Nature.com پر جانے کا شکریہ۔آپ جس براؤزر کا ورژن استعمال کر رہے ہیں اسے محدود CSS سپورٹ حاصل ہے۔بہترین تجربے کے لیے، ہم تجویز کرتے ہیں کہ آپ ایک اپ ڈیٹ شدہ براؤزر استعمال کریں (یا انٹرنیٹ ایکسپلورر میں مطابقت موڈ کو غیر فعال کریں)۔اس دوران، مسلسل تعاون کو یقینی بنانے کے لیے، ہم سائٹ کو بغیر اسٹائل اور جاوا اسکرپٹ کے رینڈر کریں گے۔
Angustifolius lupin (NLL، Lupinus angustifolius L.) ایک پھل دار پودا ہے جو خوراک کی پیداوار اور مٹی کی بہتری کے لیے استعمال ہوتا ہے۔ایک فصل کے طور پر NLL کی عالمی توسیع نے بہت سے روگجنک فنگس کو اپنی طرف متوجہ کیا ہے، بشمول lupin anthracnose، جو تباہ کن اینتھراکنوز بیماری کا سبب بنتا ہے۔دو ایللیس، Lanr1 اور AnMan، جو بڑھتی ہوئی مزاحمت فراہم کرتے ہیں، NLL افزائش میں استعمال کیے گئے ہیں، لیکن بنیادی مالیکیولر میکانزم نامعلوم ہیں۔اس مطالعہ میں، Lanr1 اور AnMan مارکر یورپی NLL نمونوں کو اسکرین کرنے کے لیے استعمال کیے گئے تھے۔کنٹرول شدہ ماحول میں ویکسین کی جانچ نے دونوں مزاحم عطیہ دہندگان کی افادیت کی تصدیق کی۔جین کے مختلف اظہار کی پروفائلنگ نمائندہ مزاحم اور حساس خطوط پر کی گئی تھی۔اینتھراکنوز مزاحمت کا تعلق جین آنٹولوجی اصطلاحات "GO:0006952 ڈیفنس ریسپانس"، "GO:0055114 Redox Process"، اور "GO:0015979 Photosynthesis" کے اوور ایکسپریشن سے تھا۔اس کے علاوہ، Lanr1(83A:476) لائن نے ٹیکہ لگانے کے بعد تیزی سے اہم ٹرانسکرپٹوم ری پروگرامنگ کو دکھایا، جبکہ دوسری لائنوں نے اس جواب میں تقریباً 42 گھنٹے کی تاخیر دکھائی۔دفاعی ردعمل TIR-NBS، CC-NBS-LRR اور NBS-LRR جینز، روگجنن میں شامل 10 پروٹین، لپڈ ٹرانسفر پروٹین، اینڈوگلوکان-1,3-β-گلوکوسیڈیس، گلائسین سے بھرپور سیل وال پروٹینز، اور آکسیجن کے رد عمل کے راستے سے جینز سے وابستہ ہیں۔83A:476 کے ابتدائی جوابات، بشمول فتوسنتھیسز سے وابستہ جینوں کو احتیاط سے دبانا، فنگل بائیولوجی کے پودوں کی نشوونما کے مرحلے کے دوران کامیاب تحفظ کے ساتھ موافق ہے، یہ تجویز کرتا ہے کہ ایک اثر قوت مدافعت کو متحرک کرتا ہے۔مینڈیلوپ کا ردعمل سست ہو جاتا ہے، جیسا کہ مجموعی افقی ڈریگ ہے۔
تنگ پتوں والا لیوپین (NLL، Lupinus angustifolius L.) ایک اعلی پروٹین سیریل ہے جو مغربی بحیرہ روم کے علاقے 1,2 میں پیدا ہوتا ہے۔یہ فی الحال جانوروں اور انسانوں کے لیے خوراک کی فصل کے طور پر اگائی جاتی ہے۔سمبیوٹک نائٹروجن فکسنگ بیکٹیریا کے ذریعے نائٹروجن فکسنگ اور مٹی کی ساخت کی مجموعی بہتری کی وجہ سے فصل کی گردش کے نظام میں اسے سبز کھاد بھی سمجھا جاتا ہے۔NLL نے پچھلی صدی میں گھریلو بنانے کے تیز رفتار عمل سے گزرا ہے اور اب بھی 3,4,5,6,7,8,9,10,11,12 اعلی افزائش کے دباؤ میں ہے۔NLL کی وسیع پیمانے پر کاشت کے ساتھ، پیتھوجینک فنگس کے پے در پے نئے زرعی طاق تیار ہوئے اور فصلوں کو تباہ کرنے والی نئی بیماریوں کا سبب بنے۔ لیوپین کے کسانوں اور پالنے والوں کے لیے سب سے زیادہ قابل ذکر اینتھراکنوز کی ظاہری شکل تھی، جو روگجنک فنگس، کولیٹوٹریچم لوپینی (بونڈر) نیرنبرگ، فیلر اور ہیگیڈورن13 کی وجہ سے ہوتی ہے۔ لیوپین کے کسانوں اور پالنے والوں کے لیے سب سے زیادہ قابل ذکر اینتھراکنوز کی ظاہری شکل تھی، جو روگجنک فنگس، کولیٹوٹریچم لوپینی (بونڈر) نیرنبرگ، فیلر اور ہیگیڈورن13 کی وجہ سے ہوتی ہے۔ Наиболее примечательным для фермеров и селекционеров люпина было появление انتٹراکنوزا Hagedorn13. لیوپین کے کسانوں اور پالنے والوں کے لیے سب سے زیادہ قابل ذکر اینتھراکنوز کا ظہور تھا جو پیتھوجینک فنگس Colletotrichum lupini (Bondar) Nirenberg، Feiler & Hagedorn13 کی وجہ سے ہوتا ہے۔对于羽扇豆农民和饲养者来说，最引人注目的是炭疽病的出现，它是由病原农民和饲养者来说，最引人注目的是炭疽病的出现，它是由病原农民和饲养者来说orn13 引起的.对于羽扇豆农民和饲养者来说，最引人注目的是炭疽病的出现，它是由病原真走 Наиболее поразительным для фермеров и селекционеров люпина является появление انتٹراکنوزا , Feiler & Hagedorn13. لیوپین کے کسانوں اور پالنے والوں کے لیے سب سے زیادہ متاثر کن اینتھراکنوز کا ظہور ہے جو پیتھوجینک فنگس Colletotrichum lupini (Bondar) Nirenberg، Feiler اور Hagedorn13 کی وجہ سے ہوتا ہے۔اس بیماری کی ابتدائی رپورٹیں برازیل اور ریاستہائے متحدہ سے آئی تھیں، جن کی عام علامات بالترتیب 1912 اور 1929 میں ظاہر ہوئی تھیں۔تاہم، تقریباً 30 سال کے بعد، روگزنق کو Colletotrichum gloeosporioides (Penz.) Penz کے طور پر نامزد کیا گیا۔ اور Sacc.، teleomorph Glomerella cingulata (Stoneman) Spauld. اور Sacc.، teleomorph Glomerella cingulata (Stoneman) Spauld. & Sacc., телеоморф Glomerella cingulata (Stoneman) Spauld. اور Sacc.، Glomerella cingulata (Stoneman) Spauld کا ٹیلیمورف۔ & Sacc.,有目的形态的Glomerella cingulata (Stoneman) Spauld۔ & Sacc.,有目的形态的Glomerella cingulata (Stoneman) Spauld۔ & Sacc., Glomerella cingulata (Stoneman) Spauld в Целенаправленной морфологии. اور Sacc.، Glomerella cingulata (Stoneman) Spauld in Targeted Morphology. اینڈ ایچ شرینک، اور ایچ شرینک، .اور ایچ شرینک۔ & H. 施伦克،. & H. 施伦克،.اور H. Schlenk، .20ویں صدی کے وسط میں کی گئی ابتدائی بیماری کی فینوٹائپنگ نے NLL اور پیلے رنگ کے لیوپین (L. luteus L.) میں کچھ مزاحمت ظاہر کی، لیکن جانچ کی گئی تمام سفید لیوپین (L. البس L.) کی رسائی انتہائی حساس تھی15,16۔مطالعات سے پتہ چلتا ہے کہ اینتھراکنوز کی نشوونما کا تعلق بارش (ہوا میں نمی) اور درجہ حرارت (12-28 ڈگری سینٹی گریڈ کی حد میں) سے ہوتا ہے، جس کی وجہ سے زیادہ درجہ حرارت پر مزاحمت کی خلاف ورزی ہوتی ہے 17، 18۔ درحقیقت، کونیڈیا کے اگنے اور بیماری شروع ہونے کے لیے درکار وقت، 4 گنا کم تھا (4 ° C سے کم درجہ حرارت 4 ° C) حالات19.اس طرح، جاری گلوبل وارمنگ اینتھراکنوز کے پھیلاؤ کا باعث بنی ہے۔تاہم، یہ بیماری فرانس (1982) اور یوکرین (1983) میں ایک آنے والے خطرے کے پیش خیمہ کے طور پر دیکھی گئی، لیکن بظاہر 20,21 کے وقت لیوپین انڈسٹری نے اسے نظر انداز کر دیا۔چند سال بعد یہ تباہ کن بیماری پوری دنیا میں پھیل گئی اور لیوپین پیدا کرنے والے بڑے ممالک جیسے آسٹریلیا، پولینڈ اور جرمنی 22,23,24 کو بھی متاثر کیا۔1990 کی دہائی کے وسط میں اینتھراکنوز کے پھیلنے کے بعد، وسیع پیمانے پر اسکریننگ کے نتیجے میں NLL19 کے نمونوں میں کئی مزاحم عطیہ دہندگان کی شناخت ہوئی۔اینتھراکنوز کے خلاف NLL مزاحمت کو مختلف جراثیم کے ماخذوں میں پائے جانے والے دو الگ الگ غالب ایللیس کے ذریعے کنٹرول کیا جاتا ہے: کاشتکار تنزیل میں Lanr1 اور وونگا اور cultivar میں AnMan۔منڈالے 25، 26۔ یہ ایللیس مالیکیولر مارکروں کی تکمیل کرتے ہیں جو افزائش کے پروگراموں میں مزاحم جراثیم کے انتخاب کی حمایت کرتے ہیں25,26,27,28,29,30۔مزاحم افزائش کی لائن 83A:476 جو Lanr1 ایلیل کو لے کر جا رہی تھی کو حساس جنگلی لائن P27255 کے ساتھ عبور کیا گیا تھا تاکہ اینتھراکنوز مزاحمت کے لیے الگ ہونے والی RIL آبادی حاصل کی جا سکے، جس سے یہ ممکن ہو گیا کہ Lanr1 لوکس کو کروموسوم NLL-1131، 3.32 کے لنکسنگ میپ سے منسلک کیا جا سکے۔ جینومک فریم ورک کے ساتھ اینتھراکنوز کرنے کے لیے، NLL نے ایک ہی کروموسوم (NLL-11) پر تینوں ایللیس کے مقام کا انکشاف کیا، لیکن مختلف پوزیشنوں میں 29,34,35۔تاہم، RILs کی کم تعداد اور مارکر اور متعلقہ ایللیس کے درمیان بڑے جینیاتی فاصلے کی وجہ سے، ان کے بنیادی جینوں کے بارے میں کوئی قابل اعتماد نتیجہ اخذ نہیں کیا جا سکتا ہے۔دوسری طرف، lupins میں ریورس جینیٹکس کا استعمال ان کی تخلیق نو کی بہت کم صلاحیت کی وجہ سے مشکل ہے، جو جینیاتی ہیرا پھیری کو بوجھل بنا دیتا ہے۔
83A:476 (Lanr1) اور مینڈیلپ (AnMan) جیسی ہوموزائگس حالت میں مطلوبہ ایلیل لے جانے والے گھریلو جراثیم کی نشوونما نے جنگلی آبادیوں میں ایللیس کے مخالف امتزاج کی موجودگی کے پیش نظر اینتھراکنوز مزاحمت کا مطالعہ کرنے کا دروازہ کھول دیا ہے۔سالماتی میکانزم کے امکانات۔مخصوص جین ٹائپس کے ذریعہ تیار کردہ دفاعی ردعمل کا موازنہ کریں۔اس مطالعہ نے NLL کے C. lupini ویکسینیشن کے ابتدائی ٹرانسکرپٹوم ردعمل کا جائزہ لیا۔سب سے پہلے، 215 لائنوں پر مشتمل ایک یورپی NLL جراثیمی پینل کو مالیکیولر مارکر استعمال کرتے ہوئے اسکرین کیا گیا جو Lanr1 اور AnMan ایللیس کو نشان زد کرتے ہیں۔اس کے بعد اینتھریکنوز فینوٹائپنگ 50 NLL لائنوں پر کی گئی تھی، جو پہلے مالیکیولر مارکروں کے لیے، کنٹرول شدہ حالات میں منتخب کی گئی تھی۔ان تجربات کی بنیاد پر، اینتھراکنوز مزاحمت اور Lanr1/AnMan الیلک کمپوزیشن میں مختلف چار لائنوں کو دو تکمیلی طریقوں کا استعمال کرتے ہوئے ڈیفینشل ڈیفنس جین ایکسپریشن پروفائلنگ کے لیے منتخب کیا گیا تھا: ہائی تھرو پٹ آر این اے سیکوینسنگ اور ریئل ٹائم پی سی آر کوانٹیفیکیشن۔
مارکر Lanr1 (Anseq3 اور Anseq4) اور AnMan (Anseq4) اور AnMan (AnManM1) کے ساتھ NLL جراثیم کے ایک سیٹ (N = 215) کی اسکریننگ نے ظاہر کیا کہ صرف ایک لائن (95726، Salamanca-b کے قریب) کو بڑھاتی ہے جب کہ تمام کے تمام نشانات کے لیے "مزاحمت" کے نشانات پائے جاتے ہیں۔ 158 (~73.5%) لائنوں میں تمام مارکروں کا تناسب۔تیرہ لائنوں نے Lanr1 مارکر کے دو "مزاحم" ایللیس پیدا کیے، اور 8 لائنوں نے Lanr1 کے "مزاحم" ایللیس بنائے۔مارکرAnMan مارکر کا "مزاحمت" ایلیل (ضمنی جدول S1)۔Anseq3 مارکر کے لیے دو لائنیں heterozygous اور AnManM1 مارکر کے لیے ایک heterozygous تھیں۔42 لائنیں (19.5%) Anseq3 اور Anseq4 ایللیس کے مخالف مراحل لے کر جاتی ہیں، جو ان دو لوکیوں کے درمیان دوبارہ ملاپ کی اعلی تعدد کی نشاندہی کرتی ہیں۔کنٹرول شدہ حالات کے تحت اینتھراکنوز فینوٹائپس (ضمنی جدول S2) نے آزمائشی جینی ٹائپس کی مزاحمت میں تغیر کا انکشاف کیا، جو اینتھریکنوز کی شدت سے ظاہر ہوتا تھا۔اوسط اسکور میں فرق 1.8 (اعتدال سے مزاحم) سے 6.9 (حساس) تک اور پودوں کے وزن میں فرق 0.62 (حساس) سے 4.45 جی (مزاحم) تک ہے۔ تجربے کی دو نقلوں میں مشاہدہ کردہ اقدار کے درمیان ایک اہم ارتباط تھا (بیماری کی شدت کے اسکور کے لیے 0.51، پودے کے وزن کے لیے P = 0.00017 اور 0.61، P <0.0001) اور ساتھ ہی ان دو پیرامیٹرز (− 0.59 اور − 0.77، P <0.000) کے درمیان۔ تجربے کی دو نقلوں میں مشاہدہ کردہ اقدار کے درمیان ایک اہم ارتباط تھا (بیماری کی شدت کے اسکور کے لیے 0.51، پودے کے وزن کے لیے P = 0.00017 اور 0.61، P <0.0001) اور ساتھ ہی ان دو پیرامیٹرز (− 0.59 اور − 0.77، P <10) کے درمیان۔ Выявлена ​​достоверная корреляция между значениями, наблюдаемыми в двух повторностях эксперимента (0,51 для баловлена, 0.51 и 0,61 для массы растения, P <0,0001), а также между этими двумя параметрами (-0,59 и -0,77, Р < 0,00001) 0,0001)۔ تجربے کی دو تکرار میں مشاہدہ کردہ اقدار کے درمیان ایک اہم ارتباط پایا گیا (بیماری کی شدت کے اسکور کے لیے 0.51، پودے کے وزن کے لیے P = 0.00017 اور 0.61، P <0.0001)، نیز ان دو پیرامیٹرز کے درمیان (- 0.59 اور -0.77، P <100. 0.10)۔在两次重复实验中观察到的值之间存在显着相关性（疾病严重程度评分为实验中观察到的值之间存在显着相关性（疾病严重程度评分为程度评分为0.0.51 =0.51 0.61，P <0.0001）以及这两个参数之间（- 0.59 和- 0.77，P <0.0001)۔在 两 次 重复 实验 中 观察 的 值 之间 存在 相关性 （疾病 严重 程度 严重 程度 评分丆0.00017 ， 植物 为 0.61 ， p <0.0001） 以及 两 个 参数 之间 （（（（- 0.59 和–59和–59和- 0.77، P <0.0001)۔ Наблюдалась значительная корреляция между значениями, наблюдаемыми в двух повторностях растения 0,61, P <0,0001), и между этими двумя параметрами (-0,59 и -0,0001) 0,77, P <0,0001. نقل میں مشاہدہ شدہ اقدار کے درمیان ایک اہم تعلق تھا (بیماری کی شدت کا اسکور 0.51، P = 0.00017 اور پودے کا وزن 0.61، P <0.0001) اور ان دو پیرامیٹرز (-0.59 اور -0 .0001) 0.700، P<0017 کے درمیان۔ ).حساس پودوں میں دیکھی جانے والی عام علامات میں تنے کا کھنکنا اور مروڑنا شامل ہے جو "چرواہے کی کمان" کے ڈھانچے سے مشابہت رکھتا ہے، اس کے بعد نارنجی/گلابی اسپوزائیٹس کے ساتھ بیضوی زخم (ضمیمہ تصویر 1)۔Lanr1 (83A:476 اور تنزیل) اور AnMan (مینڈیلپ) جینز کو لے جانے والے آسٹریلوی رسائی اعتدال سے مزاحم ہیں، 0.0331 اور 0.0036)۔کچھ لکیریں جو "مزاحم" Lanr1 اور/یا AnMan ایللیس بھی رکھتی ہیں بیماری کی علامات ظاہر کرتی ہیں۔
دلچسپ بات یہ ہے کہ، کچھ NLL لائنوں میں جس میں کسی "مزاحم" مارکر ایلیل کی کمی تھی ان سے اینتھراکنوز مزاحمت کی اعلی سطح کا انکشاف ہوا (لینر 1 یا این مین جین ٹائپس کے مقابلے یا اس سے زیادہ)، جیسے بورگین (دونوں پیرامیٹرز کے لیے پی ویلیو <0.0001)، بوجار (پی ویلیو <0.0001 اور پودے کے لیے پودے کے لیے 0.0009 اور پودے کے لیے وزن 0.0009) (اسکور کے لیے P قدر <0.0001 اور وزن کے لیے غیر اہم)۔ دلچسپ بات یہ ہے کہ، کچھ NLL لائنوں میں جس میں کسی "مزاحم" مارکر ایلیل کی کمی تھی ان سے اینتھراکنوز مزاحمت کی اعلی سطح کا انکشاف ہوا (لینر 1 یا این مین جین ٹائپس کے مقابلے یا اس سے زیادہ)، جیسے بورگین (دونوں پیرامیٹرز کے لیے پی ویلیو <0.0001)، بوجار (پی ویلیو <0.0001 اور پودے کے لیے پودے کے لیے 0.0009 اور پودے کے لیے وزن 0.0009) (اسکور کے لیے P قدر <0.0001 اور وزن کے لیے غیر اہم)۔ Интересно, что несколько линий NLL، лишенных какого-либо «резистентного» маркерного аллеля, показали высокий уровень уровень уастент. вимый или более высокий, чем для генотипов Lanr1 или AnMan) , таких как Boregine (значение P <0,0001 для обоих параметров) , Boregine <0,0001 и 0,001 для массы растения) и популяции B-549/79b (значение P <0,0001 для оценки и незначимо для массы)۔ دلچسپ بات یہ ہے کہ، کئی NLL لائنوں میں جس میں کسی بھی 'مزاحم' مارکر ایلیل کی کمی تھی، انتھراکنوز کے خلاف اعلی سطح کی مزاحمت ظاہر کی (Lanr1 یا AnMan جین ٹائپس کے مقابلے یا اس سے زیادہ)، جیسے بورگین (P قدر <0.0001 دونوں پیرامیٹرز کے لیے)، Bojar (P ویلیو <0.0001 اور پودے کے لیے P ویلیو <0.0001 اور پودے کے لیے 0.001 وزن) /79b (تشخیص کے لیے P قدر <0.0001 اور وزن کے لیے اہم نہیں)۔有趣的是，一些缺乏任何"抗性"标记等位基因的NLL 系显示出高水平的炭疽病抗怗型相当或更高），例如Boregine（两个参数的P 值<0.0001）、Bojar（P 值<得分为0.0001）得分为0.0001）得分两0.0001）种群B-549/79b（得分P 值< 0.0001，重量不显着）۔ یہ دلچسپ بات ہے کہ کچھ این ایل ایل سسٹمز جن میں کوئی "اینٹی جینک" مارکر نہیں ہوتے ہیں وہ اعلی افقی مزاحمت (Lanr1 یا AnMan جینز کے برابر یا اس سے زیادہ) دکھاتے ہیں، جیسے بورگین (دونوں پیرامیٹر P <0.0001)، بوجر (P قدر <0.0001، پودے کا وزن 0.0/70 b) <0.0/70 <0. 1، وزن اہم نہیں ہے)۔ Интересно, что некоторые линии NLL، лишенные каких-либо маркерных аллей «резистентности»، показали высокие уровни устовыми высокие или выше, чем у генотипов Lanr1 или AnMan), такие как Boregine (значение P для обоих параметров <0,0001), Bojar (значение P <0,000п,0001,00001,0001) ляция B-549/79b (оценка P-значение <0,0001, масса незначительна)۔ دلچسپ بات یہ ہے کہ کچھ NLL لائنوں میں جس میں 'مزاحمت' مارکر ایللیس کی کمی ہے ان میں اینتھراکنوز مزاحمت کی اعلی سطح (Lanr1 یا AnMan genotypes کے مقابلے یا اس سے زیادہ) دکھائی دیتی ہے، جیسے Boregine (P قدر دونوں پیرامیٹرز کے لیے <0.0001)، Bojar (P-value <0.00/b 7/0.59 وزن) پی ویلیو <0.0001، وزن اہم نہیں)۔یہ رجحان مزاحمت کے ایک نئے جینیاتی ذریعہ کے امکان کی نشاندہی کرتا ہے، مارکر جینی ٹائپس اور بیماری کے فینوٹائپس (P قدروں ~ 0.42 سے ~ 0.98 تک) کے درمیان باہمی تعلق کی مشاہدہ شدہ کمی کی وضاحت کرتا ہے۔اس طرح، Kolmogorov-Smirnov ٹیسٹ سے پتہ چلتا ہے کہ اینتھراکنوز مزاحمت کے اعداد و شمار کو تقریباً عام طور پر اسکورز (P-values ​​0.25 اور 0.11) اور پلانٹ ماس (P-values ​​0.47 اور 0.55) کے لیے تقسیم کیا گیا تھا، یہ تجویز کرتا ہوں کہ میں قیاس کرتا ہوں کہ AnM1 سے زیادہ ایللیس شامل ہیں۔
اینتھراکنوز ریزسٹنس اسکریننگ کے نتائج کی بنیاد پر، ٹرانسکرپٹوم تجزیہ کے لیے 4 لائنوں کا انتخاب کیا گیا: 83A:476، بورگین، مینڈیلپ، اور پاپولیشن 22660۔ ان لائنوں کو آر این اے سیکوینسنگ کے ذریعے ٹیکہ کاری کے تجربات میں اینتھراکس مزاحمت کے لیے دوبارہ ٹیسٹ کیا گیا، بشرطیکہ وہ پچھلے ٹیسٹ میں وہی ہوں۔سکور کی قدریں درج ذیل تھیں: بورگین (1.71 ± 1.39)، 83A: 476 (2.09 ± 1.38)، مینڈیلپ (3.82 ± 1.42) اور آبادی 22660 (6.11 ± 1.29)۔
Illumina NovaSeq 6000 پروٹوکول نے اوسطاً 40.5 Mread جوڑے فی نمونہ (29.7 سے 54.4 Mreads) (ضمنی جدول S3) حاصل کیا۔حوالہ ترتیب میں صف بندی کے اسکور 75.5% سے 88.6% تک تھے۔حیاتیاتی نقل کے درمیان تجرباتی مختلف حالتوں کے درمیان پڑھنے کی گنتی کے اعداد و شمار کا اوسط تعلق 0.812 سے 0.997 (مطلب 0.959) تک ہے۔ تجزیہ کردہ 35,170 جینوں میں سے، 2917 نے کوئی اظہار نہیں کیا، اور دیگر 4785 جینوں کا اظہار نہ ہونے کے برابر سطح پر کیا گیا (بنیادی مطلب <5)۔ تجزیہ کردہ 35,170 جینوں میں سے، 2917 نے کوئی اظہار نہیں کیا، اور دیگر 4785 جینوں کا اظہار نہ ہونے کے برابر سطح پر کیا گیا (بنیادی مطلب <5)۔ IS 35 170 проанализированных генов 2917 не проявляли экспрессии, а остальные 4785 генов экспресссировались на незвналодуате на незвнализированных е <5)۔ تجزیہ کردہ 35,170 جینوں میں سے، 2917 نے کوئی اظہار نہیں کیا، اور بقیہ 4785 جینوں کا اظہار نہ ہونے کے برابر سطح پر کیا گیا (بنیادی مطلب <5)۔在分析的35,170 个基因中，2917 个没有表达，其他4785 个基因的表达可以因的表达可以忽略不计﹠35,170 35 170 проанализированных генов 2917 не экспрессировались, а остальные 4785 генов имели незначительную незначительную экспрессировались )۔ تجزیہ کیے گئے 35,170 جینوں میں سے 2917 کا اظہار نہیں کیا گیا اور باقی 4785 جینوں کا اظہار نہ ہونے کے برابر تھا (بنیادی مطلب <5)۔اس طرح، تجربے کے دوران ظاہر کیے گئے جینوں کی تعداد (بنیادی مطلب ≥ 5) 27,468 (78.1%) (ضمنی جدول S4) تھی۔
پہلی بار کے نقطہ نظر سے، تمام NLL لائنوں نے ٹرانسکرپٹوم (ٹیبل 1) کو دوبارہ پروگرام کرکے C. lupini (strain Col-08) کے ٹیکے کا جواب دیا، تاہم، لائنوں کے درمیان اہم فرق دیکھا گیا۔اس طرح، ریزسٹنس لائن 83A:476 (Lanr1 جین کو لے کر) نے پہلی بار پوائنٹ (6 hpi) پر نمایاں ٹرانسکرپٹوم ری پروگرامنگ کو دکھایا جس میں اس وقت دوسرے ٹائم پوائنٹس کے مقابلے الگ تھلگ اوپر اور نیچے جینز کی تعداد میں 31-69 گنا اضافہ ہوا۔اس کے علاوہ، یہ چوٹی قلیل المدت تھی، کیونکہ صرف چند جینوں کا اظہار دوسری بار پوائنٹ (12 hpi) پر نمایاں طور پر تبدیل ہوتا رہا۔دلچسپ بات یہ ہے کہ بورگین، جس نے گرافٹ ٹیسٹ میں اعلیٰ سطح کی مزاحمت بھی ظاہر کی، تجربے کے دوران اتنے بڑے پیمانے پر ٹرانسکرپشن ری پروگرامنگ سے نہیں گزری۔تاہم، 12 HPI پر بورگین اور 83A: 476 کے لیے تفریق ظاہر کیے گئے جین (DEG) کی تعداد ایک جیسی تھی۔مینڈیلپ اور آبادی 22660 دونوں نے آخری ٹائم پوائنٹ (48 l/s) پر ڈی ای جی کی چوٹیوں کو دکھایا، جو دفاعی ردعمل میں نسبتاً تاخیر کی نشاندہی کرتا ہے۔
چونکہ 83A:476 نے C. lupini کے جواب میں 6 HPI پر دیگر تمام لائنوں کے مقابلے میں بڑے پیمانے پر ٹرانسکرپٹوم ری پروگرامنگ کی، اس وقت مشاہدہ کردہ DEGs میں سے ~ 91% نسب کے لحاظ سے مخصوص تھے (تصویر 1)۔تاہم، مطالعاتی خطوط کے درمیان ابتدائی ردعمل میں کچھ اوورلیپ تھا، جیسا کہ بورگین، مینڈیلپ، اور آبادی 22660 میں بالترتیب 68.5%، 50.9%، اور 52.6% DEG، وقت کے کچھ پوائنٹس میں 83A:476 میں پائے جانے والوں کے ساتھ اوورلیپ ہوا۔تاہم، ان ڈی ای جیز میں فی الحال 83A:476 کا استعمال کرتے ہوئے پائے جانے والے تمام DEGs کا صرف ایک چھوٹا سا حصہ (0.97–1.70%) ہے۔اس کے علاوہ، تمام لائنوں سے 11 ڈی ای جی اس وقت مربوط تھے (ضمنی میزیں S4-S6)، بشمول پودوں کے دفاعی ردعمل کے عام اجزا: لپڈ ٹرانسفر پروٹین (TanjilG_32225)، endoglucan-1,3-β-glucoside enzyme (TanjilG_233384)، دو ٹینجیل ٹیبلز (TanjilG_233384) اور دو پروٹینز۔ jilG_31531)، بنیادی لیٹیکس پروٹین (TanjilG_32352)، اور دو گلائسین سے بھرپور ساختی سیل وال پروٹین (TanjilG_19701 اور TanjilG_19702)۔83A:476 اور بورگین کے درمیان 24 HPI (کل 16-38% DEG) اور Mandelup اور آبادی 22660 کے درمیان 48 HPI (کل 14-20% DEG) کے درمیان ٹرانسکرپٹوم ردعمل میں نسبتاً زیادہ اوورلیپ بھی تھا۔
وین آریگرام جس میں کولیٹوٹریچم لوپینی (ویرزینیس، پولینڈ، 1999 میں لیوپین کے کھیتوں سے حاصل کردہ سٹرین Col-08) کے ساتھ ٹیکے لگائے گئے تنگ پتوں والے لیوپین (NLL) لائنوں میں مختلف ظاہر شدہ جینز (DEG) کی تعداد ظاہر ہوتی ہے۔NLL لائنوں کا تجزیہ کیا گیا: 83A:476 (مزاحم، Lanr1 ایلیل لے جانے والا)، بورگین (مزاحم، جینیاتی پس منظر نامعلوم)، مینڈیلپ (اعتدال سے مزاحم، AnMan ایلیل لے جانے والا) اور آبادی 22660 (بہت حساس)۔مخفف hpi ویکسینیشن کے بعد گھنٹوں تک کھڑا ہوتا ہے۔گراف کو آسان بنانے کے لیے زیرو اقدار کو ہٹا دیا گیا ہے۔
کیننیکل R جین ڈومینز (ضمنی جدول S7) کی موجودگی کے لئے 6 hpi پر اوور ایکسپریسڈ جینوں کے سیٹ کا تجزیہ کیا گیا۔اس مطالعہ نے صرف 83A:476 پر NBS-LRR ڈومینز کے ساتھ کلاسک بیماری کے خلاف مزاحمتی جینوں کی ٹرانسکرپٹوم انڈکشن کا انکشاف کیا۔اس سیٹ میں ایک TIR-NBS-LRR جین (tanjilg_05042)، پانچ CC-NBS-LRR جینز (tanjilg_06165, tanjilg_06162, tanjilg_22773, tanjilg_22640, and tanjilg_22640, اور F_111640 Tanjilg, اور F_1616) 62)، اور چار NBS-LRRE (tanjilg_16162) نیز چار NBS-Lrr (tanjilg_16162) اور چار NBS-LRR (TANJILG_16162)۔ان تمام جینوں میں کینونیکل ڈومینز محفوظ ترتیب میں ترتیب دیے گئے ہیں۔NBS-LRR ڈومین جینز کے علاوہ، کئی RLL کناز 6 hpi پر چالو کیے گئے، یعنی ایک بورگین (TanjilG_19877) میں، دو مینڈیلپ میں (TanjilG_07141 اور TanjilG_19877) اور آبادی 22660 میں (TanjilG_130 اور TanjilG1303) اور دو۔ 27:476۔
C. lupini (strain Col-08) کے ساتھ ٹیکہ لگانے کے جواب میں نمایاں طور پر تبدیل شدہ اظہار کے ساتھ جینز کو جین اونٹولوجی (GO) افزودگی تجزیہ (ضمنی جدول S8) کا نشانہ بنایا گیا۔ سب سے زیادہ کثرت سے پیش کی جانے والی حیاتیاتی عمل کی اصطلاح "GO:0006952 دفاعی ردعمل" تھی جو 16 میں سے 6 (وقت × لائن) کے مجموعوں میں زیادہ اہمیت کے ساتھ ظاہر ہوئی (P قدر <0.001) (تصویر 2)۔ سب سے زیادہ کثرت سے پیش کی جانے والی حیاتیاتی عمل کی اصطلاح "GO:0006952 دفاعی ردعمل" تھی جو 16 میں سے 6 (وقت × لائن) کے مجموعوں میں زیادہ اہمیت کے ساتھ ظاہر ہوئی (P قدر <0.001) (تصویر 2)۔ Наиболее часто чрезмерно представленным термином биологического процесса был «GO: 0006952 защитный ответный отвевяком», время × линия) комбинаций с высокой значимостью (значение P <0,001) (рис. 2)۔ سب سے زیادہ کثرت سے پیش کی جانے والی حیاتیاتی عمل کی اصطلاح 'GO:0006952 دفاعی ردعمل' تھی، جو 16 میں سے 6 (وقت × نسب) کے امتزاج میں اعلیٰ اہمیت (P قدر <0.001) (تصویر 2) کے ساتھ ظاہر ہوئی۔最常被过度代表的生物过程术语是"GO:0006952 防御反应"，它出现在16 个（时间程个（时间程具有高显着性（P 值<0.001）（图2）۔ حیاتیاتی عمل کی سب سے نمائندہ اصطلاح "GO:0006952 دفاعی ردعمل" ہے، جو 16 میں سے 6 (时间×线) کے مجموعوں میں ظاہر ہوتی ہے، جس میں اعلیٰ اہمیت (P قدر <0.001) (图2) ہے۔ Наиболее часто чрезмерно представленным термином биологического процесса был «GO: 0006952 دفاعی ردعمل», который появленным мя × линия) с высокой значимостью (значение P <0,001) (рис. 2)۔ سب سے زیادہ کثرت سے پیش کی جانے والی حیاتیاتی عمل کی اصطلاح 'GO: 0006952 ڈیفنس ریسپانس' تھی، جو 16 میں سے 6 مجموعوں میں (وقت × لائن) اعلیٰ اہمیت کے ساتھ ظاہر ہوئی (P قدر <0.001) (تصویر 2)۔اس اصطلاح کو 83A: 476 اور بورگین (6 اور 24 hpi) میں دو ٹائم پوائنٹس پر اور ایک وقت میں مینڈیلپ اور پاپولیشن 22660 (بالترتیب 12 اور 6 hpi) میں پیش کیا گیا تھا۔یہ ایک متوقع نتیجہ ہے، مزاحم لائنوں کے اینٹی فنگل ردعمل کو نمایاں کرتا ہے۔اس کے علاوہ، 83A:476 نے C. lupini کو تیزی سے آکسیڈیٹیو برسٹ سے متعلق جینز کو "GO:0055114 redox process" کی اصطلاح سے ظاہر کرتے ہوئے جواب دیا، جو ایک مخصوص دفاعی ردعمل کی نشاندہی کرتا ہے، جبکہ بورگین نے مخصوص دفاعی ردعمل ظاہر کیا، جو اصطلاح 'GO' سے متعلق ہے۔:0006950 تناؤ کا جواب"۔آبادی 22660 نے ثانوی میٹابولائٹس پر مشتمل افقی مزاحمتی ردعمل کو چالو کیا، "GO:0016104 Process of triterpene biosynthesis" اور "GO:0006722 Process of triterpene metabolism" (دونوں اصطلاحات کے نتائج کو مدنظر رکھتے ہوئے)، GO: 0006722 اصطلاحات کی بہت زیادہ تعداد کو نمایاں کرتے ہوئے sis، مینڈیلپ ردعمل کا استحکام بورگین اور آبادی 22660 کے درمیان تھا۔ اس کے علاوہ، ابتدائی رد عمل 83A:476 (6 hpi) اور تاخیری ردعمل مینڈیلپ اور پاپولیشن 22660 میں GO:0015979 'فوٹو سنتھیسس' اور دیگر متعلقہ حیاتیاتی عمل کی اصطلاح شامل ہے۔
اینتھراکس لیوپین (1999 میں پولینڈ کے ویرزینس میں لیوپین فیلڈز سے حاصل کردہ کول -08 تناؤ) کے ٹیکے والے تنگ بائیں لیوپین (NLL) کے ٹرانسکرپٹوم ردعمل کے دوران امتیازی طور پر اظہار شدہ جین کی تشریح میں منتخب بائیو پروسیس جین آنٹولوجی کی اصطلاحات کو بہت زیادہ بڑھاوا دیا گیا ہے۔NLL لائنوں کا تجزیہ کیا گیا: 83A:476 (مزاحم، ہوموزائگس Lanr1 ایلیل کو لے جانے والا)، بورگین (مزاحم، نامعلوم جینیاتی پس منظر)، مینڈیلپ (اعتدال سے مزاحم، ہوموزائگس AnMan ایللی کو لے جانے والا) اور آبادی 22660 (حساس)۔
چونکہ اس مطالعے کا مقصد ان جینز کی شناخت کرنا تھا جو اینتھراکنوز مزاحمت میں حصہ ڈالتے ہیں، اس لیے GO "GO: 0006952 Defensive Respons" اور "GO: 0055114 Redox processes" کی اصطلاحات کو تفویض کردہ جین کا کٹ آف کے ساتھ تجزیہ کیا گیا کیونکہ بیس لائن کا مطلب ہے کم از کم ایک لائن ≥ 30۔لاگ 2 (فولڈ تبدیلی) کی شماریاتی لحاظ سے اہم اقدار کو یکجا کرتے ہوئے × وقت میں نقطہ۔ان معیارات پر پورا اترنے والے جینوں کی تعداد GO: 0006952 کے لیے 65 اور GO: 0055114 کے لیے 524 تھی۔
83A:476 نے GO:0006952 کی اصطلاح کے ساتھ تشریح کردہ دو DEG چوٹیوں کا انکشاف کیا، پہلا 6 جین فی انچ (64 جینز، اوپر اور نیچے ریگولیشن) اور دوسرا 24 جین فی انچ (15 جین، صرف اپ ریگولیشن)۔بورگین نے یہ بھی دکھایا کہ GO:0006952 ایک ہی وقت میں عروج پر ہے، لیکن کم DEG (11 اور 8) اور ترجیحی ایکٹیویشن کے ساتھ۔مینڈیلوپ نے GO:0006952 کی دو چوٹیوں کو 12 اور 48 HPI پر دکھایا، دونوں میں 12 جین تھے (پہلا ایک فعال جین کے ساتھ، اور دوسرا صرف دبانے والے جین کے ساتھ)، جب کہ 6 HPI (13 جینز) پر 22660 آبادی میں اضافے کی زیادہ اہمیت تھی۔ضابطہواضح رہے کہ ان چوٹیوں میں GO:0006952 DEG کا 96.4% ایک ہی قسم کا ردعمل (اوپر یا نیچے) تھا، جو کہ شامل جینوں کی تعداد میں فرق کے باوجود دفاعی ردعمل میں نمایاں اوورلیپ کی نشاندہی کرتا ہے۔GO:0006952 اصطلاح سے متعلق ترتیب کا سب سے بڑا گروپ سٹوریشن اسٹریس سے وابستہ میسج پروٹین 22 (SAM22-like) کو انکوڈ کرتا ہے، جس کا تعلق کلاس 10 پیتھوجنیسیس سے وابستہ پروٹین (PR-10) پروٹین کلیڈ اور کور پروٹین لیٹیکس سے ہے۔ملتے جلتے (MLP کی طرح) پروٹین) پروٹین (تصویر 3)۔دونوں گروہ اظہار کی نوعیت اور ردعمل کی سمت میں مختلف تھے۔SAM22 جیسے پروٹین کو انکوڈنگ کرنے والے جینوں نے ابتدائی وقت کے پوائنٹس (6 یا 12 hpi) پر مستقل اور اہم شمولیت ظاہر کی اور تجربے کے اختتام پر عام طور پر غیر جوابدہ تھے (48 hpi)، جبکہ MLP نما پروٹین نے 6 hpi پر ہم آہنگی ظاہر کی۔hpi83A:476 اور مینڈیلپ 48 hp/in پر، تقریباً تمام دیگر ڈیٹا پوائنٹس غیر جوابی تھے۔اس کے علاوہ، SAM22 جیسے پروٹین جین کے اظہاری پروفائلز میں فرق نے اینتھراکنوز مزاحمت میں مشاہدہ شدہ تغیرات کی پیروی کی، کیونکہ زیادہ مزاحم لائنوں میں ان جینوں کو زیادہ حساس جینوں کے مقابلے میں نمایاں طور پر شامل کرنے کے زیادہ ٹائم پوائنٹ ہوتے ہیں۔ایک اور LlR18A/B-جیسے PR-10 جین نے SAM22 نما پروٹین جین سے بہت ملتا جلتا اظہار کا نمونہ دکھایا۔
حیاتیاتی عمل کی اصطلاح "GO:0006952 ڈیفنس ریسپانس" کے اہم اجزاء اور Lanr1 اور AnMan ایللیس کے امیدوار جینوں کے اظہار کے نمونوں کی نشاندہی کی گئی۔لاگ 2 پیمانہ انوکولیٹڈ (کولیٹوٹریچم لیوپینی، سٹرین کول -08، لیوپین فیلڈز سے حاصل کردہ، وزینیکا، پولینڈ، 1999) اور ایک ہی وقت میں کنٹرول (شیم-انوکولیٹڈ) پودوں کے درمیان لاگ 2 اقدار (فولڈ تبدیلی) کی نمائندگی کرتا ہے۔مندرجہ ذیل تنگ لیف لیوپین لائنوں کا تجزیہ کیا گیا: 83A:476 (مزاحم، ہوموزائگس Lanr1 ایلیل لے جانے والا)، بورگین (مزاحم، جینیاتی پس منظر نامعلوم)، مینڈیلپ (اعتدال سے مزاحم، ہوموزائگس AnMan ایلیل لے جانے والا)، اور پاپولیشن 22660 (سیپٹیبل)۔
اس کے علاوہ، RNA-seq امیدوار جین Lanr1 (TanjilG_05042) اور AnMan (TanjilG_12861) کے ایکسپریشن پروفائلز کا جائزہ لیا گیا (تصویر 3)۔تنجیل جی_05042 جین نے 83A:476 پر صرف پہلی بار پوائنٹ (6 hpi) پر ایک اہم ردعمل (ایکٹیویشن) دکھایا، جبکہ TanjilG_12861 مینڈیلوپ میں صرف دو ٹائم پوائنٹس پر اہم تھا: 6 hpi (ڈاؤن ریگولیشن) اور 24 hpi (6 hpi)۔کے ساتھ۔)سایڈست))
GO:0055114 "redox process" کی اصطلاح میں سب سے زیادہ متاثر ہونے والے جین سائٹوکوم P450 پروٹین اور پیرو آکسیڈیس (تصویر 4) کو انکوڈنگ کرنے والے جین تھے۔6 HPI پر 83A:476 سے الگ تھلگ نمونوں کے لیے، زیادہ سے زیادہ یا کم از کم لاگ 2 (فولڈ تبدیلی) کی قدریں (86.6 فیصد جینز کے لیے) عام طور پر ٹیکہ لگائے جانے والے اور کنٹرول پلانٹس کے درمیان دیکھی گئیں، جس سے جنسی ٹیکہ لگانے کے لیے اس جین ٹائپ کے اعلی ردعمل کو نمایاں کیا گیا۔83A: 476 نے سب سے اہم GO دکھایا: 0055114 DEG 6 hpi (503 جین) پر، جبکہ باقی لائنیں 48 hpi پر (بورجین، 31 جین؛ مینڈیلپ، 85 جین؛ اور آبادی 22660، 78 جین))۔GO:0055114 خاندان کے زیادہ تر جینوں میں، ویکسینیشن (ایکٹیویشن اور روکنا) کے لیے دو قسم کے ردعمل دیکھے گئے۔دلچسپ بات یہ ہے کہ GO: 0055114 کی اصطلاح کے لیے 97.6% تک شناخت کی گئی ڈی ای جیز مینڈیلوپ میں 48 ایچ پی پر یہ مشاہدات بتاتے ہیں کہ نمایاں طور پر چھوٹے پیمانے (یعنی تبدیل شدہ ریڈوکس جینز کی تعداد، 85 بمقابلہ 503) کے باوجود، تاخیر کا نمونہ ابتدائی ٹرانسکرپٹوم کے ابتدائی ٹرانسکرپٹو 48 سے ملتا جلتا ہے۔ 76.بورگین اور آبادی 22660 میں، یہ ہم آہنگی بالترتیب 51.6% اور 75.6% پر کم ہے۔
حیاتیاتی عمل "GO:0055114 Redox process" کی اصطلاح کے اہم اجزاء کے اظہار کے نمونے سامنے آئے۔لاگ 2 پیمانہ انوکولیٹڈ (کولیٹوٹریچم لیوپینی، سٹرین کول -08، لیوپین فیلڈز سے حاصل کردہ، وزینیکا، پولینڈ، 1999) اور ایک ہی وقت میں کنٹرول (شیم-انوکولیٹڈ) پودوں کے درمیان لاگ 2 اقدار (فولڈ تبدیلی) کی نمائندگی کرتا ہے۔مندرجہ ذیل تنگ لیف لیوپین لائنوں کا تجزیہ کیا گیا: 83A:476 (مزاحم، ہوموزائگس Lanr1 ایلیل لے جانے والا)، بورگین (مزاحم، جینیاتی پس منظر نامعلوم)، مینڈیلپ (اعتدال سے مزاحم، ہوموزائگس AnMan ایلیل لے جانے والا)، اور پاپولیشن 22660 (سیپٹیبل)۔
83A:476 C. lupini (strain Col-08) کے ساتھ ٹیکہ لگانے کے لیے ٹرانسکرپٹومک ردعمل میں GO:0015979 "photosynthesis" اور دیگر متعلقہ حیاتیاتی عمل (FIG. 5) سے منسوب جینوں کا مربوط خاموشی بھی شامل ہے۔اس GO:0015979 DEG سیٹ میں 105 جینز ہیں جو 83A:476 پر 6 hpi پر نمایاں طور پر دبائے گئے تھے۔اس سب سیٹ میں، 22660 کی آبادی میں ایک ہی وقت میں 48 HPI اور 35 پر منڈیلپ میں 37 جینوں کو بھی کم کیا گیا، بشمول 19 DEGs جو دونوں جین ٹائپس میں مشترک ہیں۔اصطلاح GO: 0015979 سے متعلق کوئی ڈی ای جی کسی بھی مجموعہ (لائن ایکس ٹائم) میں نمایاں طور پر فعال نہیں کیا گیا تھا۔
حیاتیاتی عمل "GO:0015979 Photosynthesis" کی اصطلاح کے اہم اجزاء کے اظہار کے نمونے سامنے آئے۔لاگ 2 پیمانہ انوکولیٹڈ (کولیٹوٹریچم لیوپینی، سٹرین کول -08، لیوپین فیلڈز سے حاصل کردہ، وزینیکا، پولینڈ، 1999) اور ایک ہی وقت میں کنٹرول (شیم-انوکولیٹڈ) پودوں کے درمیان لاگ 2 اقدار (فولڈ تبدیلی) کی نمائندگی کرتا ہے۔مندرجہ ذیل تنگ لیف لیوپین لائنوں کا تجزیہ کیا گیا: 83A:476 (مزاحم، ہوموزائگس Lanr1 ایلیل لے جانے والا)، بورگین (مزاحم، جینیاتی پس منظر نامعلوم)، مینڈیلپ (اعتدال سے مزاحم، ہوموزائگس AnMan ایلیل لے جانے والا)، اور پاپولیشن 22660 (سیپٹیبل)۔
امتیازی اظہار کے تجزیہ کے نتائج کی بنیاد پر اور ممکنہ طور پر روگجنک فنگس کے خلاف دفاعی ردعمل میں شامل، سات جینوں کے اس سیٹ کو ریئل ٹائم پی سی آر (ضمنی جدول S9) کے ذریعے اظہاری پروفائلز کی مقدار کے لیے منتخب کیا گیا تھا۔
پوٹیٹیو پروٹین جین تنجیل جی_10657 کو کنٹرول (نقل) پودوں (ضمنی میزیں S10، S11) کے مقابلے میں تمام مطالعہ شدہ لائنوں اور ٹائم پوائنٹس میں نمایاں طور پر شامل کیا گیا تھا۔اس کے علاوہ، TanjilG_10657 کے ایکسپریشن پروفائل نے تمام سطروں کے لیے تجربے کے دوران بڑھتے ہوئے رجحان کو ظاہر کیا۔آبادی 22660 نے 114 گنا ایکٹیویشن کے ساتھ ٹیکہ لگانے کے لیے تنجیل جی_10657 کی سب سے زیادہ حساسیت اور 24 ایچ پی آئی (تصویر 6 اے) پر سب سے زیادہ رشتہ دار اظہار کی سطح (4.4 ± 0.4) ظاہر کی۔PR10 LlR18A پروٹین جین TanjilG_27015 نے بھی تمام لائنوں اور ٹائم پوائنٹس پر ایکٹیویشن دکھایا، زیادہ تر ڈیٹا پوائنٹس پر شماریاتی اہمیت کے ساتھ (تصویر 6b)۔تنزیل جی_10657 کی طرح، تنجیل جی_27015 کی سب سے زیادہ رشتہ دار اظہار کی سطح 22660 ٹیکہ شدہ آبادی میں 24 ایچ پی آئی (19.5 ± 2.4) میں دیکھی گئی۔ایسڈ اینڈوچائنیز جین تنجیل جی_04706 کو تمام لائنوں اور ہر وقت پوائنٹس میں نمایاں طور پر اپ گریڈ کیا گیا تھا سوائے بورگین 6 ایچ پی آئی (تصویر 6 سی) کے۔یہ پہلی بار پوائنٹ (6 HPI) پر 83A:476 (10.5 گنا) پر مضبوطی سے حوصلہ افزائی کی گئی تھی اور دوسری لائنوں میں (6.6-7.5 گنا تک) اعتدال پسند اضافہ ہوا تھا۔تجربے کے دوران، تنجیل جی_04706 کا اظہار 83A:476 اور بورگین میں اسی سطح پر رہا، جبکہ مینڈیلپ اور آبادی 22660 میں اس میں نمایاں اضافہ ہوا، جو نسبتاً زیادہ قدروں تک پہنچ گیا (بالترتیب 5.9 ± 1.5 اور 6.2 ± 1.5)۔Endoglucan-1,3-β-glucosidase-like gen TanjilG_23384 نے آبادی 22660 (تصویر 6d) کے علاوہ تمام لائنوں میں پہلے دو ٹائم پوائنٹس (6 اور 12 hpi) پر زیادہ سرگرمی دکھائی۔TanjilG_23384 کی اعلی ترین رشتہ دار اظہار کی سطح مینڈیلپ (2.7 ± 0.3) اور 83A: 476 (1.5 ± 0.1) میں دوسری بار پوائنٹ (12 hpi) پر دیکھی گئی۔24 HPI پر، تنجیل جی_23384 اظہار تمام مطالعہ شدہ لائنوں میں نسبتاً کم تھا (0.04 ± 0.009 سے 0.44 ± 0.12 تک)۔
مقداری پی سی آر کے ذریعہ ظاہر کردہ منتخب جینز (AG) کے ایکسپریشن پروفائلز۔نمبر 6، 12 اور 24 ویکسینیشن کے بعد کے گھنٹوں کی نمائندگی کرتے ہیں۔LanDExH7 اور LanTUB6 جین نارملائزیشن کے لیے استعمال کیے گئے تھے اور LanTUB6 کو انٹر سیریز کیلیبریشن کے لیے استعمال کیا گیا تھا۔ایرر بارز تین حیاتیاتی نقلوں پر مبنی معیاری انحراف کی نمائندگی کرتے ہیں، جن میں سے ہر ایک تین تکنیکی نقل کی اوسط ہے۔ انوکیلیٹڈ (Colletotrichum lupini, strain Col-08, 1999 میں Wierzenica, Poland میں لیوپین فیلڈ سے حاصل کیا گیا) اور کنٹرول (Mock-inoculated) پودوں کے درمیان اظہار کی سطحوں میں فرق کی شماریاتی اہمیت ڈیٹا پوائنٹس کے اوپر نشان زد ہے (*P قدر <0.05, ***⤉ P قدر <0.05, ***⤉ 0.05 01)۔ انوکیلیٹڈ (Colletotrichum lupini, strain Col-08, 1999 میں Wierzenica, Poland میں لیوپین فیلڈ سے حاصل کیا گیا) اور کنٹرول (Mock-inoculated) پودوں کے درمیان اظہار کی سطحوں میں فرق کی شماریاتی اہمیت ڈیٹا پوائنٹس کے اوپر نشان زد ہے (*P قدر <0.05, ***⤉ P قدر <0.05, ***⤉ 0.05 01)۔ Статистическая значимость различий в уровнях экспрессии между инокулированными (Colletotrichum lupini, штамм Col-08, Волучен в получен 9 рженице, Польша) и контрольными (ложно инокулированными) растениями отмечена над точками данных (*значение P <0,05, P <0,05, P**01*** ≤ 0,001)۔ انوکولیٹڈ (Colletotrichum lupini، strain Col-08، 1999 میں Wierzhenice، Poland میں ایک لیوپین فیلڈ سے حاصل کیا گیا) اور کنٹرول (sham-inoculated) پودوں کے درمیان اظہار کی سطح میں اعداد و شمار کے لحاظ سے اہم فرق ڈیٹا پوائنٹس (*P قدر <0.05، ***P-value <0.05, **P-value 0.05, ***P-value 1999) کے اوپر نوٹ کیے گئے ہیں۔ )۔接种（Colletotrichum lupini，Col-08株，1999年从波兰Wierzenica的羽扇豆田获得）和对照得）和对照得（模拟接苴草顉龩差异的统计学显着性标记在数据点上方（*P值<0.05, **P 值≤ 0.01, ***P 值≤ 0.001)۔接种 （colletotrichum lupini ，color-08 株，1999差异 的 统计学 显着性 标记 数据点 上方*p 值 <0.05, **P ≤ 0.01, ***P ≤ 0.001)۔ Статистически значимые различия в уровнях экспрессии между инокулированными (Colletotrichum lupini, штамм Col-08, видео ольша, 1999 میں ение ≤ 0,001)۔ انوکولیٹڈ (Colletotrichum lupini, strain Col-08, Verzhenice, Poland, 1999 میں lupin کھیتوں سے حاصل کیا گیا) اور کنٹرول (sham-inoculated) پودوں کے درمیان اظہار کی سطحوں میں اعداد و شمار کے لحاظ سے اہم فرق ڈیٹا پوائنٹس (*P قدر <0.05، ***P-value <0.05، ***P-value 0.05، ***P-value 0.05) کے اوپر نوٹ کیے گئے ہیں۔ 1)۔NLL لائنوں کا تجزیہ کیا گیا تھا: 83A:476 (مزاحم، ہوموزائگس Lanr1 ایلیل لے جانے والا)، مینڈیلپ (معمولی مزاحم، ہوموزائگس AnMan ایلیل لے جانے والا)، بورگین (مزاحم، نامعلوم جینیاتی پس منظر) اور آبادی 22660 (حساس)۔
Lanr1 لوکس پر امیدوار جین TanjilG_05042 نے RNA-seq مطالعہ (تصویر 6e) سے حاصل کردہ پروفائلز سے واضح طور پر مختلف اظہار کا نمونہ دکھایا۔مینڈیلپ اور 22660 کی آبادی (بالترتیب 39.7 اور 11.7 گنا تک) میں اس جین کی نمایاں سرگرمی دیکھی گئی، جس کے نتیجے میں اظہار کی سطح نسبتاً زیادہ ہے (بالترتیب 1.4 ± 0.14 اور 7.2 ± 1.3 تک)۔83A:476 نے تنجیل جی_05042 جین (3.8 گنا تک) کے کچھ اپ گریجولیشن کا بھی انکشاف کیا، تاہم، حاصل کردہ رشتہ دار اظہار کی سطح (0.044 ± 0.002) مینڈیلپ اور 22660 کی آبادی میں مشاہدہ کرنے والوں سے 30 گنا سے زیادہ کم تھی۔کیو پی سی آر کے تجزیہ سے فرضی ویکسین شدہ (کنٹرول) مختلف حالتوں میں جین ٹائپس کے درمیان اظہار کی سطح میں نمایاں فرق ظاہر ہوا، جو آبادی 22660 اور 83A:476 کے درمیان 58 گنا فرق تک پہنچ گیا، نیز آبادی 22660 اور 22660 کے درمیان۔ بوڈل اپ اور مینڈیل اپ کے درمیان دو گنا فرق تھا۔
AnMan لوکس، TanjilG_12861 میں امیدوار جین 83A:476 اور مینڈیلپ میں ویکسینیشن کے جواب میں فعال کیا گیا تھا، 22660 آبادی میں غیر جانبدار تھا، اور بورگین (تصویر 6f) میں اسے کم کر دیا گیا تھا۔تنجیل جی_12861 جین کا رشتہ دار اظہار 83A: 476 (0.14±0.01) میں سب سے زیادہ تھا۔17.4 kDa کلاس I ہیٹ شاک پروٹین جین TanjilG_05080 HSP17.4 نے تمام مطالعہ شدہ تناؤ اور ٹائم پوائنٹس (تصویر 6 جی) میں کم رشتہ دار اظہار کی سطح ظاہر کی۔سب سے زیادہ قدر 22660 آبادی میں 24 HPI پر دیکھی گئی (0.14 ± 0.02، ویکسینیشن کے جواب میں آٹھ گنا اضافہ)۔
جین ایکسپریشن پروفائلز کے موازنہ (تصویر 7) نے تنجیل جی_10657 اور چار دیگر جینوں کے درمیان ایک اعلی ارتباط کا انکشاف کیا: تنجیل جی_27015 (r = 0.89)، تنجیل جی_05080 (r = 0.85)، تنجیل جی_05042 (r = 0.7)، اور _9 جی = 0.7.اس طرح کے نتائج دفاعی ردعمل کے دوران ان جینوں کے باہمی ضابطے کی نشاندہی کر سکتے ہیں۔تنجیل جی_12861 اور تنجیل جی_23384 جینز نے دیگر جینز کے مقابلے میں پیئرسن کے ارتباط کے گتانک قدروں (بالترتیب 0.08 سے 0.43 اور -0.19 سے 0.28 تک) کے ساتھ مختلف ایکسپریشن پروفائلز دکھائے۔
مقداری پی سی آر کا استعمال کرتے ہوئے جین ایکسپریشن پروفائلز کے مابین ارتباط کا پتہ چلا۔مندرجہ ذیل تنگ لیف لیوپین لائنوں کا تجزیہ کیا گیا: 83A:476 (مزاحم، ہوموزائگس Lanr1 ایلیل لے جانے والا)، مینڈیلپ (اعتدال سے مزاحم، ہوموزائگس AnMan ایلیل کو لے جانے والا)، بورگین (مزاحم، جینیاتی پس منظر نامعلوم)، اور آبادی 22660 (معمولی طور پر مزاحم)۔تین ٹائم پوائنٹس کا حساب لگایا گیا (ٹیکہ لگانے کے بعد 6، 12 اور 24 گھنٹے)، بشمول ٹیکہ لگایا گیا (کولیٹوٹریچم لوپینی، سٹرین Col-08، ویرزینیس، پولینڈ میں 1999 میں لیوپین کے کھیتوں سے حاصل کیا گیا) اور کنٹرول (شیم ٹیکہ لگائے گئے) پودے۔پیمانہ پیئرسن کے ارتباط کے گتانک کی قدر کو ظاہر کرتا ہے۔
6 ہارس پاور فی انچ پر حاصل کردہ ڈیٹا کی بنیاد پر، ڈبلیو جی سی این اے کو 9981 ڈی ای جی پر انجام دیا گیا جس کی شناخت ابتدائی دفاعی ردعمل پر توجہ مرکوز کرنے کے لیے ٹیکہ لگانے والے اور کنٹرول پلانٹس کا موازنہ کرکے کی گئی تھی (ضمنی جدول S12)۔بائیس جین ماڈیولز (کلسٹرز) جینی ٹائپس اور تجرباتی مختلف حالتوں کے درمیان باہم مربوط (مثبت یا منفی) اظہار پروفائلز کے ساتھ پائے گئے۔ اوسطاً، جین کے اظہار کی سطح 83A:476 > Mandelup > Boregine > Population 22660 کی ترتیب میں نیچے آرہی تھی (تاہم، یہ رجحان کنٹرول پلانٹس میں زیادہ مضبوط تھا)۔ اوسطاً، جین کے اظہار کی سطح 83A:476 > Mandelup > Boregine > Population 22660 کی ترتیب میں نیچے آرہی تھی (تاہم، یہ رجحان کنٹرول پلانٹس میں زیادہ مضبوط تھا)۔ В среднем уровни экспрессии генов снижались в порядке 83A:476 > Mandelup > Boregine > Population 22660 трольных растений)۔ اوسطاً، 83A:476 > Mandelup > Boregine > Population 22660 ترتیب میں جین کے اظہار کی سطح میں کمی آئی (تاہم، یہ رجحان کنٹرول پلانٹس میں زیادہ مضبوط تھا)۔平均而言，基因表达水平按83A:476 > Mandelup > Boregine > Population 22660植物中更强).平均 而 言 ， 基因 水平 按 83a: 476> مینڈیلپ> بورگین> آبادی 22660更) ….. В среднем уровни экспрессии генов снижались в ряду 83A:476 > مینڈیلپ > بورگین > آبادی 22660 х растений)۔ اوسطاً، سیریز 83A:476 > Mandelup > Boregine > Population 22660 میں جین کے اظہار کی سطح کم ہوئی (تاہم، دونوں قسموں میں، یہ رجحان کنٹرول پلانٹس میں زیادہ مضبوط تھا)۔ویکسینیشن کے نتیجے میں جین کے اظہار کو بڑھاوا دیا گیا، خاص طور پر ماڈیولز 18، 19، 14، 6 اور 1 (اثر کے نزولی ترتیب میں)، منفی ضابطے (مثلاً ماڈیول 9 اور 20) یا غیر جانبدار اثرات کے ساتھ (مثلاً ماڈیول 11، 22، 8 اور 13)۔GO ٹرم افزودگی تجزیہ (ضمنی جدول S13) نے زیادہ سے زیادہ ایکٹیویشن کے ساتھ ٹیکہ لگائے گئے ماڈیول (18) کے لیے "GO: 0006952 حفاظتی ردعمل" کا انکشاف کیا، بشمول qPCR (TanjilG_04706، TanjilG_233384، TanjilG_233384، TanjilG_233384، TanjilG_04706، TanjilG_233874، اور 5006952) بہت سے انوکولیٹ سب سے زیادہ دبے ہوئے فوٹو سنتھیسس ماڈیولز (9)۔ماڈیول 18 کنسنٹریٹر (تصویر 8) کی شناخت تنجیل جی_26536 جین کے طور پر کی گئی ہے جو PR-10 جیسے LlR18B پروٹین کو انکوڈنگ کرتا ہے، اور ماڈیول 9 کنسنٹیٹر کی شناخت TanjilG_28955 جین کے طور پر کی گئی ہے جو فوٹو سسٹم II PsbQ پروٹین کو انکوڈنگ کرتا ہے۔ایک امیدوار اینتھراکنوز مزاحمتی جین Lanr1، TanjilG_05042، ماڈیول 22 (تصویر 9) میں پایا گیا تھا اور اس کا تعلق "GO:0044260 Cellular macromolecular metabolic processes" اور "GO:0006355 ٹرانسکرپشنل ڈی این اے جی 1 ریگولیشن، ڈی این اے جی 1، 2006355 ٹرانسکرپشنل ریگولیشن" سے وابستہ ہے۔جین ہیٹ اسٹریس ٹرانسکرپشن فیکٹر A-4a (HSFA4a) کو انکوڈ کرتا ہے۔
ماڈیولز کے جین شریک اظہار کا وزنی نیٹ ورک تجزیہ جس میں حیاتیاتی عمل کی حد سے زیادہ نمائندگی کی گئی اصطلاحات "GO: 0006952 دفاعی ردعمل" ہیں۔QPCR (TanjilG_04706، TanjilG_23384، TanjilG_10657 اور TanjilG_27015) کے ذریعے تجزیہ کیے گئے چار جینوں کو اجاگر کرنے کے لیے لیگیشن کو آسان بنایا گیا تھا۔
ایک ماڈیول کے جین شریک اظہار کا وزنی نیٹ ورک تجزیہ جس میں ایک بہت زیادہ پیش کردہ حیاتیاتی عمل کی اصطلاح "GO: 0006355: ٹرانسکریشنل ریگولیشن، DNA ٹیمپلیٹنگ" اور امیدوار اینتھراکنوز مزاحمتی جین Lanr1 TanjilG_05042 کو لے کر جاتا ہے۔تنزیل جی_05042 جین اور مرکزی تنجیل جی_01212 جین کو الگ کرنے کے لیے لیگیشن کو آسان بنایا گیا تھا۔
آسٹریلیا میں جمع کی گئی اینتھراکنوز مزاحمتی اسکریننگ سے پتہ چلتا ہے کہ ابتدائی طور پر جاری کی جانے والی زیادہ تر فصلیں حساس تھیں۔کالیا، کورومپ اور مینڈیلپ کو معتدل مزاحم قرار دیا گیا ہے، جبکہ وونگا، تنجیل اور 83A:476 کو انتہائی مزاحم 26,27,31 قرار دیا گیا ہے۔ایک ہی مزاحمتی ایلیل تھا، جسے Lanr1 کا نام دیا گیا تھا، اور Coromup اور Mandelup کے پاس ایک مختلف ایلیل تھا، جسے AnMan10، 26، 39 نامزد کیا گیا تھا، جب کہ کالیا ایک مختلف ایلیل پر گزرا تھا۔, Lanr2.جرمنی میں اینتھراکنوز مزاحمت کے لیے اسکریننگ کے نتیجے میں ایک مزاحم لائن Bo7212 کی شناخت ہوئی جس میں Lanr1 کے علاوہ امیدوار ایللی، نامزد LanrBo36 ہے۔
ہمارے مطالعہ نے تجربہ شدہ جراثیم میں Lanr1 ایلیل کی بہت کم تعدد (تقریبا 6%) کا انکشاف کیا۔یہ مشاہدہ Anseq3 اور Anseq4 مارکرز کا استعمال کرتے ہوئے مشرقی یورپی جراثیم کی اسکریننگ کے نتائج سے مطابقت رکھتا ہے، جس سے ظاہر ہوتا ہے کہ Lanr1 ایلیل صرف دو بیلاروسی لائنوں میں موجود ہے۔اس سے پتہ چلتا ہے کہ Lanr1 ایلیل ابھی تک مقامی افزائش کے پروگراموں کے ذریعہ وسیع پیمانے پر استعمال نہیں کیا جاتا ہے، آسٹریلیا کے برعکس، جہاں یہ مارکر کی مدد سے افزائش نسل کے لیے کلیدی ایلیلز میں سے ایک ہے۔یہ آسٹریلوی رپورٹ کے مقابلے میں یورپی فیلڈ کے حالات میں Lanr1 ایلیل کی طرف سے فراہم کردہ مزاحمت کی نچلی سطح کی وجہ سے ہو سکتا ہے۔اس کے علاوہ، آسٹریلیا میں زیادہ بارش والے علاقوں میں اینتھراکنوز کے مطالعے سے یہ بات سامنے آئی ہے کہ Lanr1 ایلیل کے ذریعے ثالثی کی جانے والی مزاحمتی ردعمل موسمی حالات میں موثر نہیں ہو سکتی ہیں جو روگزن کی نشوونما اور تیز رفتار نشوونما کے حق میں ہیں۔درحقیقت، موجودہ مطالعہ میں، اینتھراکنوز کی کچھ علامات Lanr1 ایلیل لے جانے والے جینی ٹائپس میں بھی دیکھی گئی ہیں، جو یہ بتاتے ہیں کہ C. lupini کی نشوونما کے لیے بہترین حالات میں مزاحمت ختم ہو سکتی ہے۔اس کے علاوہ، Anseq3 اور Anseq4 مارکر کی موجودگی کی غلط مثبت تشریحات، جو Lanr1 لوکس سے تقریباً 1 سینٹی میٹر ہیں، ممکن ہیں 28,30,43۔
ہمارے مطالعے سے پتہ چلتا ہے کہ 83A:476، Lanr1 ایلیل کو لے کر، پہلے تجزیہ کردہ ٹائم پوائنٹ (6 hpi) پر بڑے پیمانے پر ٹرانسکرپٹوم ری پروگرامنگ کے ساتھ C. lupini انوکولیشن کا جواب دیا، جبکہ Mandelup میں، AnMan ایللی کو لے کر، ٹرانسکرپٹومک ردعمل بہت بعد میں دیکھا گیا۔(24 سے 48 ایچ پی تک)۔دفاعی ردعمل میں یہ وقتی تغیرات بیماری کی علامات میں فرق سے وابستہ ہیں، مزاحمت کے کامیاب ردعمل کے لیے ابتدائی روگزنق کی شناخت کی اہمیت کو اجاگر کرتے ہیں۔پودوں کے بافتوں کو متاثر کرنے کے لیے، اینتھراکس بیضوں کو میزبان سطح پر ترقی کے کئی مراحل سے گزرنا پڑتا ہے، بشمول انکرن، خلیات کی تقسیم، اور ایک اپریسوریم کی تشکیل۔اپینڈیج ایک متعدی ڈھانچہ ہے جو میزبان کی سطح سے منسلک ہوتا ہے اور میزبان ٹشوز میں دخول کی سہولت فراہم کرتا ہے۔اس طرح، مٹر کے عرق میں C. gloeosporioides کے بیضوں نے 75-90 منٹ کے انکیوبیشن کے بعد نیوکلئس کی پہلی تقسیم، 90-120 منٹ کے بعد جراثیم کی ٹیوب کا بننا، اور 4 گھنٹے کے بعد دبانا ظاہر کیا۔Mango C. gloeosporioides نے انکیوبیشن کے 3 گھنٹے کے بعد 40% سے زیادہ کونڈیل انکرن اور 4 گھنٹے کے بعد تقریباً 20% اپپریسرز کی تشکیل ظاہر کی۔C. gloeosporioides کے وائرلینس سے وابستہ CAP20 جین نے 4 گھنٹے 46 منٹ کے بعد CAP20 پروٹین کی زیادہ مقدار کے ساتھ ایوکاڈو سطح موم میں 3.5 گھنٹہ انکیوبیشن کے بعد ایپی فائٹ بنانے والے کونیڈیا میں نقلی سرگرمی ظاہر کی۔اسی طرح، C. trifolii میں melanin biosynthesis genes کی سرگرمی 2 گھنٹے کے انکیوبیشن کے دوران ہوئی جس کے بعد 1 گھنٹہ کے بعد ایک appressorium کی تشکیل ہوئی۔پتوں کے ٹشوز کے مطالعے سے پتہ چلتا ہے کہ سی. ایکوٹیٹم کے ساتھ ٹیکہ لگائے گئے اسٹرابیریوں کا پہلا دبانے 8 hpi پر ہوتا ہے، جب کہ C. coccodes کے ساتھ ٹیکہ لگائے جانے والے ٹماٹروں میں 4 hpi48,49 پر پہلا دبانا ہوتا ہے۔Colletotrichum spp کے ٹائم اسکیل سے بڑی حد تک مطابقت رکھتا ہے۔متعدی عمل.83A:476 پر تیز رفتار دفاعی ردعمل اس لائن میں پودوں کی مزاحمت اور اثر انگیز قوت مدافعت (ETI) جینوں کی شمولیت کا مشورہ دیتے ہیں، جبکہ مینڈیلپ کے تاخیری ردعمل مائیکرو اسوسیئٹڈ مالیکیولر پیٹرن-ٹرگرڈ امیونٹی (MTI) کے مفروضے کی حمایت کرتے ہیں۔تاخیری ردعمل میں اوپر یا نیچے ریگولیٹڈ جینز کے درمیان جزوی اوورلیپ بھی اس تصور کی تائید کرتا ہے، کیونکہ ETI کو اکثر ایک تیز اور بڑھا ہوا MTI ردعمل سمجھا جاتا ہے جو انفیکشن کی جگہ پر پروگرام شدہ سیل کی موت پر منتج ہوتا ہے، جسے anaphylactic شاک 51,52 کہا جاتا ہے۔
جین اونٹولوجی GO:0006952 "ڈیفنس ریسپانس" کی زیادہ نمائندگی شدہ اصطلاح سے منسوب زیادہ تر جین تناؤ سے متاثر روزہ رکھنے والے پیغام 22 پروٹین (SAM22 کی طرح) اور سات بڑے لیٹیکس پروٹین پسند (MLPs) کے 11 ہومولوگ ہیں۔جیسے پروٹین 31، 34، 43 اور 423 نے ترتیب میں مماثلت ظاہر کی۔SAM22 جیسے جینوں نے نمایاں ایکٹیویشن دکھایا جو زیادہ دیر تک جاری رہا، جس میں اینتھراکنوز مزاحمت کی بڑھتی ہوئی سطح (83A:476 اور بورگین) دکھائی گئی۔تاہم، ایم ایل پی جیسے جینوں کو صرف امیدواروں کے مزاحمتی ایلیل (83A: 476/Lanr1 پر 6 hpi اور Mandelup/AnMan 24 hpi پر) لے جانے والی لائنوں میں کم کیا گیا تھا۔واضح رہے کہ تمام شناخت شدہ SAM22 نما ہومولوگس تقریباً 105 kb تک پھیلے ہوئے جین کے جھرمٹ سے نکلتے ہیں، جبکہ MLP نما جین جینوم کے الگ الگ علاقوں سے نکلتے ہیں۔اس طرح کے SAM22 جیسے جینوں کی مربوط ایکٹیویشن ڈیاپورٹیٹوکسیکا ٹیکہ کے خلاف NLL مزاحمت کے ہمارے پچھلے مطالعے میں بھی پائی گئی تھی، جس سے یہ معلوم ہوتا ہے کہ وہ دفاعی ردعمل کے افقی اجزاء میں شامل ہیں۔اس نتیجے کی تائید SAM22 جیسے جینز کے زخم یا علاج کے لیے سیلیسیلک ایسڈ، فنگل انڈیوسرز، یا ہائیڈروجن پیرو آکسائیڈ کے مثبت ردعمل کی رپورٹوں سے بھی ہوتی ہے۔
ایم ایل پی جیسے جینز کو مختلف ابیوٹک اور بائیوٹک تناؤ کا جواب دیتے ہوئے دکھایا گیا ہے، بشمول بہت سے پودوں کی انواع میں بیکٹیریل، وائرل اور پیتھوجینک فنگل انفیکشنز۔پودوں اور پیتھوجینز کے درمیان بعض تعاملات کے ردعمل کی سمتیں سختی سے بڑھنے سے لے کر (یعنی ورٹیسیلیم ڈاہلیا کے ساتھ کپاس کے انفیکشن کے دوران) سے نمایاں طور پر کم ہوتی ہیں (یعنی الٹرنیریا ایس پی پی کے ساتھ سیب کے درخت کے انفیکشن کے بعد) 56,57۔ایم ایل پی جیسے 423 جین کی نمایاں کمی ایف نائجر کے انفیکشن اور سیب کے درخت کے انفیکشن کے دوران ایوکاڈو کے دفاع کے دوران دیکھی گئی ہے۔cn.piricola اور Alternaria alternata سیب کے پیتھو ٹائپ 58,59 ہیں۔اس کے علاوہ، ایپل کالی میں ایم ایل پی جیسے 423 جین کا زیادہ اظہار ہوتا تھا جس میں مزاحمت سے وابستہ جین کا اظہار کم ہوتا تھا اور وہ فنگل انفیکشن کے لیے زیادہ حساس تھے۔Fusarium oxysporum f کے بعد، MLP نما 423 جین کو مزاحم عام بین جراثیم میں بھی دبا دیا گیا تھا۔cn.بین انفیکشن 60۔
ہمارے RNA-seq مطالعہ میں شناخت شدہ PR-10 خاندان کے دیگر افراد LlR18A اور LlR18B جین تھے اپ گریجولیشن کے جواب میں، ساتھ ہی لپڈ ٹرانسفر پروٹین DIR1 کے لیے اپریگولیٹڈ (1 جین) یا ڈاؤن ریگولیٹڈ (3 جین) جین۔.اس کے علاوہ، WGCNA اس ماڈیول میں LlR18B جین کو ایک مرکز کے طور پر نمایاں کرتا ہے، جو ویکسینیشن کے لیے انتہائی حساس ہے اور اس میں کئی حفاظتی ردعمل والے جین ہوتے ہیں۔LlR18A اور LlR18B جین پیتھوجینک بیکٹیریا کے جواب میں پیلے رنگ کے لیوپین کے پتوں کے ساتھ ساتھ D. ٹاکسیکا ٹیکہ لگانے کے بعد NLL تنوں میں بھی شامل کیے گئے تھے، جبکہ ان جینز کے چاول کے ہومولوگ RSOsPR10، تیزی سے متاثر ہوئے تھے، جو کہ پھپھوند کے تیزاب کے انفیکشن میں شامل تھے۔ DIR1 جین غیر مخصوص لپڈ ٹرانسپورٹ پروٹین کو انکوڈ کرتا ہے جو سیسٹیمیٹک ایکوائرڈ ریزسٹنس (SAR) کے آغاز کے لیے درکار ہوتے ہیں۔حفاظتی رد عمل کی نشوونما کے ساتھ، DIR1 پروٹین کو انفیکشن کے مرکز سے فلیم کے ذریعے منتقل کیا جاتا ہے تاکہ دور دراز کے اعضاء میں SAR پیدا کیا جا سکے۔دلچسپ بات یہ ہے کہ تنجیل جی_02313 ڈی آئی آر 1 جین کو پہلی بار لائن 84A:476 اور آبادی 22660 میں نمایاں طور پر شامل کیا گیا تھا، لیکن اینتھراکنوز کی مزاحمت صرف لائن 84A:476 میں کامیابی کے ساتھ تیار ہوئی۔یہ NLL میں DIR1 جین کے کچھ ذیلی فعل کی نشاندہی کر سکتا ہے، کیونکہ باقی تین ہومولوگس نے صرف 83A: 476 لائن میں 6 hpi پر ٹیکہ لگانے کا جواب دیا، اور اس ردعمل کو نیچے کی طرف ہدایت کی گئی۔
ہمارے مطالعے میں، "GO:0055114 Redox process" نامی حیاتیاتی عمل سے مطابقت رکھنے والے سب سے عام اجزاء سائٹوکوم P450 پروٹین، پیرو آکسیڈیز، لینولک ایسڈ 9S-/13S-lipoxygenase، اور 1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid oxidase تھے۔مزید برآں، ہمارا WGCNA HSFA4a ہومولوگ کو ایک مرکز کے طور پر بیان کرتا ہے جس میں ماڈیولز ہوتے ہیں جیسے Lanr1 مزاحمتی جین امیدوار تنجیل جی_05042۔HSFA4a پودوں میں نیوکلیئر ٹرانسکرپشن کے ریڈوکس پر منحصر ریگولیشن کا ایک جزو ہے۔
Cytochrome P450 پروٹین آکسیڈوریکٹیسز ہیں جو بنیادی اور ثانوی میٹابولزم میں NADPH اور/یا O2 پر منحصر ہائیڈرو آکسیلیشن رد عمل کو متحرک کرتے ہیں، بشمول xenobiotics کا میٹابولزم، نیز ہارمونز، فیٹی ایسڈز، سٹیرولز، سیل وال کے اجزاء، بائیو پولیمر، اور 6 کے مطالعہ میں بائیو پولیمر کی حفاظت کرتے ہیں۔ بڑی تعداد میں تبدیل شدہ ہومولوگس (37) اور مخصوص جینز کے درمیان ردعمل کے نمونوں میں فرق کی وجہ سے پلانٹ سائٹوکوم P450 فنکشن -10.6 لاگ 2 (فولڈ چینج) سے کم کر کے 5.7 کر دیا گیا، جو اوپر کی طرف نظر ثانی کی عکاسی کرتا ہے۔.صرف RNA-seq ڈیٹا کا استعمال کرتے ہوئے NLL جینوں کے حیاتیاتی فعل کو واضح کرنے کے لیے اتنے بڑے پروٹین میں انتہائی قیاس آرائی ہوگی۔تاہم، یہ بات قابل غور ہے کہ کچھ cytochrome P450 جین پیتھوجینک فنگس یا بیکٹیریا کے خلاف بڑھتی ہوئی مزاحمت سے وابستہ ہیں، جس میں الرجک رد عمل 69,70,71 میں شراکت بھی شامل ہے۔
کلاس III پیرو آکسیڈیز پودوں کی نشوونما اور نشوونما کے دوران میٹابولک عمل کی ایک وسیع رینج میں شامل کثیر فعلی پلانٹ انزائمز ہیں، نیز ماحولیاتی دباؤ جیسے نمکیات، خشک سالی، تیز روشنی کی شدت، اور پیتھوجین حملہ72 کے جواب میں۔پیرو آکسیڈیسس پودوں کی متعدد انواع کے انتھراسیس کے ساتھ تعامل میں ملوث ہیں، جن میں اسٹائلوسانتھیس ہیمیلس اور سی. گلویو اسپوریوائڈز، لینس کلیناریس اور سی. ٹرنکیٹم، فیزیولس ولگارس اور سی. لنڈیموتھیانم، کیکومس سیٹیوس اور سی. لیجناریئم73,76,74,ردعمل بہت تیز ہوتا ہے، بعض اوقات 4 HPI پر بھی، اس سے پہلے کہ فنگس پودے کے بافتوں میں داخل ہو جائے73۔پیرو آکسیڈیز جین نے بھی ڈی ٹاکسیکا این ایل ایل ٹیکہ لگانے کا جواب دیا۔آکسیڈیٹیو برسٹ کو ریگولیٹ کرنے یا آکسیڈیٹیو تناؤ کو ختم کرنے کے لیے ان کے مخصوص افعال کے علاوہ، پیرو آکسیڈیز مخصوص مرکبات کے لگنیفیکیشن، سبونائٹ یا کراس لنکنگ کے دوران سیل وال کی مضبوطی پر مبنی جسمانی رکاوٹیں پیدا کرکے پیتھوجین کی نشوونما میں مداخلت کر سکتے ہیں۔اس فنکشن کو سلیکو میں تنجیل جی_03329 جین سے منسوب کیا جا سکتا ہے جو ایک پوٹیٹو لگنن بنانے والی اینون پیرو آکسیڈیس کو انکوڈنگ کرتا ہے جسے 6 HPI پر 83A:476 مزاحم لائن میں ہمارے مطالعے میں نمایاں طور پر اپ گریڈ کیا گیا تھا، لیکن دوسرے تناؤ اور ٹائم پوائنٹس میں نہیں جنہوں نے جواب نہیں دیا۔
لینولک ایسڈ کا 9S-/13S-lipoxygenase lipid biosynthesis78 کے آکسیڈیٹیو راستے کا پہلا قدم ہے۔اس راستے کی مصنوعات پودوں کے دفاع میں متعدد کام کرتی ہیں، بشمول کالوز اور پیکٹین کے ذخائر کی تشکیل کے ذریعے سیل وال کو مضبوط بنانا، اور ری ایکٹیو آکسیجن پرجاتیوں79,80,81,82,83 کی پیداوار کے ذریعے آکسیڈیٹیو تناؤ کو کنٹرول کرنا۔موجودہ مطالعے میں، linoleic acid 9S-/13S-lipoxygenase کے اظہار کو تمام تناؤ میں تبدیل کر دیا گیا تھا، لیکن حساس آبادی 22660 میں، مختلف اوقات میں اپ گریجشن غالب رہا، جب کہ مزاحم Lanr1 اور AnMan ایلیل لے جانے والے تناؤ میں، یہ متنوع پرتوں کی حفاظت پر زور دیتا ہے۔ .
1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase (ACO) ہومولوگ کو نمایاں طور پر اپ ریگولیٹ کیا گیا تھا (9 جینز) یا جب لیوپین کے ساتھ ٹیکہ لگایا گیا تھا تو اسے کم کیا گیا تھا (2 جین)۔دو مستثنیات کے ساتھ، یہ تمام ردعمل 6 hp پر آئے۔83A:476 پر۔ACO پروٹین کے ذریعہ ثالثی شدہ انزیمیٹک رد عمل ایتھیلین کی پیداوار میں شرح کو محدود کرنے والا مرحلہ ہے اور اس وجہ سے یہ انتہائی منظم ہے84۔ایتھیلین ایک پودوں کا ہارمون ہے جو پودوں کی نشوونما کو منظم کرنے اور ابیوٹک اور بائیوٹک تناؤ کے حالات کے جواب میں مختلف کردار ادا کرتا ہے۔ACO ٹرانسکرپشن کو شامل کرنا اور ایتھیلین سگنلنگ پاتھ وے کو چالو کرنا رد عمل آکسیجن پرجاتیوں اور فائٹوالیکسینز کی پیداوار کو منظم کرکے ہیمی بائیوٹروفک فنگس اوریزا اوریزا کے خلاف چاول کی مزاحمت کو بڑھانے میں شامل ہے۔M. oryzae اور C. lupini88,89 کے درمیان پایا جانے والا ایک بہت ہی مماثل پتے کے انفیکشن کا عمل، اس مطالعے میں 83A:476 لائن میں ACO ہومولوگس کے نمایاں اپ گریجولیشن کے پس منظر میں، این ایل ایل اینتھراکنوز ایتھیلین کو ایک سگنلنگ سینٹرل وے سٹیپ میں مزاحمت فراہم کرنے کے امکان کو بدل دیتا ہے۔
موجودہ مطالعے میں، فوٹو سنتھیسس سے وابستہ بہت سے جینوں کا بڑے پیمانے پر دباو 83A:476 میں 6 hpi اور مینڈیلوپ اور 22660 آبادی میں 48 hpi پر دیکھا گیا۔ان تبدیلیوں کی وسعت اور ترقی سطح کے متناسب ہے۔اس تجربے میں اینتھراکنوز کی مزاحمت دیکھی گئی۔حال ہی میں، پودوں کے روگزنق تعاملات کے متعدد ماڈلز میں، جن میں پیتھوجینک بیکٹیریا اور فنگس شامل ہیں، فتوسنتھیس سے متعلق نقلوں کے مضبوط اور ابتدائی جبر کی اطلاع ملی ہے۔جلد بازی (کچھ تعاملات میں 2 HPI سے) اور انفیکشن کے جواب میں فوٹو سنتھیسز سے وابستہ جینوں کا عالمی دباو پودوں کی قوت مدافعت کو متحرک کر سکتا ہے جس کی بنیاد پر رد عمل آکسیجن پرجاتیوں کی تعیناتی اور الرجک رد عمل میں ثالثی کے لیے سیلیسیلک ایسڈ کے راستے کے ساتھ ان کا تعامل ہوتا ہے 90,94۔
آخر میں، سب سے زیادہ مزاحم نسب (83A:476) کے لیے تجویز کردہ دفاعی ردعمل کے طریقہ کار میں R جین (غالبا TIR-NBS-LRR TanjilG_05042) کے ذریعے تیز رفتار روگزنق کی شناخت اور الرجک ردعمل میں ثالثی سیلیسیلک ایسڈ اور ایتھیلین ایس سگنلنگ کے ذریعے طویل عرصے تک ایس اے آر کے ذریعے شناخت کرنا شامل ہے۔کارروائی DIR-1 پروٹین کی طرف سے حمایت کی جاتی ہے.واضح رہے کہ C. lupini انفیکشن کے لیے بائیوٹروفک مدت بہت مختصر ہے (تقریباً 2 دن)، اس کے بعد necrotic growth95 ہوتی ہے۔ان مراحل کے درمیان منتقلی کا تعلق نیکروسس اور ایتھیلین-انڈیکیبل پروٹین کے اظہار سے ہو سکتا ہے جو میزبان پودوں میں انتہائی حساسیت کے رد عمل کے لیے محرک کے طور پر کام کرتے ہیں۔لہٰذا، بائیوٹروفک مرحلے پر C. lupini کو کامیاب پکڑنے کا وقت بہت تنگ ہے۔83A:476 میں 6 hpi میں مشاہدہ کیا گیا ریڈوکس اور فوٹو سنتھیسس سے وابستہ جینوں کی دوبارہ پروگرامنگ فنگل ہائفائی کے بڑھنے کے ساتھ مطابقت رکھتی ہے اور بائیوٹروفک مرحلے پر ایک کامیاب حفاظتی ردعمل کی نشوونما کا آغاز کرتی ہے۔مینڈیلپ اور 22660 کی آبادی کے ٹرانسکرپٹومک ردعمل میں فنگس کو پکڑنے میں بہت تاخیر ہو سکتی ہے، تاہم، مینڈیلپ 22660 کی آبادی سے زیادہ موثر ہو سکتا ہے کیونکہ PR-10 پروٹین کا نسبتاً تیز ریگولیشن افقی مزاحمت کو فروغ دیتا ہے۔
ای ٹی آئی، کینونیکل آر جین کے ذریعے کارفرما، اینتھراکنوز کے خلاف بین مزاحمت کا ایک عام طریقہ کار معلوم ہوتا ہے۔اس طرح، ماڈل پھلی میڈیکاگو ٹرنکیٹولا میں، اینتھراکنوز کے خلاف مزاحمت RCT1 جین کے ذریعے عطا کی گئی ہے، جو TIR-NBS-LRR97 پلانٹ R جین کلاس کا رکن ہے۔یہ جین حساس پودوں میں منتقل ہونے پر الفالفا میں وسیع اسپیکٹرم اینتھراکنوز مزاحمت بھی فراہم کرتا ہے۔عام بین (P. vulgaris) میں، آج تک دو درجن سے زیادہ اینتھراکنوز مزاحمتی جینوں کی نشاندہی کی گئی ہے۔ان میں سے کچھ جین ایسے خطوں میں پائے جاتے ہیں جن میں کسی بھی کیننیکل R جین کی کمی ہوتی ہے، تاہم بہت سے دوسرے کروموسوم کے کناروں پر واقع ہوتے ہیں جو NBS-LRR جین کلسٹر لے جاتے ہیں، بشمول TIR-NBS-LRRs99۔جینوم وسیع SSR مطالعہ نے NBS-LRR جین کے مشترکہ بین میں اینتھراکنوز مزاحمت کے ساتھ وابستگی کی بھی تصدیق کی۔کینونیکل R جین جینومک خطے میں بھی پایا گیا تھا جس میں سفید لیوپین 101 میں بڑے اینتھراکنوز مزاحمتی لوکس موجود تھے۔
ہمارے کام سے پتہ چلتا ہے کہ ایک فوری مزاحمتی ردعمل، جو پودوں کے انفیکشن کے ابتدائی مرحلے میں فعال ہوتا ہے (ترجیحاً 12 hpi سے زیادہ نہیں)، مؤثر طریقے سے تنگ پتوں والے لیوپین کو روگجنک فنگس Collelotrichum lupini کی وجہ سے ہونے والے اینتھراکنوز سے بچاتا ہے۔ہائی تھرو پٹ سیکوینسنگ کا استعمال کرتے ہوئے، ہم نے این ایل ایل پلانٹس میں اینتھراکنوز ریزسٹنس جینز کے ڈیفرینشل ایکسپریشن پروفائلز کا مظاہرہ کیا جو Lanr1 اور AnMan ریزسٹنس جینز کے ذریعے ثالثی کی گئی تھی۔کامیاب دفاع میں پودے کے روگزن سے پہلے رابطے کے چند گھنٹوں کے اندر ریڈوکس، فوٹو سنتھیسز، اور روگجنن میں شامل پروٹین کے لیے جینز کو احتیاط سے ڈیزائن کرنا شامل ہے۔اسی طرح کے حفاظتی رد عمل، لیکن وقت میں تاخیر سے، پودوں کو بیماریوں سے بچانے میں بہت کم موثر ہوتے ہیں۔Lanr1 جین کے ذریعے ثالثی کی جانے والی اینتھراکس مزاحمت R جین (اثر سے متحرک قوت مدافعت) کے عام تیز ردعمل سے مشابہت رکھتی ہے، جب کہ AnMan جین غالباً افقی ردعمل فراہم کرتا ہے (مثلاً جراثیم سے وابستہ مالیکیولر پیٹرن سے پیدا ہونے والی قوت مدافعت)، پائیداری کی ایک اعتدال پسند سطح فراہم کرتا ہے۔
اینتھراکنوز مارکرز کے لیے اسکرین کرنے کے لیے استعمال ہونے والی 215 NLL لائنوں میں 74 اقسام، 60 لائنیں جو کراسنگ یا افزائش کے ذریعے حاصل کی جاتی ہیں، 5 اتپریورتی، اور 76 جنگلی یا اصلی جراثیم پر مشتمل ہوتی ہیں۔لائنیں 17 ممالک سے آئیں، خاص طور پر پولینڈ (58)، اسپین (47)، جرمنی (27)، آسٹریلیا (26)، روس (19)، بیلاروس (7)، اٹلی (5) اور دیگر لائنوں سے۔10 ممالک سے۔سیٹ میں حوالہ مزاحم لکیریں بھی شامل ہیں: 83A:476، تنزیل، لینر 1 ایلیل لے جانے والے وانگا، اور مینڈیلپ جس میں AnMan ایلیل ہوتا ہے۔یہ لائنیں پوزنان پلانٹ بریڈنگ لمیٹڈ، ویاٹروو، پولینڈ (ضمنی جدول S1) کے زیر انتظام یورپی لوپین جینیاتی وسائل کے ڈیٹا بیس سے حاصل کی گئیں۔
پودے کنٹرول شدہ حالات میں اگائے جاتے ہیں (فوٹو پیریڈ 16 گھنٹے، دن میں درجہ حرارت 25 ° C اور رات میں 18 ° C)۔دو حیاتیاتی نقلوں کا تجزیہ کیا گیا۔پروٹوکول کے مطابق DNeasy Plant Mini Kit (Qiagen, Hilden, Germany) کا استعمال کرتے ہوئے DNA کو تین ہفتے پرانے پتوں سے الگ تھلگ کیا گیا تھا۔الگ تھلگ ڈی این اے کے معیار اور ارتکاز کا اندازہ سپیکٹرو فوٹومیٹرک طریقوں سے کیا گیا تھا (نینو ڈراپ 2000؛ تھرمو فشر سائنٹیفک، والتھم، ایم اے، یو ایس اے)۔AnManM1 مارکر اینتھراکنوز مزاحمتی جین AnMan (cv. Mandelup سے ماخوذ) اور Anseq3 اور Anseq4 جین Lanr1 (cv. تنزیل سے ماخوذ) کو نشان زد کرتے ہوئے 11,26,28 کا تجزیہ کیا گیا۔مزاحم ایلیل کے لیے ہوموزائگوٹس کو "1″، حساس - "0″ کے طور پر، اور heterozygotes کو - 0.5 کے طور پر اسکور کیا گیا۔
مارکر AnManM1، AnSeq3 اور AnSeq4 کے لیے اسکریننگ کے نتائج اور حتمی فالو اپ تجربات کے لیے بیجوں کی دستیابی کی بنیاد پر، 50 NLL لائنوں کو اینتھراکنوز مزاحمتی فینو ٹائپنگ کے لیے منتخب کیا گیا تھا۔یہ تجزیہ کمپیوٹر کے زیر کنٹرول گرین ہاؤس میں 14 گھنٹے کے فوٹو پیریڈ کے ساتھ دن میں 22 ° C اور رات میں 19 ° C کے درجہ حرارت کی حد کے ساتھ نقل میں کیا گیا تھا۔بوائی سے پہلے بیجوں کو کھرچ دیا جاتا ہے (جنین کے مخالف طرف سے بیج کی کوٹ کو تیز بلیڈ سے کاٹنا) تاکہ بیج کی کوٹ بہت سخت ہونے کی وجہ سے بیج کے سوئے ہونے کو روکا جا سکے اور یکساں انکرن کو یقینی بنایا جا سکے۔پودوں کو برتنوں میں (11 × 11 × 21 سینٹی میٹر) جراثیم سے پاک مٹی (TS-1 REC 085 Medium Basic، Klasmann-Deilmann Polska، Warsaw, Poland) میں اگایا گیا تھا۔ٹیکہ کولیٹوٹریچم لوپینی Col-08 سٹرین کے ساتھ لگایا گیا تھا، جو 1999 میں گریٹر پولینڈ کے Verzhenitsa (52° 27′ 42″ N 17° 04′ 05″ E) کے ایک کھیت میں اگائے گئے تنگ پتوں والے لوپین پودوں کے تنوں سے اگایا گیا تھا۔ایک علاقہ حاصل کریں۔الگ تھلگ ایس این اے میڈیم میں 20 ° C پر سیاہ روشنی کے تحت 21 دن تک اسپورولیشن کو دلانے کے لیے کلچر کیا گیا تھا۔بوائی کے چار ہفتے بعد، جب پودے 4-6 پتوں کے مرحلے پر پہنچ چکے تھے، ٹیکہ لگانے کا عمل 0.5 x 106 کونیڈیا فی ملی لیٹر کے ارتکاز میں کونیڈیا کے سسپنشن کے ساتھ سپرے کے ذریعے کیا گیا۔ٹیکہ لگانے کے بعد، پودوں کو تقریباً 98 فیصد نمی اور 25 ڈگری سینٹی گریڈ درجہ حرارت پر 24 گھنٹے تک اندھیرے میں رکھا گیا تاکہ کونیڈیا کے انکرن اور انفیکشن کے عمل کو آسان بنایا جا سکے۔اس کے بعد پودوں کو 22°C دن/19°C رات اور 70% نمی میں 14 گھنٹے کے فوٹو پیریڈ کے تحت اگایا گیا۔بیماری کا اسکور ٹیکہ لگانے کے 22 دن بعد بنایا گیا تھا اور تنوں اور پتوں پر necrotic گھاووں کی موجودگی یا غیر موجودگی کے لحاظ سے اس کی حد 0 (مثلاً) سے 9 (بہت حساس) تھی۔اس کے علاوہ گول کرنے کے بعد پودوں کا وزن بھی ناپا گیا۔مارکر جینی ٹائپس اور بیماری کے فینوٹائپس کے درمیان تعلقات کو پوائنٹ دو تسلسل کے ارتباط کے طور پر شمار کیا گیا تھا (انتھراکنوز مزاحمتی فینوٹائپ کے تجزیہ کے لیے لائنوں کے سیٹ میں ہیٹروزائگس مارکر کی عدم موجودگی)۔