Waad ku mahadsan tahay booqashada Nature.com.Nooca browserka aad isticmaalayso waxa uu leeyahay taageerada CSS oo xadidan.Waayo-aragnimada ugu fiican, waxaan kugula talineynaa inaad isticmaasho browser-ka la cusboonaysiiyay (ama aad damiso Habka Laqabsiga ee Internet Explorer).Dhanka kale, si loo xaqiijiyo taageerada joogtada ah, waxaan ka dhigi doonaa goobta iyada oo aan lahayn qaabab iyo JavaScript.
Biyo-qaadista dareeraha ah (LB) waa fikradda si degdeg ah caan uga helaysa goobta biomedical.Fikradda waxay inta badan ku salaysan tahay ogaanshaha jajabyada wareega wareegga DNA-da ee ka baxsan unugyada (ccfDNA), kuwaas oo inta badan loo sii daayo sida jajabyo yaryar ka dib dhimashada unugyada unugyada kala duwan.Qayb yar oo ka mid ah jajabyadan waxay ka soo jeedaan unugyo ama noole shisheeye (ajnabi).Shaqada hadda jirta, waxaan ku dabaqnay fikradan mussels, nooc sentinel ah oo loo yaqaan awoodda sifeynta biyaha badda ee sarreeya.Waxaan u isticmaalnaa awooda mussels inay u dhaqmaan sida filtarrada dabiiciga ah si ay u qabtaan jajabyada DNA-da deegaanka ee ilo kala duwan si ay u bixiyaan macluumaadka ku saabsan kala duwanaanshaha noole ee xeebaha badda.Natiijooyinkayagu waxay muujinayaan in hemolymph mussel ay ka kooban yihiin jajab DNA oo aad u kala duwan, laga bilaabo 1 ilaa 5 kb.Isku xigxiga Shotgun wuxuu muujiyay in tiro badan oo jajab DNA ah ay asal ahaan ka soo jeedaan microbial shisheeye.Waxaa ka mid ah, waxaan ka helnay jajabyada DNA-da ee bakteeriyada, archaea, iyo fayrasyada, oo ay ku jiraan fayrasyada loo yaqaan in ay qaadaan noocyo kala duwan oo marti-gal ah oo caadi ahaan laga helo hab-nololeedyada xeebaha badda.Gebogebadii, daraasaddeenu waxay muujinaysaa in fikradda LB ee lagu dabaqay mussels ay ka dhigan tahay ilo hodan ah laakiin aan weli la sahamin oo laga helayo aqoonta ku saabsan kala duwanaanshaha microbial ee hab-nololeedyada xeebaha badda.
Saamaynta isbeddelka cimilada (CC) ee kala duwanaanshaha noole ee nidaamyada deegaanka badda waa goob cilmi-baaris degdeg ah u koraysa.Kulaylka caalamiga ah ma aha oo kaliya inuu keeno culaysyo nafsiyeed oo muhiim ah, laakiin sidoo kale wuxuu riixaa xaddidaadda korriinka ee xasilloonida kulaylka noolaha badda, taasoo saameynaysa deegaanka tiro ka mid ah noocyada, taasoo ku kallifta inay raadiyaan xaalado aad u wanaagsan [1, 2].Marka laga soo tago saameynta noolaha kala duwanaanshaha metazoans-ka, CC waxay carqaladeysaa dheellitirka jilicsan ee isdhexgalka martida-microbial.Dysbacteriosis-ka microbial-ka ah wuxuu halis weyn u yahay hab-nololeedyada badda maadaama ay ka dhigayso noolaha badda inay u nugul yihiin jeermiska faafa [3, 4].Waxaa la rumeysan yahay in SS ay door muhiim ah ka ciyaarto dhimashada ballaaran, taas oo dhibaato weyn ku ah maaraynta nidaamka deegaanka badda ee caalamiga ah [5, 6].Tani waa arrin muhiim ah marka la eego saameynta dhaqaale, deegaan iyo nafaqo ee noocyo badan oo badda ah.Tani waxay si gaar ah run ugu tahay bivalves-ka ku nool gobollada polar, halkaas oo saameynta CK ay aad u degdeg badan tahay oo aad u daran [6, 7].Dhab ahaantii, bivalves sida Mytilus spp.si weyn ayaa loo isticmaalaa si loola socdo saamaynta CC ee nidaamka deegaanka badda.La yaab ma leh, tiro aad u tiro badan oo biomarkers ah ayaa loo sameeyay si ay ula socdaan caafimaadkooda, inta badan iyadoo la adeegsanayo hab laba-heer ah oo ku lug leh biomarkers shaqeynaya oo ku saleysan waxqabadka enzymatic ama howlaha gacanta sida jiritaanka unugyada iyo waxqabadka phagocytic [8].Hababkan ayaa sidoo kale waxaa ka mid ah cabbiraadda fiirsashada tilmaamayaasha cadaadiska gaarka ah ee ku urura unugyada jilicsan ka dib nuugista xaddi badan oo biyaha badda ah.Si kastaba ha ahaatee, awoodda sifaynta sare iyo nidaamka wareegga wareegga nus-furan ee bivalves waxay siinayaan fursad ay ku horumariyaan biomarkers hemolymph cusub iyadoo la adeegsanayo fikradda ka-qaadista dareeraha (LB), hab sahlan oo yar oo galmo ah oo loogu talagalay maareynta bukaanka.tijaabada dhiiga [9, 10].Inkasta oo dhowr nooc oo unugyo wareeg ah laga heli karo LB bini'aadamka, fikraddan waxay ugu horreyn ku saleysan tahay falanqaynta isku xigxiga DNA ee wareegyada DNA-da ka baxsan unugyada (ccfDNA) ee balasmaha.Dhab ahaantii, joogitaanka DNA-da wareegaya ee balasmaha bini'aadamka ayaa la ogaa tan iyo bartamihii qarnigii 20-aad [11], laakiin waa sannadihii ugu dambeeyay oo kaliya in imaanshaha hababka isdaba-joogga ah ee isdaba-joogga ah ay keentay ogaanshaha kiliinikada ee ku salaysan ccfDNA.Joogitaanka jajabyada DNA-da ee wareegaya waxaa sabab u ah siideynta aan tooska ahayn ee DNA-da genomic (nukliyeerka iyo mitochondrial) ka dib dhimashada unugyada. Shakhsiyaadka caafimaadka qaba, fiirsashada ccfDNA caadi ahaan waa ay hooseysaa (<10 ng/mL) laakiin waxaa lagu kordhin karaa 5-10 jeer bukaanada la ildaran cuduro kala duwan ama la kulma cadaadis, taasoo keentay dhaawaca unugyada. Shakhsiyaadka caafimaadka qaba, fiirsashada ccfDNA caadi ahaan waa ay hooseysaa (<10 ng/mL) laakiin waxaa lagu kordhin karaa 5-10 jeer bukaanada la ildaran cuduro kala duwan ama la kulma cadaadis, taasoo keentay dhaawaca unugyada. У здоровых людей концентрастия ологией или подвергающихся стрессу, приводящему к повреждению тканей. Dadka caafimaadka qaba, fiirsashada cccDNA caadi ahaan waa ay hooseysaa (<10 ng/mL), laakiin waxay kordhin kartaa 5-10 jeer bukaanada qaba cuduro kala duwan ama diiqad taasoo keenta dhaawaca unugyada.在健康个体中，ccfDNA 的浓度通常较低（<10 ng/mL）。从而导致组织损伤。在 健康5-10 从而组织。Концентрации ccfDNA обычно низкие (<10 нг/мл) тологиями или стрессом, что приводит к повреждению тканей. Heerarka ccfDNA caadi ahaan way hooseeyaan (<10 ng/ml) shakhsiyaadka caafimaadka qaba, laakiin waxaa lagu kordhin karaa 5-10-laab bukaannada qaba cudurro kala duwan ama walaac, taasoo keenta dhaawaca unugyada.Cabbirka jajabyada ccfDNA aad bay u kala duwan yihiin, laakiin badanaa waxay u dhexeeyaan 150 ilaa 200 bp.[12]Falanqaynta ccfDNA-ka-soo-baxa, ie, ccfDNA ee unugyada caadiga ah ama la beddelay, ayaa loo isticmaali karaa in lagu ogaado isbeddellada hidda-socodka iyo epigenetic ee ku jira genome nukliyeerka iyo / ama mitochondrial, taas oo ka caawinaysa dhakhaatiirta inay doortaan daaweyn gaar ah oo la beegsanayo molecular [13].Si kastaba ha ahaatee, ccfDNA waxaa laga heli karaa ilo shisheeye sida ccfDNA unugyada uurjiifka xilliga uurka ama xubnaha la tallaalay [14,15,16,17].ccfDNA sidoo kale waa il muhiim ah oo macluumaad ah oo lagu ogaanayo joogitaanka asiidhyada nucleic-ka ah ee wakiilka faafa (ajnebiga), kaas oo u oggolaanaya ogaanshaha aan-ka-hortagga lahayn ee caabuqyada baahsan ee aan lagu aqoonsan dhaqamada dhiigga, ka fogaanshaha biopsy-ka-soo-saarka unugyada cudurka qaba [18].Daraasadihii ugu dambeeyay ayaa runtii muujiyay in dhiigga bini'aadamka uu ka kooban yahay ilo macluumaad ah oo qani ah oo loo isticmaali karo in lagu garto cudurada fayraska iyo bakteeriyada, iyo in ku dhawaad ​​1% ccfDNA ee laga helo balasmaha bani'aadamku ay asal ahaan ka soo jeedaan [19].Daraasadahaani waxay muujinayaan in kala duwanaanshaha noole ee microbiome-wareega noolaha lagu qiimeyn karo iyadoo la adeegsanayo falanqaynta ccfDNA.Si kastaba ha ahaatee, ilaa dhawaan, fikraddan waxaa si gaar ah loogu isticmaali jiray bini'aadamka iyo, ilaa xad, vertebrates kale [20, 21].
Waraaqda xaadirka ah, waxaan u isticmaalnaa awooda LB si aan u falanqeyno ccfDNA ee Aulacomya atra, nooc ka mid ah koonfurta sida caadiga ah laga helo jasiiradaha hoose ee Kerguelen Islands, koox jasiirado ah oo ku yaal dhul ballaaran oo sameeyay 35 milyan oo sano ka hor.foolkaane.Isticmaalka habka tijaabada ah ee vitro, waxaan ogaanay in jajabyada DNA-da ee biyaha badda ay si degdeg ah u qaadaan mussels oo galaan qaybta hemolymph.Isku xigxiga Shotgun wuxuu muujiyay in mussel hemolymph ccfDNA uu ka kooban yahay jajab DNA oo isaga u gaar ah iyo kuwa aan asalkiisa ahayn, oo ay ku jiraan bakteeriyada sumowga ah iyo jajabyada DNA-da ee biomes-ka caadiga ah ee deegaanka xeebaha badda ee qabow ee volcano.Hemolymph ccfDNA waxa kale oo ka kooban taxanayaal fayras ah oo ka yimid fayrasyo ​​leh noocyo kala duwan oo martida loo yahay.Waxaan sidoo kale ka helnay jajabyada DNA-da ee xayawaanka unugyada badan sida kalluunka lafaha, anemones badda, algae iyo cayayaanka.Gebogebadii, daraasaddeenu waxay muujinaysaa in fikradda LB si guul leh loogu dabaqi karo xuubka laf-dhabarka ee badda si loo soo saaro hidde-socod qani ah oo ku saabsan nidaamka deegaanka badda.
Dadka waaweyn (dhererka 55-70 mm) Mytilus platensis (M. platensis) iyo Aulacomya atra (A. atra) ayaa laga soo ururiyay xeebaha dhexda dhagaxa ah ee Port-au-France (049 ° 21.235 S, 070 ° 13.490 E .).Jasiiradaha Kerguelen ee Diseembar 2018. Mussels kale oo qaangaar ah oo buluug ah (Mytilus spp.) ayaa laga helay alaab-qeybiye ganacsi (PEI Mussel King Inc., Prince Edward Island, Canada) waxaana lagu dhejiyay haanta heerkulka la xakameeyey (4 ° C) oo ay ku jiraan 10-20 L ee 32 ‰ brine macmal ah.(cusbo badda macmal ah Reef Crystal, Badweynta Instant, Virginia, USA).Tijaabo kasta, dhererka iyo miisaanka qolofka gaarka ah ayaa la qiyaasay.
Nidaamka gelitaanka furan ee bilaashka ah ee barnaamijkan ayaa laga heli karaa onlayn (https://doi.org/10.17504/protocols.io.81wgb6z9olpk/v1).Si kooban, LB hemolymph ayaa laga soo ururiyay muruqyada afduubayaasha sida lagu sharaxay [22].Hemolymph waxaa lagu caddeeyey centrifugation at 1200×g 3 daqiiqo, supernatant waa la qaboojiyey (-20°C) ilaa isticmaalka.Go'doominta iyo nadiifinta cfDNA, muunado (1.5-2.0 ml) ayaa la dhalaaliyay oo la warshadeeyay iyadoo la adeegsanayo xirmada NucleoSnap cfDNA (Macherey-Nagel, Bethlehen, PA) sida waafaqsan tilmaamaha soo saaraha.ccfDNA waxa lagu kaydiyay -80°C ilaa falanqayn dheeraad ah laga sameeyay.Tijaabooyinka qaarkood, ccfDNA waa la go'doomiyey oo la nadiifiyey iyadoo la adeegsanayo Qalabka Baadhitaanka DNA ee QIAamp (QIAGEN, Toronto, Ontario, Canada).DNA-da la safeeyey waxaa lagu qiyaasey iyadoo la isticmaalayo qiyaasta PicoGreen ee caadiga ah.Qaybinta jajabka ee ccfDNA ee go'doonsan waxaa lagu falanqeeyay korantada korantada iyadoo la adeegsanayo Agilent 2100 bioanalyzer (Agilent Technologies Inc., Santa Clara, CA) iyadoo la adeegsanayo Qalabka Dareemida Sare ee DNA.Qiimaynta waxa lagu sameeyay 1 µl muunada ccfDNA sida waafaqsan tilmaamaha soo saaraha.
Isku xigxiga jajabyada hemolymph ccfDNA, Génome Québec (Montreal, Quebec, Canada) waxay diyaarisay maktabado qoriga toogashada ah iyadoo la adeegsanayo qalabka Illumina DNA Mix ee xirmada Illumina MiSeq PE75.Adapter-ka caadiga ah (BioO) ayaa la isticmaalay.Faylasha xogta ceeriin ayaa laga heli karaa Kaydka Akhriska ee Taxanaha NCBI (SRR8924808 iyo SRR8924809).Tayada akhriska aasaasiga ah ayaa lagu qiimeeyay iyadoo la isticmaalayo FastQC [23].Trimmomatic [24] ayaa loo isticmaalay in lagu gooyo adapters-ka iyo akhrinta tayada liidata.Qoryaha qoriga oo leh cidhifyo lammaane ah ayaa FLASH lagu dhex daray hal akhrin dheer oo leh ugu yaraan 20 bp si looga fogaado is-maandhaafka [25]. Akhriska la isku daray ayaa lagu sharraxay BLASTN iyadoo la adeegsanayo xogta xogta NCBI Taxonomy bivalve (e qiimaha <1e-3 iyo 90% homology), iyo qarinta isku xigxiga kakanaanta hoose ayaa la sameeyay iyadoo la isticmaalayo DUST [26]. Akhriska la isku daray ayaa lagu sharraxay BLASTN iyadoo la adeegsanayo xogta xogta NCBI Taxonomy bivalve (e qiimaha <1e-3 iyo 90% homology), iyo qarinta isku xigxiga kakanaanta hoose ayaa la sameeyay iyadoo la isticmaalayo DUST [26]. Объединенные чтения были аннотированы спомощью Qarax начение e <1e-3 и 90% гомологии), а маскирование последовательностей низкой Akhriska la dajiyay ayaa lagu sharraxay BLASTN iyadoo la adeegsanayo xogta NCBI bivalve taxonomy (e qiimaha <1e-3 iyo 90% homology), iyo isku xigxiga kakanaanta hoose ayaa la sameeyay iyadoo la adeegsanayo DUST [26].使用双壳类NCBI 分类数据库（e 值< 1e-3 和90%复杂度序列的掩蔽。使用 双 壳类 ncbi 分类 （（（<1e-3 和 90% 同源）复杂度 序列 的。。蔽Объединенные что были аннотированы NCBI (значение e <1e-3 и 90% гомологии), а маскирование последовательностей низкой Akhriska la dajiyay ayaa lagu sharraxay BLASTN iyadoo la adeegsanayo xogta NCBI bivalve taxonomic (e qiimaha <1e-3 iyo 90% homology), iyo isku xigxiga kakanaanta hoose ayaa la sameeyay iyadoo la adeegsanayo DUST [26].Wax-akhrisyada waxa loo kala qaybiyay laba kooxood: oo xidhiidh la leh taxanaha bivalve (halkan oo loo yaqaan is-akhrinta) iyo aan xidhiidh la lahayn (wax-wax-akhris la'aan).Laba kooxood ayaa si gaar ah la isugu keenay iyadoo la adeegsanayo MEGAHIT si ay u abuuraan kontiigyo [27].Dhanka kale, qaybinta taxonomic ee akhrinta microbiome shisheeye ayaa lagu kala saaray iyadoo la adeegsanayo Kraken2 [28] oo garaaf ahaan waxaa u taagan shaxda Krona pie ee Galaxy [29, 30].Kmerers-ka ugu wanagsan waxaa la go'aamiyay inay noqdaan kmers-59 laga soo bilaabo tijaabooyinkeena horudhaca ah. Isfahanka ayaa markaa lagu aqoonsaday iyadoo la waafajinayo BLASTN (database NCBI bivalve, e qiimaha <1e-10 iyo 60% homology) ee tafatirka kama dambaysta ah. Isfahanka ayaa markaa lagu aqoonsaday iyadoo la waafajinayo BLASTN (database NCBI bivalve, e qiimaha <1e-10 iyo 60% homology) ee tafatirka kama dambaysta ah. Затем собственные 1e-10 и гомология 60%) для окончательной аннотации. Is-xakamaynta ayaa markaa lagu aqoonsaday iyadoo la barbardhigayo BLASTN (database bivalve NCBI, e qiimaha <1e-10 iyo 60% homology) ee faahfaahinta kama dambaysta ah.然后通过与 BLASTN（双壳贝类NCBI 数据库， e 值< 1e-10 和60%终注释.然后通过与 BLASTN（双壳贝类NCBI 数据库， e 值< 1e-10 和60% Затем были идентифицированы скачать видео - вустворчатых моллюсков, значение e <1e-10 и гомология 60%). Is-xakamaynta ayaa markaa loo aqoonsaday sharraxaadda kama dambaysta ah iyadoo la barbardhigayo BLASTN (database bivalve NCBI, e qiimaha <1e-10 iyo 60% homology). Marka la barbar dhigo, koox-kooxeedka aan is-kooxaha ahayn ayaa lagu sharraxay BLASTN (nt NCBI database, e value <1e-10 iyo 60% homology). Marka la barbar dhigo, koox-kooxeedka aan is-kooxaha ahayn ayaa lagu sharraxay BLASTN (nt NCBI database, e value <1e-10 iyo 60% homology). Параллельно чужеродные групповые контигибыли аннотированы с помощью BLASTN . Marka la barbar dhigo, kooxaha ajnabiga ah waxaa lagu sharraxay BLASTN (database NT NCBI, e qiimaha <1e-10 iyo 60% homology).平行地，用BLASTN（nt NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% 同源性）注释非自身组重叠群。平行地，用BLASTN（nt NCBI 数据库，e 值< 1e-10 和60% 同源性）注释非自身组重叠群。 Параллельно контиги, не относящиеся к собственной группе. 0 iyo гомология 60%). Marka la barbar dhigo, kooxaha aan is-kooxaha ahayn ayaa lagu sharraxay BLASTN (nt NCBI database, e value <1e-10 iyo 60% homology). BLASTX waxa kale oo lagu qabtay contigs aan iskeed ahayn iyada oo la adeegsanayo xogta nr iyo RefSeq borotiinka NCBI (e qiimaha <1e-10 iyo 60% homology). BLASTX waxa kale oo lagu qabtay contigs aan iskeed ahayn iyada oo la adeegsanayo xogta nr iyo RefSeq borotiinka NCBI (e qiimaha <1e-10 iyo 60% homology). BLASTX был проведен на несамостоятельных контигах 60%). BLASTX sidoo kale waxaa lagu sameeyay contigs-ka aan iskeed ahayn iyadoo la adeegsanayo xogta borotiinka ee nr iyo RefSeq NCBI (qiimaha <1e-10 iyo 60% homology).还使用nr 和RefSeq 蛋白NCBI 数据库对非自身重叠群进行了BLASTX（e 值< 1e-10 和60% 吧还使用nr 和RefSeq 蛋白NCBI 数据库对非自身重叠群进行了BLASTX（e 值< 1e-10 和60% 吧 BLASTx . BLASTX sidoo kale waxaa lagu sameeyay contigs-ka aan iskeed ahayn iyadoo la adeegsanayo xogta borotiinka nr iyo RefSeq NCBI (e qiimaha <1e-10 iyo 60% homology).Barkadaha BLASTN iyo BLASTX ee kuwa aan is-contigs-ka ahayn waxay matalaan wareegyada u dambeeya (eeg faylka dheeriga ah).
Furayaasha loo isticmaalo PCR waxay ku taxan yihiin shaxda S1.Taq DNA polymerase (Bio Basic Canada, Markham, ON) ayaa loo isticmaalay in lagu kordhiyo hiddo-wadaha bartilmaameedka ccfDNA.Shuruudaha falcelinta soo socota ayaa la isticmaalay: Denaturation at 95°C 3 daqiiqo, 95°C 1 daqiiqo, dhigay heerkulbeegyo 1 daqiiqo, dheerayn at 72°C 1 daqiiqo, 35 wareeg, iyo ugu dambeyntii 72°C 10 daqiiqo gudahood..Alaabooyinka PCR waxaa kala soocay electrophoresis ee agarose gels (1.5%) oo ay ku jiraan SYBRTM Safe DNA Gel Stain (Invitrogen, Burlington, ON, Canada) at 95 V.
Mussels (Mytilus spp.) ayaa lagu rakibay 500 ml oo biyo-badeed oksijiin leh (32 PSU) 24 saacadood oo ah 4 ° C.DNA-da Plasmid oo ay kujirto galinta codeeynta galectin-7 cDNA-da bini'aadamka (lambarka gelitaanka NCBI ee L07769) ayaa lagu daray fijaankii ugu dambeeyay ee 190 μg/μl.Mussels lagu duray isla shuruudo iyada oo aan DNA lagu darin ayaa la xakameynayay.Taangiga saddexaad ee kantaroolka waxaa ku jira DNA-da oo aan lahayn mussels.Si loola socdo tayada DNA-da ee biyaha badda, muunadaha biyaha badda (20 μl; saddex jeer oo soo noqnoqda) ayaa laga soo qaaday taangi kasta wakhtiga la tilmaamay.Raadinta DNA-da plasmid, mussels LB ayaa la goostay waqtiyada la tilmaamay waxaana falanqeeyay qPCR iyo ddPCR.Sababo la xiriira milixda badan ee biyaha badda, aliquots ayaa lagu qasi jiray biyaha tayada PCR (1:10) kahor dhammaan qiimeynta PCR.
Dhibcaha dhijitaalka ah ee PCR (ddPCR) ayaa la sameeyay iyadoo la adeegsanayo nidaamka BioRad QX200 (Mississauga, Ontario, Canada).Isticmaal astaanta heerkulka si aad u go'aamiso heerkulka ugu fiican (Shaxda S1).Dhibciyo ayaa la sameeyay iyadoo la isticmaalayo koronto dhaliyaha QX200 (BioRad).ddPCR waxaa loo fuliyay sida soo socota: 95°C ee 5 min, 50 wareegyo 95°C 30s iyo heerkul ah oo la siiyay 1 min iyo 72°C 30 s, 4°C 5 min iyo 90°C 5 daqiiqo gudahood.Tirada dhibcaha iyo falcelinta togan (tirada koobiyada/µl) ayaa lagu cabiray iyadoo la adeegsanayo akhristaha dhibicda QX200 (BioRad).Muunado leh wax ka yar 10,000 dhibcood waa la diiday.Xakamaynta qaabka lama samayn mar kasta oo ddPCR la wado.
qPCR waxaa lagu sameeyay iyadoo la adeegsanayo Rotor-Gene® 3000 (Corbett Research, Sydney, Australia) iyo LGALS7 aasaasiyaal gaar ah.Dhammaan PCR-yada tirada leh waxaa lagu sameeyay 20 µl iyadoo la adeegsanayo QuantiFast SYBR PCR-ga cagaaran (QIAGEN).qPCR waxaa lagu bilaabay 15 daqiiqo kuleyl ah 95°C oo ay ku xigto 40 wareegyo 95°C ilaa 10 sekan iyo 60°C ilaa 60 sekan iyada oo lahelay xog ururin.Curyaaminta curyaaminta ayaa la sameeyay iyadoo la adeegsanayo cabbirro isdaba joog ah oo ah 95°C ee 5s,65°C ee 60s,iyo 97°C dhamaadka qPCR.qPCR kasta waxaa lagu sameeyay saddex qaybood, marka laga reebo shaybaarada xakamaynta.
Maaddaama ay musselsku caan ku yihiin heerka shaandhaynta sare, waxaanu marka hore baadhnay inay shaandhayn karaan oo ay hayn karaan jajabyada DNA-da ee ku jira biyaha badda.Waxaan sidoo kale xiisaynnay in jajabyadani ay ku ururaan hab-dhiska lymphatic-ka nus-furan.Waxaanu arrintan ku xalinay si tijaabo ah annagoo raadinayna halka ay ku dambayn doonaan jajabyada DNA-da ee milmay ee lagu daray taangiyada musalka buluuga ah.Si loo fududeeyo raadinta jajabyada DNA-da, waxaan isticmaalnay shisheeye (aan ahayn) DNA plasmid oo ka kooban hidda-wadaha galectin-7.ddPCR waxay raad raacdaa jajabyada DNA-da plasmid ee biyaha badda iyo mossels.Natiijooyinkayagu waxay muujinayaan in haddii qadarka jajabka DNA-da ee biyaha badda uu ahaado mid joogto ah waqti ka dib (ilaa 7 maalmood) maqnaanshaha mussels, ka dibna joogitaanka mussels heerkani wuxuu ku dhowaad gebi ahaanba la waayay 8 saacadood gudahood (Jaantus 1a,b).Qaybo ka mid ah DNA-da dibadda ayaa si fudud loogu ogaaday 15 min gudaha dareeraha xididada iyo hemolymph (Jaantus. 1c).Qaybahaan ayaa weli la ogaan karaa ilaa 4 saacadood ka dib soo-gaadhista.Hawshan shaandhaynta ee ku saabsan jajabyada DNA-da waxay la mid tahay waxqabadka shaandhaynta bakteeriyada iyo algae [31].Natiijooyinkani waxay soo jeedinayaan in mussels ay shaandheyn karaan oo ku ururin karaan DNA-ga shisheeye qolalka dareeraha.
Heerarka qaraabada ah ee plasmid DNA ee biyaha badda marka ay joogaan (A) ama maqnaanshaha (B) ee mussels, oo lagu cabiray ddPCR.Gudaha A, natiijooyinka waxaa lagu muujiyay sida boqolleyda, iyadoo xudduudaha sanduuqyadu ay ka dhigan yihiin boqolleyda 75aad iyo 25aad.Qalooca logarithmic ee ku habboon waxa lagu muujiyay casaan, iyo aagga hadhka cawlku waxa uu u taagan yahay 95% kalsoonida.Gudaha B, xariiqda guduudan waxay u taagan tahay celceliska iyo xariiqda buluuga ah waxay u taagan tahay 95% kalsoonida kalsoonida.C Isku-ururinta DNA-da plasmid ee hemolymph iyo dareeraha valvular ee mussels waqtiyo kala duwan ka dib marka lagu daro DNA-da plasmid.Natiijooyinka waxaa loo soo bandhigay sidii nuqullo dhammaystiran oo la helay/mL (± SE).
Marka xigta, waxaanu baarnay asalka ccfDNA ee mussels laga soo ururiyay sariiraha mussel ee jasiiradaha Kerguelen, koox fog oo jasiirado ah oo leh saameyn xaddidan oo anthropogenic ah.Ujeedadan awgeed, cccDNA ee hemolymphs mussel ayaa la go'doomiyay oo lagu nadiifiyay habab caadi ahaan loo isticmaalo in lagu nadiifiyo cccDNA aadanaha [32, 33].Waxaan ogaanay in celceliska uruurinta hemolymph ccfDNA ee mussels ay ku jiraan mikrogaramyada hoose ee kala duwanaanshaha dhiigga ee ml (eeg Shaxda S2, Macluumaadka Dheeraadka ah).Xaddigan kala duwani aad ayuu uga weyn yahay dadka caafimaadka qaba (nanograms hooseeya halkii millilitir), laakiin marar dhif ah, bukaannada kansarka, heerka ccfDNA wuxuu gaari karaa dhowr mikrogram halkii millilitir [34, 35].Falanqaynta cabbirka qaybinta hemolymph ccfDNA waxay muujisay in jajabyadani ay aad ugu kala duwan yihiin cabbirkooda, oo u dhexeeya 1000 bp ilaa 1000 bp.ilaa 5000 bp (Jaantus. 2).Natiijooyin la mid ah ayaa la helay iyadoo la adeegsanayo silica-based QIAamp Investigator Kit, oo ah habka inta badan loo isticmaalo sayniska dambi baarista si degdeg ah looga go'doomiyo loogana nadiifiyo DNA-da genomiga muunado DNA oo hooseeya, oo ay ku jiraan ccfDNA [36].
Wakiilka ccfDNA electrophoregram ee mussel hemolymph.Lagu soo saaray Qalabka Plasma NucleoSnap (sare) iyo QIAamp DNA Investigator Kit.Sawirka Violinka B oo muujinaya qaybinta hemolymph ccfDNA (± SE) ee mussels.Xariiqyada madow iyo casaanku waxay u taagan yihiin dhexdhexaadinta iyo rubucyada koowaad iyo saddexaad, siday u kala horreeyaan.
Qiyaastii 1% ee ccfDNA ee bini'aadamka iyo xayawaannada hore waxay leeyihiin ilo shisheeye [21, 37].Marka la eego habka wareegga wareegga-furan ee bivalves, microbial-ka hodanka ku ah biyaha badda, iyo cabbirka qaybinta mussel ccfDNA, waxaan qiyaasnay ​​in mussel hemolymph ccfDNA ay ku jiri karto barkad qani ah oo kala duwan oo DNA microbial ah.Si aan u tijaabino mala-awaalkan, waxaanu ka diyaarinay hemolymph ccfDNA muunado Aulacomya atra ah oo laga soo ururiyay Jasiiradaha Kerguelen, taas oo keentay in ka badan 10 milyan oo la akhriyo, 97.6% ka mid ahi ay dhaafeen xakamaynta tayada.Akhrinta ayaa markaa loo kala saaray iyadoo loo eegayo ilaha nafsiga ah iyo kuwa aan nafsiga ahayn iyadoo la adeegsanayo xogta xogta ee BLASTN iyo NCBI (Jaantus. S1, Macluumaadka Dheeraadka ah).
Bini'aadamka, DNA-da nukliyeerka iyo mitochondrial labadaba waxaa lagu sii dayn karaa dhiigga [38].Si kastaba ha ahaatee, daraasaddan hadda jirta, suurtagal ma ahayn in si faahfaahsan loo qeexo DNA-da genomic-ga nukliyeerka ee mussels, iyada oo la tixgelinayo in A. atra genome aan la isku xigxigin ama lagu sifeyn.Si kastaba ha ahaatee, waxaan awoodnay inaan aqoonsanno dhowr jajab oo ccfDNA ah oo asalkeena ah anagoo adeegsanayna maktabadda bivalve (Jaantus. S2, Macluumaadka Dheeraadka ah).Waxaan sidoo kale xaqiijinay joogitaanka jajabyada DNA-da ee asalkeena annagoo si toos ah PCR u kordhinay hiddo-wadaha A. atra ee la isku xigxigay (Jaantus. 3).Sidoo kale, marka la eego in genome-ka mitochondrial ee A. atra uu ku jiro xogta macluumaadka dadweynaha, qofku wuxuu heli karaa caddaynta joogitaanka jajabyada mitochondrial ccfDNA ee hemolymph ee A. atra.Joogitaanka jajabyada DNA-da mitochondrial waxaa lagu xaqiijiyay kor u qaadida PCR (Jaantus. 3).
Hiddo-sidaha kala duwan ee mitochondrial ayaa ku jiray hemolymph A. atra (dhibcaha cas - lambarka kaydka: SRX5705969) iyo M. platensis (dhibcaha buluuga ah - lambarka kaydka: SRX5705968) oo lagu xoojiyay PCR.Jaantuska laga soo xigtay Breton et al., 2011 B Kordhinta hemolymph supernatant ka A. atra Ku kaydsan warqad FTA.Isticmaal feer 3 mm ah si aad toos ugu darto tuubada PCR ee ay ku jirto isku dhafka PCR.
Marka la eego waxyaabaha ku jira microbial-ka badan ee biyaha badda, waxaan markii hore diiradda saarnay sifada taxanaha DNA-da microbial ee hemolymph.Si taas loo sameeyo, waxaan isticmaalnaa laba xeeladood oo kala duwan.Istaraatiijiyadii ugu horeysay waxay adeegsatay Kraken2, barnaamijka kala soocida isku xigxiga ee algorithm-ku-salaysan kaas oo aqoonsan kara taxanaha microbial oo sax ah oo u dhigma BLAST iyo aaladaha kale [28].In ka badan 6719 akhrinta ayaa la go'aamiyay inay asal ahaan ka soo jeedaan bakteeriyada, halka 124 iyo 64 ay ka yimaadeen archaea iyo fayrasyada, siday u kala horreeyaan (Jaantus. 4).Qaybaha ugu badan ee bakteeriyada DNA-da waxay ahaayeen Firmicutes (46%), Proteobacteria (27%), iyo Bacteroidites (17%) (Jaantus. 4a).Qaybintani waxay la socotaa daraasadihii hore ee mikrobiome mussel buluug badeed [39, 40].Gammaproteobacteria waxay ahaayeen fasalka ugu weyn ee Proteobacteria (44%), oo ay ku jiraan Vibrionales badan (Jaantus. 4b).Habka ddPCR wuxuu xaqiijiyay joogitaanka jajabyada DNA ee Vibrio ee ccfDNA ee A. atra hemolymph (Jaantus. 4c) [41].Si loo helo macluumaad dheeraad ah oo ku saabsan asalka bakteeriyada ccfDNA, hab dheeraad ah ayaa la qaaday (Jaantus. S2, Macluumaadka Dheeraadka ah). Xaaladdan oo kale, akhristayaasha is dulsaaran ayaa la isugu keenay sida akhrinta-dhamaadka-dhamaadka ah waxaana loo kala saaray inay yihiin kuwo iskiis ah (bivalves) ama asal aan nafsi ahayn iyadoo la adeegsanayo BLASTN iyo qiimaha e 1e-3 iyo gooyn leh> 90% homology. Xaaladdan oo kale, akhristayaasha is dulsaaran ayaa la isugu keenay sida akhrinta-dhamaadka-dhamaadka ah waxaana loo kala saaray inay yihiin kuwo iskiis ah (bivalves) ama asal aan nafsi ahayn iyadoo la adeegsanayo BLASTN iyo qiimaha e 1e-3 iyo gooyn leh> 90% homology. Комментарии к видео: ворчатые моллюски) или чужие по происхождению скачатые Xaaladdan oo kale, akhrinta is dulsaaran ayaa loo soo ururiyay sidii akhrinta-dhamaadka ah waxaana loo kala saaray inay yihiin hooyo (bivalve) ama aan asal ahayn iyadoo la isticmaalayo BLASTN iyo e qiimaha 1e-3 iyo gooyay> 90% homology.在这种情况下，重叠的读数组装为配对末端读数，并使用BLASTN 和1e-3为自身（双壳类）或非自身来源。在使况 下 ， 重叠 读数 组装 为 配源性 的 分类 自身（双 壳类） 非 自身。 Комментарии к видео: тые моллюски) или несобственные по происхождению Xaaladdan oo kale, akhrinta is dulsaaran ayaa loo soo ururiyay sidii akhrin-dhammeedka-dhamaadka ah waxaana loo kala saaray inay yihiin (bivalves) ama mid aan asal ahayn iyadoo la adeegsanayo e BLASTN iyo 1e-3 qiyamka iyo heerka homology>90%.Maadaama A. atra genome-ka aan wali la isku xigin, waxaanu isticmaalnay istaraatiijiyadda shirka de novo ee MEGAHIT Xiga Xigta Taxanaha (NGS).Wadar dhan 147,188 contigs ayaa loo aqoonsaday inay yihiin kuwo ku tiirsan (bivalves) oo asal ahaan ka soo jeeda.Qaybahaan ayaa markaa lagu qarxiyay e-qiimaha 1e-10 iyadoo la adeegsanayo BLASTN iyo BLASTX.Istaraatiijiyadani waxay noo ogolaatay inaanu aqoonsanno 482 jajab oo aan bivalve ahayn oo ku jira A. atra ccfDNA.In ka badan kala badh (57%) jajabyada DNA-da ayaa laga helay bakteeriyada, badi ahaan kuwa loo yaqaan 'gill symbionts', oo ay ku jiraan sulfotrophic symbionts, iyo symbionts-galaha Solemya velum (Jaantus. 5).
Faraxsanaanta heerka nooca ah.Kala duwanaanshaha microbial ee labada phyla ee waaweyn (Firmiutes iyo Proteobacteria).Kordhinta wakiillada ddPCR C Vibrio spp.A. Qaybo ka mid ah hiddo-wadaha 16S rRNA (buluug) ee saddexda hemolymphs.
Waxa la falanqeeyay 482 xabo oo la ururiyay.Astaanta guud ee qaybinta taxonomic ee taxanayaasha metagenomic contig (prokaryotes iyo eukaryotes).B Faahfaahinta qaybinta jajabyada DNA-da bakteeriyada ee lagu aqoonsaday BLASTN iyo BLASTX.
Falanqaynta Kraken2 waxay sidoo kale muujisay in mussel ccfDNA uu ka kooban yahay jajab DNA-da qadiimiga ah, oo ay ku jiraan jajabyada DNA ee Euryarchaeota (65%), Crenarchaeota (24%), iyo Thaurmarcheota (11%) (Jaantus. 6a).Joogitaanka jajabyada DNA-da ee laga soo qaatay Euryarchaeota iyo Crenarchaeota, oo hore looga helay bulshada microbial ee mussels Californian, waa inaysan la yaabin [42].Inkasta oo Euryarchaeota ay inta badan la xiriirto xaalado aad u daran, hadda waxaa la aqoonsan yahay in labadaba Euryarchaeota iyo Crenarcheota ay ka mid yihiin prokaryotes-ka ugu caansan deegaanka badda ee cryogenic [43, 44].Joogitaanka bakteeriyada methanogenic ee mussels maaha wax la yaab leh, marka la eego warbixinadii dhawaa ee ku saabsan daadinta methane ballaaran ee ka soo daadanaya hoose ee Plateau Kerguelen [45] iyo wax soo saarka methane microbial ee suurtogalka ah ee lagu arkay xeebta jasiiradaha Kerguelen [46].
Dabadeed dareenkayagu wuxuu u wareegay akhrinta fayraska DNA.Sida ugu wanaagsan ee aan ognahay, tani waa daraasaddii ugu horreysay ee ka baxsan bartilmaameedka ee nuxurka fayraska mussels.Sida la filayo, waxaan helnay jajabyada DNA ee bakteeriyada bakteeriyada (Caudovirales) (Jaantus. 6b).Si kastaba ha ahaatee, DNA-da fayraska ee ugu caansan waxay ka timaadaa phylum ee nucleocytoviruses, oo sidoo kale loo yaqaanno fayraska cytoplasmic weyn ee DNA (NCLDV), kaas oo leh genome-ka ugu weyn ee fayras kasta.Gudaha phylum, inta badan taxanaha DNA-da waxaa iska leh qoysaska Mimimidoviridae (58%) iyo Poxviridae (21%), kuwaas oo martigaliyayaasha dabiiciga ah ay ka mid yihiin vertebrates iyo arthropods, halka qayb yar oo ka mid ah taxanaha DNA-da ay ka tirsan yihiin algae virological ee la yaqaan.Waxyeeleeya algae eukaryotic badda.Tixanaha ayaa sidoo kale laga helay fayraska Pandora, fayraska weyn ee leh cabbirka genome-ka ugu weyn ee nooc kasta oo fayras ah oo la yaqaan.Waxa xiisaha lihi leh, kala duwanaanshaha martigeliyaha loo yaqaan in uu haleelay fayraska, sida lagu go'aamiyay isku xigxiga hemolymph ccfDNA, waxay ahayd mid aad u weyn (Jaantuska S3, Macluumaadka Dheeraadka ah).Waxaa ka mid ah fayrasyada ku dhaca cayayaanka sida Baculoviridae iyo Iridoviridae, iyo sidoo kale fayrasyada keena amoeba, algae iyo vertebrates.Waxaan sidoo kale helnay taxane u dhigma Pithovirus sibericum genome.Pitoviruses (sidoo kale loo yaqaan "viruses zombie") ayaa markii ugu horeysay laga soocay 30,000 oo sano jir ah Siberiya [47].Sidaa darteed, natiijadeenu waxay la socotaa warbixinadii hore ee muujinaya in dhammaan noocyada casriga ah ee fayrasyadani aysan dabar-goyn [48] iyo in fayrasyadani ay ku jiri karaan hab-nololeedyada badda ee fogfog.
Ugu dambeyntii, waxaan tijaabinay si aan u aragno inaan ka heli karno jajabyada DNA-da ee xayawaanka kale ee unugyada badan.Wadar dhan 482 qalaad ayaa lagu aqoonsaday BLASTN iyo BLASTX oo wata maktabadaha nt, nr iyo RefSeq (genomic iyo borotiin).Natiijooyinkayagu waxay muujinayaan in jajabyada shisheeye ee ccfDNA ee xayawaanka unugyada badan ee DNA ee lafaha lafaha ay ku badan yihiin (Jaantus. 5).Waxa kale oo la helay jajab DNA ah oo ka soo baxay cayayaanka iyo noocyada kale.Qayb weyn oo ka mid ah jajabyada DNA-da lama aqoonsan, laga yaabo inay sabab u tahay hoos-u-dhigga tiro badan oo noocyada badda ah ee xogta genomic marka la barbar dhigo noocyada dhulka [49].
Waraaqda xaadirka ah, waxaan ku dabaqeynaa fikradda LB mussels, anagoo ku doodayna in hemolymph ccfDNA tallaalka isku xigxiga ay bixin karto aragti ku saabsan habka deegaanka xeebaha badda.Gaar ahaan, waxaan ogaanay in 1) hemolymph mussel uu ka kooban yahay xaddi aad u sarreeya (heerarka microgram) oo aad u weyn (~ 1-5 kb) jajabyada DNA-da ee wareegaya;2) Qaybahan DNA-da ah waa kuwo madaxbannaan iyo kuwo aan madaxbannaanayn 3) Ilaha shisheeye ee jajabyada DNA-da, waxaan ka helnay bakteeriyada, archaeal iyo DNA viral, iyo sidoo kale DNA-da xayawaanka kale ee unugyada badan;4) Isku-ururinta qaybahan shisheeye ee ccfDNA ee hemolymph waxay u dhacdaa si degdeg ah waxayna gacan ka geysataa hawlaha shaandhaynta gudaha ee mussels.Gebagebadii, daraasaddeennu waxay muujinaysaa in fikradda LB, oo ilaa hadda lagu dabaqay inta badan qaybta biomedicine, ay qeexayso ilo aqooneed qani ah laakiin aan la sahamin oo loo isticmaali karo si loo fahmo isdhexgalka ka dhexeeya noocyada sentinel iyo deegaankooda.
Marka laga soo tago xayawaannada primates, go'doominta ccfDNA ayaa laga soo sheegay naasleyda, oo ay ku jiraan jiirarka, eyda, bisadaha, iyo fardaha [50, 51, 52].Si kastaba ha ahaatee, aqoontayada, daraasaddeena ayaa ah tii ugu horeysay ee ka warbixisa ogaanshaha iyo isku xigxiga ccfDNA ee noocyada badda ee leh nidaamka wareegga furan.Habkan anatomical iyo awoodda shaandhaynta ee miraha ayaa laga yaabaa, ugu yaraan qayb ahaan, inay sharaxdo sifooyinka cabbirka kala duwan ee wareegga DNA-da marka loo eego noocyada kale.Bini'aadamka, inta badan jajabyada DNA-da ee ku wareegaya dhiigga waa jajabyo yaryar oo u dhexeeya 150 ilaa 200 bp.oo leh ugu badnaan 167 bp [34, 53].Qayb yar oo muhiim ah oo ka mid ah jajabyada DNA-da waxay u dhexeeyaan 300 iyo 500 bp cabbirkooda, qiyaastii 5% waxay ka dheer yihiin 900 bp.[54]Sababta qaybinta cabbirkan ayaa ah in isha ugu weyn ee ccfDNA ee Plasma ay ku dhacdo natiijada dhimashada unugyada, ha ahaato dhimashada unugyada ama sababtoo ah necrosis ee wareegga unugyada hematopoietic ee shakhsiyaadka caafimaadka qaba ama ay sabab u tahay apoptosis ee unugyada burooyinka ee bukaannada kansarka (oo loo yaqaanno wareegga wareegga DNA)., ctDNA).Cabbirka qaybinta hemolymph ccfDNA ee aan ka helnay mussel waxay u dhaxaysay 1000 ilaa 5000 bp, taasoo soo jeedinaysa in mussel ccfDNA uu leeyahay asal ka duwan.Tani waa mala-awaal maangal ah, maadaama ay musselsku leeyihiin nidaam xidid-furan oo nus-furan oo ay ku nool yihiin bey'ad biyood oo ay ku jiraan xaddi sare oo DNA-da microbial genomic.Dhab ahaantii, tijaabooyinkayaga shaybaarka ee isticmaalaya DNA-ga dibadda ah ayaa muujiyay in miraha ay ku ururaan jajabyada DNA-da ee biyaha badda, ugu yaraan dhowr saacadood ka dib waxay hoos u dhacaan ka dib qaadashada gacanta iyo / ama la sii daayo iyo / ama lagu kaydiyo ururo kala duwan.Marka la eego naadirka unugyada (labadaba prokaryotic iyo eukaryotic), isticmaalka qaybo ka mid ah xididada xididada ayaa yarayn doona cadadka ccfDNA ee ka imanaya ilo-is-gaar ah iyo sidoo kale ilo shisheeye.Iyadoo la tixgalinayo muhiimada ay leedahay difaaca jirka ee bivalve iyo tirada badan ee phagocytes wareegeysa, waxaan sii mala awaalay in xitaa ccfDNA shisheeye ay hodan ku tahay wareega phagocytes ee aruuriya DNA shisheeye marka la nuugo microorganisms iyo/ama qashinka gacanta.Isku soo wada duuboo, natiijooyinkayagu waxay muujinayaan in bivalve hemolymph ccfDNA ay tahay kayd gaar ah oo macluumaadka molecular oo ay xoojiso xaaladooda sida noocyada sentinel.
Xogtayadu waxay tilmaamaysaa in isku xigxiga iyo falanqaynta jajabyada hemolymph ccfDNA ee bakteeriyada ka timid ay bixin karto macluumaadka muhiimka ah ee ku saabsan flora bakteeriyada martida loo yahay iyo bakteeriyada ku jirta nidaamka deegaanka badda ee ku xeeran.Farsamooyinka isku xigxiga xabbaddu waxay daaha ka qaadeen taxanaha bakteeriyada A. atra gill ee la waayo haddii hababka aqoonsiga 16S rRNA ee caadiga ah la isticmaali lahaa, taas oo ay sabab u tahay eexda maktabadda tixraaca.Dhab ahaantii, isticmaalkayada xogta LB ee laga soo ururiyay M. platensis ee isla lakabka mussel ee Kerguelen ayaa muujisay in ka kooban yahay bakteeriyada la xidhiidha gill-ku-xidhan yahay isku mid ah noocyada mussel (Jaantus. S4, Macluumaadka Dheeraadka ah).Isku ekaanshahan labada mussel ee hidde ahaan kala duwan ayaa laga yaabaa inay ka tarjumayso isku-dhafka bulshooyinka bakteeriyada ee qabowga, baaruudka, iyo kaydka volcano ee Kerguelen [55, 56, 57, 58].Heerarka sare ee noolaha yar yar ee baaruudda-yareeya ayaa si wanaagsan loo sharraxay marka laga soo goosanayo miraha aagagga xeebaha ah ee nooluhu [59], sida xeebta Port-au-France.Suurtagalnimada kale ayaa ah in flora mussel-ka ee commensal ay saameyn karto gudbinta tooska ah [60, 61].Cilmi-baaris dheeraad ah ayaa loo baahan yahay si loo go'aamiyo xidhiidhka ka dhexeeya deegaanka badda, dusha sare ee badda, iyo ka-koobnaanta bakteeriyada sumowga ah ee ku jirta mussels.Daraasadahan ayaa hadda socda.
Dhererka iyo xoogga saaridda hemolymph ccfDNA, fududaynteeda sifaynta, iyo tayada sare si loogu oggolaado isku xigxiga qoriga degdega ah waa qaar ka mid ah faa'iidooyinka badan ee isticmaalka mussel ccfDNA si loo qiimeeyo kala duwanaanshaha noolaha ee hab-nololeedyada xeebaha badda.Habkani wuxuu si gaar ah waxtar ugu leeyahay astaamaynta bulshooyinka fayrasyada (viromes) ee nidaamka deegaanka ee la bixiyay [62, 63].Si ka duwan sida bakteeriyada, archaea, iyo eukaryotes, genome-yada fayrasku kuma jiraan hidde-sidaha phylogenetic ahaan loo ilaaliyo sida taxanaha 16S.Natiijooyinkayagu waxay tilmaamayaan in ka-qaadista dareeraha ah ee noocyada tilmaamayaasha sida mussels loo isticmaali karo in lagu aqoonsado tiro aad u tiro badan oo ah jajabyada fayraska ccfDNA ee loo yaqaan inay ku dhacaan dadka martida loo yahay ee sida caadiga ah ku nool nidaamka deegaanka badda ee xeebaha.Tan waxaa ka mid ah fayrasyada loo yaqaan inay qaadaan protozoa, arthropods, cayayaanka, dhirta, iyo fayrasyada bakteeriyada (tusaale, bacteriophages).Qaybin la mid ah ayaa la helay markii aan baarnay hemolymph ccfDNA virome mussels buluug ah (M. platensis) oo lagu soo ururiyay isla lakabka mussel ee Kerguelen (Shaxda S2, Macluumaadka Dheeraadka ah).Isku xigxiga Shotgun ee ccfDNA runtii waa hab cusub oo dardargelinaya daraasadda fayraska aadanaha ama noocyada kale [21, 37, 64].Habkani wuxuu si gaar ah faa'iido u leeyahay barashada fayrasyada DNA-da laba-geesoodka ah, maadaama aan hal hidde lagu ilaalin dhammaan fayrasyada DNA-da ee laba-geesoodka ah, oo matalaya fayraska ugu kala duwan uguna ballaaran ee Baltimore [65].Inkasta oo inta badan fayrasyadani ay yihiin kuwo aan la kala saarin oo laga yaabo inay ku jiraan fayrasyo ​​ka yimid qayb aan la garanayn oo aan la garanayn oo ka mid ah adduunka fayraska [66], waxaan ogaanay in viromes iyo kala duwanaanta martida ee mussels A. atra iyo M. platensis ay u dhexeeyaan labada nooc.si la mid ah (eeg sawirka S3, macluumaad dheeraad ah).Isku ekaanshahani maaha mid la yaab leh, sababtoo ah waxay ka tarjumaysaa la'aanta xulashada qaadashada DNA ee deegaanka.Daraasadaha mustaqbalka ee isticmaalaya RNA la safeeyey ayaa hadda loo baahan yahay si loo garto fayraska RNA.
Daraasadayada, waxaanu isticmaalnay dhuumo aad u adag oo laga soo qaatay shaqada Kowarski iyo asxaabtiisa [37], kuwaas oo isticmaalay tirtirka laba-talaabo ee akhrinta iyo contigs ka hor iyo ka dib kulanka ccfDNA hooyo, taasoo keentay in qayb sare oo akhrin aan khariidad lahayn.Sidaa darteed, kama saari karno in qaar ka mid ah akhristayaashan aan khariidad lahayn ay wali leeyihiin asalkooda, ugu horrayn sababtoo ah ma hayno genome tixraac ah oo loogu talagalay noocyada musselka.Waxaan sidoo kale isticmaalnay dhuumahaan sababtoo ah waxaan ka walaacsanahay chimeras u dhexeeya is-akhrinta iyo kuwa aan is-akhrinta ahayn iyo dhererka wax-akhrinta ee Illumina MiSeq PE75.Sababta kale ee inta badan akhrinta aan la ogaan karin ayaa ah in badan oo ka mid ah microbes-ka badda, gaar ahaan meelaha fog fog sida Kerguelen, aan la sheegin.Waxaan isticmaalnay Illumina MiSeq PE75, anagoo ka qaadanayna dhererka jajabka ccfDNA oo la mid ah ccfDNA aadanaha.Daraasadaha mustaqbalka, marka la eego natiijooyinkayaga muujinaya in hemolymph ccfDNA ay ka akhris badan tahay bini'aadamka iyo/ama naasleyda, waxaan ku talinaynaa in la isticmaalo goob isku xigta oo ku habboon jajabyada ccfDNA ee dheer.Dhaqankani waxa uu aad u fududayn doonaa in la aqoonsado tilmaamo badan oo falanqayn qoto dheer leh.Helitaanka taxanaha genome-ga Nukliyeerka ee dhammaystiran ee A. atra ee aan hadda la heli karin waxay sidoo kale si weyn u fududayn doontaa takoorka ccfDNA ee ka imanaya ilaha nafsiga ah iyo kuwa aan nafsiga ahayn.Marka la eego in cilmi-baaristayadu ay diiradda saartay suurtogalnimada in lagu dabaqo fikradda ka-qaadista dareeraha ah ee musaska, waxaan rajeyneynaa in fikraddan loo isticmaalo cilmi-baarista mustaqbalka, qalab cusub iyo dhuumo cusub ayaa la soo saari doonaa si loo kordhiyo awoodda habkan si loo barto kala duwanaanta microbial ee miraha.deegaanka badda.
Sida biomarker-kiliinikada aan-ka-faa'iidaysan, heerka sare ee plasma ee bini'aadamka ee ccfDNA waxay la xiriirtaa cudurro kala duwan, dhaawaca unugyada, iyo xaaladaha walaaca [67,68,69].Korodhkan ayaa la xidhiidha sii deynta jajabyada DNA-da ee asalkeeda ka dib dhaawaca unugyada.Waxaan arrintan wax uga qabannay annagoo adeegsanayna diiqada kulaylka ba'an, kaas oo musalsalka ay muddo kooban la kulmeen heerkul ah 30 °C.Waxaan falanqayntan ku samaynay saddex nooc oo mussel ah saddex tijaabo oo madaxbannaan.Si kastaba ha ahaatee, ma aanan helin wax isbeddel ah heerarka ccfDNA ka dib walaaca kulaylka ba'an (eeg sawirka S5, macluumaad dheeraad ah).Daahfurkaani wuxuu sharxi karaa, ugu yaraan qayb ahaan, xaqiiqda ah in mussels ay leeyihiin hab-wareeg-wareeg badh-furan oo ay ururiyaan xaddi badan oo DNA shisheeye ah sababtoo ah hawlahooda shaandhaynta oo sarreeya.Dhanka kale, mussels, sida kuwa badan oo laf dhabarta ah, ayaa laga yaabaa inay aad ugu adkeysanayaan dhaawaca unugyada walaaca, taas oo xaddidaysa sii deynta ccfDNA ee hemolymph [70, 71].
Ilaa hadda, falanqaynta DNA ee kala duwanaanshaha noole ee hab-nololeedyada biyaha ayaa inta badan diiradda saaraya DNA-da deegaanka (eDNA) metabarcoding.Si kastaba ha ahaatee, habkani wuxuu inta badan ku xaddidan yahay falanqaynta kala duwanaanshaha noolaha marka la isticmaalo qalabka aasaasiga ah.Isticmaalka isku xigxiga qoriga toogashada ayaa hareer marsan xaddidaadda PCR iyo xulashada eexda ee qalabka aasaasiga ah.Markaa, dareen ahaan, habkeennu wuxuu ku dhow yahay habka isku xigxiga ee eDNA Shotgun ee dhowaan la isticmaalay, kaas oo awood u leh inuu si toos ah u kala saaro DNA-da kala qaybsan oo uu u falanqeeyo ku dhawaad ​​dhammaan noolaha [72, 73].Si kastaba ha ahaatee, waxaa jira dhowr arrimood oo aasaasi ah oo ka sooca LB ka hababka eDNA caadiga ah.Dabcan, farqiga ugu weyn ee u dhexeeya eDNA iyo LB waa isticmaalka shaandhada dabiiciga ah.Isticmaalka noocyada badda sida isbuunyada iyo bivalves (Dresseina spp.) sida shaandhada dabiiciga ah ee barashada eDNA ayaa la soo sheegay [74, 75].Si kastaba ha ahaatee, daraasadda Dreissena waxay isticmaashay biopbisyada unugyada kaas oo laga soo saaray DNA-da.Falanqaynta ccfDNA ee LB uma baahna in la gooyo unugyada, qalab khaas ah oo marmarka qaarkood qaali ah iyo saadka la xidhiidha eDNA ama cad ka-qaadista unugyada.Dhab ahaantii, waxaan dhawaan soo sheegnay in ccfDNA laga bilaabo LB la kaydin karo laguna falanqeyn karo taageerada FTA iyada oo aan la ilaalin silsilad qabow, taas oo caqabad weyn ku ah cilmi-baarista meelaha fogfog [76].Ka-soo-saarka ccfDNA ee ka-qaadista dareeraha ah sidoo kale waa mid fudud oo waxay siisaa DNA tayo sare leh oo isku xigxiga qoryaha iyo falanqaynta PCR.Tani waa faa'iido weyn oo la siiyay qaar ka mid ah xaddidaadaha farsamada ee la xidhiidha falanqaynta eDNA [77].Fududeynta iyo qiimaha jaban ee habka muunadeynta ayaa sidoo kale si gaar ah ugu habboon barnaamijyada la socodka muddada-dheer.Marka lagu daro awooddooda shaandhaynta sare, sifo kale oo si fiican loo yaqaan ee bivalves waa ka kooban mucopolysaccharide kiimikaad ee xabkooda, taas oo kor u qaadaysa nuugista fayraska [78, 79].Tani waxay ka dhigaysa bivalves shaandhooyin dabiici ah oo ku habboon oo lagu garto kala duwanaanshaha noolaha iyo saamaynta isbeddelka cimilada ee nidaamka deegaanka biyaha ee la bixiyay.In kasta oo joogitaanka jajabyada DNA-da ee martida loo yahay loo arki karo xaddidaadda habka marka la barbar dhigo eDNA, qiimaha la xidhiidha haysashada ccfDNA wadaniga ah marka la barbar dhigo eDNA waa isku mar la fahmi karo tirada ugu badan ee macluumaadka loo heli karo daraasaadka caafimaadka.martigeliyaha offset.Tan waxaa ka mid ah joogitaanka taxanaha fayraska ee lagu dhex daray genome ee martida loo yahay.Tani waxay si gaar ah muhiim ugu tahay mussels, marka la eego joogitaanka leukemia retroviruses si toos ah la isugu gudbiyo ee bivalves [80, 81].Faa'iidada kale ee LB ee eDNA waa in ay ka faa'iidaysato dhaqdhaqaaqa fagocytic ee wareegga wareegga unugyada dhiigga ee hemolymph, kaas oo daboolaya microorganisms (iyo genome-kooda).Phagocytosis waa shaqada ugu weyn ee unugyada dhiigga ee bivalves [82].Ugu dambeyntii, habku wuxuu ka faa'iideysanayaa awoodda shaandheynta sare ee mussels (celcelis ahaan 1.5 l / h ee biyaha badda) iyo wareegga laba maalmood, taas oo kordhisa isku dhafka lakabyada kala duwan ee biyaha badda, taas oo u oggolaanaysa qabashada eDNA heterologous.[83, 84].Haddaba, falanqaynta mussel ccfDNA waa waddo xiiso leh marka la eego nafaqaynta, dhaqaalaha, iyo saamaynta deegaanka ee miraha.Si la mid ah falanqaynta LB laga soo ururiyay bini'aadamka, habkani wuxuu sidoo kale furayaa suurtogalnimada in lagu cabbiro isbeddellada hidde-socodka iyo epigenetic ee DNA-da martida loo yahay iyada oo laga jawaabayo walxaha dibadda.Tusaale ahaan, tignoolajiyada isku xigxiga ee jiilka saddexaad waxaa lagu qiyaasi karaa in lagu sameeyo falanqaynta methylation-ka ee genom-ballaaran ee ccfDNA-da asalka ah iyada oo la adeegsanayo taxanaha nanopore.Habkani waa in la fududeeyaa xaqiiqda ah in dhererka jajabyada ccfDNA ee mussel ay si fiican ugu habboon yihiin jaangooyooyin isdaba-joog ah oo dheer oo u oggolaanaya falanqaynta DNA-da methylation ee DNA-ga oo ballaaran iyada oo aan loo baahnayn isbeddel kiimiko ah.Sidaa darteed, waxay ku siin kartaa aragti qiimo leh hababka hoose ee xukuma jawaabta ka dib soo-gaadhista isbeddelka cimilada ama wasakhowga [87].Si kastaba ha ahaatee, isticmaalka LB maaha xad la'aan.Looma baahna in la yiraahdo, tani waxay u baahan tahay joogitaanka noocyada tilmaamayaasha ee nidaamka deegaanka.Sida kor ku xusan, isticmaalka LB si loo qiimeeyo kala duwanaanshaha noolaha ee nidaamka deegaanka la bixiyay waxay sidoo kale u baahan tahay dhuumo bioinformatics adag oo tixgelinaya joogitaanka jajabyada DNA-da ee isha.Dhibaato kale oo weyn ayaa ah helitaanka genome tixraaca ee noocyada badda.Waxaa la rajeynayaa in hindisayaasha sida Mashruuca Naasleyda Marin-biyoodka iyo mashruuca Fish10k ee dhawaan la aasaasay [88] ay fududeeyaan falanqaynta mustaqbalka.Codsiga fikradda LB ee noolaha quudinta shaandhada badda ayaa sidoo kale la jaan qaadaya horumarradii ugu dambeeyay ee tignoolajiyada isku xigxiga, taasoo ka dhigaysa mid ku habboon horumarinta biomarkers-ka badan ee ohm si ay u bixiso macluumaad muhiim ah oo ku saabsan caafimaadka deegaanka badda si looga jawaabo walaaca deegaanka.
Xogta isku xigxiga ee Genome waxa lagu shubay Kaydka Akhriska ee Taxanaha NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRR8924808 ee hoos yimaada Bioprojects SRR8924808.
Brierley AS, Kingsford MJ Saamaynta isbeddelka cimilada ee nolosha badda iyo nidaamka deegaanka.Cole Biology.2009;19: P602–P614.
Gissi E, Manea E, Mazaris AD, Fraschetti S, Almpanidou V, Bevilacqua S, iyo al.Tixgeli saamaynta isku dhafan ee isbeddelka cimilada iyo walbahaarka kale ee deegaanka ee deegaanka badda.deegaanka sayniska guud.2021;755:142564.
Carella F, Antuofermo E, Farina S, Salati F, Mandas D, Prado P, iyo al.).Sayniska ugu horreeya ee March.2020;7:48.
Seront L, Nicastro CR, Zardi GI, Goberville E. Dhimashada kulaylka ee hoos u dhaca xaaladaha diiqada kulaylka ee soo noqnoqda waxay sharxaysaa dhimashada xagaaga sare ee miraha buluuga ah.Warbixinta sayniska 2019;9:17498.
Fey SB, Siepielski AM, Nussle S, Cervantes-Yoshida K, Hwan JL, Huber ER, iyo al.Isbeddelada dhow ee soo noqnoqda, sababaha iyo baaxadda dhimashada xoolaha.Proc Natl Acad Sci USA.2015;112:1083-8.
Scarpa F, Sanna D, Azena I, Mughetti D, Cerruti F, Hosseini S, iyo al.Waxyeelo badan oo aan nooc-gaar ah ahayn ayaa laga yaabaa inay sababeen dhimashada tirada badan ee Pinna nobilis.Nolosha.2020;10:238.
Bradley M, Coutts SJ, Jenkins E, O'Hara TM.Saamaynta suurtagalka ah ee isbeddelka cimilada ee cudurrada zoonotic Arctic.Int J Circumpolar caafimaadka.2005;64:468-77.
Beyer J., Greene NW, Brooks S., Allan IJ, Ruus A., Gomez T. et al.Mussels buluuga ah (Mytilus edulis spp.) sida noole calaamad u ah la socodka wasakhowga xeebaha: dib u eegis.Mar Environ Res 2017;130:338-65.
Siravegna G, Marsoni S, Siena S, Bardelli A. Isku dhafka dheecaanka dheecaanka leh ee daaweynta kansarka.Nat Rev Clean Oncol.2017;14:531-48.
Wan JCM, Massie C, Garcia-Corbacho J, Mouliere F, Brenton JD, Caldas C, iyo al.Koritaanka dheecaanka dheecaanka leh: Waxay u ogolaataa burada DNA inay wareegto.Nat Rev Cancer.2017;17:223–38.
Mandel P., Metais P. Nucleic acids ee balasmaha bini'aadamka.Daqiiqadaha kulanka ee kaabayaasha Soc Biol.1948;142:241-3.
Bronkhorst AJ, Ungerer W, Holdenrieder S. Door cusub oo DNA-da unug-la'aanta ah sida calaamad molecular ee daaweynta kansarka.Tirada falanqaynta biomolar.2019;17:100087.
Ignatiadis M., Sledge GW, Jeffrey SS Biyobsiga dareeraha ah wuxuu galaa rugta caafimaadka - arrimaha fulinta iyo caqabadaha mustaqbalka.Nat Rev Clin Oncol.2021;18:297-312.
Lo YM, Corbetta N., Chamberlain PF, Rai W., Sargent IL, Redman CW iyo kuwa kale.DNA-da uurjiifku waxay ku jirtaa balaasmaha hooyada iyo serum.Lancet.1997;350:485-7.
Mufarray MN, Wong RJ, Shaw GM, Stevenson DK, Quake SR Daraasada koorsada uurka iyo dhibaatooyinka iyada oo la adeegsanayo wareegga wareegga RNA ee dhiigga haweenka xilliga uurka.Dhakhaatiirta carruurta.2020;8:605219.
Ollerich M, Sherwood K, Keown P, Schütz E, Beck J, Stegbauer J, iyo al.Biyoobsi dareere ah: ku-deeqaha DNA-da unug-la'aanta waxaa loo isticmaalaa in lagu ogaado nabarrada allogeneic ee ku-tallaalidda kelyaha.Nat Rev Nephrol.2021;17:591-603.
Juan FC, Lo YM Wax cusub oo ku saabsan ogaanshaha dhalmada ka hor: isku xigxiga genome plasma hooyada.Anna MD.2016;67:419-32.
Gu W, Deng X, Lee M, Sucu YD, Arevalo S, Stryke D, iyo al.Ogaanshaha cudur-sidaha degdega ah ee jiilka soo socda ee metagenomic ee dareerayaasha jirka ee cudurka qaba.Daawada Nat.2021;27:115-24.