂ ਇਹ ਦੇਖਣ ਲਈ ਜਾਂਚ ਕੀਤੀ ਕਿ ਕੀ ਅਸੀਂ ਦੂਜੇ ਬਹੁ-ਸੈਲੂਲਰ ਜਾਨਵਰਾਂ ਤੋਂ ਡੀਐਨਏ ਦੇ ਟੁਕੜੇ ਲੱਭ ਸਕਦੇ ਹਾਂ। ਕੁੱਲ 482 ਵਿਦੇਸ਼ੀ ਕੰਟਿਗ BLASTN ਅਤੇ BLASTX ਦੁਆਰਾ nt, nr ਅਤੇ RefSeq ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀਆਂ (ਜੀਨੋਮਿਕ ਅਤੇ ਪ੍ਰੋਟੀਨ) ਨਾਲ ਪਛਾਣੇ ਗਏ ਸਨ। ਸਾਡੇ ਨਤੀਜੇ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ ਕਿ ਬਹੁ-ਸੈਲੂਲਰ ਜਾਨਵਰਾਂ ਦੇ ccfDNA ਦੇ ਵਿਦੇਸ਼ੀ ਟੁਕੜਿਆਂ ਵਿੱਚ ਹੱਡੀਆਂ ਦੀਆਂ ਹੱਡੀਆਂ ਦਾ ਡੀਐਨਏ ਪ੍ਰਮੁੱਖ ਹੈ (ਚਿੱਤਰ 5)। ਕੀੜੇ-ਮਕੌੜਿਆਂ ਅਤੇ ਹੋਰ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੇ ਡੀਐਨਏ ਟੁਕੜੇ ਵੀ ਪਾਏ ਗਏ ਹਨ। ਡੀਐਨਏ ਦੇ ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੇ ਇੱਕ ਮੁਕਾਬਲਤਨ ਵੱਡੇ ਹਿੱਸੇ ਦੀ ਪਛਾਣ ਨਹੀਂ ਕੀਤੀ ਗਈ ਹੈ, ਸੰਭਵ ਤੌਰ 'ਤੇ ਧਰਤੀ ਦੀਆਂ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ [49] ਦੇ ਮੁਕਾਬਲੇ ਜੀਨੋਮਿਕ ਡੇਟਾਬੇਸ ਵਿੱਚ ਵੱਡੀ ਗਿਣਤੀ ਵਿੱਚ ਸਮੁੰਦਰੀ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੀ ਘੱਟ ਪ੍ਰਤੀਨਿਧਤਾ ਦੇ ਕਾਰਨ।
ਇਸ ਪੇਪਰ ਵਿੱਚ, ਅਸੀਂ ਮੱਸਲਾਂ 'ਤੇ LB ਸੰਕਲਪ ਲਾਗੂ ਕਰਦੇ ਹਾਂ, ਇਹ ਦਲੀਲ ਦਿੰਦੇ ਹੋਏ ਕਿ ਹੀਮੋਲਿੰਫ ccfDNA ਸ਼ਾਟ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ ਸਮੁੰਦਰੀ ਤੱਟਵਰਤੀ ਵਾਤਾਵਰਣ ਪ੍ਰਣਾਲੀਆਂ ਦੀ ਰਚਨਾ ਬਾਰੇ ਸਮਝ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰ ਸਕਦੀ ਹੈ। ਖਾਸ ਤੌਰ 'ਤੇ, ਅਸੀਂ ਪਾਇਆ ਕਿ 1) ਮੱਸਲ ਹੀਮੋਲਿੰਫ ਵਿੱਚ ਮੁਕਾਬਲਤਨ ਵੱਡੇ (~1-5 kb) ਘੁੰਮਦੇ ਡੀਐਨਏ ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੀ ਮੁਕਾਬਲਤਨ ਉੱਚ ਗਾੜ੍ਹਾਪਣ (ਮਾਈਕ੍ਰੋਗ੍ਰਾਮ ਪੱਧਰ) ਹੁੰਦੀ ਹੈ; 2) ਇਹ ਡੀਐਨਏ ਟੁਕੜੇ ਸੁਤੰਤਰ ਅਤੇ ਗੈਰ-ਸੁਤੰਤਰ ਦੋਵੇਂ ਹਨ 3) ਇਹਨਾਂ ਡੀਐਨਏ ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੇ ਵਿਦੇਸ਼ੀ ਸਰੋਤਾਂ ਵਿੱਚੋਂ, ਸਾਨੂੰ ਬੈਕਟੀਰੀਆ, ਪੁਰਾਤੱਤਵ ਅਤੇ ਵਾਇਰਲ ਡੀਐਨਏ, ਅਤੇ ਨਾਲ ਹੀ ਹੋਰ ਬਹੁ-ਸੈਲੂਲਰ ਜਾਨਵਰਾਂ ਦੇ ਡੀਐਨਏ ਮਿਲੇ; 4) ਹੀਮੋਲਿੰਫ ਵਿੱਚ ਇਹਨਾਂ ਵਿਦੇਸ਼ੀ ccfDNA ਟੁਕੜਿਆਂ ਦਾ ਇਕੱਠਾ ਹੋਣਾ ਤੇਜ਼ੀ ਨਾਲ ਹੁੰਦਾ ਹੈ ਅਤੇ ਮੱਸਲਾਂ ਦੀ ਅੰਦਰੂਨੀ ਫਿਲਟਰਿੰਗ ਗਤੀਵਿਧੀ ਵਿੱਚ ਯੋਗਦਾਨ ਪਾਉਂਦਾ ਹੈ। ਸਿੱਟੇ ਵਜੋਂ, ਸਾਡਾ ਅਧਿਐਨ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਕਿ LB ਦੀ ਧਾਰਨਾ, ਜੋ ਹੁਣ ਤੱਕ ਮੁੱਖ ਤੌਰ 'ਤੇ ਬਾਇਓਮੈਡੀਸਨ ਦੇ ਖੇਤਰ ਵਿੱਚ ਲਾਗੂ ਕੀਤੀ ਗਈ ਹੈ, ਗਿਆਨ ਦੇ ਇੱਕ ਅਮੀਰ ਪਰ ਅਣਪਛਾਤੇ ਸਰੋਤ ਨੂੰ ਏਨਕੋਡ ਕਰਦੀ ਹੈ ਜਿਸਦੀ ਵਰਤੋਂ ਸੈਂਟੀਨੇਲ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਅਤੇ ਉਹਨਾਂ ਦੇ ਵਾਤਾਵਰਣ ਵਿਚਕਾਰ ਪਰਸਪਰ ਪ੍ਰਭਾਵ ਨੂੰ ਬਿਹਤਰ ਢੰਗ ਨਾਲ ਸਮਝਣ ਲਈ ਕੀਤੀ ਜਾ ਸਕਦੀ ਹੈ।
ਪ੍ਰਾਈਮੇਟਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, ਚੂਹੇ, ਕੁੱਤੇ, ਬਿੱਲੀਆਂ ਅਤੇ ਘੋੜੇ ਸਮੇਤ ਥਣਧਾਰੀ ਜੀਵਾਂ ਵਿੱਚ ccfDNA ਆਈਸੋਲੇਸ਼ਨ ਦੀ ਰਿਪੋਰਟ ਕੀਤੀ ਗਈ ਹੈ [50, 51, 52]। ਹਾਲਾਂਕਿ, ਸਾਡੇ ਗਿਆਨ ਅਨੁਸਾਰ, ਸਾਡਾ ਅਧਿਐਨ ਸਮੁੰਦਰੀ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਖੁੱਲ੍ਹੇ ਸੰਚਾਰ ਪ੍ਰਣਾਲੀ ਦੇ ਨਾਲ ccfDNA ਦੀ ਖੋਜ ਅਤੇ ਕ੍ਰਮ ਦੀ ਰਿਪੋਰਟ ਕਰਨ ਵਾਲਾ ਪਹਿਲਾ ਅਧਿਐਨ ਹੈ। ਮੱਸਲਾਂ ਦੀ ਇਹ ਸਰੀਰਿਕ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾ ਅਤੇ ਫਿਲਟਰਿੰਗ ਸਮਰੱਥਾ, ਘੱਟੋ ਘੱਟ ਅੰਸ਼ਕ ਤੌਰ 'ਤੇ, ਦੂਜੀਆਂ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੇ ਮੁਕਾਬਲੇ ਸੰਚਾਰਿਤ DNA ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੇ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਆਕਾਰ ਦੀਆਂ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ ਦੀ ਵਿਆਖਿਆ ਕਰ ਸਕਦੀ ਹੈ। ਮਨੁੱਖਾਂ ਵਿੱਚ, ਖੂਨ ਵਿੱਚ ਘੁੰਮ ਰਹੇ ਜ਼ਿਆਦਾਤਰ DNA ਟੁਕੜੇ 150 ਤੋਂ 200 bp ਦੇ ਆਕਾਰ ਦੇ ਛੋਟੇ ਟੁਕੜੇ ਹੁੰਦੇ ਹਨ। ਵੱਧ ਤੋਂ ਵੱਧ 167 bp [34, 53] ਦੇ ਨਾਲ। DNA ਟੁਕੜਿਆਂ ਦਾ ਇੱਕ ਛੋਟਾ ਪਰ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਹਿੱਸਾ 300 ਅਤੇ 500 bp ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ ਹੁੰਦਾ ਹੈ, ਅਤੇ ਲਗਭਗ 5% 900 bp ਤੋਂ ਲੰਬੇ ਹੁੰਦੇ ਹਨ। [54]। ਇਸ ਆਕਾਰ ਦੀ ਵੰਡ ਦਾ ਕਾਰਨ ਇਹ ਹੈ ਕਿ ਪਲਾਜ਼ਮਾ ਵਿੱਚ ccfDNA ਦਾ ਮੁੱਖ ਸਰੋਤ ਸੈੱਲ ਮੌਤ ਦੇ ਨਤੀਜੇ ਵਜੋਂ ਹੁੰਦਾ ਹੈ, ਜਾਂ ਤਾਂ ਸੈੱਲ ਮੌਤ ਦੇ ਕਾਰਨ ਜਾਂ ਸਿਹਤਮੰਦ ਵਿਅਕਤੀਆਂ ਵਿੱਚ ਘੁੰਮ ਰਹੇ ਹੀਮੈਟੋਪੋਏਟਿਕ ਸੈੱਲਾਂ ਦੇ ਨੈਕਰੋਸਿਸ ਦੇ ਕਾਰਨ ਜਾਂ ਕੈਂਸਰ ਦੇ ਮਰੀਜ਼ਾਂ ਵਿੱਚ ਟਿਊਮਰ ਸੈੱਲਾਂ ਦੇ ਐਪੋਪਟੋਸਿਸ ਦੇ ਕਾਰਨ (ਜਿਸਨੂੰ ਘੁੰਮਦੇ ਟਿਊਮਰ DNA ਕਿਹਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ)। , ctDNA)। ਹੀਮੋਲਿੰਫ ccfDNA ਦਾ ਆਕਾਰ ਵੰਡ ਜੋ ਅਸੀਂ ਮੱਸਲਾਂ ਵਿੱਚ ਪਾਇਆ, 1000 ਤੋਂ 5000 bp ਤੱਕ ਸੀ, ਜੋ ਸੁਝਾਅ ਦਿੰਦਾ ਹੈ ਕਿ ਮੱਸਲ ccfDNA ਦਾ ਇੱਕ ਵੱਖਰਾ ਮੂਲ ਹੈ। ਇਹ ਇੱਕ ਤਰਕਪੂਰਨ ਪਰਿਕਲਪਨਾ ਹੈ, ਕਿਉਂਕਿ ਮੱਸਲਾਂ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਅਰਧ-ਖੁੱਲ੍ਹਾ ਨਾੜੀ ਪ੍ਰਣਾਲੀ ਹੁੰਦੀ ਹੈ ਅਤੇ ਉਹ ਸਮੁੰਦਰੀ ਜਲ-ਵਾਤਾਵਰਣ ਵਿੱਚ ਰਹਿੰਦੇ ਹਨ ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਜੀਨੋਮਿਕ DNA ਦੀ ਉੱਚ ਗਾੜ੍ਹਾਪਣ ਹੁੰਦੀ ਹੈ। ਦਰਅਸਲ, ਬਾਹਰੀ DNA ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਸਾਡੇ ਪ੍ਰਯੋਗਸ਼ਾਲਾ ਪ੍ਰਯੋਗਾਂ ਨੇ ਦਿਖਾਇਆ ਹੈ ਕਿ ਮੱਸਲ ਸਮੁੰਦਰੀ ਪਾਣੀ ਵਿੱਚ DNA ਦੇ ਟੁਕੜੇ ਇਕੱਠੇ ਕਰਦੇ ਹਨ, ਘੱਟੋ ਘੱਟ ਕੁਝ ਘੰਟਿਆਂ ਬਾਅਦ ਉਹ ਸੈਲੂਲਰ ਗ੍ਰਹਿਣ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਘਟ ਜਾਂਦੇ ਹਨ ਅਤੇ/ਜਾਂ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਸੰਗਠਨਾਂ ਵਿੱਚ ਜਾਰੀ ਕੀਤੇ ਜਾਂਦੇ ਹਨ ਅਤੇ/ਜਾਂ ਸਟੋਰ ਕੀਤੇ ਜਾਂਦੇ ਹਨ। ਸੈੱਲਾਂ (ਪ੍ਰੋਕੈਰੀਓਟਿਕ ਅਤੇ ਯੂਕੇਰੀਓਟਿਕ ਦੋਵੇਂ) ਦੀ ਦੁਰਲੱਭਤਾ ਨੂੰ ਦੇਖਦੇ ਹੋਏ, ਇੰਟਰਾਵਾਲਵੂਲਰ ਕੰਪਾਰਟਮੈਂਟਾਂ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਸਵੈ-ਸਰੋਤਾਂ ਦੇ ਨਾਲ-ਨਾਲ ਵਿਦੇਸ਼ੀ ਸਰੋਤਾਂ ਤੋਂ ccfDNA ਦੀ ਮਾਤਰਾ ਨੂੰ ਘਟਾ ਦੇਵੇਗੀ। ਬਾਇਵਾਲਵ ਇਨੇਟ ਇਮਿਊਨਿਟੀ ਦੀ ਮਹੱਤਤਾ ਅਤੇ ਘੁੰਮਦੇ ਫੈਗੋਸਾਈਟਸ ਦੀ ਵੱਡੀ ਗਿਣਤੀ ਨੂੰ ਧਿਆਨ ਵਿੱਚ ਰੱਖਦੇ ਹੋਏ, ਅਸੀਂ ਅੱਗੇ ਇਹ ਅਨੁਮਾਨ ਲਗਾਇਆ ਕਿ ਵਿਦੇਸ਼ੀ ccfDNA ਵੀ ਘੁੰਮਦੇ ਫੈਗੋਸਾਈਟਸ ਵਿੱਚ ਭਰਪੂਰ ਹੁੰਦਾ ਹੈ ਜੋ ਸੂਖਮ ਜੀਵਾਂ ਅਤੇ/ਜਾਂ ਸੈਲੂਲਰ ਮਲਬੇ ਦੇ ਗ੍ਰਹਿਣ 'ਤੇ ਵਿਦੇਸ਼ੀ DNA ਇਕੱਠਾ ਕਰਦੇ ਹਨ। ਇਕੱਠੇ ਲਏ ਜਾਣ 'ਤੇ, ਸਾਡੇ ਨਤੀਜੇ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ ਕਿ ਬਾਇਵਾਲਵ ਹੀਮੋਲਿੰਫ ccfDNA ਅਣੂ ਜਾਣਕਾਰੀ ਦਾ ਇੱਕ ਵਿਲੱਖਣ ਭੰਡਾਰ ਹੈ ਅਤੇ ਇੱਕ ਸੈਂਟੀਨੇਲ ਪ੍ਰਜਾਤੀ ਵਜੋਂ ਉਨ੍ਹਾਂ ਦੀ ਸਥਿਤੀ ਨੂੰ ਮਜ਼ਬੂਤ ਕਰਦਾ ਹੈ।
ਸਾਡਾ ਡੇਟਾ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਕਿ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਤੋਂ ਪ੍ਰਾਪਤ ਹੀਮੋਲਿੰਫ ccfDNA ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੀ ਕ੍ਰਮਬੰਦੀ ਅਤੇ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਮੇਜ਼ਬਾਨ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਦੇ ਬਨਸਪਤੀ ਅਤੇ ਆਲੇ ਦੁਆਲੇ ਦੇ ਸਮੁੰਦਰੀ ਵਾਤਾਵਰਣ ਪ੍ਰਣਾਲੀ ਵਿੱਚ ਮੌਜੂਦ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਬਾਰੇ ਮੁੱਖ ਜਾਣਕਾਰੀ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਸ਼ਾਟ ਸੀਕੁਐਂਸਿੰਗ ਤਕਨੀਕਾਂ ਨੇ ਕਾਮੈਂਸਲ ਬੈਕਟੀਰੀਆ A. atra ਗਿੱਲ ਦੇ ਕ੍ਰਮਾਂ ਦਾ ਖੁਲਾਸਾ ਕੀਤਾ ਹੈ ਜੋ ਕਿ ਜੇਕਰ ਰਵਾਇਤੀ 16S rRNA ਪਛਾਣ ਵਿਧੀਆਂ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਤਾਂ ਖੁੰਝ ਜਾਂਦੇ, ਇੱਕ ਸੰਦਰਭ ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਪੱਖਪਾਤ ਦੇ ਕਾਰਨ। ਦਰਅਸਲ, ਕੇਰਗੁਲੇਨ ਵਿਖੇ ਇੱਕੋ ਮੱਸਲ ਪਰਤ ਵਿੱਚ ਐਮ. ਪਲੇਟੈਂਸਿਸ ਤੋਂ ਇਕੱਠੇ ਕੀਤੇ ਗਏ LB ਡੇਟਾ ਦੀ ਸਾਡੀ ਵਰਤੋਂ ਨੇ ਦਿਖਾਇਆ ਕਿ ਗਿੱਲ-ਸੰਬੰਧਿਤ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਪ੍ਰਤੀਕਾਂ ਦੀ ਰਚਨਾ ਦੋਵੇਂ ਮੱਸਲ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਲਈ ਇੱਕੋ ਜਿਹੀ ਸੀ (ਚਿੱਤਰ S4, ਪੂਰਕ ਜਾਣਕਾਰੀ)। ਦੋ ਜੈਨੇਟਿਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਮੱਸਲਾਂ ਦੀ ਇਹ ਸਮਾਨਤਾ ਕੇਰਗੁਲੇਨ ਦੇ ਠੰਡੇ, ਗੰਧਕ ਅਤੇ ਜਵਾਲਾਮੁਖੀ ਭੰਡਾਰਾਂ ਵਿੱਚ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਭਾਈਚਾਰਿਆਂ ਦੀ ਰਚਨਾ ਨੂੰ ਦਰਸਾ ਸਕਦੀ ਹੈ [55, 56, 57, 58]। ਬਾਇਓਟਰਬਟੇਡ ਤੱਟਵਰਤੀ ਖੇਤਰਾਂ [59], ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਪੋਰਟ-ਓ-ਫਰਾਂਸ ਦੇ ਤੱਟ ਤੋਂ ਮੱਸਲਾਂ ਦੀ ਕਟਾਈ ਕਰਦੇ ਸਮੇਂ ਗੰਧਕ-ਘਟਾਉਣ ਵਾਲੇ ਸੂਖਮ ਜੀਵਾਂ ਦੇ ਉੱਚ ਪੱਧਰਾਂ ਦਾ ਚੰਗੀ ਤਰ੍ਹਾਂ ਵਰਣਨ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ। ਇੱਕ ਹੋਰ ਸੰਭਾਵਨਾ ਇਹ ਹੈ ਕਿ ਕਾਮੈਂਸਲ ਮੱਸਲ ਬਨਸਪਤੀ ਖਿਤਿਜੀ ਸੰਚਾਰ ਦੁਆਰਾ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਹੋ ਸਕਦੀ ਹੈ [60, 61]। ਸਮੁੰਦਰੀ ਵਾਤਾਵਰਣ, ਸਮੁੰਦਰੀ ਤਲ ਦੀ ਸਤ੍ਹਾ, ਅਤੇ ਮੱਸਲਾਂ ਵਿੱਚ ਸਹਿਜੀਵ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਦੀ ਰਚਨਾ ਵਿਚਕਾਰ ਸਬੰਧ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕਰਨ ਲਈ ਹੋਰ ਖੋਜ ਦੀ ਲੋੜ ਹੈ। ਇਹ ਅਧਿਐਨ ਵਰਤਮਾਨ ਵਿੱਚ ਜਾਰੀ ਹਨ।
ਹੀਮੋਲਿੰਫ ccfDNA ਦੀ ਲੰਬਾਈ ਅਤੇ ਗਾੜ੍ਹਾਪਣ, ਇਸਦੀ ਸ਼ੁੱਧਤਾ ਦੀ ਸੌਖ, ਅਤੇ ਤੇਜ਼ ਸ਼ਾਟਗਨ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ ਦੀ ਆਗਿਆ ਦੇਣ ਲਈ ਉੱਚ ਗੁਣਵੱਤਾ, ਸਮੁੰਦਰੀ ਤੱਟਵਰਤੀ ਈਕੋਸਿਸਟਮ ਵਿੱਚ ਜੈਵ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਦਾ ਮੁਲਾਂਕਣ ਕਰਨ ਲਈ ਮੱਸਲ ccfDNA ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਨ ਦੇ ਬਹੁਤ ਸਾਰੇ ਫਾਇਦਿਆਂ ਵਿੱਚੋਂ ਕੁਝ ਹਨ। ਇਹ ਪਹੁੰਚ ਕਿਸੇ ਦਿੱਤੇ ਈਕੋਸਿਸਟਮ ਵਿੱਚ ਵਾਇਰਲ ਭਾਈਚਾਰਿਆਂ (ਵਾਇਰੋਮ) ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਣ ਲਈ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ ਤੌਰ 'ਤੇ ਪ੍ਰਭਾਵਸ਼ਾਲੀ ਹੈ [62, 63]। ਬੈਕਟੀਰੀਆ, ਆਰਕੀਆ ਅਤੇ ਯੂਕੇਰੀਓਟਸ ਦੇ ਉਲਟ, ਵਾਇਰਲ ਜੀਨੋਮ ਵਿੱਚ ਫਾਈਲੋਜੈਨੇਟਿਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਸੁਰੱਖਿਅਤ ਜੀਨ ਜਿਵੇਂ ਕਿ 16S ਸੀਕਵੈਂਸ ਨਹੀਂ ਹੁੰਦੇ ਹਨ। ਸਾਡੇ ਨਤੀਜੇ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ ਕਿ ਮੱਸਲ ਵਰਗੀਆਂ ਸੂਚਕ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਤੋਂ ਤਰਲ ਬਾਇਓਪਸੀ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਮੁਕਾਬਲਤਨ ਵੱਡੀ ਗਿਣਤੀ ਵਿੱਚ ccfDNA ਵਾਇਰਸ ਦੇ ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਨ ਲਈ ਕੀਤੀ ਜਾ ਸਕਦੀ ਹੈ ਜੋ ਆਮ ਤੌਰ 'ਤੇ ਤੱਟਵਰਤੀ ਸਮੁੰਦਰੀ ਈਕੋਸਿਸਟਮ ਵਿੱਚ ਰਹਿਣ ਵਾਲੇ ਮੇਜ਼ਬਾਨਾਂ ਨੂੰ ਸੰਕਰਮਿਤ ਕਰਨ ਲਈ ਜਾਣੇ ਜਾਂਦੇ ਹਨ। ਇਸ ਵਿੱਚ ਪ੍ਰੋਟੋਜ਼ੋਆ, ਆਰਥਰੋਪੌਡ, ਕੀੜੇ, ਪੌਦੇ ਅਤੇ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਵਾਇਰਸ (ਜਿਵੇਂ ਕਿ, ਬੈਕਟੀਰੀਓਫੇਜ) ਨੂੰ ਸੰਕਰਮਿਤ ਕਰਨ ਲਈ ਜਾਣੇ ਜਾਂਦੇ ਵਾਇਰਸ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ। ਜਦੋਂ ਅਸੀਂ ਕੇਰਗੁਲੇਨ (ਟੇਬਲ S2, ਪੂਰਕ ਜਾਣਕਾਰੀ) ਵਿਖੇ ਇੱਕੋ ਹੀ ਮੱਸਲ ਪਰਤ ਵਿੱਚ ਇਕੱਠੇ ਕੀਤੇ ਨੀਲੇ ਮੱਸਲ (ਐਮ. ਪਲੇਟੈਂਸਿਸ) ਦੇ ਹੀਮੋਲਿੰਫ ccfDNA ਵਾਇਰਸ ਦੀ ਜਾਂਚ ਕੀਤੀ ਤਾਂ ਇੱਕ ਸਮਾਨ ਵੰਡ ਪਾਈ ਗਈ। ccfDNA ਦੀ ਸ਼ਾਟਗਨ ਸੀਕੁਐਂਸਿੰਗ ਸੱਚਮੁੱਚ ਇੱਕ ਨਵਾਂ ਤਰੀਕਾ ਹੈ ਜੋ ਮਨੁੱਖਾਂ ਜਾਂ ਹੋਰ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੇ ਵਾਇਰਸ ਦੇ ਅਧਿਐਨ ਵਿੱਚ ਗਤੀ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕਰ ਰਿਹਾ ਹੈ [21, 37, 64]। ਇਹ ਤਰੀਕਾ ਡਬਲ-ਸਟ੍ਰੈਂਡਡ ਡੀਐਨਏ ਵਾਇਰਸਾਂ ਦਾ ਅਧਿਐਨ ਕਰਨ ਲਈ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ ਤੌਰ 'ਤੇ ਲਾਭਦਾਇਕ ਹੈ, ਕਿਉਂਕਿ ਬਾਲਟੀਮੋਰ ਵਿੱਚ ਵਾਇਰਸਾਂ ਦੇ ਸਭ ਤੋਂ ਵਿਭਿੰਨ ਅਤੇ ਵਿਆਪਕ ਵਰਗ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹੋਏ, ਸਾਰੇ ਡਬਲ-ਸਟ੍ਰੈਂਡਡ ਡੀਐਨਏ ਵਾਇਰਸਾਂ ਵਿੱਚ ਕੋਈ ਵੀ ਜੀਨ ਸੁਰੱਖਿਅਤ ਨਹੀਂ ਹੈ [65]। ਹਾਲਾਂਕਿ ਇਹਨਾਂ ਵਿੱਚੋਂ ਜ਼ਿਆਦਾਤਰ ਵਾਇਰਸ ਵਰਗੀਕ੍ਰਿਤ ਨਹੀਂ ਰਹਿੰਦੇ ਹਨ ਅਤੇ ਵਾਇਰਲ ਦੁਨੀਆ ਦੇ ਇੱਕ ਪੂਰੀ ਤਰ੍ਹਾਂ ਅਣਜਾਣ ਹਿੱਸੇ ਤੋਂ ਵਾਇਰਸ ਸ਼ਾਮਲ ਹੋ ਸਕਦੇ ਹਨ [66], ਅਸੀਂ ਪਾਇਆ ਕਿ ਮੱਸਲ ਏ. ਐਟਰਾ ਅਤੇ ਐਮ. ਪਲੇਟੈਂਸਿਸ ਦੇ ਵਾਇਰਸ ਅਤੇ ਹੋਸਟ ਰੇਂਜ ਦੋ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ ਆਉਂਦੇ ਹਨ। ਇਸੇ ਤਰ੍ਹਾਂ (ਚਿੱਤਰ S3, ਵਾਧੂ ਜਾਣਕਾਰੀ ਵੇਖੋ)। ਇਹ ਸਮਾਨਤਾ ਹੈਰਾਨੀਜਨਕ ਨਹੀਂ ਹੈ, ਕਿਉਂਕਿ ਇਹ ਵਾਤਾਵਰਣ ਵਿੱਚ ਮੌਜੂਦ ਡੀਐਨਏ ਦੇ ਗ੍ਰਹਿਣ ਵਿੱਚ ਚੋਣਤਮਕਤਾ ਦੀ ਘਾਟ ਨੂੰ ਦਰਸਾ ਸਕਦੀ ਹੈ। RNA ਵਾਇਰਸ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਣ ਲਈ ਸ਼ੁੱਧ RNA ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ ਭਵਿੱਖ ਦੇ ਅਧਿਐਨਾਂ ਦੀ ਵਰਤਮਾਨ ਵਿੱਚ ਲੋੜ ਹੈ।
ਸਾਡੇ ਅਧਿਐਨ ਵਿੱਚ, ਅਸੀਂ ਕੋਵਾਰਸਕੀ ਅਤੇ ਸਹਿਯੋਗੀਆਂ [37] ਦੇ ਕੰਮ ਤੋਂ ਅਨੁਕੂਲਿਤ ਇੱਕ ਬਹੁਤ ਹੀ ਸਖ਼ਤ ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕੀਤੀ, ਜਿਨ੍ਹਾਂ ਨੇ ਨੇਟਿਵ ccfDNA ਦੇ ਅਸੈਂਬਲੀ ਤੋਂ ਪਹਿਲਾਂ ਅਤੇ ਬਾਅਦ ਵਿੱਚ ਪੂਲਡ ਰੀਡਜ਼ ਅਤੇ ਕੰਟਿਗਜ਼ ਦੇ ਦੋ-ਪੜਾਅ ਮਿਟਾਉਣ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕੀਤੀ, ਜਿਸਦੇ ਨਤੀਜੇ ਵਜੋਂ ਅਨਮੈਪਡ ਰੀਡਜ਼ ਦਾ ਇੱਕ ਉੱਚ ਅਨੁਪਾਤ ਹੋਇਆ। ਇਸ ਲਈ, ਅਸੀਂ ਇਸ ਗੱਲ ਤੋਂ ਇਨਕਾਰ ਨਹੀਂ ਕਰ ਸਕਦੇ ਕਿ ਇਹਨਾਂ ਵਿੱਚੋਂ ਕੁਝ ਅਨਮੈਪਡ ਰੀਡਜ਼ ਦਾ ਅਜੇ ਵੀ ਆਪਣਾ ਮੂਲ ਹੋ ਸਕਦਾ ਹੈ, ਮੁੱਖ ਤੌਰ 'ਤੇ ਕਿਉਂਕਿ ਸਾਡੇ ਕੋਲ ਇਸ ਮੱਸਲ ਪ੍ਰਜਾਤੀ ਲਈ ਇੱਕ ਹਵਾਲਾ ਜੀਨੋਮ ਨਹੀਂ ਹੈ। ਅਸੀਂ ਇਸ ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਇਸ ਲਈ ਵੀ ਕੀਤੀ ਕਿਉਂਕਿ ਅਸੀਂ ਸਵੈ ਅਤੇ ਗੈਰ-ਸਵੈ ਰੀਡਜ਼ ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ ਚਾਈਮੇਰਾ ਅਤੇ ਇਲੂਮੀਨਾ MiSeq PE75 ਦੁਆਰਾ ਤਿਆਰ ਕੀਤੀ ਗਈ ਰੀਡ ਲੰਬਾਈ ਬਾਰੇ ਚਿੰਤਤ ਸੀ। ਜ਼ਿਆਦਾਤਰ ਅਣਚਾਹੇ ਰੀਡਿੰਗਾਂ ਦਾ ਇੱਕ ਹੋਰ ਕਾਰਨ ਇਹ ਹੈ ਕਿ ਜ਼ਿਆਦਾਤਰ ਸਮੁੰਦਰੀ ਰੋਗਾਣੂ, ਖਾਸ ਕਰਕੇ ਦੂਰ-ਦੁਰਾਡੇ ਖੇਤਰਾਂ ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਕੇਰਗੁਏਲੇਨ ਵਿੱਚ, ਐਨੋਟੇਟ ਨਹੀਂ ਕੀਤੇ ਗਏ ਹਨ। ਅਸੀਂ ਇਲੂਮੀਨਾ MiSeq PE75 ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕੀਤੀ, ਇਹ ਮੰਨ ਕੇ ਕਿ ccfDNA ਖੰਡ ਦੀ ਲੰਬਾਈ ਮਨੁੱਖੀ ccfDNA ਦੇ ਸਮਾਨ ਹੈ। ਭਵਿੱਖ ਦੇ ਅਧਿਐਨਾਂ ਲਈ, ਸਾਡੇ ਨਤੀਜਿਆਂ ਨੂੰ ਦੇਖਦੇ ਹੋਏ ਕਿ ਹੀਮੋਲਿੰਫ ccfDNA ਮਨੁੱਖਾਂ ਅਤੇ/ਜਾਂ ਥਣਧਾਰੀ ਜੀਵਾਂ ਨਾਲੋਂ ਜ਼ਿਆਦਾ ਪੜ੍ਹਦਾ ਹੈ, ਅਸੀਂ ਲੰਬੇ ccfDNA ਟੁਕੜਿਆਂ ਲਈ ਵਧੇਰੇ ਢੁਕਵੇਂ ਸੀਕੁਐਂਸਿੰਗ ਪਲੇਟਫਾਰਮ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਨ ਦੀ ਸਿਫਾਰਸ਼ ਕਰਦੇ ਹਾਂ। ਇਹ ਅਭਿਆਸ ਡੂੰਘੇ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਲਈ ਹੋਰ ਸੰਕੇਤਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਨਾ ਬਹੁਤ ਸੌਖਾ ਬਣਾ ਦੇਵੇਗਾ। ਵਰਤਮਾਨ ਵਿੱਚ ਅਣਉਪਲਬਧ ਸੰਪੂਰਨ A. atra ਨਿਊਕਲੀਅਰ ਜੀਨੋਮ ਕ੍ਰਮ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕਰਨ ਨਾਲ ਸਵੈ ਅਤੇ ਗੈਰ-ਸਵੈ ਸਰੋਤਾਂ ਤੋਂ ccfDNA ਦੇ ਵਿਤਕਰੇ ਨੂੰ ਵੀ ਬਹੁਤ ਸੌਖਾ ਬਣਾਇਆ ਜਾਵੇਗਾ। ਇਹ ਦੇਖਦੇ ਹੋਏ ਕਿ ਸਾਡੀ ਖੋਜ ਨੇ ਤਰਲ ਬਾਇਓਪਸੀ ਦੀ ਧਾਰਨਾ ਨੂੰ ਮੱਸਲਾਂ 'ਤੇ ਲਾਗੂ ਕਰਨ ਦੀ ਸੰਭਾਵਨਾ 'ਤੇ ਕੇਂਦ੍ਰਿਤ ਕੀਤਾ ਹੈ, ਅਸੀਂ ਉਮੀਦ ਕਰਦੇ ਹਾਂ ਕਿ ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਇਸ ਧਾਰਨਾ ਨੂੰ ਭਵਿੱਖ ਦੀ ਖੋਜ ਵਿੱਚ ਵਰਤਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, ਮੱਸਲਾਂ ਦੀ ਸੂਖਮ ਜੀਵ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਦਾ ਅਧਿਐਨ ਕਰਨ ਲਈ ਇਸ ਵਿਧੀ ਦੀ ਸੰਭਾਵਨਾ ਨੂੰ ਵਧਾਉਣ ਲਈ ਨਵੇਂ ਔਜ਼ਾਰ ਅਤੇ ਪਾਈਪਲਾਈਨਾਂ ਵਿਕਸਤ ਕੀਤੀਆਂ ਜਾਣਗੀਆਂ। ਸਮੁੰਦਰੀ ਵਾਤਾਵਰਣ ਪ੍ਰਣਾਲੀ।
ਇੱਕ ਗੈਰ-ਹਮਲਾਵਰ ਕਲੀਨਿਕਲ ਬਾਇਓਮਾਰਕਰ ਦੇ ਤੌਰ 'ਤੇ, ccfDNA ਦੇ ਉੱਚੇ ਮਨੁੱਖੀ ਪਲਾਜ਼ਮਾ ਪੱਧਰ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਬਿਮਾਰੀਆਂ, ਟਿਸ਼ੂ ਨੁਕਸਾਨ ਅਤੇ ਤਣਾਅ ਦੀਆਂ ਸਥਿਤੀਆਂ [67,68,69] ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਹੋਏ ਹਨ। ਇਹ ਵਾਧਾ ਟਿਸ਼ੂ ਦੇ ਨੁਕਸਾਨ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਇਸਦੇ ਆਪਣੇ ਮੂਲ ਦੇ DNA ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੀ ਰਿਹਾਈ ਨਾਲ ਜੁੜਿਆ ਹੋਇਆ ਹੈ। ਅਸੀਂ ਇਸ ਮੁੱਦੇ ਨੂੰ ਤੀਬਰ ਗਰਮੀ ਦੇ ਤਣਾਅ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਸੰਬੋਧਿਤ ਕੀਤਾ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਮੱਸਲਾਂ ਨੂੰ ਥੋੜ੍ਹੇ ਸਮੇਂ ਲਈ 30 °C ਦੇ ਤਾਪਮਾਨ ਦੇ ਸੰਪਰਕ ਵਿੱਚ ਲਿਆਂਦਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਅਸੀਂ ਤਿੰਨ ਸੁਤੰਤਰ ਪ੍ਰਯੋਗਾਂ ਵਿੱਚ ਤਿੰਨ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਕਿਸਮਾਂ ਦੀਆਂ ਮੱਸਲਾਂ 'ਤੇ ਇਹ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕੀਤਾ। ਹਾਲਾਂਕਿ, ਸਾਨੂੰ ਤੀਬਰ ਗਰਮੀ ਦੇ ਤਣਾਅ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ccfDNA ਦੇ ਪੱਧਰਾਂ ਵਿੱਚ ਕੋਈ ਬਦਲਾਅ ਨਹੀਂ ਮਿਲਿਆ (ਚਿੱਤਰ S5, ਵਾਧੂ ਜਾਣਕਾਰੀ ਵੇਖੋ)। ਇਹ ਖੋਜ ਘੱਟੋ-ਘੱਟ ਅੰਸ਼ਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਇਸ ਤੱਥ ਦੀ ਵਿਆਖਿਆ ਕਰ ਸਕਦੀ ਹੈ ਕਿ ਮੱਸਲਾਂ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਅਰਧ-ਖੁੱਲ੍ਹਾ ਸੰਚਾਰ ਪ੍ਰਣਾਲੀ ਹੁੰਦੀ ਹੈ ਅਤੇ ਉਹਨਾਂ ਦੀ ਉੱਚ ਫਿਲਟਰਿੰਗ ਗਤੀਵਿਧੀ ਦੇ ਕਾਰਨ ਵੱਡੀ ਮਾਤਰਾ ਵਿੱਚ ਵਿਦੇਸ਼ੀ DNA ਇਕੱਠਾ ਕਰਦੇ ਹਨ। ਦੂਜੇ ਪਾਸੇ, ਮੱਸਲਾਂ, ਬਹੁਤ ਸਾਰੇ ਇਨਵਰਟੇਬ੍ਰੇਟਸ ਵਾਂਗ, ਤਣਾਅ-ਪ੍ਰੇਰਿਤ ਟਿਸ਼ੂ ਦੇ ਨੁਕਸਾਨ ਪ੍ਰਤੀ ਵਧੇਰੇ ਰੋਧਕ ਹੋ ਸਕਦੀਆਂ ਹਨ, ਇਸ ਤਰ੍ਹਾਂ ਉਹਨਾਂ ਦੇ ਹੀਮੋਲਿੰਫ ਵਿੱਚ ccfDNA ਦੀ ਰਿਹਾਈ ਨੂੰ ਸੀਮਤ ਕਰਦੀਆਂ ਹਨ [70, 71]।
ਅੱਜ ਤੱਕ, ਜਲ-ਪਰਿਆਵਰਣ ਪ੍ਰਣਾਲੀਆਂ ਵਿੱਚ ਜੈਵ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਦੇ ਡੀਐਨਏ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਨੇ ਮੁੱਖ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵਾਤਾਵਰਣ ਸੰਬੰਧੀ ਡੀਐਨਏ (eDNA) ਮੈਟਾਬਾਰਕੋਡਿੰਗ 'ਤੇ ਕੇਂਦ੍ਰਿਤ ਕੀਤਾ ਹੈ। ਹਾਲਾਂਕਿ, ਇਹ ਵਿਧੀ ਆਮ ਤੌਰ 'ਤੇ ਜੈਵ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਵਿੱਚ ਸੀਮਤ ਹੁੰਦੀ ਹੈ ਜਦੋਂ ਪ੍ਰਾਈਮਰ ਵਰਤੇ ਜਾਂਦੇ ਹਨ। ਸ਼ਾਟਗਨ ਸੀਕੁਐਂਸਿੰਗ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਪੀਸੀਆਰ ਦੀਆਂ ਸੀਮਾਵਾਂ ਅਤੇ ਪ੍ਰਾਈਮਰ ਸੈੱਟਾਂ ਦੀ ਪੱਖਪਾਤੀ ਚੋਣ ਨੂੰ ਦੂਰ ਕਰਦੀ ਹੈ। ਇਸ ਤਰ੍ਹਾਂ, ਇੱਕ ਅਰਥ ਵਿੱਚ, ਸਾਡਾ ਤਰੀਕਾ ਹਾਲ ਹੀ ਵਿੱਚ ਵਰਤੇ ਗਏ ਉੱਚ-ਥਰੂਪੁੱਟ ਈਡੀਐਨਏ ਸ਼ਾਟਗਨ ਸੀਕੁਐਂਸਿੰਗ ਵਿਧੀ ਦੇ ਨੇੜੇ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਸਿੱਧੇ ਤੌਰ 'ਤੇ ਖੰਡਿਤ ਡੀਐਨਏ ਨੂੰ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਕਰਨ ਅਤੇ ਲਗਭਗ ਸਾਰੇ ਜੀਵਾਂ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕਰਨ ਦੇ ਯੋਗ ਹੈ [72, 73]। ਹਾਲਾਂਕਿ, ਕਈ ਬੁਨਿਆਦੀ ਮੁੱਦੇ ਹਨ ਜੋ LB ਨੂੰ ਮਿਆਰੀ eDNA ਤਰੀਕਿਆਂ ਤੋਂ ਵੱਖਰਾ ਕਰਦੇ ਹਨ। ਬੇਸ਼ੱਕ, eDNA ਅਤੇ LB ਵਿਚਕਾਰ ਮੁੱਖ ਅੰਤਰ ਕੁਦਰਤੀ ਫਿਲਟਰ ਹੋਸਟਾਂ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਹੈ। eDNA ਦਾ ਅਧਿਐਨ ਕਰਨ ਲਈ ਕੁਦਰਤੀ ਫਿਲਟਰ ਵਜੋਂ ਸਮੁੰਦਰੀ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਸਪੰਜ ਅਤੇ ਬਾਇਵਾਲਵ (ਡ੍ਰੇਸੀਨਾ ਐਸਪੀਪੀ.) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਦੀ ਰਿਪੋਰਟ ਕੀਤੀ ਗਈ ਹੈ [74, 75]। ਹਾਲਾਂਕਿ, ਡ੍ਰੇਸੀਨਾ ਦੇ ਅਧਿਐਨ ਵਿੱਚ ਟਿਸ਼ੂ ਬਾਇਓਪਸੀ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ ਜਿਸ ਤੋਂ ਡੀਐਨਏ ਕੱਢਿਆ ਗਿਆ ਸੀ। LB ਤੋਂ ccfDNA ਦੇ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਲਈ ਟਿਸ਼ੂ ਬਾਇਓਪਸੀ, ਵਿਸ਼ੇਸ਼ ਅਤੇ ਕਈ ਵਾਰ ਮਹਿੰਗੇ ਉਪਕਰਣਾਂ ਅਤੇ eDNA ਜਾਂ ਟਿਸ਼ੂ ਬਾਇਓਪਸੀ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਲੌਜਿਸਟਿਕਸ ਦੀ ਲੋੜ ਨਹੀਂ ਹੁੰਦੀ ਹੈ। ਦਰਅਸਲ, ਅਸੀਂ ਹਾਲ ਹੀ ਵਿੱਚ ਰਿਪੋਰਟ ਕੀਤੀ ਹੈ ਕਿ LB ਤੋਂ ccfDNA ਨੂੰ ਕੋਲਡ ਚੇਨ ਬਣਾਈ ਰੱਖੇ ਬਿਨਾਂ FTA ਸਹਾਇਤਾ ਨਾਲ ਸਟੋਰ ਅਤੇ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕੀਤਾ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਦੂਰ-ਦੁਰਾਡੇ ਖੇਤਰਾਂ ਵਿੱਚ ਖੋਜ ਲਈ ਇੱਕ ਵੱਡੀ ਚੁਣੌਤੀ ਹੈ [76]। ਤਰਲ ਬਾਇਓਪਸੀ ਤੋਂ ccfDNA ਕੱਢਣਾ ਵੀ ਸਧਾਰਨ ਹੈ ਅਤੇ ਸ਼ਾਟਗਨ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ ਅਤੇ PCR ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਲਈ ਉੱਚ ਗੁਣਵੱਤਾ ਵਾਲਾ DNA ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦਾ ਹੈ। eDNA ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ [77] ਨਾਲ ਜੁੜੀਆਂ ਕੁਝ ਤਕਨੀਕੀ ਸੀਮਾਵਾਂ ਦੇ ਮੱਦੇਨਜ਼ਰ ਇਹ ਇੱਕ ਵੱਡਾ ਫਾਇਦਾ ਹੈ। ਨਮੂਨਾ ਵਿਧੀ ਦੀ ਸਰਲਤਾ ਅਤੇ ਘੱਟ ਲਾਗਤ ਲੰਬੇ ਸਮੇਂ ਦੇ ਨਿਗਰਾਨੀ ਪ੍ਰੋਗਰਾਮਾਂ ਲਈ ਵੀ ਖਾਸ ਤੌਰ 'ਤੇ ਢੁਕਵੀਂ ਹੈ। ਉਹਨਾਂ ਦੀ ਉੱਚ ਫਿਲਟਰਿੰਗ ਯੋਗਤਾ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, ਬਾਇਵਾਲਵ ਦੀ ਇੱਕ ਹੋਰ ਜਾਣੀ-ਪਛਾਣੀ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾ ਉਹਨਾਂ ਦੇ ਬਲਗ਼ਮ ਦੀ ਰਸਾਇਣਕ ਮਿਊਕੋਪੋਲੀਸੈਕਰਾਈਡ ਰਚਨਾ ਹੈ, ਜੋ ਵਾਇਰਸਾਂ ਦੇ ਸੋਖਣ ਨੂੰ ਉਤਸ਼ਾਹਿਤ ਕਰਦੀ ਹੈ [78, 79]। ਇਹ ਬਾਇਵਾਲਵ ਨੂੰ ਦਿੱਤੇ ਗਏ ਜਲ-ਪਰਿਆਵਰਣ ਪ੍ਰਣਾਲੀ ਵਿੱਚ ਜੈਵ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਅਤੇ ਜਲਵਾਯੂ ਪਰਿਵਰਤਨ ਦੇ ਪ੍ਰਭਾਵ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਣ ਲਈ ਇੱਕ ਆਦਰਸ਼ ਕੁਦਰਤੀ ਫਿਲਟਰ ਬਣਾਉਂਦਾ ਹੈ। ਹਾਲਾਂਕਿ ਹੋਸਟ-ਪ੍ਰਾਪਤ ਡੀਐਨਏ ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਨੂੰ ਈਡੀਐਨਏ ਦੇ ਮੁਕਾਬਲੇ ਵਿਧੀ ਦੀ ਇੱਕ ਸੀਮਾ ਵਜੋਂ ਦੇਖਿਆ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ, ਪਰ ਈਡੀਐਨਏ ਦੇ ਮੁਕਾਬਲੇ ਅਜਿਹੇ ਮੂਲ ਸੀਸੀਐਫਡੀਐਨਏ ਹੋਣ ਨਾਲ ਜੁੜੀ ਲਾਗਤ ਸਿਹਤ ਅਧਿਐਨਾਂ ਲਈ ਉਪਲਬਧ ਜਾਣਕਾਰੀ ਦੀ ਵਿਸ਼ਾਲ ਮਾਤਰਾ ਲਈ ਇੱਕੋ ਸਮੇਂ ਸਮਝਣ ਯੋਗ ਹੈ। ਆਫਸੈੱਟ ਹੋਸਟ। ਇਸ ਵਿੱਚ ਹੋਸਟ ਹੋਸਟ ਦੇ ਜੀਨੋਮ ਵਿੱਚ ਏਕੀਕ੍ਰਿਤ ਵਾਇਰਲ ਕ੍ਰਮਾਂ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਸ਼ਾਮਲ ਹੈ। ਇਹ ਖਾਸ ਤੌਰ 'ਤੇ ਮੱਸਲਾਂ ਲਈ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਹੈ, ਬਾਇਵਾਲਵਜ਼ ਵਿੱਚ ਖਿਤਿਜੀ ਤੌਰ 'ਤੇ ਪ੍ਰਸਾਰਿਤ ਲਿਊਕੇਮਿਕ ਰੈਟਰੋਵਾਇਰਸ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਨੂੰ ਦੇਖਦੇ ਹੋਏ [80, 81]। ਈਡੀਐਨਏ ਉੱਤੇ ਐਲਬੀ ਦਾ ਇੱਕ ਹੋਰ ਫਾਇਦਾ ਇਹ ਹੈ ਕਿ ਇਹ ਹੀਮੋਲਿੰਫ ਵਿੱਚ ਘੁੰਮਦੇ ਖੂਨ ਦੇ ਸੈੱਲਾਂ ਦੀ ਫੈਗੋਸਾਈਟਿਕ ਗਤੀਵਿਧੀ ਦਾ ਸ਼ੋਸ਼ਣ ਕਰਦਾ ਹੈ, ਜੋ ਸੂਖਮ ਜੀਵਾਣੂਆਂ (ਅਤੇ ਉਨ੍ਹਾਂ ਦੇ ਜੀਨੋਮ) ਨੂੰ ਘੇਰ ਲੈਂਦਾ ਹੈ। ਫੈਗੋਸਾਈਟੋਸਿਸ ਬਾਇਵਾਲਵਜ਼ ਵਿੱਚ ਖੂਨ ਦੇ ਸੈੱਲਾਂ ਦਾ ਮੁੱਖ ਕਾਰਜ ਹੈ [82]। ਅੰਤ ਵਿੱਚ, ਇਹ ਵਿਧੀ ਮੱਸਲਾਂ ਦੀ ਉੱਚ ਫਿਲਟਰਿੰਗ ਸਮਰੱਥਾ (ਔਸਤਨ 1.5 l/h ਸਮੁੰਦਰੀ ਪਾਣੀ) ਅਤੇ ਦੋ-ਦਿਨ ਦੇ ਸਰਕੂਲੇਸ਼ਨ ਦਾ ਫਾਇਦਾ ਉਠਾਉਂਦੀ ਹੈ, ਜੋ ਸਮੁੰਦਰੀ ਪਾਣੀ ਦੀਆਂ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਪਰਤਾਂ ਦੇ ਮਿਸ਼ਰਣ ਨੂੰ ਵਧਾਉਂਦੀ ਹੈ, ਜਿਸ ਨਾਲ ਹੇਟਰੋਲੋਗਸ ਈਡੀਐਨਏ ਨੂੰ ਕੈਪਚਰ ਕੀਤਾ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ। [83, 84]। ਇਸ ਤਰ੍ਹਾਂ, ਮੱਸਲ ccfDNA ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਮੱਸਲਾਂ ਦੇ ਪੌਸ਼ਟਿਕ, ਆਰਥਿਕ ਅਤੇ ਵਾਤਾਵਰਣਕ ਪ੍ਰਭਾਵਾਂ ਨੂੰ ਦੇਖਦੇ ਹੋਏ ਇੱਕ ਦਿਲਚਸਪ ਰਸਤਾ ਹੈ। ਮਨੁੱਖਾਂ ਤੋਂ ਇਕੱਠੇ ਕੀਤੇ LB ਦੇ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦੇ ਸਮਾਨ, ਇਹ ਵਿਧੀ ਬਾਹਰੀ ਪਦਾਰਥਾਂ ਦੇ ਜਵਾਬ ਵਿੱਚ ਹੋਸਟ DNA ਵਿੱਚ ਜੈਨੇਟਿਕ ਅਤੇ ਐਪੀਜੀਨੇਟਿਕ ਤਬਦੀਲੀਆਂ ਨੂੰ ਮਾਪਣ ਦੀ ਸੰਭਾਵਨਾ ਨੂੰ ਵੀ ਖੋਲ੍ਹਦੀ ਹੈ। ਉਦਾਹਰਣ ਵਜੋਂ, ਨੈਨੋਪੋਰ ਸੀਕੁਐਂਸਿੰਗ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ ਮੂਲ ccfDNA ਵਿੱਚ ਜੀਨੋਮ-ਵਿਆਪਕ ਮਿਥਾਈਲੇਸ਼ਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕਰਨ ਲਈ ਤੀਜੀ-ਪੀੜ੍ਹੀ ਦੀ ਸੀਕੁਐਂਸਿੰਗ ਤਕਨਾਲੋਜੀਆਂ ਦੀ ਕਲਪਨਾ ਕੀਤੀ ਜਾ ਸਕਦੀ ਹੈ। ਇਸ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਨੂੰ ਇਸ ਤੱਥ ਦੁਆਰਾ ਸੁਵਿਧਾਜਨਕ ਬਣਾਇਆ ਜਾਣਾ ਚਾਹੀਦਾ ਹੈ ਕਿ ਮੱਸਲ ccfDNA ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੀ ਲੰਬਾਈ ਲੰਬੇ-ਪੜ੍ਹੇ ਗਏ ਸੀਕੁਐਂਸਿੰਗ ਪਲੇਟਫਾਰਮਾਂ ਦੇ ਨਾਲ ਆਦਰਸ਼ਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਅਨੁਕੂਲ ਹੈ ਜੋ ਰਸਾਇਣਕ ਪਰਿਵਰਤਨ ਦੀ ਜ਼ਰੂਰਤ ਤੋਂ ਬਿਨਾਂ ਇੱਕ ਸਿੰਗਲ ਸੀਕੁਐਂਸਿੰਗ ਤੋਂ ਜੀਨੋਮ-ਵਿਆਪਕ DNA ਮਿਥਾਈਲੇਸ਼ਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਨੂੰ ਚਲਾਉਣ ਦੀ ਆਗਿਆ ਦਿੰਦੇ ਹਨ।85,86] ਇਹ ਇੱਕ ਦਿਲਚਸਪ ਸੰਭਾਵਨਾ ਹੈ, ਕਿਉਂਕਿ ਇਹ ਦਿਖਾਇਆ ਗਿਆ ਹੈ ਕਿ DNA ਮਿਥਾਈਲੇਸ਼ਨ ਪੈਟਰਨ ਵਾਤਾਵਰਣ ਤਣਾਅ ਪ੍ਰਤੀ ਪ੍ਰਤੀਕਿਰਿਆ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ ਅਤੇ ਕਈ ਪੀੜ੍ਹੀਆਂ ਤੱਕ ਜਾਰੀ ਰਹਿੰਦੇ ਹਨ। ਇਸ ਲਈ, ਇਹ ਜਲਵਾਯੂ ਪਰਿਵਰਤਨ ਜਾਂ ਪ੍ਰਦੂਸ਼ਕਾਂ ਦੇ ਸੰਪਰਕ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਪ੍ਰਤੀਕਿਰਿਆ ਨੂੰ ਨਿਯੰਤਰਿਤ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਅੰਤਰੀਵ ਵਿਧੀਆਂ ਵਿੱਚ ਕੀਮਤੀ ਸਮਝ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰ ਸਕਦਾ ਹੈ [87]। ਹਾਲਾਂਕਿ, LB ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਸੀਮਾਵਾਂ ਤੋਂ ਬਿਨਾਂ ਨਹੀਂ ਹੈ। ਇਹ ਕਹਿਣ ਦੀ ਜ਼ਰੂਰਤ ਨਹੀਂ ਹੈ ਕਿ ਇਸ ਲਈ ਈਕੋਸਿਸਟਮ ਵਿੱਚ ਸੂਚਕ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਦੀ ਲੋੜ ਹੁੰਦੀ ਹੈ। ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਉੱਪਰ ਦੱਸਿਆ ਗਿਆ ਹੈ, ਕਿਸੇ ਦਿੱਤੇ ਗਏ ਈਕੋਸਿਸਟਮ ਦੀ ਜੈਵ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਦਾ ਮੁਲਾਂਕਣ ਕਰਨ ਲਈ LB ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਨ ਲਈ ਇੱਕ ਸਖ਼ਤ ਬਾਇਓਇਨਫਾਰਮੈਟਿਕਸ ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਦੀ ਵੀ ਲੋੜ ਹੁੰਦੀ ਹੈ ਜੋ ਸਰੋਤ ਤੋਂ DNA ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਨੂੰ ਧਿਆਨ ਵਿੱਚ ਰੱਖਦੀ ਹੈ। ਇੱਕ ਹੋਰ ਵੱਡੀ ਸਮੱਸਿਆ ਸਮੁੰਦਰੀ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਲਈ ਸੰਦਰਭ ਜੀਨੋਮ ਦੀ ਉਪਲਬਧਤਾ ਹੈ। ਇਹ ਉਮੀਦ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ ਕਿ ਸਮੁੰਦਰੀ ਥਣਧਾਰੀ ਜੀਨੋਮ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟ ਅਤੇ ਹਾਲ ਹੀ ਵਿੱਚ ਸਥਾਪਿਤ Fish10k ਪ੍ਰੋਜੈਕਟ [88] ਵਰਗੀਆਂ ਪਹਿਲਕਦਮੀਆਂ ਭਵਿੱਖ ਵਿੱਚ ਅਜਿਹੇ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦੀ ਸਹੂਲਤ ਦੇਣਗੀਆਂ। ਸਮੁੰਦਰੀ ਫਿਲਟਰ-ਫੀਡਿੰਗ ਜੀਵਾਂ ਲਈ LB ਸੰਕਲਪ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ ਤਕਨਾਲੋਜੀ ਵਿੱਚ ਨਵੀਨਤਮ ਤਰੱਕੀ ਦੇ ਅਨੁਕੂਲ ਵੀ ਹੈ, ਜਿਸ ਨਾਲ ਇਹ ਵਾਤਾਵਰਣ ਤਣਾਅ ਦੇ ਜਵਾਬ ਵਿੱਚ ਸਮੁੰਦਰੀ ਨਿਵਾਸ ਸਥਾਨਾਂ ਦੀ ਸਿਹਤ ਬਾਰੇ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਜਾਣਕਾਰੀ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਨ ਲਈ ਮਲਟੀ-ਓਮ ਬਾਇਓਮਾਰਕਰਾਂ ਦੇ ਵਿਕਾਸ ਲਈ ਢੁਕਵਾਂ ਹੈ।
ਜੀਨੋਮ ਸੀਕੁਐਂਸਿੰਗ ਡੇਟਾ ਨੂੰ ਬਾਇਓਪ੍ਰੋਜੈਕਟਸ SRR8924808 ਦੇ ਤਹਿਤ NCBI ਸੀਕੁਐਂਸ ਰੀਡ ਆਰਕਾਈਵ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRR8924808 ਵਿੱਚ ਜਮ੍ਹਾ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ।
ਬਰੀਅਰਲੀ ਏਐਸ, ਕਿੰਗਸਫੋਰਡ ਐਮਜੇ ਸਮੁੰਦਰੀ ਜੀਵਨ ਅਤੇ ਵਾਤਾਵਰਣ ਪ੍ਰਣਾਲੀਆਂ 'ਤੇ ਜਲਵਾਯੂ ਪਰਿਵਰਤਨ ਦਾ ਪ੍ਰਭਾਵ। ਕੋਲ ਬਾਇਓਲੋਜੀ। 2009; 19: ਪੀ602–ਪੀ614।
ਗਿਸੀ ਈ, ਮਾਨੀਆ ਈ, ਮਜ਼ਾਰਿਸ ਏਡੀ, ਫ੍ਰਾਸ਼ੇਟੀ ਐਸ, ਅਲਮਪਾਨੀਡੋ ਵੀ, ਬੇਵਿਲਾਕਵਾ ਐਸ, ਆਦਿ। ਸਮੁੰਦਰੀ ਵਾਤਾਵਰਣ 'ਤੇ ਜਲਵਾਯੂ ਪਰਿਵਰਤਨ ਅਤੇ ਹੋਰ ਸਥਾਨਕ ਤਣਾਅ ਦੇ ਸੰਯੁਕਤ ਪ੍ਰਭਾਵਾਂ 'ਤੇ ਵਿਚਾਰ ਕਰੋ। ਆਮ ਵਿਗਿਆਨਕ ਵਾਤਾਵਰਣ। 2021;755:142564।
Carella F, Antuofermo E, Farina S, Salati F, Mandas D, Prado P, et al. ). ਪਹਿਲੀ ਮਾਰਚ ਦਾ ਵਿਗਿਆਨ. 2020; 7:48।
ਸੇਰੋਂਟ ਐਲ, ਨਿਕਾਸਟ੍ਰੋ ਸੀਆਰ, ਜ਼ਰਦੀ ਜੀਆਈ, ਗੋਬਰਵਿਲ ਈ. ਦੁਹਰਾਉਣ ਵਾਲੇ ਗਰਮੀ ਦੇ ਤਣਾਅ ਦੀਆਂ ਸਥਿਤੀਆਂ ਵਿੱਚ ਘਟੀ ਹੋਈ ਗਰਮੀ ਸਹਿਣਸ਼ੀਲਤਾ ਨੀਲੇ ਮੱਸਲਾਂ ਦੀ ਉੱਚ ਗਰਮੀਆਂ ਦੀ ਮੌਤ ਦਰ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀ ਹੈ। ਵਿਗਿਆਨਕ ਰਿਪੋਰਟ 2019; 9:17498।
ਫੇ ਐਸਬੀ, ਸੀਪੀਲਸਕੀ ਏਐਮ, ਨਸਲੇ ਐਸ, ਸਰਵੈਂਟਸ-ਯੋਸ਼ੀਦਾ ਕੇ, ਹਵਾਨ ਜੇਐਲ, ਹਿਊਬਰ ਈਆਰ, ਆਦਿ। ਜਾਨਵਰਾਂ ਦੀਆਂ ਮੌਤਾਂ ਦੀ ਬਾਰੰਬਾਰਤਾ, ਕਾਰਨਾਂ ਅਤੇ ਹੱਦ ਵਿੱਚ ਹਾਲੀਆ ਬਦਲਾਅ। ਪ੍ਰੋਕ ਨੈਟਲ ਅਕਾਦ ਸਾਇੰਸ ਯੂਐਸਏ। 2015;112:1083-8।
ਸਕਾਰਪਾ ਐਫ, ਸਨਾ ਡੀ, ਅਜ਼ੇਨਾ I, ਮੁਗੇਟੀ ਡੀ, ਸੇਰੂਤੀ ਐਫ, ਹੋਸੀਨੀ ਐਸ, ਏਟ ਅਲ। ਕਈ ਗੈਰ-ਪ੍ਰਜਾਤੀ-ਵਿਸ਼ੇਸ਼ ਜਰਾਸੀਮ ਪਿਨਾ ਨੋਬਿਲਿਸ ਦੀ ਵਿਆਪਕ ਮੌਤ ਦਾ ਕਾਰਨ ਬਣ ਸਕਦੇ ਹਨ। ਜੀਵਨ. 2020; 10:238।
ਬ੍ਰੈਡਲੀ ਐਮ, ਕੌਟਸ ਐਸਜੇ, ਜੇਨਕਿਨਸ ਈ, ਓਹਾਰਾ ਟੀਐਮ। ਆਰਕਟਿਕ ਜ਼ੂਨੋਟਿਕ ਬਿਮਾਰੀਆਂ 'ਤੇ ਜਲਵਾਯੂ ਪਰਿਵਰਤਨ ਦਾ ਸੰਭਾਵੀ ਪ੍ਰਭਾਵ। ਇੰਟ ਜੇ ਸਰਕੰਪੋਲਰ ਹੈਲਥ। 2005; 64:468–77।
ਬੇਅਰ ਜੇ., ਗ੍ਰੀਨ ਐਨਡਬਲਯੂ, ਬਰੂਕਸ ਐਸ., ਐਲਨ ਆਈਜੇ, ਰੂਸ ਏ., ਗੋਮੇਜ਼ ਟੀ. ਆਦਿ। ਤੱਟਵਰਤੀ ਪ੍ਰਦੂਸ਼ਣ ਨਿਗਰਾਨੀ ਵਿੱਚ ਸਿਗਨਲ ਜੀਵਾਂ ਦੇ ਰੂਪ ਵਿੱਚ ਨੀਲੀਆਂ ਮੱਸਲਾਂ (ਮਾਈਟਿਲਸ ਐਡੁਲਿਸ ਐਸਪੀਪੀ.): ਇੱਕ ਸਮੀਖਿਆ। ਮਾਰ ਐਨਵਾਇਰਨ ਰੇਸ 2017; 130:338-65।
ਸਿਰਾਵੇਗਨਾ ਜੀ, ਮਾਰਸੋਨੀ ਐਸ, ਸਿਏਨਾ ਐਸ, ਬਾਰਡੇਲੀ ਏ. ਕੈਂਸਰ ਦੇ ਇਲਾਜ ਵਿੱਚ ਤਰਲ ਬਾਇਓਪਸੀ ਦਾ ਏਕੀਕਰਨ। ਨੈਟ ਰੇਵ ਕਲੀਨ ਓਨਕੋਲ। 2017; 14:531–48।
ਵਾਨ ਜੇਸੀਐਮ, ਮੈਸੀ ਸੀ, ਗਾਰਸੀਆ-ਕੋਰਬਾਚੋ ਜੇ, ਮੌਲੀਅਰ ਐਫ, ਬ੍ਰੈਂਟਨ ਜੇਡੀ, ਕੈਲਡਾਸ ਸੀ, ਆਦਿ। ਤਰਲ ਬਾਇਓਪਸੀ ਪਰਿਪੱਕਤਾ: ਟਿਊਮਰ ਡੀਐਨਏ ਨੂੰ ਸੰਚਾਰਿਤ ਕਰਨ ਦੀ ਆਗਿਆ ਦਿੰਦਾ ਹੈ। ਨੈਟ ਰੇਵ ਕੈਂਸਰ। 2017;17:223–38।
ਮੈਂਡੇਲ ਪੀ., ਮੈਟਾਈਸ ਪੀ. ਮਨੁੱਖੀ ਪਲਾਜ਼ਮਾ ਵਿੱਚ ਨਿਊਕਲੀਕ ਐਸਿਡ। ਸੋਕ ਬਾਇਓਲ ਸਹਾਇਕ ਕੰਪਨੀਆਂ ਦੇ ਮੀਟਿੰਗ ਮਿੰਟ। 1948; 142:241-3।
ਬ੍ਰੋਂਖੋਰਸਟ ਏਜੇ, ਅੰਗੇਰਰ ਡਬਲਯੂ, ਹੋਲਡਨਰੀਡਰ ਐਸ. ਕੈਂਸਰ ਦੇ ਇਲਾਜ ਲਈ ਇੱਕ ਅਣੂ ਮਾਰਕਰ ਵਜੋਂ ਸੈੱਲ-ਮੁਕਤ ਡੀਐਨਏ ਲਈ ਇੱਕ ਨਵੀਂ ਭੂਮਿਕਾ। ਬਾਇਓਮੋਲਰ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦੀ ਮਾਤਰਾ। 2019;17:100087।
ਇਗਨੇਟਿਆਡਿਸ ਐਮ., ਸਲੇਜ ਜੀ.ਡਬਲਯੂ., ਜੈਫਰੀ ਐਸ.ਐਸ. ਲਿਕਵਿਡ ਬਾਇਓਪਸੀ ਕਲੀਨਿਕ ਵਿੱਚ ਦਾਖਲ ਹੁੰਦੀ ਹੈ - ਲਾਗੂ ਕਰਨ ਦੇ ਮੁੱਦੇ ਅਤੇ ਭਵਿੱਖ ਦੀਆਂ ਚੁਣੌਤੀਆਂ। ਨੈਟ ਰੇਵ ਕਲੀਨ ਓਨਕੋਲ। 2021; 18:297–312।
ਲੋ ਵਾਈਐਮ, ਕੋਰਬੇਟਾ ਐਨ., ਚੈਂਬਰਲੇਨ ਪੀਐਫ, ਰਾਏ ਡਬਲਯੂ., ਸਾਰਜੈਂਟ ਆਈਐਲ, ਰੈੱਡਮੈਨ ਸੀਡਬਲਯੂ ਅਤੇ ਹੋਰ। ਭਰੂਣ ਡੀਐਨਏ ਮਾਂ ਦੇ ਪਲਾਜ਼ਮਾ ਅਤੇ ਸੀਰਮ ਵਿੱਚ ਮੌਜੂਦ ਹੁੰਦਾ ਹੈ। ਲੈਂਸੇਟ। 1997; 350:485-7।
ਮੁਫੈਰੇ ਐਮਐਨ, ਵੋਂਗ ਆਰਜੇ, ਸ਼ਾਅ ਜੀਐਮ, ਸਟੀਵਨਸਨ ਡੀਕੇ, ਕੁਆਕ ਐਸਆਰ ਗਰਭ ਅਵਸਥਾ ਦੌਰਾਨ ਔਰਤਾਂ ਦੇ ਖੂਨ ਵਿੱਚ ਘੁੰਮਦੇ ਐਕਸਟਰਸੈਲੂਲਰ ਆਰਐਨਏ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ ਗਰਭ ਅਵਸਥਾ ਅਤੇ ਇਸ ਦੀਆਂ ਪੇਚੀਦਗੀਆਂ ਦਾ ਅਧਿਐਨ। ਡੋਪੀਡੀਆਟ੍ਰਿਕਸ। 2020;8:605219।
ਓਲੇਰਿਚ ਐਮ, ਸ਼ੇਰਵੁੱਡ ਕੇ, ਕੀਓਨ ਪੀ, ਸ਼ੂਟਜ਼ ਈ, ਬੇਕ ਜੇ, ਸਟੈਗਬਾਉਰ ਜੇ, ਆਦਿ। ਤਰਲ ਬਾਇਓਪਸੀ: ਦਾਨੀ ਸੈੱਲ-ਮੁਕਤ ਡੀਐਨਏ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਗੁਰਦੇ ਦੇ ਗ੍ਰਾਫਟ ਵਿੱਚ ਐਲੋਜੀਨਿਕ ਜਖਮਾਂ ਦਾ ਪਤਾ ਲਗਾਉਣ ਲਈ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ। ਨੈਟ ਰੇਵ ਨੈਫਰੋਲ। 2021; 17:591–603।
ਜੁਆਨ ਐਫਸੀ, ਲੋ ਵਾਈਐਮ ਪ੍ਰੈਨੇਟਲ ਡਾਇਗਨੌਸਟਿਕਸ ਵਿੱਚ ਇਨੋਵੇਸ਼ਨ: ਮੈਟਰਨਲ ਪਲਾਜ਼ਮਾ ਜੀਨੋਮ ਸੀਕੁਐਂਸਿੰਗ। ਅੰਨਾ ਐਮਡੀ। 2016;67:419-32।
ਗੁ ਡਬਲਯੂ, ਡੇਂਗ ਐਕਸ, ਲੀ ਐਮ, ਸੁਕੂ ਵਾਈਡੀ, ਅਰੇਵਾਲੋ ਐਸ, ਸਟ੍ਰਾਈਕ ਡੀ, ਆਦਿ। ਸੰਕਰਮਿਤ ਸਰੀਰਕ ਤਰਲ ਪਦਾਰਥਾਂ ਦੀ ਅਗਲੀ ਪੀੜ੍ਹੀ ਦੇ ਮੈਟਾਜੇਨੋਮਿਕ ਸੀਕੁਐਂਸਿੰਗ ਦੇ ਨਾਲ ਤੇਜ਼ੀ ਨਾਲ ਰੋਗਾਣੂ ਖੋਜ। ਨੈਟ ਮੈਡੀਸਨ। 2021;27:115-24।
ਪੋਸਟ ਸਮਾਂ: ਅਗਸਤ-14-2022
