جاوا اسکرپٹ فی الحال آپ کے براؤزر میں غیر فعال ہے۔ جاوا اسکرپٹ کے غیر فعال ہونے پر اس ویب سائٹ کی کچھ خصوصیات کام نہیں کریں گی۔
اپنی مخصوص تفصیلات اور دلچسپی کی مخصوص دوا کے ساتھ رجسٹر کریں اور ہم اپنے وسیع ڈیٹا بیس میں مضامین کے ساتھ آپ کی فراہم کردہ معلومات سے میل کریں گے اور فوری طور پر آپ کو پی ڈی ایف کاپی ای میل کریں گے۔
作者 Stella S, Vitale SR, Martorana F, Massimino M, Pavone G, Lanzafame K, Bianca S, Barone C, Gorgone C, Fichera M, Manzella L
Stefania Stella, 1,2 Silvia Rita Vitale, 1,2 Federica Martorana, 1,2 Michele Massimino, 1,2 Giuliana Pavone, 3 Katia Lanzafame, 3 Sebastiano Bianca, 4 Chiara Barone, 5 Cristina Gorgone, 6 Marco Fichera, 1,2 experiencemental University of C-1, 7, 1,2 اور 1,2 مائیکل 1,2 اور 1,000000000000000000000000 افراد Catania, Catania, 95123, Italy؛ 2 سینٹر فار ایکسپیریمنٹل آنکولوجی اینڈ ہیماتولوجی، AOU Policlinico "G.Rodolico – San Marco"، Catania , 95123, Italy;3 میڈیکل آنکولوجی، AOU Policlinico “G.Rodolico – San Marco”, Catania, 95123, Italy;4 طبی جینیات، ARNAS Garibaldi، Catania، 95123، Italy;5 میڈیسن جینیٹکس، اے ایس پی، سیراکیوز، 96100، اٹلی؛6 ڈیپارٹمنٹ آف بایومیڈیکل اینڈ بائیو ٹیکنالوجی سائنسز، یونیورسٹی آف کیٹینیا، میڈیکل جینیٹکس، کیٹینیا، اٹلی، 95123؛7Oasi Research Institute-IRCCS, Troina, 94018, Italy Communications: Stefania Stella, tel +39 095 378 1946, email [email protected];مقصد: بی آر سی اے 1 اور بی آر سی اے 2 میں جراثیمی تغیرات اور چھاتی کے کینسر (بی سی)، بیضہ دانی (او سی) اور دیگر کینسر کے زندگی بھر کے خطرے سے وابستہ ہیں۔ بی آر سی اے جین کی جانچ انفرادی خطرے کا اندازہ لگانے کے ساتھ ساتھ صحت مند کیریئرز میں روک تھام کے طریقے تلاش کرنے کے لیے کلیدی حیثیت رکھتی ہے۔ جغرافیائی علاقے، اور اگرچہ سسلی خاندانوں میں بی آر سی اے کے روگجنک قسموں کے بارے میں ڈیٹا موجود ہے، خاص طور پر مشرقی سسلی میں آبادی کو نشانہ بنانے والے مطالعات کی کمی ہے۔ ہمارے مطالعے کا مقصد بی سی کے مریضوں کے ایک گروہ میں بی آر سی اے پیتھوجینک جراثیمی تبدیلیوں کے واقعات اور تقسیم کی تحقیقات کرنا تھا اور مشرقی سسلی کے مریضوں کے ساتھ ان کے مخصوص حصے کے طور پر استعمال کرتے ہوئے ncing. تبدیلیوں کی موجودگی کا تعلق ٹیومر کے درجے اور پھیلاؤ کے اشاریہ کے ساتھ ہے۔ نتائج: مجموعی طور پر، 35 مریضوں (9%) میں BRCA روگجنک متغیر تھا، 17 (49%) BRCA1 میں اور 18 (51%) BRCA2 میں۔ BRCA1 کی تبدیلیاں عام ہیں جہاں luca BC کے مریضوں میں عام طور پر 3-BC کے مریضوں میں 35 فیصد تبدیلیاں ہوتی ہیں۔ .غیر کیریئرز کے مقابلے میں، بی آر سی اے 1 ویریئنٹس والے مضامین میں ٹیومر کا درجہ نمایاں طور پر زیادہ اور بڑھنے والا اشاریہ تھا۔ نتیجہ: ہماری تلاشیں مشرقی سسلی کے بی سی مریضوں میں بی آر سی اے کی تغیراتی حیثیت کا ایک جائزہ فراہم کرتی ہیں اور کینسر کے مریضوں کی شناخت میں NGS تجزیہ کے کردار کی تصدیق کرتی ہیں، یہ BRCA کے سابقہ ​​ثبوتوں کے ساتھ BRCA کی روک تھام کے اعداد و شمار کی حمایت کرتے ہیں۔ اتپریورتن کیریئرز میں.
چھاتی کا کینسر (BC) دنیا بھر میں سب سے عام مہلک بیماری ہے اور خواتین میں سب سے مہلک کینسر۔ 1 حیاتیاتی خصوصیات جو BC کی تشخیص اور طبی رویے کا تعین کرتی ہیں ان کا بڑے پیمانے پر مطالعہ کیا گیا ہے اور وقت کے ساتھ ساتھ ان کی جزوی طور پر وضاحت کی گئی ہے۔ درحقیقت، کئی سروگیٹ مارکر اس وقت BC کو مختلف مالیکیولر ذیلی قسموں میں درجہ بندی کرنے کے لیے استعمال کیے جاتے ہیں۔ فیکٹر ریسیپٹر 2 (HER2) ایمپلیفیکیشن، پھیلاؤ انڈیکس Ki-67 اور ٹیومر گریڈ (G)۔ 2 ان متغیرات کے امتزاج نے BC کے درج ذیل زمروں کی نشاندہی کی: 1) Luminal ٹیومر، جو ER اور/یا PgR اظہار دکھاتے ہیں، BCs کے 75% کے حساب سے تھے۔ یہ ٹیومر جب مزید A-2 اور Luminal میں تقسیم کیے گئے تھے، Luminal ٹیومر مزید K-67 اور Luminal میں تقسیم کیے گئے تھے۔ منال B، جب Ki-67 20% کے برابر یا اس سے اوپر تھا اور HER2 ایمپلیفیکیشن کی موجودگی میں، پھیلاؤ انڈیکس سے قطع نظر؛2) HER2+ ٹیومر جو ER اور PgR منفی ہیں لیکن HER2 ایمپلیفیکیشن دکھاتے ہیں۔ یہ گروپ چھاتی کے تمام ٹیومر کا 10% ہے۔3) ٹرپل نیگیٹیو بریسٹ کینسر (TNBC)، جو ER اور PgR اظہار اور HER2 ایمپلیفیکیشن نہیں دکھاتا ہے، چھاتی کے کینسر کا تقریباً 15% حصہ ہے۔2-4
ان BC ذیلی قسموں میں، ٹیومر گریڈ اور پھیلاؤ انڈیکس کراس سیکشنل بائیو مارکرز کی نمائندگی کرتے ہیں جو براہ راست اور آزادانہ طور پر ٹیومر کی جارحیت اور تشخیص سے وابستہ ہیں۔ 5,6
متذکرہ بالا حیاتیاتی خصوصیات کے علاوہ، BC کی نشوونما میں وراثت میں ملنے والی جینیاتی تبدیلیوں کا کردار گزشتہ چند سالوں میں تیزی سے اہم ہو گیا ہے۔ 7 چھاتی کے 10 میں سے 1 ٹیومر مخصوص جینز میں جراثیمی تبدیلیوں کی وجہ سے وراثت میں پائے جاتے ہیں۔ 1, BRCA1, BRCA2, CHK2, PALB2, RAD51C, اور RAD51D) بنیادی طور پر موروثی BC کے لیے ذمہ دار ہیں۔ ان جینز میں سے، BRCA1 اور BRCA2 (جسے بعد میں BRCA1/2 کہا جاتا ہے) نے ٹیومر 1/9 کی اہم ٹیومر کی ترقی کے ساتھ مضبوط ترین تعلق ظاہر کیا۔ BC کے زندگی بھر کے خطرے کے ساتھ ساتھ دیگر مہلک امراض، بشمول ڈمبگرنتی، پروسٹیٹ، لبلبے، کولوریکٹل، اور میلانوما کو بڑھاتا ہے۔ 13 سے 80 سال کی عمر تک، بی سی کے مجموعی واقعات بی آر سی اے 1 پیتھوجینک ویریئنٹ (پی وی) والی خواتین میں 72 فیصد اور پی بی آر سی اے والی خواتین میں 69 فیصد ہیں۔
خاص طور پر، ایک حالیہ اشاعت سے پتہ چلتا ہے کہ BC کا خطرہ PV کی قسم پر منحصر ہوتا ہے۔ درحقیقت، روگجنک تراشنے والی مختلف حالتوں کے مقابلے میں، واضح طور پر BRCA1 جین میں، BC کے کم خطرے سے منسلک ہوتے ہیں، خاص طور پر بڑی عمر کی خواتین میں۔
بی آر سی اے 1 یا بی آر سی اے 2 پی وی کی موجودگی مختلف حیاتیاتی اور کلینکوپیتھولوجیکل خصوصیات سے وابستہ تھی۔ 16,17 بی آر سی اے 1 سے وابستہ بی سی طبی طور پر جارحانہ، ناقص تفریق اور بہت زیادہ پھیلنے والے ہوتے ہیں۔ یہ ٹیومر عام طور پر تین گنا منفی ہوتے ہیں اور ابتدائی عمر کے ہوتے ہیں جن میں بی آر سی اے 2 کے مریضوں میں ٹیومر کی رفتار کم ہوتی ہے۔ iated درجات اور متغیر پھیلاؤ والے اشارے۔ یہ ٹیومر لیمن B میں زیادہ عام ہیں اور عام طور پر بڑی عمر کے بالغوں میں پائے جاتے ہیں۔ 16-18 قابل ذکر بات یہ ہے کہ بی آر سی اے 1 اور بی آر سی اے 2 میں تغیرات مخصوص علاج کے لیے حساسیت کو بڑھاتے ہیں، بشمول پلاٹینم نمکیات اور ٹارگٹڈ دوائیں جیسے پولی(ADP-ribose) پولیمریز (ADP-ribose) polymerase20.
پچھلے کچھ سالوں کے دوران، کلینیکل پریکٹس میں اگلی نسل کی ترتیب (NGS) کے نفاذ نے BC کے مریضوں کی بڑھتی ہوئی تعداد کو کینسر کے حساسیت کے سنڈروم کے لیے مالیکیولر ٹیسٹنگ سے گزرنے کے قابل بنا دیا ہے، بشمول BRCA1/2.21، ساتھ ساتھ، خاندانی تاریخ، آبادیاتی، اور BRCA2 کی انفرادی خصوصیات کی شناخت کے لیے درست معیار پر مبنی تعریفیں 23 اس تناظر میں، مخصوص آبادیوں میں BRCA1/2 اسکریننگ پر ثبوت جمع ہو رہے ہیں، جغرافیائی خطوں میں فرق کو نمایاں کرتے ہوئے.
ہم یہاں مشرقی سسلی کے بی سی مریضوں میں جراثیمی بی آر سی اے 1/2 اسکریننگ کے نتائج کی وضاحت کرتے ہیں، ان ٹیومر کی کلینکیوپیتھولوجیکل خصوصیات کے ساتھ بی آر سی اے 1 یا بی آر سی اے 2 اتپریورتنوں کی موجودگی کو مزید مربوط کرتے ہیں۔
پولی کلینیکو ہسپتال کے "سینٹر برائے تجرباتی آنکولوجی اور ہیماٹولوجی" میں ایک سابقہ ​​مطالعہ کیا گیا تھا۔ کیٹینیا میں روڈولیکو – سان مارکو۔ جنوری 2017 سے مارچ 2021 تک، چھاتی اور رحم، میلانوما، لبلبے کے یا پروسٹیٹ کینسر کے لیے کل 455 مریض لیباریٹری بی آر سی اے کے لیے ریفر کیے گئے۔ یہ مطالعہ ہیلسنکی کے اعلامیہ کے مطابق کیا گیا تھا، اور تمام شرکاء نے مالیکیولر تجزیہ سے قبل تحریری باخبر رضامندی فراہم کی تھی۔
BC کی ہسٹولوجیکل اور بائیولوجیکل خصوصیات (ER, PgR, HER2 اسٹیٹس، Ki-67، اور گریڈ) کا اندازہ بنیادی بایپسی یا جراحی کے نمونوں پر کیا گیا، صرف جارحانہ ٹیومر کے اجزاء پر غور کیا گیا۔ ان خصوصیات کی بنیاد پر، BCs کی درجہ بندی اس طرح کی گئی: luminal A (ER+ اور/یا PgR+، B-67+ اور B-6%، B-2/یا+، 100٪، اور 20%، 2000٪ PgR+, HER2-, Ki-67≥20%), luminal B-HER2+ (ER اور/یا PgR+, HER2+), HER2+ (ER اور PgR-, HER2+) یا ٹرپل منفی (ER اور PgR-, HER2-)۔
BRCA1 اور BRCA2 اتپریورتن کی حیثیت کا اندازہ لگانے سے پہلے، ایک کثیر الضابطہ ٹیم بشمول ایک آنکولوجسٹ، ایک جینیاتی ماہر، اور ایک ماہر نفسیات نے BRCA1 اور/یا BRCA1 کی موجودگی کا تعین کرنے کے لیے ہر مریض کے لیے ٹیومر جینیات سے متعلق مشاورت کی۔یا بی آر سی اے 2 جین میں پی وی کا زیادہ خطرہ رکھنے والے افراد۔ مریض کا انتخاب اطالوی سوسائٹی آف میڈیکل آنکولوجی (اے آئی او ایم) کے رہنما خطوط اور مقامی سسلین سفارشات کے مطابق کیا گیا تھا۔ 30,31 ان معیارات میں شامل ہیں: (i) حساسیت والے جینز میں پیتھوجینک مختلف حالتوں کی خاندانی تاریخ (مثال کے طور پر، BRCAPT1، EN53)؛(ii) BC کے ساتھ مرد؛(iii) BC اور OC والے؛(iv) BC <36 سال، TNBC <60 سال، یا دو طرفہ BC <50 سال والی خواتین؛(v) BC <50 سال کی ذاتی طبی تاریخ اور کم از کم ایک فرسٹ ڈگری رشتہ دار: (a) BC <50 سال؛(b) کسی بھی عمر کا غیر بلغم اور غیر سرحدی OC؛(c) دو طرفہ BC؛(d) مرد BC؛(e) لبلبے کا کینسر؛(f) پروسٹیٹ کینسر؛(vi) BC کی دو یا زیادہ ذاتی تاریخ > 50 سال اور خاندانی تاریخ BC، OC، یا لبلبے کے کینسر کے رشتہ داروں کے لیے جو ایک دوسرے کے فرسٹ ڈگری رشتہ دار ہیں (بشمول وہ رشتہ دار جن کے ساتھ وہ فرسٹ ڈگری رشتہ دار ہیں)؛(vii) OC کی ذاتی تاریخ اور کم از کم ایک فرسٹ ڈگری رشتہ دار: (a) BC <50 سال؛(b) NOC؛(c) دو طرفہ BC؛(d) مرد BC؛(vii) اعلی درجے کی سیروس او سی والی خاتون۔
ہر مریض سے 20 ملی لیٹر پیریفرل خون کا نمونہ حاصل کیا گیا اور اسے ای ڈی ٹی اے ٹیوبز (بی ڈی بائیو سائنسز) میں جمع کیا گیا۔ جینومک ڈی این اے کو 0.7 ملی لیٹر پورے خون کے نمونوں سے الگ کیا گیا QIAsymphony DSP DNA Midi کٹ Isolation Kit (QIAGEN, Hilden, Italy) کا استعمال کرتے ہوئے isher Scientific, Waltham, MA, USA) مقدار کا تعین کریں۔ٹارگٹ افزودگی اور لائبریری کی تیاری Oncomine™ BRCA ریسرچ آسے شیف کے ذریعے کی جاتی ہے، جو مینوفیکچرر کی ہدایات کے مطابق خودکار لائبریری کی تیاری کے لیے Ion AmpliSeq™ Chef Reagents DL8 Kit میں لوڈ ہونے کے لیے تیار ہے۔ یہ کٹ دو ملٹی پلیکس PCR پرائمر پولز پر مشتمل ہے جو کہ مطالعہ کرنے کے لیے استعمال کیے جا سکتے ہیں۔ _000059.3) جینز۔مختصر طور پر، لائبریری کی تیاری کے لیے بار کوڈ شدہ پلیٹوں میں ہر پتلے نمونے کے 15 µL ڈی این اے (10 این جی) کو شامل کیا گیا تھا اور تمام ریجنٹس اور استعمال کی اشیاء کو آئن شیف ™ آلہ پر لوڈ کیا گیا تھا۔ خودکار لائبریری کی تیاری اور بار کوڈ شدہ نمونے کو لائبریری کے پولز نمبر کے طور پر تیار کیا گیا تھا۔ مینوفیکچرر کی ہدایات کے مطابق Qubit® 3.0 فلورومیٹر (تھرمو فشر سائنٹفک، والتھم، MA، USA) کے ذریعے تیار کیا گیا ہے۔ آخر میں، لائبریریوں کو Ion Chef™ لائبریری کے نمونے والی ٹیوبوں (بار کوڈڈ ٹیوبوں) میں مساوی تناسب میں جوڑا جاتا ہے اور Ion Chef™ پرفارم کرنے والے F™ پر لوڈ کیا جاتا ہے۔ er سائنٹیفک) آلہ (تھرمو فشر سائنٹیفک) ایک آئن 510 چپ (تھرمو فشر سائنٹیفک) کا استعمال کرتے ہوئے۔
تمام مختلف ناموں نے ہیومن جینوم ویری ایشن کنسورشیم کے موجودہ رہنما خطوط پر عمل کیا، جو آن لائن دستیاب ہے (HGVS، http://www.hgvs.org/mutnomen)۔ BRCA1/2 مختلف حالتوں کی طبی اہمیت کی وضاحت بین الاقوامی کنسورشیم ENIGMA کی درجہ بندی کا استعمال کرتے ہوئے کی گئی تھی۔ /) اور مختلف ڈیٹا بیسز سے مشورہ کرنا جیسے ARUP, BRCAEXCHANGE, ClinVar, IARC_LOVD, اور UMD۔ درجہ بندی میں خطرے کے پانچ الگ الگ زمرے شامل ہیں: سومی (زمرہ I)، امکانی بے نظیر (زمرہ II)، غیر یقینی اہمیت کا متغیر (VUS، زمرہ III)، امکانی طور پر (VUS، زمرہ III)، ممکنہ طور پر کیٹیگریگوجینیک (کیٹیگری)۔ پروٹین کے ڈھانچے اور فنکشن پر اتپریورتنوں کے اثرات کا تجزیہ کیا، 30 ڈیٹا بیس تک رسائی کے ساتھ ایک معلوماتی ٹول۔
ہر VUS کو ممکنہ طبی اہمیت تفویض کرنے کے لیے، درج ذیل کمپیوٹیشنل پروٹین پیشن گوئی الگورتھم استعمال کیے گئے تھے: MUTATION TASTER، 33 PROVEAN-SIFT (http://provean.jcvi.org/index.php)، پولیفین-2 (http:///genetics.bwh.harvard.edu/Gvd.gut/Gvd.gut edu/agvgd_input.php)۔ کلاس 1 اور 2 کی درجہ بندی کی گئی مختلف قسموں کو جنگلی قسم سمجھا جاتا تھا۔
سینجر کی ترتیب نے ہر پیتھوجینک قسم کی موجودگی کی تصدیق کی۔ مختصراً، مخصوص پرائمر کا ایک جوڑا BRCA1 اور BRCA2 جین حوالہ ترتیب (NG_005905.2، NM_007294.3 اور NG_0127e کے لیے، NM_01294.3 اور NG_0127 کے لیے) کا استعمال کرتے ہوئے ہر دریافت شدہ مختلف قسم کے لیے ڈیزائن کیا گیا تھا۔ ٹارگٹڈ پی سی آر انجام دیا گیا جس کے بعد سنجر کی ترتیب کی گئی۔
جن مریضوں کا بی آر سی اے 1/2 جین کے لیے منفی تجربہ کیا گیا ان کا تجربہ کارخانہ دار کی ہدایات کے مطابق ملٹی پلیکس لیگیشن ڈیپنڈنٹ پروب ایمپلیفیکیشن (MLPA) کے ذریعے کیا گیا تاکہ بڑے جینومک ری رینجمنٹس (LGR) کی موجودگی کا اندازہ لگایا جاسکے۔ لمبائی میں تقریباً 60 نیوکلیوٹائڈز۔ پروب ایمپلیفیکیشن پروڈکٹس، جو پی سی آر ایمپلیونز کے ایک منفرد سیٹ پر مشتمل ہیں، اس کے بعد کیپلیری الیکٹروفورسس اور Cofalyser.Net سافٹ ویئر کے ذریعے مناسب بیچ کے لیے مخصوص Cofalyser ٹیبلز (www.mrcholland.com) کے ساتھ مل کر تجزیہ کیا گیا۔
منتخب کلینکوپیتھولوجیکل متغیرات (ہسٹولوجیکل گریڈ اور Ki-67% پھیلاؤ انڈیکس) بی آر سی اے 1/2 پی وی کی موجودگی سے وابستہ تھے، جن کا شمار پرزم سافٹ ویئر v. 8.4 کا استعمال کرتے ہوئے فشر کے عین مطابق ٹیسٹ کو پی-ویلیو <0.05 کو اہم مانتے ہوئے کیا گیا۔
جنوری 2017 اور مارچ 2021 کے درمیان، 455 مریضوں کی جراثیمی BRCA1/2 اتپریورتنوں کی جانچ کی گئی۔ پولی کلینیکو ہسپتال کے سنٹر برائے تجرباتی آنکولوجی اور ہیماٹولوجی میں اتپریورتن کی جانچ کی گئی۔ سسلی رہنما خطوط کے مطابق 10 Gennaio 2020)، Rodolico of Catania – San Marco" مجموعی طور پر، 389 مریض چھاتی کے کینسر، 37 رحم کے کینسر، 16 لبلبے کے کینسر، 8 پروسٹیٹ کینسر اور 5 میلانوما تھے۔کینسر کی قسم اور تجزیہ کے نتائج کے مطابق مریضوں کی تقسیم کو شکل 1 میں دکھایا گیا ہے۔
شکل 1 ایک فلو چارٹ دکھاتا ہے جس میں مطالعہ کا ایک جائزہ دکھایا گیا ہے۔ چھاتی، میلانوما، لبلبے، پروسٹیٹ، یا ڈمبگرنتی ٹیومر والے مریضوں کا بی آر سی اے 1 اور بی آر سی اے 2 جینز میں تغیرات کے لیے ٹیسٹ کیا گیا تھا۔
مخففات: PVs، روگجنک قسم؛VUS، غیر یقینی اہمیت کا مختلف قسم؛ڈبلیو ٹی، جنگلی قسم کی بی آر سی اے 1/2 ترتیب۔
ہم نے اپنے مطالعے کو چھاتی کے کینسر کے گروہوں پر منتخب طور پر مرکوز کیا۔ مریضوں کی درمیانی عمر 49 سال (23-89 کی حد) تھی اور وہ بنیادی طور پر خواتین (n = 376، یا 97%) تھیں۔
ان مضامین میں سے، 64 (17%) میں BRCA1/2 تغیرات تھے اور وہ تمام خواتین تھیں۔ پینتیس (9%) میں PV تھا اور 29 (7.5%) میں VUS تھا۔ 35 پیتھوجینک مختلف حالتوں میں سے سترہ (48.6%) BRCA1 اور 18 (51.4%) BRCA میں واقع ہوئے جبکہ VBRCA (51.4%) اور 17 میں واقع ہوئے۔ BRCA2 میں 24 (82.8%) (اعداد و شمار 1 اور 2)۔ LGR MLPA تجزیہ میں موجود نہیں تھا۔
تصویر 2. چھاتی کے کینسر کے 389 مریضوں میں بی آر سی اے 1 اور بی آر سی اے 2 کی تبدیلیوں کا تجزیہ۔(B) چھاتی کے کینسر کے 389 مریضوں میں پینتیس (9%) میں BRCA1/2 پیتھوجینک ویریئنٹس (PVs) تھے۔ان میں سے، 17 (48.6%) BRCA1 PV کیریئرز (گہرا سرخ) اور 18 (51.4%) BRCA2 کیریئرز (ہلکے سرخ) تھے۔(C) 389 مضامین میں سے 29 (7.5%) VUS، 5 (17.2%) BRCA1 جین (گہرا نارنجی) اور 24 (82.8%) BRCA2 جین (ہلکا نارنجی)۔
مخففات: PVs، روگجنک قسم؛VUS، غیر یقینی اہمیت کا مختلف قسم؛ڈبلیو ٹی، جنگلی قسم کی بی آر سی اے 1/2 ترتیب۔
ہم نے اگلی بار بی آر سی اے 1/2 پی وی والے مریضوں میں BC مالیکیولر ذیلی قسموں کے پھیلاؤ کی تحقیقات کی۔ تقسیم میں 2 (5.7%) luminal A، 15 (42.9%) luminal B، 3 (8.6%) luminal B-HER2+، 2 (5.7%) HER2+ اور %13m-BC مریضوں، 13m-13m بی سی اے کے مریض شامل تھے۔ 5 (29.4%) میں luminal B BC تھا، 2 (11.8%) کو HER2+ بیماری تھی، اور 10 (58.8%) کو TNBC تھا۔ BRCA1 کے تغیرات کے بغیر ٹیومر یا تو luminal A تھے یا luminal B-HER2+ (شکل 3)۔ BRCA2-مثبت ذیلی گروپ میں، luminal (%16) ٹیومر (56٪) تھے۔ luminal B-HER2+ تھے، 3 (16.7%) TNBC اور 2 (11.1%) luminal A تھے (شکل 3)۔ کوئی HER2+ ٹیومر اس گروپ میں موجود نہیں تھا۔ اس طرح، BRCA1 اتپریورتن TNBC کے مریضوں میں مروجہ ہے، جبکہ BRCA2 تبدیلیاں لیومین کے انفرادی مریضوں میں غالب ہیں۔
شکل 3 بی آر سی اے 1 اور بی آر سی اے 2 میں پیتھوجینک مختلف حالتوں والے مریضوں میں چھاتی کے کینسر کی ذیلی قسموں کا پھیلاؤ۔ ہسٹوگرام جو چھاتی کے کینسر کے مریضوں کی مالیکیولر ذیلی قسموں میں بی آر سی اے 1- (گہرا سرخ) اور بی آر سی اے 2- (ہلکا سرخ) پی وی کی تقسیم کو ظاہر کرتے ہیں۔ ذیلی قسم
مخففات: PVs، روگجنک قسم؛HER2+، انسانی ایپیڈرمل گروتھ فیکٹر ریسیپٹر 2 مثبت؛TNBC، ٹرپل منفی چھاتی کا کینسر۔
اس کے بعد، ہم نے BRCA1 اور BRCA2 PVs کی قسم اور جین لوکلائزیشن کا اندازہ کیا۔ BRCA1 PV میں، ہم نے 7 سنگل نیوکلیوٹائڈ مختلف حالتوں (SNVs)، 6 حذف، 3 نقلیں اور 1 اندراج کا مشاہدہ کیا۔ صرف ایک اتپریورتن (c.5522V BRCA 1 میں سب سے زیادہ مشترکہ دریافت کیا گیا ہے)۔ 5035_5039delCTAAT. اس تبدیلی میں BRCA1 exon 15 میں پانچ نیوکلیوٹائڈز (CTAAT) کو حذف کرنا شامل ہے، جس کے نتیجے میں کوڈن 1679 پر ٹائروسین کے ذریعے امینو ایسڈ لیوسین کی جگہ لے لی گئی ہے، اور ٹرانسلیشن فریم شفٹ کی وجہ سے پیش گوئی کی گئی ہے کہ صرف ایک پروٹین کیس میں پیش گوئی کی گئی ہے کہ ایک لیڈ ٹیب میں ایک پروٹین کی تبدیلی کا امکان ہے۔ ly، رپورٹ کردہ PVs میں سے ایک اسپلائس سائٹ کننسس ریجن (c.4357+1G>T) (ٹیبل 1) میں واقع تھا۔
BRCA2 PV کے حوالے سے، ہم نے 6 حذف کیے، 6 SNVs اور 2 ڈپلیکیشنز کا مشاہدہ کیا۔ کوئی بھی تبدیلی نئی نہیں ملی۔ ہماری آبادی میں تین تغیرات بار بار ہوئے، c.428dup اور c.8487+1G>A 3 مضامین میں مشاہدہ کیا گیا، اس کے بعد c.5851_5854 کیسز میں c.5851_5854 کی دوبارہ تبدیلیاں ہوئیں۔ BRCA2 کے exon 5 میں C کا اعادہ، ایک کٹے ہوئے، غیر فعال پروٹین کو انکوڈ کرنے کی پیش گوئی کی گئی ہے۔ c.8487+1G> BRCA2 intron 19 (± 1,2) کے اندرونی علاقے میں ایک تبدیلی واقع ہوتی ہے اور اس کے نتیجے میں splicing consensus sequence کو متاثر کرتی ہے، جس کے نتیجے میں c.58 یا غیر فعال پروٹین کو تبدیل کیا جاتا ہے۔ 54delAGTT پیتھوجینک ویرینٹ BRCA2 جین کے کوڈنگ ایکسون 10 میں 5851 سے 5854 تک نیوکلیوٹائڈ پوزیشنز سے 4-نیوکلیوٹائڈ ڈیلیٹ ہونے کی وجہ سے ہے اور اس کے نتیجے میں ایک پیشین گوئی شدہ متبادل اسٹاپ کوڈن کے ساتھ ٹرانسلشنل فریم شفٹ ہوتا ہے (p.S1951WfsTero، c.1951WfsTero، al.6.6/2) ایک ہی مریض میں 08-2A>T کا پتہ چلا۔ 34 پہلی تبدیلی میں BRCA2 exon 7 میں اڈینوسین (A) کو نیوکلیوٹائڈ پر مشتمل گوانائن (G) کے ساتھ تبدیل کرنا شامل ہے جس کے نتیجے میں codon 211 میں ویلائن کی isoleucine میں تبدیلی ہوتی ہے، isoleucine Amino acid ایک عام امائنو ایسڈ ہے جو mRvari خصوصیات کے ساتھ ایک عام امائنو ایسڈ ہے جس میں ایس پی این اے پر اثر انداز ہوتا ہے۔ tronic خطہ اور اس کے نتیجے میں BRCA2 کے جین انکوڈنگ کے exon 13 سے پہلے A سے thymine (T) کا دوہرا متبادل ہوتا ہے۔ c.7008-2A>T تبدیلی مختلف لمبائیوں کے متعدد ٹرانسکرپٹس پیدا کر سکتی ہے۔ مزید برآں، BRCA2 PVs کے گروپ میں، 18 میں سے 4% تبدیلیاں (22%) تھیں۔
اس کے بعد ہم نے فنکشنل ڈومینز اور پروٹین بائنڈنگ ریجنز (تصویر 4) میں BRCA1/2 نقصان دہ اتپریورتنوں کا نقشہ بنایا۔ BRCA1 جین میں، 50% PVs چھاتی کے کینسر کے کلسٹر ریجن (BCCR) میں واقع تھے، جب کہ 22% تغیرات رحم کے کینسر کے کلسٹر ریجن میں واقع تھے۔ چیونٹیاں BCCR کے علاقے میں واقع تھیں اور 42.8% تغیرات OCCR (تصویر 4B) میں واقع تھے۔ اس کے بعد، ہم نے BRCA1 اور BRCA2 پروٹین ڈومینز کے اندر PV کے محل وقوع کا اندازہ کیا۔ BRCA1 پروٹین کے لیے، ہمیں لوپ میں تین PVs ملے اور کوائلڈ کوائل پروٹین (muBRCT4A domains) اور دو ایف بی آر سی ٹی ڈومینز، اور دو ایف بی آر سی ٹی ڈومینز میں مل گئے۔ ، 4 PVs کو BRC ریپیٹ ڈومین میں میپ کیا گیا، جب کہ oligo/oligosaccharide-binding (OB) اور ٹاور (T) ڈومینز (شکل 4B) میں 3 intronic اور 3 exonic تبدیلیوں کا پتہ چلا۔
شکل 4 بی آر سی اے 1 اور بی آر سی اے 2 پروٹینز کی اسکیمیٹک نمائندگی اور پیتھوجینک مختلف حالتوں کی لوکلائزیشن۔ یہ اعداد و شمار چھاتی کے کینسر کے مریضوں میں بی آر سی اے 1 (اے) اور بی آر سی اے 2 (بی) پیتھوجینک مختلف حالتوں کی تقسیم کو ظاہر کرتا ہے۔ خارجی تغیرات نیلے رنگ میں دکھائے گئے ہیں، جب کہ انٹرنک مختلف قسمیں بی آر سی اے اور بی آر سی اے کی تعداد میں دکھائے گئے ہیں۔ اور ان کے فنکشنل ڈومینز کی اطلاع دی جاتی ہے۔ oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB) فولڈز، ایک ٹاور ڈومین (T)، اور C طرف ایک NLS۔ بریسٹ کینسر کلسٹر ریجن (BCCR) کہلانے والے علاقے اور اوورین کینسر کلسٹر ریجن (OCCR) نیچے دکھائے گئے ہیں۔
اس کے بعد ہم نے BC کلینکوپیتھولوجیکل خصوصیات کی چھان بین کی جو BRCA1/2 PV کی موجودگی سے منسلک ہو سکتی ہیں۔ مکمل طبی ریکارڈ 181 BRCA1/2-منفی مریضوں (نان کیریئرز) اور تمام کیریئرز (n = 35) کے لیے دستیاب تھے۔ ٹیومر کے پھیلاؤ کی شرح اور گریڈ کے درمیان تعلق تھا۔
ہم نے اپنے گروپ (25%، حد <10-90%) کی بنیاد پر Ki-67 کی تقسیم کا حساب لگایا۔ Ki-67 <25% والے مضامین کی تعریف "کم Ki-67″ کے طور پر کی گئی تھی، جب کہ ≥ 25% اقدار والے افراد کو "High Ki-67″ اور BR016 کے درمیان اہم فرق سمجھا جاتا تھا۔ PV کیریئرز (تصویر 5A)۔
شکل 5 چھاتی کے کینسر والی خواتین میں BRCA1 اور BRCA2 PVs کے ساتھ اور اس کے بغیر گریڈ کی تقسیم کے ساتھ Ki-67 کا ارتباط۔ (A) 181 نان کیریئر بی سی مریضوں میں BRCA1 (18) یا BRCA2 (17) کے مقابلے میں درمیانی Ki-67 اقدار کو ظاہر کرنے والا باکس پلاٹ۔ PV کے لحاظ سے اس کی کم قیمت سمجھے جانے والے PV مریضوں کی نمائندگی کرتے ہیں۔ BC کینسر کے مریضوں کو ہسٹولوجیکل گریڈ گروپس (G2 اور G3) میں BRCA1 اور BRCA2 میوٹیشن سٹیٹس (WT مضامین، BRCA1 اور BRCA2 PVs کیریئرز) کے مطابق تفویض کرنا۔
اسی طرح، ہم نے جانچا کہ آیا ٹیومر گریڈ کا تعلق BRCA1/2 PV کی موجودگی سے ہے۔ چونکہ ہماری آبادی میں G1 BC موجود نہیں تھا، ہم نے مریضوں کو دو گروپوں (G2 یا G3) میں تقسیم کیا۔ Ki-67 کے نتائج سے مطابقت رکھتے ہوئے، تجزیہ سے ٹیومر گریڈ اور BRCA کے اعلیٰ ٹیومر کے درمیان اہم تعلق کا پتہ چلا۔ غیر کیریئرز کے مقابلے (p <0.005) (شکل 5B)۔
DNA ترتیب دینے والی ٹیکنالوجی میں پیشرفت نے BRCA1/2 جینیاتی جانچ میں بے مثال پیشرفت کو قابل بنایا ہے، جس میں کینسر کی خاندانی تاریخ والے مریضوں کے لیے اہم مضمرات ہیں۔ آج تک، تقریباً 20.000 BRCA1/2 مختلف قسموں کی شناخت کی گئی ہے اور امریکن سوسائٹی آف میڈیکل جینیٹکس کے مطابق درجہ بندی کی گئی ہے، جو کہ IG/25/36 BRCA نظام کے بارے میں مشہور ہے۔ ایشنل سپیکٹرم جغرافیائی خطوں میں وسیع پیمانے پر مختلف ہوتا ہے۔ 37 اٹلی کے اندر، BRCA1/2 PVs کی شرح 8% سے لے کر 37% تک ہے، جو اندرون ملک وسیع تغیرات کو ظاہر کرتی ہے۔ 38,39 تقریباً 5 ملین کی آبادی کے ساتھ، سسلی اٹلی کا پانچواں سب سے بڑا خطہ ہے جو کہ بی آر سی اے کے اعداد و شمار کے لحاظ سے پانچواں بڑا خطہ ہے۔ سخت سسلی، جزیرے کے مشرقی حصے میں کوئی وسیع ثبوت نہیں ہے۔
ہمارا مطالعہ مشرقی سسلی میں BC کے مریضوں میں BRCA1/2 PV کے واقعات پر پہلی رپورٹوں میں سے ایک ہے۔
389 BC مریضوں کی جانچ کرتے وقت، 9% بی آر سی اے 1/2 پی وی لے گئے، بی آر سی اے 1 اور بی آر سی اے 2 کے درمیان یکساں طور پر تقسیم کیے گئے۔ یہ نتائج اطالوی آبادی میں پہلے رپورٹ کیے گئے نتائج سے مطابقت رکھتے ہیں۔ 28 دلچسپ بات یہ ہے کہ ہمارے گروپ میں سے 3% (13/389) مرد تھے۔ یہ شرح کینسر کی تمام BC کی بنیاد پر ہماری توقع سے زیادہ ہے۔ CA1/2 اتپریورتن کا خطرہ۔ تاہم، ان مردوں میں سے کسی نے بھی BRCA1/2 PV تیار نہیں کیا، لہذا وہ کم عام تغیرات جیسے PALB2، RAD51C اور D کی موجودگی کو مسترد کرنے کے لیے مزید مالیکیولر تجزیہ کے امیدوار تھے۔ غیر یقینی اہمیت کے متغیرات کو 7% میں بازیافت کیا گیا جس میں یہ BRCA2 کے ساتھ پہلے سے موجود BRCA2 کا ثبوت تھا۔ 28,41,42
جب ہم نے BRCA1/2 اتپریورتی خواتین میں BC مالیکیولر ذیلی قسموں کی تقسیم کا تجزیہ کیا، تو ہم نے TNBC اور BRCA1 PV (58.8%) اور luminal B BC اور BRCA2 PV (55.6%) کے درمیان معروف ایسوسی ایشنز کی تصدیق کی۔ 6,43
اس کے بعد ہم BRCA1/2 PV کی قسم اور مقام پر توجہ مرکوز کرتے ہیں۔ ہمارے گروپ میں، سب سے عام BRCA1 PV c.5035_5039delCTAAT تھا۔ حالانکہ Incorvaia et al.اپنے سسلین گروہ میں اس قسم کی وضاحت نہیں کی، دوسرے مصنفین نے اسے ایک جراثیمی BRCA1 PV کے طور پر رپورٹ کیا ہے۔ 34 ہمارے گروہ میں کئی BRCA1 PVs پائے گئے - جیسے c.181T>G، c.514del، c.3253dupA اور c.5266dupC - جن میں سے دو میں سے 2018 میں مشاہدہ کیا گیا ہے۔ 181T>G اور c.5266dupC) عام طور پر مشرقی اور وسطی یورپ کے اشکنازی یہودیوں (پولینڈ، چیک)، سلووینیائی، آسٹریا، ہنگری، بیلاروسی اور جرمن میں پائے جاتے ہیں، 44,45 اور، ریاستہائے متحدہ اور ارجنٹائن میں، حال ہی میں ایک "بار بار ہونے والے جراثیمی مریضوں کے طور پر بیان کیا گیا تھا۔ پالرمو اور میسینا میں شمالی سسلی سے تعلق رکھنے والے چھاتی کے کینسر کے 8 مریضوں میں شناخت ہوئی۔Catania میں کچھ خاندانوں میں c.3253dupA متغیر پایا۔ 28 سب سے زیادہ نمائندہ BRCA2 PVs ہیں c.428dup, c.5851_5854delAGTT اور intronic variant c.8487+1G>A، جن کی مزید تفصیل سے اطلاع دی گئی ہے 28 Palermo میں ایک مریض میں c2TT_584d کے ساتھ مشاہدہ کیا گیا تھا۔ d شمال مغربی سسلی کے گھرانوں میں، خاص طور پر ٹراپانی اور پالرمو کے علاقوں میں، جبکہ c.5851_5854delAGTT PV شمال مغربی سسلی کے گھرانوں میں دیکھی گئی۔پہلے کولمبیا میں c.5851_5854delAGTT تبدیلی کو بیان کیا ہے۔ 37 ایک اور BRCA2 PV، c.631+1G>A، BC اور OC کے مریضوں میں سسلی (Agrigento، Siracusa اور Ragusa) میں پایا گیا ہے۔ >T) اسی مریض میں، جسے ہم نے cis موڈ میں الگ الگ سمجھا تھا، جیسا کہ پہلے اس طرح کی اطلاع دی گئی تھی۔ 34,46 یہ BRCA2 uble اتپریورتنوں کو واقعی اطالوی خطے میں اکثر دیکھا جاتا ہے اور یہ پایا گیا ہے کہ وہ قبل از وقت سٹاپ کوڈنز متعارف کراتے ہیں، جس سے میسنجر RNA کی تقسیم متاثر ہوتی ہے اور BRCA2 پروٹین، IL474 کو متاثر کرتی ہے۔
ہم نے بی آر سی اے 1 اور بی آر سی اے 2 پی وی کو بھی پروٹین ڈومینز اور جینز کے پوٹیٹیو او سی سی آر اور بی سی سی آر ریجنز میں میپ کیا۔ ان خطوں کو ریبیک ایٹ ال نے بیان کیا تھا۔بالترتیب ڈمبگرنتی اور چھاتی کے کینسر کے خطرے کے علاقوں کے طور پر۔ 49 تاہم، جراثیم کی مختلف حالتوں کے مقام اور چھاتی یا رحم کے کینسر کے خطرے کے درمیان تعلق کے حوالے سے شواہد متنازعہ ہیں۔ 28,50-52 ہماری آبادی میں، BRCA1 PVs بنیادی طور پر BCCR کے علاقے میں واقع تھے، جب کہ PVCR سے پہلے PVCR خطے میں موجود تھے۔ پوٹیٹو OCCR اور BCCR خطوں اور BC کی خصوصیات کے درمیان کوئی تعلق تلاش کرنے کے قابل۔ یہ BRCA1/2 تغیرات کے مریضوں کی محدود تعداد کی وجہ سے ہو سکتا ہے۔ پروٹین ڈومین کے نقطہ نظر سے، BRCA1 PVs کو پورے پروٹین کے ساتھ تقسیم کیا جاتا ہے، اور BRCA2 کی تبدیلیاں ترجیحی طور پر BRC ریپیٹ ڈومین میں پائی جاتی ہیں۔
آخر میں، ہم نے BC کلینکوپیتھولوجیکل خصوصیات کو BRCA1/2 PV کے ساتھ منسلک کیا۔ مریضوں کی محدود تعداد میں شامل ہونے کی وجہ سے، ہم نے صرف Ki-67 اور ٹیومر گریڈ کے درمیان ایک اہم تعلق پایا۔ اگرچہ Ki-67 کی تشخیص اور تشریح کچھ حد تک متنازعہ رہتی ہے، یہ یقینی ہے کہ بیماری کے بڑھنے کی شرح میں کمی اور بیماری کے بڑھنے کی شرح میں کمی کے ساتھ بیماری کے بڑھنے کے خطرات بڑھ جاتے ہیں۔ "اعلی" اور "کم" Ki-67 کے درمیان فرق کرنے کے لیے بند 20% ہے۔ تاہم، یہ حد ہماری BRCA1/2 اتپریورتن مریضوں کی آبادی پر لاگو نہیں ہوتی، جس کی اوسط Ki-67 کی قدر 25% ہے۔ اعلی Ki-67 شرحوں میں اس رجحان کی وضاحت ہمارے luminal B اور A TNBC میں پھیلاؤ سے کی جا سکتی ہے، جس میں کچھ luminal B اور TNBC موجود تھے۔ تجویز کرتے ہیں کہ زیادہ Ki-67 کٹ آف (25–30%) مریضوں کو ان کی تشخیص کے مطابق بہتر طور پر مستحکم کر سکتا ہے۔ 53,54 ہمارے تجزیے کے نتائج سے، ایک اہم ارتباط حیرت کی بات نہیں ہے۔ اعلی Ki-67 اور گریڈز اور BRCA1 PV کی موجودگی کے درمیان واقع ہوتا ہے۔ درحقیقت، BRCA1 سے متعلقہ ٹیومر، TBC1، BT17، TB1، 7، 1، 7، 10 ٹیومر کی زیادہ خصوصیات ہیں۔
آخر میں، یہ مطالعہ مشرقی سسلی کے ایک BC کوہورٹ میں BRCA1/2 کی تغیراتی حیثیت کے بارے میں ایک رپورٹ فراہم کرتا ہے۔ مجموعی طور پر، ہماری تلاشیں پہلے سے موجود شواہد کے ساتھ مطابقت رکھتی ہیں، دونوں میں اتپریورتن کے پھیلاؤ اور BC میں کلینکیوپیتھولوجیکل خصوصیات کے لحاظ سے۔ بی آر سی اے 1/2 کے مریضوں کی کثیر آبادی میں مزید مطالعہ، جیسے کہ BRCA1/2 کے مریضوں میں کثیر تعداد میں استعمال کیا جاتا ہے۔ PVs کی موجودگی کا جائزہ لینے کی ضمانت دی جاتی ہے جو BRCA1/2 سے الگ اور کم بار بار ہوتے ہیں۔ یہ جینیاتی تغیرات کی وجہ سے کینسر کے بڑھتے ہوئے خطرے میں مضامین کی بڑھتی ہوئی تعداد کی شناخت اور مناسب انتظام کی اجازت دے گا۔
ہم نے تصدیق کی کہ مریضوں نے تحقیقی مقاصد کے لیے اپنے ٹیومر کے نمونے گمنام طور پر جاری کرنے کے لیے باخبر رضامندی پر دستخط کیے تھے۔ تمام مریضوں نے ہیلسنکی کے اعلامیے کے مطابق تحریری باخبر رضامندی پر دستخط کیے تھے۔ AOU Policlinico "G.Rodolico – S.Marco" کی پالیسی کے مطابق، اس مطالعہ کو اخلاقی جائزے سے مستثنیٰ قرار دیا گیا تھا کیونکہ بی آر سی اے 1/2 مریضوں کو تحریری طور پر مطلع کیا گیا تھا۔ تحقیقی مقاصد کے لیے اپنے ڈیٹا کے استعمال پر بھی رضامندی دیتے ہیں۔
ہم اخلاقی کمیٹی کی درخواست کے مطابق چھاتی کے کینسر کے مریضوں کی دیکھ بھال میں معاونت کے لیے پروفیسر پاولو ویگنیری کا شکریہ ادا کرتے ہیں۔
Federica Martorana Istituto Gentili, Eli Lilly, Novartis, Pfizer سے اعزاز کی اطلاع دیتی ہے۔ دوسرے مصنفین اس کام میں دلچسپی کے کسی تنازعہ کا اعلان نہیں کرتے ہیں۔
1. Sung H, Ferlay J, Siegel RL, et al.Global Cancer Statistics 2020: GLOBOCAN نے دنیا بھر کے 185 ممالک میں 36 کینسر کے واقعات اور اموات کا تخمینہ لگایا ہے۔